古見家に引き取られ、ごく普通の高校生として育った浩一。しかし彼は旧約聖書にも記されている「バビルの塔」の後継者だった！　連日の夢から自分がそこに招かれることを察知していた浩一は、古見夫妻やその娘・由美子の反対を押し切って、バグダット付近の砂漠にひっそりと佇むバビルの塔を訪問したが…。

「バビルがヒマラヤを降りる前に倒せ！」。バビル２世と接触し、彼が自分の敵になると感じたヨミは、自分を信仰する部下達に早速命令を下した。そして自分のテレパシー能力では読みきれなかったバビルの塔の位置、バビルの能力を部下に戦わせることで探ろうとするのだった。

依然、消息のつかめない浩一を心配してい古見一家は、新聞広告の尋ね人欄で彼の名前を発見した。それは浩一と同級生だった園宮が出したものだったが、ヨミはその広告を利用。部下のロビンソンとジョビーを派遣させ、親しい者たち共々バビル２世の息の根を止めようとするのだった。

ヨミの部下･ジョビーの死体を分析したことで明るみになった、手術で人間を洗脳するロボトミー手術。ヨミは分析に関わっていた倉石博士と彼の助手・新井が秘密を知りすぎたことを懸念し、彼らにも手術を加えることで自らの忠実な部下にしようと画策する。

世界中の銀行を襲撃したニセ・バビル２世。ヨミの真意を計りかねていたバビル２世だったが、それはかく乱を目的とした時間稼ぎ作戦だった。そしてその裏では、バビル２世から３つのしもべを切り離すためのフィールドが着々と建設されていたのであった。ジェット機に連れ込まれ、しもべたちへのテレパシーを遮断される。バビル２世大ピンチ！

ヨミを倒したバビル２世だったが、彼の消耗もまた激しかった。バビルの塔周辺にチグリス軍が展開したのはそんな時だった。最初はただの演習だと思い、体力回復のために治療ポッドへと戻るバビル２世。しかしそれは倒したと思っていたヨミの手先で、バビルの塔を探し出すために展開された部隊だった。

大型旅客機が墜落した。生存者はただひとり、国家保安局の全軍総司令官。だがそんな彼を、娘の絹子とバビル２世こと浩一の帰りを待ちわびていた由美子は「別人のようだ」と疑念を抱く。その疑念を証明するかのように、由美子や絹子をまるでバビル２世への盾にするかの如くボディガードに指名する司令官の正体とは？

アフリカ西海岸で実行された中性子爆弾の爆破実験。物理的な破壊力はなく、強力な放射線で人間だけを殺傷する、もうひとつの核爆弾とも言える兵器の威力にバビル２世は戦慄した。しかもそれを作れるだけの科学力を有するのがヨミだけだとあり、さっそく調査に乗り出す。

ヨミ配下の催眠術の使い手・ヨゼフが、アナウンサーに術をかけてバビル２世をカナダのロッキー山脈に呼び出した。付近の村人にそのヨゼフが催眠術をかけたせいでバビル２世はロッキー山脈のふもとの村に到着するなり、村人に襲撃されるだった。

バビルの塔を覆い隠す砂の嵐。最大の防衛手段である、その発生システムが整備されることとなった。そんな時に限ってやって来るヨミの偵察機。ロプロスに追い払われたことで危機を脱したかに思われたが、バビル２世からの先制攻撃が逆に場所を教えることになってしまう。

ヨミの部下が開発した新種のウイルス兵器X3号。カリフォルニア・オレンジがこのウイルスに汚染されたことで世界中が大騒ぎになる。しかもヨミの配下が目撃者を装い、バビル２世がこのウイルスを散布したと証言したため、世界中の人間から敵視されてしまった。

砂漠の中で行き倒れていた老人。それは二年前に行方不明になった世界有数の科学者ロアルド・ダリ博士だった。ヨミに捕らわれていた博士は、戦闘ロボットをコピーした上に任意の大きさで電送することができるメカ・マシンX1の開発に手を染めており、罪の意識に苛まれて脱出を決意したのだ。

軌道をそれた人工衛星が日本に墜落した。それを回収するはずだった軍部だが、ヨミ配下の戦闘員に襲撃され人工衛星を奪われてしまう。実はその人工衛星には新型の誘導装置が内蔵されており、それを使えば宇宙空間から好きな場所に爆撃できるというとんでもない代物だった。

