祖父の遺言を頼りに、ゲーム「ダークマシン」経済特区に指定されている街・ゴールデンバレーを訪れたカイリは、追手から逃げる少女・ルドラと出会う。ルドラに導かれ辿り着いた喫茶船カーバンクルで、「ダークマシン」で頂点に立てば、祖父が遺言で残した人物『千鬼』に会える事を知る。ルドラとの出会いでゲーム「ダークマシン」をプレイすることになったカイリ。偶然か必然か―カイリの運命が動き出す。

喫茶船カーバンクルでの下働きの合間に「ダークマシン」のトレーニングに没頭するカイリ。ルドラの企みと裏取引によって強豪チーム「グレートクラスター」と高額のファイトマネーを懸けた試合に挑むことに。圧倒的な弾幕が飛び交う激戦の中、カイリはチームメンバーのシン、ブランと共に必死に戦う。戦略と直感が交錯する戦場で、「ダークマシン」のルールを覚え切れていないカイリは初歩的なミスをしてしまい――。

「グレートクラスター」との激戦の末、カイリのミスで敗北してしまった「カーバンク ル」。 素人のカイリに腹を立てたブランは、元チームメンバーのヴァイスとビアンカに誘われ、 かつて所属していたチーム「エスメラルダ」へと戻ってしまう。 ブランの突然の脱退に焦ったカイリとシンは、ブランを探して街を駆け回る。 ブランの行方が掴めない中、ルドラの画策により、カイリ主催のブランの争奪を掛けた試 合を行うことに。試合が進む中で、ブランはかつてのチームメイトとの連携に違和感を覚 え始める。