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美風、香鈴、静羽、彩雲の4人は、千鶴とアネットの推薦を受け、コメットブラスターの昇進試験を受けるために下地島を旅立った。そして彼女たちと同期だった翼と空もテストパイロットになるために、岩崎もコメットブラスターとして新造された第8オービタルステーションに呼ばれたため下地島を去った。 こうして人が少なくなった下地島だが、新たなコメットブラスター候補生として、青木霧子、立花美麗、二宮磨奈の3人が加わり、再び島は活気を取り戻しつつあった。だが、試験に落ちた美風たちが戻ってきて、以前に輪をかけて島はさわがしくなる。

下地島に戻った美風、香鈴、彩雲、静羽の4人は、飛行教官見習いとして霧子、美麗、麿奈の訓練を担当することに。だが、いい加減な教え方しかできない美風や、機械のように数字をしゃべるばかりの香鈴など、とても教官として優秀とは言い難い。そんな時、基地に2機の迎撃機がやってくる。翼と空が、この基地に配属されることになった新型迎撃機MiG-31MSを飛ばしてきたのだ。それと同時にやってきた輸送機からは、MiG-31MSの設計者ルードヴィヒ・ミッターヒューバーが降り立った。 一方第8オービタルステーションでは、司令官であるディアナ・イアハートが開発試験中の無人機を使用して、彗星の迎撃を実施しようとしていた。

美風たちは、レイノルズと一緒にいるクリスとベティーを目撃する。気になった美風たちが様子を見に行くと、スペースシード感染の治療が終わったクリスたちは、コメットブラスター任務への復帰が認められたのだという。それで宇宙に戻る前にレイノルズが下地島に呼んだのだが、かつて傲慢なほど自信に満ちあふれていたクリスたちは、今ではその影もすっかりなく、いつも何かに怯えているような状態だった。そこで美風たちは、2人を元気づけようと宴会を計画する。 一方、クリスたちに会った佐古だが、彼の元妻の美春は以前回復しておらず、つくば研究所に移送されたという話を聞いて失望していた。そこで佐古は翼と空に、美春のことを調べるよう依頼する。

第8オービタルステーションにクリスとベティーが到着した。だが、先にこの基地に配属されていた千鶴、アネットは、以前の事件の記憶が蘇り、すぐにうち解けて2人を迎え入れるということができない。 一方下地島の彩雲も、誰かからの手紙を受け取って以来落ち込んでいるようだった。だが、美風たちが理由を尋ねても何があったのか答えようとしない。 一方、美春とその娘であるレイを収容している天体危機管理機構つくば研究所では、御厨ジュンと真紀の夫婦がスペースシードの研究を行っていた。そこに、以前から美風たちのまわりに出没していた謎の男である月野が、天体危機管理機構の機密資料を持って現れる。

岐阜基地の翼と空が、いよいよ新型実験機のテストパイロットとして飛行する日がやってきた。それと同じころ、下地島基地でも岩崎たちが隕石撃墜のため離陸する。だが、翼たちの実験機が感知したデータによると、地球に落下中の隕石の軌道情報が、天体危機管理機構が送ってきているデータと異なっていた。このままでは、岩崎たちは隕石迎撃可能位置に届かない。 そこで翼たちはこの情報を岩崎たちに送信。岩崎たちは彼らの話を信じ、実験機が送るデータに従って自機を誘導する。だがそれでも、岩崎たちの機の位置からでは、衛星にミサイルが届かない距離だった。

再び月野がつくば研究所に現れた。さらに月野は、下地島基地の管制官である向日塔子とも会っていた。不審に思った美風たちが塔子たちの後をつけるが、実は塔子はレイノルズに頼まれて、月野から資料を貰っていたのだった。 一方、月野の話を聞いた御厨ジュンは、娘のランを下地島から呼び出すことにする。ランと、彼女が乗る飛行機を操縦していた美風と彩雲はつくば研究所に到着。そこで3人はジュンと真紀から、スペースシードのこと、天体危機管理機構のこと、美春とレイのことを聞く。危険が近づいていると感じたジュンは、ランのもとにレイを預けることにしたのだ。だがランたちの出発の直前になって、佐古に頼まれていた美春の写真を撮ろうと、カメラを持った美風が研究所内へ戻った時、突然銃を向けられて…。