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高校二年生の花岡まことには、”普通”じゃないところがある。それは、男の子だけど、学校では女の子の姿で過ごしていること。ある日、まことは「伝えたいことがあるので放課後教室に残っていてほしい」というラブレターを受け取る。放課後、まことの前に現れたのは、後輩の一年生女子・蒼井咲だった。

まこと、咲、そしてまことの良き理解者である幼馴染・大我竜二を加えた3人でお昼ご飯を食べることが日常になりつつある中、学校は夏休みを迎える。しばらくまことに会えなくなる、と悲しむ咲を見かねた竜二は、まことから借りていたノートを咲に渡す。ノートを口実に意気揚々と花岡家を訪れる咲だったが、そこには男の子姿のまことがいて……。

「まだこんな女の子みたいなのが好きなの？」と問う母に、自分はもう可愛いものは好きではないと、嘘をつくまこと。母を悲しませないために、可愛いものを好きでいることはやめようと決心。学校も男の子の姿で過ごすようになる。さらには、咲に付き合ってくれないかと告白をして……。

創立記念パーティーを終え、また少し近づいたまことと咲の距離。さらに同級生とも打ち解け始めたまことの姿に、竜二は心のざわつきを感じていた。そんなある日、3人は休日に水族館へ行くことに。咲の機転もあり、水族館を大満喫した3人だったが、帰り道の電車で竜二はある違和感を覚える。

まことが助っ人として参加する、バスケ部の試合を見に行くことになった咲と竜二。試合観戦中、竜二は咲に「本当にまことのことが好きなのか？」と、真意を問う。反対に竜二はどうなのか？と聞く咲に対し、真っすぐに返答する竜二。それを受けた咲は、泣き出してしまって……。

まことを諦める、と咲が決め、お昼ごはんを一緒に食べなくなってしまった3人。そんな中、まことたち二年生のもとには進路調査票が配られる。女の子になりたいのか、男の子として生きるのか。告白するか、しないのか。それぞれがこれからを見据えた選択に悩む中、学校は文化祭に向け盛り上がっていく。

まことへの想いをずっと隠してきた竜二。同性のまことに惹かれている自分に抵抗を覚え、一度は離れようとしたものの、気持ちを隠し幼馴染として見守り続けてきたのだった。まこともまた、生徒手帳を見てしまったことを隠し、平静を装って竜二に接し続ける。しかし竜二はまことの異変に気がついて……。

祖母が倒れた知らせを受け、急いで病院に向かう咲。仕事の関係で海外にいる父も連絡を受け緊急帰国する。なかなか会えない父と久しぶりの再会を果たし、クリスマスも日本で一緒に過ごせると聞き、咲は喜ぶ。一方、竜二もまた、クリスマスの約束をまことに提案する。

迎えたクリスマス当日。プラネタリウムへと一人向かう咲だったが、その帰り道、ある人が乗るタクシーを偶然見かけてしまう。咲がタクシーを必死に追いかける一方、まこともまた、竜二の元へと向かっていた。出会うはずのなかった二人が、思いがけず出会って……。

別れて以来、一緒にご飯を食べることも、会話をすることもなくなってしまった、まことと竜二。それを知った咲は、二人の仲直りをアシストしようと、ある作戦を企てる。まことと竜二が向き合おうとする一方で、咲もまた、思わぬ場所で意外な人物と出会う。

咲が母と会うことを許されるようになった中、まことたち二年生は修学旅行を迎える。まことは修学旅行が終わったら果たしたいある目標を、咲と竜二に宣言する。まことが心を決める傍ら、ある人もまた、勇気を出して「自由行動一緒に回ってください」とまことに声をかけて来て……。

父の勧めで、初めて祖父に会いに行くまこと。自分の好きなものへの想いを守り、ありのままに暮らす祖父とともに時間を過ごす中で、まことは少しずつ自分の気持ちを整理する。 そして、ある覚悟を胸に秘め、帰宅を決意する。