世界中でパンデミックが蔓延する中、ジョージはアプリ制作会社を立ち上げ、同棲中のガールフレンド、サラの妊娠を機に結婚し、何もかも順調な生活を送っていた。しかし、クリスマス直前になると二人ともひどい咳を患い、その矢先、彼がふと気付くと７月１日に戻っていた。状況を理解できず不可解な行動を取るジョージに、何も知らないサラは愛想を尽かすが、その矢先、彼の前にある女性が現れ…。

ある日、サラが学校で事故に遭ってしまう。一方、核弾頭を強奪したレブロフは本部で拘束される。シヴはサラを突き飛ばしたカールに復讐しに行こうとジョージを煽るが、ジョージは過去に戻り事実を修正したいと主張する。そんなジョージにレブロフは組織の実像を語る。時は２０１８年、ジョージはサラに出会い、アーチーはパートナーのロスとロシアでの任務で繰り返し時をリセットしていたが…。

２０１７年、レブロフは同僚であり妻のジャネットの妊娠を知る。アーチーはチェックポイント前の妊娠のリスクをジャネットに訴えるが、その矢先、誰もが恐れていたコードブラックの事態が発生し…。一方、現在のジョージはサラを取り戻したい一心でレブロフと共謀する。盗まれた核弾頭の起爆装置を作ることができるジャネットの元を訪ねたジョージは、彼女とレブロフが経験した悲劇のタイムループの話を聞く。

幼い頃から成長が早かったシヴは自分の特殊能力に気付き、１６歳の頃からそれをギャンブルに利用し、経営難の親戚を助けようとしていた。その矢先、彼の行動を見守っていたウェズによって組織にリクルートされる。一方ジャネットから起爆装置を受け取ったジョージは、強奪された核弾頭が隠されている場所を突き止め、ルーマニアに向かう。ジョージの行動が怪しいと感じたシヴは彼を追いかけるが…。

２０１４年、ＭＩ５のエージェントをしていたアーチーはシヴにリクルートされる。一方現在の本部では、レブロフが内部に裏切り者がいるとウェズとアーチーに告げる。強奪された核弾頭の保管場所に向かって逃走中のジョージは、シヴがブラックバードという名義人に送金している情報を掴み、裏切り者はシヴだとアーチーに密告する。遂に核弾頭にたどり着いたジョージは…。

ジョージは核弾頭の“管理人”を名乗る男と起爆場所に向かう途中、彼らを尾行していた男たちと撃ち合いになる。トラックが立ち往生になり、ジョージは奪った車で逃走し遂に核弾頭を起爆する。その後どうにかロンドンに帰ったジョージだったが、想定よりも都市部から離れた場所での爆破となったため犠牲者は少なく、コードブラックが発令される気配はなかった。後戻りできなくなったジョージは…。

望み通り時間がリセットされ、サラと一緒に目覚めたジョージは大喜びするが、今度は激怒するシヴに追われる身に。しかしシヴは、ジャネットに送金していたことを知った組織に彼が核弾頭強奪に関わっていると思われていると知り逃走する。時が戻ったことで潜伏していたパリに戻ったレブロフは、ラザロの襲撃を巧みにかわし逃亡する。３ヵ月後、サラとパリで休暇中のジョージは彼女にプロポーズするが…。

ジョージは７月１日になった瞬間にシヴを撃ったため、時がリセットされるたびその瞬間に戻っていた。２つのブラックホールの衝突が原因で自動的に時がリセットされ、解決策が見つからない限り同じ３週間が繰り返されてしまう事態に陥る。一方、ジャネットを探しに上海に行ったアーチーはジャン・ルイという諜報員に会い、今回のタイムループに中国政府が関与していることを知り…。