大盗賊・雲霧仁左衛門（中井貴一）とその一党が、突如現れたのは京の都であった。京は、およそ１００年振りの将軍上洛の報せに賑わっていた。将軍上洛の為に、江戸から京へ運ばれたのは御用金１００万両。この機会に公家たちに近づき大儲けを企むのは、京の大店・今津屋を取り仕切る女将のおつる（原田美枝子）だ。そして、仁左衛門と時を同じくして京へ乗り込んだのは、火付盗賊改長官の安部式部（國村隼）であった。

京の商人たちから金を騙し取っていた公家の竜胆（矢柴俊博）の蔵から、その不正な金を盗み出した仁左衛門（中井貴一）と一党が、次に狙いを定めたのは、武家伝奏の中末吉（野添義弘）の蔵だ。中末吉は、御所修繕のために莫大な御用金の中から３０万両を京都所司代・蒼井主膳正（八嶋智人）に要求していた。その中末吉とも裏で繋がっていたのは、今津屋おつる（原田美枝子）とその義弟・次右衛門（池田成志）であった。

雲霧仁左衛門（中井貴一）に蔵を襲われ、共に煮え湯を飲まされた公家の中末吉（野添義弘）と竜胆（矢柴俊博）は、その損失を取り戻すために、幕府禁制の賭博である闘茶会を画策する。その二人の悪事に誘われたのは、今津屋の跡取りである次右衛門（池田成志）であった。大金が動く闘茶会に、目を付けた雲霧一党。さらに、その雲霧の動きを見抜いた安部式部（國村隼）は、一気に賭場へと乗り込むのであった。

闘茶会に関わった公家たちや、今津屋次右衛門（池田成志）の身柄を渡さない京都所司代の蒼井（八嶋智人）に、式部（國村隼）は、何かしらの不審を抱き始めていた。そんな中、仁左衛門（中井貴一）は、次の狙いを次右衛門の店である材木屋に定めていた。今津屋には代々、身内の者以外を店に入れてはならないという「鉄の掟」があった。仁左衛門はその鉄の掟を破るために策を考える。

材木屋今津屋の蔵を襲った仁左衛門（中井貴一）の次なる狙いは、今津屋佐一（小日向星一）の呉服屋であると、安部式部（國村隼）は睨んでいた。しかし、これまで鉄の掟によって、店を守って来たおつる（原田美枝子）は、式部や高坂（寺島進）の忠告に耳を貸さない。そんな今津屋に、十阿弥哲斎（小松和重）という武家茶人が現れた。裏で繋がる所司代の蒼井（八嶋智人）からの入れ知恵であった。

いよいよ今津屋おつる（原田美枝子）と所司代・蒼井（八嶋智人）の、黒い繋がりに確信を持ち始めた安部式部（國村隼）は、一計を案じ、蒼井の元に探りを入れる。当然、素知らぬ顔を決め込む蒼井は、江戸から届いた御用金の追加金で、さらに私腹を肥やそうと企んでいた。そして誰よりも早く、その報せを手に入れていた仁左衛門（中井貴一）の狙いも、追加金に向けられていた。果たして蒼井が、その追加金を預けた先とは。

蒼井（八嶋智人）から預かった追加の御用金を、仁左衛門（中井貴一）に盗まれた今津屋佐一（小日向星一）が、突如姿を眩ませた。安部式部（國村隼）は蒼井の不正の証拠を暴くために、蒼井は自らの不正の証拠を隠蔽するために、佐一の捜索に手を尽くす。だが、その頃江戸から、誰もが驚く報せが京へ向かっていた。人知れず、その報せを待ち構えていたのは雲霧仁左衛門であった。いよいよ仁左衛門の手が、京の都の巨悪・蒼井に迫る。

まさかの将軍上洛中止と、仁左衛門（中井貴一）たちの盗みによって、その悪事が明らかになった蒼井（八嶋智人）。だが、御用金５０万両だけは、行方知れずのままであった。まんまとその金を手にしたのが、今津屋おつる（原田美枝子）であることを、安部式部（國村隼）も、仁左衛門も見抜いている。仁左衛門の記憶に、昔の仲間・徳兵衛（谷田歩）と交わした、とある約束が蘇る。仁左衛門、京での最後の盗み、その真の目的とは…