フォージとビショップは２つの時代に散り散りになったX-MENを救出するという壮大な計画に乗り出す。

世界消滅の危機の後、X-MEN不在という空白を埋めるべく、秘密の準軍事組織が台頭する。

X-MENを古代エジプトから救出する作戦は予期せぬ来訪者によって大混乱に陥る。

X-MENとエン・サバ・ヌールの同盟に亀裂が生じ始める。一方ラマ・タトは究極の力を自らのものにしようとする。

ウルヴァリンとモーフは、かつてのライバルたちの寄せ集めチームと一緒にウェポンX計画の新たな実験に立ち向かう。

元X-MENのポラリスがエグゼビアの屋敷に戻った矢先に新たな脅威が現れる。

X-MENはサベッジランドに向かうが、そこで思いがけない人物に出くわす。