惑星エルドラの民であるフレディは、物置で偶然見つけた一冊の本を手に、遺跡内の神殿に足を踏み入れる。フレディの好奇心がヒロト達ビルドダイバーズとの巡り会いを果たすきっかけになるとは、まったく想像もつかずに……。

再びフレディと繋がり、エルドラの地に立ったヒロト達ビルドダイバーズ。惑星エルドラがＧＢＮのストーリーミッションではなく、現実リアルに存在するという可能性が彼らの気持ちをいっそう引き締める。しかし、その一方で明らかに以前とは違う事態に見舞われることに。それは、彼らのガンプラにあった。

空中神殿であるミラーグの山に住むという聖獣クアドルンに会いに行くため、宇宙そら渡しの灯籠を集めて作った気球に乗るパルヴィーズとフレディの２人。強風に翻弄されながらも上昇を続ける気球の行く先に、今まで見たことのないような巨大な積乱雲が立ちふさがる。

ようやく出会えた聖獣クアドルンは、ヒロト達ビルドダイバーズを拒絶する。しかし、ひるむことなくエルドラに対する想いを伝えたヒロト達に対し、クアドルンは重い口を開く。語り始めたその内容は、エルドラを襲った月の雷、そしてそれを放った元凶、アルスについてだった。

聖獣クアドルンの住むミラーグの山を、新たな拠点とすることに成功したヒロト達ビルドダイバーズ。ヒトツメからエルドラの民を救うための作戦会議が行われる中で、ヒロトは自分のガンプラと、アルスが作りだしたアルスアースリィガンダムのイメージを複雑な想いで重ね合わせていた。

アルスアースリィガンダムとの戦いは、ヒロト達ビルドダイバーズの勝利で終わった。その残骸を前に、アースリィガンダム、そして地面に突き立てられたビームシュートライフルＵ７。墓標のようにそびえ立つライフルを見つめながら、ヒロトは心の奥底にしまっていた記憶を甦らせていく。

かつて、ヒロトがＧＢＮで出会った少女、イヴ。彼女との思い出は、彼にとってかけがえのないものであった。そして、２人の運命は……。リクがＥＬダイバーのサラを救いだした第二次有志連合戦。その裏で起こっていた、悲しい真実が解き明かされる。

ヒロト達ビルドダイバーズは、再びリアルで集合することに。エルドラの民達をヒトツメから救うため彼らは、アルスが作りだした新たな強敵に対抗するためのガンプラのパワーアップと、未だ惑星エルドラに心を囚われたままのシドー・マサキの救出について話し合うのであった。そこでパルヴィーズは、驚きの提案をする。

シドー・マサキの救出をムランから託されたヒロト、カザミ、メイはゼルトザームの捜索を開始する。しかし、レーダーが感知したのは数十機もの敵の大部隊の反応だった。一方、ミラーグの遺跡ではパルヴィーズがフレディと共に、クアドルンの負傷した翼の修復作業を続けていた。

ヒロト達ビルドダイバーズの活躍によって、シドー・マサキの救出作戦は成功する。目覚めたマサキの見舞いに行くため、「THE GUNDAM BASE」に集まったヒロト、カザミ、パルヴィーズ、メイの４人。そこに突然鳴り響く、バイクのエキゾースト音。乗っていたのは、まさかの人物だった。

アルスとの決戦に向けてマギーがプロデュースしたリハーサルミッション、それはＧＢＮでも高難度を誇るロータスチャレンジだった。挑戦者側のヒロト達ビルドダイバーズを待ち受ける強力な有名ダイバー達。その中には、本家であるビルドダイバーズのフォースメンバーも参加していた。

ＧＢＮでのリハーサルミッションを無事に終え、満を持してミラーグの山に集結するヒロト達ビルドダイバーズ。だが、残された召喚台が光りだし、エルドリウム鏡砂がもう1人のダイバーを顕現させる。

ガンプラの民を殲滅するべく、ＧＢＮへの強制侵攻を選択したアルス。しかし彼の軍勢を待ち構えていたのは、三度結集したダイバー達、有志連合の姿であった。惑星エルドラから始まったヒロト達ビルドダイバーズの最後のミッションが、ついに始まる。