カームに住む少年・ゼッドは、もっと自分を生かせる場所を求めて、街中の門や扉を壊して回っていた。そうすれば、どこかへ行けそうな気がしたのだ。教師達はそんなゼッドに手を焼くが、親友のノアだけは優しく気遣う。ある日、入院中の母親・サラを見舞ったゼッドに、追ってきた教師が襲いかかった。そのとき、記憶を失っていたはずのサラが、謎の力を発動させてゼッドを守る。目の前の出来事が理解できないゼッド。そして、ゼッドの左腕に奇妙な紋様が現れて…!?

時空を超えて異世界の国・テンプラーにやってきたゼッドは、シャードキャスター同士の戦いに巻き込まれ、危ういところを老師ジーコと弟子のロイアに助けられる。ここがシャードキャスターによる戦争が繰り広げられている世界であること、そして自分の左腕に現れたエンブレムがシャードキャスターの証であることを知るゼッド。さっそくシャードを使って騒ぎを起こしたゼッドを、ロイアのスピリット・アプカレルが救うが、それを見てアプカレルを狙う刺客が迫る…!!

ゼッドのエンブレムから突然現れた強力なスピリット「アミル・ガウル」を見たジーコは、ゼッドをシャードチャンピオン・デュマスに預ける。デュマスが気に入らないゼッドは戦いを挑むが、全く歯が立たない。一方、ゼッドに興味を持ったロベスは、ゼッドをパーティーに招待する。ある夜、デュマスが秘密の病院で負傷した敵のジーモット兵に救いの手を差し伸べているのを知って、複雑な思いを抱くゼッド。ところが、患者のジーモット兵たちは密かに反乱を企んでいて…!?

デュマスとロベスによる一流のシャードバトルを目のあたりにして、自分にも大きな可能性を感じ始めていたゼッドは、最強のシャードキャスターを決定する試合「ジャウスト」の開催を知る。しかしテンプラーの人間ではないゼッドには、出場したくてもその資格がない。そこでゼッドは、世間を騒がせている怪盗「ノーフェイス」を捕えて自分の力を認めさせ、出場の権利を得ようとする。だが「ノーフェイス」の正体は、意外な人物だった。そしてついに、ジャウストの当日…!!

デュマスの代わりにロベスと対戦するゼッド。一方ノアは、何者かによってネオトピアへと召喚されていた。傷つき倒れていたノアを助けたのは、心優しい夫婦・カーターとケティだった。シャードの力で体力を回復したノアは、その村で人々の公園作りを手伝いながら新しい暮らしを始める。そんなある日、国の中央で軍人として働いていたカーター夫妻の息子・ゲイルが現れ…。

些細な理由で、息子であるゲイルに処刑されるカーター。その光景を目の当たりにしたノアはショックを受けるが、それが絶対正義の国・ネオトピアの現実だった。ゲイルの幼なじみ・キースも、行き過ぎた規律の厳しさに疑問を感じていた。一方、国に無断で公園を作ったとして、転居を強いられるラトの住民たち。ノアは彼らを救おうとゲイルに直訴するのだが…。

ロベスとその強靭なスピリットシャード・ベラドンナはゼッドを圧倒する。はたして勝者は。そしてジャウストを終えたゼッドの中に芽生えた思いとは。一方デュマスは、ロベスから借りていた土地を返すよう命じられていた。ゼッドはそんなデュマスのために、怪盗ノーフェイスにかけられた懸賞金を手に入れようとノーフェイスを追う。ところがノーフェイスは…。

怪盗ノーフェイスが、ゼッドのスピリット・シャードを奪うと予告してきた。現れた3人目のノーフェイスは、一体何者なのか。ゼッドは戦いを挑むが、力及ばずシャードを奪われてしまう。そして、怪盗ノーフェイスとして逮捕されるロベス。だがゼッドはシャードを奪った3人目の怪盗を追い続ける。ついに明かされる3人目の怪盗の正体。そしてその時…!!

