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近未来、大都市の郊外。ジョー・ローガンは、愛する妻と息子の3人で慎ましく暮らしていた。 ある夜、妙な気配で目を覚ました彼は、突如として現れた黒装束の忍者たちに襲われる。妻と子を殺され、自身もまた侵入者の武器に貫かれ、気を失ってしまう。 奇跡的に一命をとりとめ病室で目覚めた彼。しかしその夜、病院に再び忍者たちが現れ――。

ジョー・ローガンは偽りの姿であった。その正体は組織を抜けた忍「ヒガン」。彼が居た忍び組織は、元々日本に属していたが、世界情勢の変化と頭領の交代により大国の配下となっていた。ヒガンは妻子の復讐のため、組織を潰す決意を固め、ひとり組織のアジトへ向かう。しかしそこは既にもぬけのからだった。更なる情報を得るため、ヒガンはFBI捜査官マイクにコンタクトをとる。それぞれの思惑を秘めて落ち合った先で、彼らが出会うのは――。

忍びの組織は引き続き、ヒガン抹殺に動く。組織には対抜け忍の切り札『死神』がいるが、頭領であるヤマジはヒガンへの接触を禁じていた。一方、FBI捜査官のマイクは、忍び組織による中華店襲撃事件を上層部がもみ消そうとしていることを知り、ヒガンと手を組み真実に近づくことにする。テクノロジーに詳しい相棒の捜査官エマを巻き込み、独自にAUZAの調査を始める彼らだが――。

謎の忍者による襲撃から回復したヒガン、マイク、エマはアウザシティへの侵入経路を調査する。だが厳しいセキュリティをかいくぐれそうにもない。テクノロジー企業AUZAの社長ジョセフはすでに忍びの組織との緊密な協力関係を確立し、幹部たちと次のヒガンとの戦闘を画策していた。その裏で、ヒガンは単独で侵入を決行する。しかし最後の障壁の前に、ある人物が現れ――。

AUZAを追っていたマイクは、相棒エマが得た情報から、元AUZA所属の研究者ジェイソンとの接触に成功する。ジェイソンはマイクに協力し、得意のハッキングで情報を収集するが、それを逆探知したAUZAは傭兵を送り込む。一方、アウザシティへの侵入を阻まれたヒガンは、謎の協力者から別ルートの情報を手にいれる。罠と知りつつ潜入したヒガンの前に、ハイテク戦闘スーツ“グソク・ギア”に身を包んだ異形の忍者たちが立ちはだかる。

ヒガンは組織の一員アスカによって窮地を救われ、治療をうけていた。アスカは治療カプセルに横たわる彼に、にわかには信じ難いある真実を語る――。裏切りが明るみに出た今、アスカは組織に対抗する唯一の手段として、ヒガンのためのグソク・ギアの準備を急ぐ。その最中、幹部の一人・リルがアスカとヒガンの隠れ場所を襲撃する。ヒガンのグソク・ギアが起動するまでの間、アスカは必死に持ちこたえようとするが――。

グソク・ギアを手に入れたヒガンは、忍び組織の幹部リルとの一騎打ちを迎える。ヒガンは彼のグソク・ギア“カムイ”と完全に同期し、その力を発揮する。組織に対する反撃ののろしを上げたヒガン。ヤマジはついに、『死神』ザイにその始末を命ずる。組織の幹部アスカは、ヒガンの妻であった恩人マリに対する思いをヒガンに語った。幹部アスカは諜報のためFBIに送り込まれた捜査官エマであり、さらにヒガンに手を貸していた謎の協力者であった。なぜ彼女はいくつもの顔を持つようになったのか。

AUZA社長ジョセフの野望は、国全体のエネルギーインフラを牛耳ることに向けられており、ヤマジ指揮下の忍び組織はそれを後押しする武力集団となり果てていた。ヒガンとの共闘を決意したエマは、危険を冒してAUZA施設からグソク・ギアのエネルギータンクの強奪を試み、組織の幹部ビッグ・Dと相まみえる。逃亡中のマイクとジェイソンは捜査を続けるため、エマの車のコンピュータを使うことを思いつき、ついにヒガン、エマと合流する。身分を偽り共にいたエマに対し、マイクは――。

AUZA社長のジョセフと忍びの組織のヤマジの間には、いつしか軋轢が生じていた。 モーテルで待機するヒガンたちは、エマとジェイソンの協力でAUZAに対するハッキング攻撃を行い、さらなるAUZAの機密情報を探り出す。そこに組織の幹部ビッグ・Ｄが現れ、正々堂々とヒガンへ戦いを挑む。襲ってくる傭兵たちをマイクとエマも食い止めようとするが、ビッグ・Dとの戦いの末に、驚くべきことが起こる。

ザイは幼少の頃、人身売買組織によって囚われていた。ある日ヤマジらの襲撃によって解放され、それ以来忍びの組織で育つこととなった。そこで彼のかたくなな心をほぐしたのは、マリやヒガンと結んだ友情だった。しかし二人が組織を去ってしまい、残されたザイの心は深く傷つく――。エマを弔ったばかりのヒガンに、ザイからの果たし状が届く。一方先手を打ったAUZAにより、マイク、エマ、ジェイソンらがテロリストであるかのような報道を流されてしまう。状況を打開するためマイクは、FBIの上司に談判しに行くが――。

ザイはヒガンとの戦いの中で、これまでの自身の想いを怒りとともに吐露する。ザイの想いを受け止めたヒガンは決闘の末、ザイのもとを去っていく。ジョセフはヤマジとの関係を断とうとしてアジトを襲撃するも、ヤマジにその動きは読まれており、逆にAUZAの本社は忍びの組織に制圧されてしまう。ジョセフは自分の会社から必死に脱出を試みる。そこに現れたのは――。

ヂリはジョセフを守って、ヤマジと戦うことを選ぶが、ヤマジは圧倒的な力で応戦する。最中、ヒガンの前には意外な人物が現れ、歴史と掟に縛られた忍者という存在の深く悲しい矛盾を打破してほしいと切に頼むのだった。 一方、当局に身柄を拘束されたマイクは、AUZAと政府の癒着をネタにして上司と交渉を続ける。 追い詰められたジョセフも政府を脅す挙に出る。そしてAUZAを手中にしたヤマジもまた、忍びの新しいありかたを模索し――。

マイクはジョセフが亡命を試みると読み、ひとり車で追う。ジェイソンのハッキングにより居場所を突き止められたジョセフは、マイクに追い詰められ、アウザリアクターの爆破スイッチに手を伸ばすが――。 一方、国家の重要人物たちを武力で制圧したヤマジは、ヒガンに組織の追い求める大義を語る。剣を交わす中でヒガンは、ヤマジの奥義による深層世界で過去の亡霊に苦しむが――。