自分だけの世界を作り出すために、パラドックス・プリズムをぬすんだナイン。シャター・バースと仲間を守るため、ソニックは意外な面々と手を組みナインに立ち向かう。
パラドックス・プリズムを使って、グリムに自分だけの楽園を作ろうとするナイン。ソニックとシャドウは、ナインを止めるため必死で説得にあたるが...。
ナインとグリム・バーディーに立ち向かうには助っ人が必要だと考えたソニックは、ニューヨウクへもどり、まさかのあいつらと手を組むことに。
世界がくずれていくなか、海賊(かいぞく)たちを救うためにノープレイスへと急ぐソニック。パラドックス・プリズムを安定させたいナインは、ソニックのエネルギーを手に入れようとする。
自分ひとりが先頭に立つだけでは、ナインをたおすことはできない。そう気づいたソニックの最初の一手? それはチームで戦うこと!
戦場に立ちはだかる巨大(きょだい)ロボットをたおし、ナインに近づこうとするソニック。そのためには、すばやい行動と仲間を信じることがカギとなる。
ソニックの新しい能力がナインとの戦いに希望をもたらす。だが、ソニックのエネルギーを手に入れるという目的を果たすまで、ナインのロボットたちの攻撃(こうげき)は終わらない。
大きな犠牲(ぎせい)をはらわなければ、現実が消えてしまうことを知ったソニック。だが本当にそれだけで、ナインがこわしてしまったこの世界を元にもどせるのか?