ジーモットのスパイだったデュマスは、テンプラーへの攻撃を手引きし、奪ったアミル・ガウルでゼッドに迫るも、アミル・ガウルの拒絶反応に襲われ姿を消す。アミル・ガウルの力の前に、退散するしかないジーモット兵。そしてゼッドとロイアの前に現れる、負傷した謎の少女。アミル・ガウルの力を見て、ゼッドに力を貸して欲しいと頼む彼女の正体とは…!?

ジーモット王族の最後の生き残りであるレベッカは、王家復興のためゼッドに助けを求めたのだった。レベッカとともにジーモットへやってきたゼッドはしかし、そんな事情には興味がない。一方、デュマスを追ってジーモットに赴いたロベスらと同行するロイアは、早速激しい攻撃を受けていた。そして単独行動をとるゼッドにも、更なる災難が襲いかかり…!?

ゼッドとレベッカの前に、かつてレベッカを利用し、彼女の父・国王バッカムを裏切った男、ヒューが現れた。レベッカの体内に封印された国王のスピリットを狙うヒューは、ゼッドの目の前でレベッカをさらう。戦力を求め反乱軍の北の砦に向かうエルダと、同行するゼッド。だが、そこには何者かの仕掛けた罠が…。そして、ヒューがレベッカに迫った決断とは…!?

ヒューはレベッカに、デュマスとの結婚を強いる。思わぬ展開に愕然とするレベッカ。一方、未だアミル・ガウルを制御できないゼッドは、レベッカを救うための新たな力を手に入れるため、エルダに導かれ伝説の場所へと向かった。辿りついた森の奥の泉で、ゼッドは得体の知れぬ巨大な存在と対峙する。そして婚礼の日が近づくなか、ヒューの思惑と反乱軍内部の策謀が交錯して…。

エルダに助けられ、ヒューの元を抜け出したレベッカだが、ヒューの思わせぶりな言葉が頭から離れない。父はまだ生きている…!? その思いを捨てきれないレベッカが選んだ道とは。一方、婚礼の余興として開かれたデュマスとの試合に臨んだロベスは、デュマスの猛攻の前に窮地に陥る。だが試合が白熱するなか、ヒューは密かにその真の目的を達成しようとしていた。その時…！

レベッカを救えなかったことに未練を残しながら、ロベスによってテンプラーに連れ戻されるゼッドとロイア。二人の帰還を喜ぶミッキーだが、デュマスの死を聞いて落ち込んでしまう。元気を出させようと考えたロイアは、ミッキーの焼くパンを売ってみないかと提案する。一方ゼッドは、自分の中に芽生えつつあったアミル・ガウルについての思いを、ジーコにぶつけるのだが…。

自分がもっと強ければデュマスを救えたのではないかと悩むミッキーは、強くなりたいという願いのために、デュマスのスピリット・スラグナに心を侵されてしまう。正気を失って暴走し人を襲うミッキーを、ゼッドとロイアは懸命に止めようとするのだが…。一方その頃、サギリやガルバたちの一行と旅を続けていたノアは、身体に異変が起きているのを感じていた。そして…!!

ゼッドの元に、ジーモットで出会ったカルブ・フーの民、グスマがやってきた。ジーモットの迫害が日に日に強まっているカルブ・フーに力を貸して欲しいというのだ。しかも、カルブ・フーで指揮を執っているのはレベッカだという。思いがけずレベッカの消息を聞き、カルブ・フーに赴こうとするゼッドたちを、ジーコは厳しく止める。だが、ゼッドとロイアは隙を見て旅立ち…。

再会したレベッカは、ヒューへの復讐心に凝り固まっていた。その別人のような変わりように戸惑うゼッドとロイア。一方ヒューは、エルメイダにカルブ・フーを執拗に攻めさせる。穏健派のケンプは、戦いを先導するグスマを止めようとするが、グスマは聞こうとしない。スピリットを扱えないカルブ・フーの民はジーモット軍の敵ではなく、多くの民が傷ついていったその時…!!