エスキモーたちを急襲したドラゴン。それはヨミが対ロプロス用に開発した新型ロボット兵器だった。現地に駆けつけたバビル２世をクマ型ロボットやアザラシ型ロボットに襲わせている間、ロプロスとの戦闘データから弱点探しをしていたヨミ。しかし弱点が見つからないと知るや総攻撃を開始した。

パリを襲った謎の発光パニック。車のヘッドライトなどが突然激しい光を発したかと思うと爆発するこの現象は、またもやヨミの仕業だった。しかしまだ作戦は実行段階にはなく、作戦の陣頭指揮にあたっていたサンクレール教授が、間違えて装置に触れてしまったため起こった事件だった。

街中に突然バラ撒かれたニセ札。それは専門家が鑑定してもニセ札だと判らないほど精巧なものだった。これが市場に流れれば間違いなく金融パニックが起こり、日本は経済的に壊滅してしまう。だがニセ札を作ったヨミは国家保安局長を脅迫するのだった。

世界各地を襲った謎の停電事件。同時多発的に起こったこのパニックにより、社会生活は文字通り麻痺した。しかも闇に乗じて強盗が横行するなど、世界の主要都市は無法地帯と化してしまう。そんな中、事件の首謀者であるヨミに北極へ来るよう命じられたバビル２世は、そこでしもべ同士の潰し合いを言い渡されていた。

テレビを見ていた人たちが突如凶暴化した。それまで普通に社会生活を送っていたのに、まるで「ジキルとハイド」のように豹変したことでパニックに陥る人々。その頃、調査に乗り出したバビル２世は東京タワーこそが凶暴化音波の発生源だと突き止めたものの、ロデムまで狂わされて一時撤退を余儀なくされてしまっていた。

ニューギニアのジャングルにマンモスゴリラが現れて住民たちを襲撃した。ヨミに誘い出されたバビル２世は、現地で被害者の少女アミと、襲撃によって失明の危機にあった弟のペロ、日本人医師・白川と出逢う。実は白川、由美子の父親のかつての恩師で、ここでは日本のシュバイツァーと呼ばれる名医だった。

アラビア海に隕石が落下した。ポセイドンで調査に乗り出したバビル２世は、それが人工隕石で、ヨミが隕石爆弾を開発したのだと知る。宇宙に漂う無数の隕石を悪用されたら地球はたちまちヨミに滅ぼされてしまう･･･危機感を抱いたバビル２世は、自分を呼ぶ謎のテレパシーを頼りに某国のテント村へ急行するのだった。

古見家のご近所で有名な、不思議な力を持つ赤ん坊。その赤ん坊にヨミが目をつけた。自分と同じテレパシー能力を持つ赤ん坊がヨミに連れ去られたと知り、必死にその行方を追うバビル２世。しかし戦車部隊の攻撃で負ったダメージのせいで倒れてしまう。

日本海の海底で進められていた海底都市の建設計画。しかし既に海底基地を有していたヨミが、巨大なカニロボットを差し向けて建設途中の基地を破壊してしまった。保安局長と再会したバビル２世は、そのカニロボットを倒してヨミの妨害を取り除くために行動を開始する。

バビル２世とヨミに同時に送られた謎のテレパシー。それがとある火山島から発せられていることを突き止めたバビル２世は、現場で強力な超能力を備えた老人ドクトル・ザルツを発見する。しかしその老人は既に命尽きており、精神力増幅器を使い残留思念だけでテレパシーを送っていたのだった。

ヨミの部下、ゴルダが古代文明都市ゾロウを発見した。もともと人間のまま部下となったゴルダだが、ゾロウの遺跡で発見した加速装置によって目にも止まらぬ速さで動く能力を獲得。もはやサイボーグ戦士や超能力兵士を凌ぐ能力でバビル２世に挑戦してくる。

バビル２世を亡き者にするため、ヨミが究極のマシンを作り上げた。その名は「V号」！テレビすら手のひらサイズにしてしまう高性能LSIを大量に盗み出し、ようやく完成にこぎつけたヨミの切り札だ。完成したばかりのV号を発進させたヨミは、秘密基地まで追ってきたバビル２世に大ダメージを与えることに成功する。

ヨミがLSDを奪ったのは、V号以上の秘密兵器「テレパシー増幅装置」を作るためだった！　塔の修理を急ぎつつロプロスとポセイドンを回収したバビル２世は、挑んだ決戦でヨミからそのことを明かされる。そしてバビル２世以上のテレパシー能力で３つのしもべを操ろうとするヨミに、全身全霊で挑むのだった。

