江戸の取り締まり強化のため、従来の火付盗賊改長官・安部式部（國村隼）に加え、正義感の強いもう一人の長官・藤巻（榎木孝明）が選ばれた。その事を知り不敵に笑う雲霧仁左衛門（中井貴一）。一方、大奥トップの総取締・滝川（ともさかりえ）と、若年寄・三好（筧利夫）、商人・西海屋（大地康雄）の三人は利権で結ばれていた。雲霧はまずは西海屋に狙いを定める。二人体制の火付盗賊改は雲霧逮捕に全力を傾ける。

雲霧仁左衛門（中井貴一）の狙いは大奥の隠し金。１０年間大奥に送り込んでいる紗江（秋元才加）は大奥総取締・滝山（ともさかりえ）の信頼を得、懐刀になっていた。雲霧はさらに梅（優希美青）を大奥に送り込む。一方、火盗改長官・藤巻（榎木孝明）は無実の罪を着せられ切腹。その陰には若年寄・三好（筧利夫）がいた。その後任として火盗改長官となったのは、滝山による強引なまでの推挙があった山川（早乙女太一）であった。

大奥総取締・滝山（ともさかりえ）と、若年寄・三好（筧利夫）の力で新たに火盗改長官となった山川（早乙女太一）は雲霧仁左衛門（中井貴一）捕獲に執念を見せる。山川の手下・儀兵衛（酒向芳）らによって、大奥に潜入した梅（優希美青）と雲霧一党の七松（大東駿介）のつなぎ役をしていた治平（山本亘）が捕まる。治平は拷問を受けたが、義を貫き、何も口を割らず、死んでいく。仁左衛門は「根こそぎ盗む事による弔い」を誓う。

豪商・西海屋（大地康雄）の呉服屋と酒問屋を雲霧仁左衛門（中井貴一）に襲われ、面目が潰れた山川（早乙女太一）。その失態に気をもむ大奥総取締・滝山（ともさかりえ）は、大奥に潜入した梅（優希美青）に疑念を持つ。梅を救ったのは大奥に潜入した雲霧一党の紗江（秋元才加）であった。仁左衛門は山川に対する滝山の執着を気に掛けつつも、西海屋を叩き潰す事を急ぐ。それに気づいた式部（國村隼）は山川に共闘を申し出る。

大奥総取締・滝山（ともさかりえ）にすり寄っていた若年寄・三好（筧利夫）は、滝山と山川（早乙女太一）が姉弟である事をつかみ、滝山に大奥総取締が代々引き継いできた大奥の隠し金をせびり始めた。雲霧仁左衛門（中井貴一）は三好を追い詰めるため、三好の仲間の豪商・桔梗屋（浅野和之）に狙いを定める。一方、雲霧一党の七松（大東駿介）は大奥に潜入した梅（優希美青）に会い、子供の時、妹の梅を見捨てたことを詫びる。

熊五郎（手塚とおる）の働きにより、雲霧仁左衛門（中井貴一）は、大奥総取締・滝山（ともさかりえ）と山川（早乙女太一）が姉弟である事を知る。滝山も山川に姉弟である事を伝え、山川だけは守り抜く決意を話す。山川も雲霧を捕まえることで手柄を上げて、御家再興することを誓う。一方、式部（國村隼）は、雲霧が豪商・桔梗屋（浅野和之）や三好（筧利夫）の先に見据えている最終的な狙いが、大奥の隠し金であることに気づく。

若年寄・三好が切腹を命じられたのに比べ、山川（早乙女太一）が何の責任をも問われなかったことに疑念をいだいた式部（國村隼）は、滝山（ともさかりえ）に面会を求める。身に迫る危機を感じた滝山は、大奥の隠し金をこっそりと持ち出すことを考え、豪商・桔梗屋（浅野和之）に協力を頼む。さすがに、大奥に忍び込み、隠し金を奪うことは出来ない雲霧仁左衛門（中井貴一）にとって、それこそが思うつぼであった。

火付盗賊改の職を解かれた山川（早乙女太一）。大奥を退いた滝山（ともさかりえ）は弟である山川のためにも、常福寺に隠した大奥の隠し金を守り抜こうとする。その金を奪うべく周到に計画を進める雲霧仁左衛門（中井貴一）と、雲霧の狙いに気がついた安部式部（國村隼）。さらには滝山を恨む豪商・桔梗屋（浅野和之）にそそのかされ、滝山の命を狙う儀兵衛（酒向芳）を含め、皆が常福寺に集結する中、雲霧一党の盗みが始まる！