民の祈りによって、カルブ・フーの守護神である強大なスピリット・ギルメが目覚めた。その圧倒的な力の前に、苦戦を強いられるジーモット軍。だがヒューは、この時を待っていたのだった。タスクの使者・デスパラ達が見守るなか、ヒューが国王のスピリット・プロニモを召還すると…。一方、ヒューへの怒りに突き動かされるレベッカの戦いの行方は…。そしてその時ゼッドは…!?

テンプラーに戻ったゼッドに、ネオトピアからの脱獄犯の護送の任務が与えられる。ネオトピアへ向けシフティングするゼッドとロイアだが、途中でヒューの妨害にあい、タスクにたどり着いてしまう。そこでゼッドたちに襲い掛かったのは、異形の獣人たちだった。その頃ノアはサギリとともに、ダイアナの世話になっていた。ネオトピアの素晴らしさを説くダイアナに、ノアは…。

獣人たちに捕らわれてしまったロイアは、伝説の存在・タスカーを復活させるため、生贄にされようとしていた。一方、ゼッドが護送する逃亡犯を引き取るようダイアナに命じられ、ノアもまたタスクの地に赴く。そして、アミル・ガウルを狙うヒューもまた、タスクを訪れていた。ロイア奪還に挑むゼッドの前に立ちはだかるヒュー。激しい戦闘の最中、ついにゼッドとノアは…!!

ロイアの体に現れた異変は、彼女の生まれを証明するものに他ならなかった。自分という存在に自信が持てなくなったロイアは、強さに拠りどころを求め、ジャウストジュニア大会に臨む。一方モロッコは、預言者がもたらした託宣に恐怖していた。隠された因縁、そしてロイアの出生の秘密とは。ロイアは、タスクで感じたかすかな母の記憶を頼りに、真実を追うことを決心する。

タスクにやってきたロイアは、獣人たちやデスパラに次々と襲われるが、ギンガと名乗る青年に助けられ事なきを得る。タスク幹部・ノーマンの申し出により、彼の屋敷に身を寄せるロイア。だがノーマンにはある思惑があって…。一方、ロイアを連れ帰るようジーコに頼まれ、ゼッドもタスクへと赴くが、ロイアは両親に会いたいという想いのため、タスクに残ると言う。そして…。

ロイアがようやく対面を果たした母・ジェサラは、デスパラの中に宿る魂だけの存在だった。意識を取り戻したデスパラはロイアに襲いかかる。だがその時、デスパラの側近であるはずのクラウドが、デスパラに立ち向かった。クラウドの話から、ジェサラとデスパラの過去の因縁と、娘を思うジェサラの哀しいまでの愛の真実を知るロイア。だが運命は、どこまでも無情だった…。

街のゴロツキ・Jロック一家が、ロベスのせいで怪我をしたので治療費を払えと因縁をつけにやってきた。執事はレドンド家の秘宝、持つ者に幸せをもたらすシャードを渡すと約束して場を収める。話を聞いていたレドンド家のメイド、ヒーナ・ミーア・ピーノの三人は、そのシャードの力で自分たちも幸せになりたいと、宝の隠し場所へ向かう執事のあとをこっそり付けていくが…。

ゼッドに、ネオトピアからの招待の知らせが届く。だがその相手はノアではなく、教皇ハイラムだった。ネオトピアで、各領域の代表によるジャウストが開催されるという。ゼッドに届いたのは、そのジャウストへの出場依頼だったのだ。領域間の戦争を一時休戦してのジャウスト開催に、何か裏があるのではと怪しみながらも、各領域もまたそれぞれの目的のため参加を決めるが…。