バビル２世号でようやく日本に戻って来た浩一。しかし激戦の疲労から突然気を失い、北海道に墜落してしまう。そこで彼を拾い、介抱したのは牧場の少女・ユキと、彼女の祖父・恒太郎だった。活発で人見知りをしないユキに、ただ名前だけ告げてしばし厄介になる浩一だったが…。

ユキとの牧場生活でバビル２世は密かに３つのしもべと再会していた。ロプロスは氷窟の中、ポセイドンは湖の中に、そしてロデムは常にバビル２世の周辺で。自動修復システムでバビル２世号も復活し、もはやバビル２世陣は完全復活を遂げたのだった。

巨大ロボット・タイタンをギターで操る、ヨミ配下の少年・ジョー。牧場で働きたいと偽り、ごく普通の少年になりすまして彼はユキの牧場へとやってくる。目的はもちろん、牧場での生活に慣れ始めていたバビル２世を抹殺するためだ。どうするバビル２世！？

合体することで円盤になるヨミの部下・ザザンの怪ロボット。空港に現れて暴れまわるその怪ロボットを止めようと、居候している北海道の牧場からバビル２世が駆けつけた。だがそれはザザンの巧妙な誘い出し作戦で、バビル２世号に密かにつけられた発信機により牧場付近で再び襲撃されてしまう。

バビル２世が居候するワタリ牧場に、突如、眼帯をした謎の青いペガサスが現れた。その青いペガサスは牧場中の馬を操ると、近くの湖に集団入水自殺を図らせようとする。実はこのブルーペガサス、ヨミ配下の研究者・ヤコブの手駒でヨミの気に入らない人物を自殺させるために作られたものだった。

世界で多発する謎のモンスター竜巻。「ダスト・デビル」と呼ばれるその現象は、規模でも破壊力でも恐るべき威力を誇るもので、大自然の脅威を感じさせるものだった。だがその発生原因には原爆実験の結果によるものだという説もあり、バビル２世はさっそく調査を開始する。

ワタリ牧場付近の森の中に、ひっそりと佇む不気味な洋館。そこに住んでいたのは、サイボーグコウモリを操るヨミの部下・どくろ魔女だった。まるで吸血鬼を思わせるような彼女は洋館に迷い込んだユキとチー坊を操ってバビル２世をおびき寄せると、彼を葬ろうと挑戦して来る。

ワタリ牧場にロケ隊がやって来た。人気女優・南條かおる主演映画のスタントマンとして、ユキに白羽の矢が立ったからだ。だが季節はずれの雪が降ったり、ユキが馬と共に空中に持ち上げられたりして現場は大混乱に見舞われてしまう。

バルセローズ王国の女王が蜂に刺されて死亡した。裏で手を引いていたのはヨミとその部下たち。殺人蜂を作り上げ、今まさに金属さえ腐蝕させる新たな毒素を作り出そうとしていたのだ。だが運搬中の事故で殺人蜂が日本でも暴れ始め、調査を始めたバビル２世によってその存在がついに突き止められてしまう。

バビル２世を突然襲ったサイボーグライダー部隊。超能力を消耗させ、本命である新型怪ロボット・ゴーリキ２号で襲わせようというヨミの企みだ。無人島の沖合いにバビル２世をおびき寄せたヨミは、ゴーリキ２号の身体をバラバラにさせてパーツごとの攻撃を展開する。

突如、世界の軍事基地周辺に飛来し、地球人類との友好を謳った謎の宇宙船団イプシロン人。その麗しい容姿に、そして優しい口調に次第に緊張を解く人類。病床のチー坊を不可思議な能力でたちまち回復させてしまった彼女たちに、ユキも信用し始めるのだが…。

ついにヨミが本気になった。都心のあらゆる地下鉄がヨミの部下によって武力制圧され、上京したユキ、チー坊、恒太郎を含むすべての利用客がそこに監禁されてしまう。ヨミの要求は２4時間以内に世界の首脳を東京に集めること。そのため国家保安局の突撃部隊を返り討ちにして地下に立てこもってしまう。

ユキたちに別れを告げ、ヨミが待ち構える地下鉄構内へと戻ったバビル２世。各国の首脳を出せというヨミの要求に従うしかない保安局は、すべてをバビル２世に託して首脳たちを指定された地下鉄車両へと乗せるのだった。そしてバビル２世とヨミの最後の戦いが始まるのだった。