過酷な試練となったバンコクでの任務。その後、ピーターは無断で離脱し、機密漏えいで告発されたアメリカ人エージェントを追う。その頃、ローズは不審な人物から電話を受ける。

ついに再会を果たしたピーターとローズが、一刻も早くウォレンを阻止しようと動く。ノールは私益のために、イランの機密情報へのアクセスを利用することを検討する。

フォックスグローブについて独自に調査を進めるピーターにキャサリンが力を貸す一方、ノールは思いもよらぬ密会の現場を目撃。移動式ラボの乗っ取り計画が、想定外の展開となる。

ピーターとローズは、イランの国連大使邸で開かれるパーティーに潜入するも、ジャヴァードの疑念を招くことに。トーマスとマーカスが、フォックスグローブ計画をめぐり衝突する。

ナイト・アクションに関する機密情報を手に入れたいジェーコブは、ソロモンに好条件の駆け引きを提示。ジャヴァードは内通者が居ることを嗅ぎつける。イランでの極秘任務を引き受けるサミ。

ローズは良心の呵責(かしゃく)に苦しむ。ヴィクトルが真の目的をトーマスに明かす。ソロモンの一味がピーターを追跡し、追う者と追われる者の立場が逆転する。

ソロモンの口を割らせるため、ピーターは強硬手段に出る。ローズは答えを知ろうと、手がかりを追ってフォックスグローブに関わった科学者に会いに行くが、そこで危機的な事態に巻き込まれる。

ローズの行方を突き止めようと必死のピーターは、ジェーコブとまさかのような取引を交わす。トーマスは、父のためならマーカスがどんなことでもやる覚悟でいることを、身をもって知ることに。

ピーターがニューヨークにある最高レベルの厳重警備が敷かれた場所で侵入工作に挑むなか、その手腕を試される。ローズとコール博士は、マーカスを阻止すべく、大胆な計画を実行する。

タイムリミットが迫るなか、ピーターとローズは大量殺戮(さつりく)計画を阻止すべく狂奔する。最後にキャサリンはピーターに、説得力のある提案を持ちかける。