ダイアナに導かれ、ネオトピアの絶対的規律を信奉するようになっていたノア。領域の壁を越えて開かれるジャウストを目前に控えたある夜、ノアの心に去来したのは、この世界にやってきてからの日々の記憶だった。ラトの村での哀しい事件、ジーモットで出会った旅人たちとの時間、望まぬままに手に入れた力、力を持つことの意味。そしてついに迎えた、ジャウスト開幕の日…。

ついに、ジャウストがはじまった。第一回戦は、テンプラー代表のゼッドと、ウルバークス代表・モレノの対戦。機械化した体で、今までに見たことのないシャードの操り方をするウルバークスの戦法に、ゼッドは驚き戸惑う。複数のスピリットを召喚しゼッドを攻め立てるモレノに苦戦するゼッドだが、その様子をじっと見つめていたノアは、ゼッドの勝利を確信していた。そして…。

タスクでの一件でアイデンティティーを見失い、戦いの実力でもゼッドに差をつけられてしまったことで、自分の存在意義を見出せずにいるロイア。そんなロイアは、ネオトピア代表・キーラとの戦いの中で、もう一度強さを取り戻そうとする。だが迷いを捨てることができないロイアに、勝利は訪れるのか。一方、ゼッドを呼び出したハイラムは、思いがけない提案を持ちかけるが…。

無断でヒーリングを行ったとして連行されたロイアを助けようとするゼッド。その前にノアが立ちはだかった。絶対規律のもとで強くなった自分の力を、ゼッドとの戦いで試したいと語るノアに、ゼッドは反発する。一方、ロイアは捕らわれながらも、新たな生き方を見つけたことに喜びを感じていた。その間にも会場では次々と試合は行われ、いよいよロベスの出番となるのだが…。

ついに始まる、ゼッド対ノアの試合。一方的に闘志を燃やすノアだが、対するゼッドはノアと戦うことに躊躇いを捨てきれず、劣勢を強いられてしまう。大勢の観客に囲まれながら、二人には互いの姿しか見えていなかった。脳裏を巡る幼い頃の記憶、そしてノアがゼッドにぶつけた思いとは…。そんななか、ロイアの処刑が決まり、知らせを受けたテンプラーの審議会に動揺が走る。

ネオトピアの絶対規律はいかなる例外をも認めようとせず、ロイアは処刑場へと連れて行かれる。ゼッドは助けに急ぐが、アミル・ガウルを奪われていることに気付き愕然とする。果たしてロイアの運命は…。一方、エルメイダと獣人ゲゲの試合が予想外の展開を見せ、会場は驚きに包まれる。そして次の試合、ノアに対峙するラジャが召喚したスピリットが、さらなる衝撃を呼ぶ…!!

ネオトピアでの大波乱のジャウストから帰国したゼッドたち。審議会は、同盟国であるネオトピアとの間に軋轢を生んだことを問題視するが、ジーコが事態の収拾を申し出る。ジーコとハイラムは旧知の間柄だった。ネオトピアを訪れたジーコに、ハイラムは胸中の思いを語る。ジーモット、タスク、ウルバークス、そしてネオトピア……各領域の思惑が静かに動き始めていた……。

束の間、穏やかなひと時をすごすゼッドたちだったが、ゼッドは原因不明の高熱で倒れてしまう。寝込んだゼッドが夢の中で見たのは、飛び去っていくアミル・ガウルだった。その頃ネオトピアでは、ハイラムの即位十周年を祝う建国記念式典の日が近づく。式典でハーモニカを演奏することになったサギリが練習に励む一方、ノアはキーラたちとともに首都の警備を任されるのだが…。

着々と建国記念式典の準備が進むネオトピアには、ヘリック率いるウルバークスの一派が、ハイラムの命を狙い潜入していた。ハイラムが唱える絶対規律が過去にもたらした悲劇を語るヘリック。彼には生き別れた妹がいて、ネオトピアで生きているはずだというのだが…。一方ノアとキーラはそんなヘリックたちの討伐に向かった。ノアはゼッドへの複雑な思いをキーラに吐露する。

ネオトピアに進軍するタスク・ジーモット連合軍。ノアやキーラたちは防戦に奮闘するが、突然の攻撃にネオトピアの都市はたちまち制圧されていく。テンプラーでは、同盟国であるネオトピアに援軍を送るべきかが協議されるが、賢者たちは及び腰で結論を出そうとしない。一方ヘリックは、混乱に乗じてハイラムへの復讐を果たそうとするが、ヴェンダー博士やギンガは反対する。

絶対規律のもと、負けるはずがないと信じるハイラム。だが、タスク・ジーモット連合軍とネオトピア軍は依然、一進一退の戦闘を続けていた。そんな中、野心を剥き出しにするヒューに不安を覚えるガリ。一方ヘリックは、ベンダー博士らの反対を押し切り、無断で複合体スピリット「エクスマキーナ」を持ち出すが、その強大すぎる力はヘリックの想像をはるかに上回っていて…。

再び姿を現したアミル・ガウルは、サチュラ、プロニモとともにエクスマキーナに立ち向かう。だがエクスマキーナは、倒れた兵士たちからエネルギーを吸い取り、力を増した。ぶつかり合う3体のキー・スピリットとエクスマキーナ。その時、アミル・ガウルの姿に変化が…。一方テンプラーでは、一向に情報が伝わってこないことに苛立つロイアはセバスチャンを問い詰めるが…。

ジーコの手助けによりヒューの攻撃から逃れたハイラムとダイアナは、ノアやキーラ、ゼッドたちと合流すると、街外れのストゥーバに立てこもる。ハイラムは、ストゥーバの地下にあるものが眠っていることを明かし、その力があれば必ず勝てると言うのだが、既にネオトピアの兵たちの多くが傷つき弱っていた。一方ゼッドは、スピリットを感じることができなくなったままで…。

ハイラムをヒューの前に引き出したゼッド。ヒューはハイラムに、人質の命と自らの命、どちらかを選べと迫る。絶対正義の名のもと、ハイラムの選択した道は…。そして再び激しい戦闘が繰り広げられるなか、ストゥーバの地下に眠るキー・スピリットが、ついに発見される。だがそれを手にしたのは、ネオトピアの者でも、ジーモット・タスク軍の者でもなかった。その人物とは…。

絶対正義とともにハイラムは倒れ、ヒューはその野望を遂げることなく敗れ去った。束の間の平穏。だがタスクの幹部たちは次に、先の戦いで強大な力を見せたエクスマキーナを生んだウルバークスの技術力に目をつける。一方テンプラーに戻ったゼッドは、ジーコから伝説の存在「タスカー」とキー・スピリットの関係について聞く。アミル・ガウルに選ばれたゼッドの運命とは…。

タスク軍に攻め入られたウルバークスの救援に向かったゼッドたちを、デュケムとモーリマが待ち構えていた。彼らの狙いはキー・スピリット、アミル・ガウル。ヴェンダー博士が開発したシステムでアミル・ガウルを操ろうとするモーリマたち。一方、戦闘の最中に敵の攻撃を受けたロイアを見たギンガの脳裏には、ある悲しい思い出が蘇っていた。彼が背負う過去の出来事とは…。

力を求めるがゆえに起こる戦いと、戦いが生む不幸。誰一人救えなかったと悔やむロイア。だがテンプラーの審議会は、タスクを無駄に刺激しただけではなかったのかと、ゼッドたちの行動を問題視する。その頃シーカーズでは、サギリのためにある儀式が行われていた。暗闇の中で、サギリの前に一体のスピリットが現れる。新たな力を託されたサギリは、ある行動に出るのだが…。

サギリを追ってテンプラーにやってきたサラと突然の再会を果たしたゼッドは、あまりにも思いがけない出会いに驚き、戸惑う。サラを前から知っていた様子のジーコをゼッドが問い詰めると、ジーコはサラとの過去を語り始めた。それはアミル・ガウルを巡る因縁の物語でもあり、後にゼッドをこの世界に導く、全ての発端となった出来事だった。今始めて明かされる真実とは…。

サラは、かつてアミル・ガウルを自らに取り込んだ時に感じた恍惚を忘れることができないでいた。アミル・ガウルを渡すようゼッドに迫り、キー・スピリット「モナディ」で攻撃を仕掛けてくるサラ。その時、見守っていたサギリの体内からも新たなスピリットが姿を現した。ジーコたちは発動したサギリのスピリットを見て驚く。激しくぶつかりあうスピリット。そしてサラは…。

睨みあうゼッドとサラの前に現れたジーム。次々と召喚されるキー・スピリット同士が激突する。そんななか、突然現れたもう一つの勢力とは。一方、タスク城の一角に幽閉されている少女・ミレッドはジームによって、タスクの地に現れた救世主としての宿命を見出されながら、城の外に広がる世界に思いを馳せていたが…。そしてさらなる真実に触れたゼッドは今、新たな決意を抱く！

ジームが連れてきたドルガー卿に対し、タスクの幹部たちは不審の念を禁じえない。だがジームは、ドルガーがキー・スピリットを持っていると明かし、タスカー復活のために必ず役に立つ男だと言うのだが…。一方、キー・スピリットを手に入れ、争いの連鎖に終止符を打つためにタスクに乗り込むと決めたゼッド。世界の行く末を託されたゼッドは今、最後の戦いへと向かう…！

次々とキー・スピリットを繰り出しゼッドに挑むドルガー卿。その正体がノアであることに気づいたゼッドは、ノアの真意を問う。ドルガー卿となったノアが語った強い思いとは。その頃、救世主となる運命を受け入れられずにいたミレッドは、ギトラの屋敷に身を寄せていた。望まぬ運命からミレッドを解放したいと願うギトラに対し、ミレッドは城に戻ることを決意するのだが…。

ミレッドを依り代として現れた巨大な影。これが伝説の存在・タスカーの姿なのか。タスカーの力を手に入れたことに狂喜するジーム。キー・スピリットを失ったゼッドとノアは、ジームの攻撃に対しなすすべを持たなかった。タスカー復活の影響は大きく、ミレッドはその身も心も蝕まれていく。ゼッドはそんなミレッドを助け出すため、ギトラと共に再び城に乗り込んでいくが…。

タスカー復活の兆候を感知し動転するテンプラーの賢者たち。その時、ジーコは自らタスクに赴き事実を確かめてくると宣言する。ゼッドの身を案じジーコに同行の許可を求めるロイア。そしてタスクの地に降り立った二人は、衰弱したサラと遭遇する。そこに現れたゼッドは、母の変わり果てた姿に衝撃を受けるが、そんなゼッドに対し、サラはやさしい母の顔を向けた。だが…！

失意のゼッドをただ見守ることしかできないロイア。そこに現れたのは、ノアだった。アミル・ガウルを求めるノアと、ノアを止めようとするゼッド。二人はそれぞれの人生と、世界の命運を賭けて激しくぶつかり合う。再び集結した6体のキー・スピリット。現れるタスカーの影。全てが終局に向け動き出す。その果てにあるのは、世界の破滅なのか。鍵を握る真の救世主とは…！

ゼッドの中から再び姿を現すタスカー。そしてタスカーは、真の救世主たるゼッドを取り込む。完全なる復活を遂げたタスカーの意思により、終局へと動き出す世界。スピリットたちが暴走をはじめるなか、ゼッドを呼ぶノアの絶叫が響く。ゼッドを選んだ運命の果てに待つのは、未来への希望か、あるいは人類の破滅なのか―。強大な力を手にしたゼッドの願いが、今、全てを導く！