2022年――ニューヨークの病院で、難病を患ったスーパーナース・九鬼静（中井貴一）の手術が無事終わり、そのまま現地で働いていたトラベルナース・那須田歩（岡田将生）。あれから２年が経ち、日本に帰国した歩は、新たな勤務先となる基幹病院「西東京総合病院」へ向かう。その道中のことだ。おむすび店に立ち寄った歩の前で突然、やけに横柄な客・大田黒勝一（内藤剛志）が血痰を吐いて倒れた！ 歩はすぐさま応急処置を行い、大田黒を西東京総合病院へ搬送。ところが、意識を取り戻した大田黒はなおも横柄な態度で「特別室へ運べ！」と要求し、外科医の神山直彦（風間俊介）らを困惑させる。 というのも…実は大田黒、つい先月まで同院で院長を務めていた人物。しかも、自身の汚職やパワハラが次々と明るみに出て、解任されていたのだ！ コンプライアンス上、そんな人間を特別扱いするわけにはいかない――クリーンな組織変革を進める若きカリスマ新院長・薬師丸卓（山崎育三郎）は、なんと大田黒を離島の分院に入院させるよう手配。大田黒は怒りをあらわに抵抗するが、結局そのまま追い出されてしまう。 一方、歩は偶然にも静と２年ぶりの再会を果たすことに。その矢先、分院に向かっていた大田黒がふたたび倒れてしまい…！

労働基準監督署から西東京総合病院に、時間外労働の是正勧告が届いた。働き方改革に力を入れる新院長・薬師丸卓（山崎育三郎）は外科部長・神保輝之（要潤）に、外科全体の超過勤務が目出つと指摘。実は、トップダウン気質の神保が舵を取る外科では、個々の業務負担を軽減する「チーム主治医制」が機能不全状態だったのだ！ しかし、神保は「患者の命がかかっているのに、定時で帰る医師がどこにいますか？」と一蹴。自己研さん、そして病院を回していくため…定められた勤務時間外も身を粉にして働く神保を、トラベルナース・那須田歩（岡田将生）は優秀な医師だと称賛する。 その矢先、切除可能ながんを患ったエリート商社マン・二宮正男（井上祐貴）が入院する。主治医の神保が推奨する手術をなぜか断固拒否し、入院期間がはるかに長引く抗がん剤治療を希望する二宮を、いぶかしく思う歩。そんな中、患者をきめ細やかに観察するスーパーナース・九鬼静（中井貴一）は、二宮が社内ニートであることに気づき…！ まもなく静は、神保が執刀する手術にオペ看として加わる。助手を務める若手外科医・小山衛（渡辺大知）のたどたどしい手つきを見かね、単独で手術を鮮やかに終える神保。だが術後、静は“ある異変”に気づき…!?　一方、歩も徐々に、若手外科医たちの行動に違和感を覚えはじめる――。

西東京総合病院で働く看護師・森口福美（野呂佳代）は、マッチングアプリで出会った男性と初デートすることになるも、相手が一向に現れず落胆…。同日、西東京総合病院には虫垂炎の患者・三原裕樹（馬場徹）が搬送されてくる。翌朝に容態が急変するも、消化器外科医・大貫太（マキタスポーツ）が緊急切除手術を行い、無事に回復の兆しを見せる三原。一方、三原の顔をじっくり見た福美は息をのむ。これはもしや運命…!?――なんと彼こそはほかならぬ、前日にデートの約束をしていた相手だったのだ！ くしくも“看護師と患者”として、三原と交流を深めることになった福美。彼女はプロとして懸命に看護するかたわら、日に日に恋心を募らせていき…。 そんな中、退院を翌日に控えた三原が突如、腹痛を訴えた。だが、外科で検査をしても異常は認められない。トラベルナース・那須田歩（岡田将生）は念のため他の科にも検査を要請。ところが、他科とのタスクシェアを拒む医師らによって、たらい回しにされた挙句、肝心な腹痛の原因はつかめず…。 そこへ畳み掛けるように、三原が右腕のまひを訴えはじめた！ 相次ぐ謎の症状。歩と九鬼静（中井貴一）はこれまでの経緯を考慮し、“ある可能性”を疑うが…!?

ある日、西東京総合病院の大部屋に２人の患者、斉藤四織（仙道敦子）と四宮咲良（白本彩奈）が入院してくる。実は同じ部屋には、近所でもクレーマーとして有名なモンスターペイシェント・四谷純子（西尾まり）も入院中。この日も採血に手間取る新米ナース・中村柚子（森田望智）を、激しい口調で一方的に叱責し始めた。しかも…同僚のナース・パクイジュン（キム・ヒョンユル）が何とか落ち着かせようとするも、度を越した純子の態度を見かねたトラベルナース・那須田歩（岡田将生）は真正面から苦言を呈し、火に油を注いでしまう結果に！ スーパーナース・九鬼静（中井貴一）が間に入り、その場はひとまず収めたものの、歩に対する純子の怒りは一向に収まる気配がない。 そんな中、歩を名指しで誹謗中傷する匿名コメントが、病院の口コミサイトに投稿される。それは「患者をだまして死なせたことがある」という、歩本人も身に覚えのない内容で…！ その矢先、あってはならない医療事故が起こってしまう。あろうことか、歩が配膳ミス!? 歩から手渡された食事を口にした四織が、食物アレルギーの発作で苦しみだしたのだ！ ちゃんと確認してから配ったはずなのに――まさかの事態に歩はうろたえ…。

スーパーナース・九鬼静（中井貴一）の少年時代をよく知る同級生・五味武久（段田安則）が、がんを患い、偶然にも静のいる西東京総合病院に入院した。ところが入院初日から、五味はトラベルナース・那須田歩（岡田将生）もあきれ返るほど、パワハラ三昧！ わざわざ私物を届けに来てくれた部下・茶谷啓介（中島広稀）に罵詈雑言を浴びせたかと思えば、検温しようとする中堅ナース・金谷吉子（安達祐実）と新米ナース・中村柚子（森田望智）のことも不遜な態度で門前払いする。 かたや吉子は、半人前のくせに文句ばかり言う柚子を厳しく指導。歩らは、連日ピリつく２人をなだめようと腐心する。ところが…ついに不満を爆発させた柚子が「完全にパワハラだ」と、看護部長・愛川塔子（寺島しのぶ）に直訴！ 塔子は吉子のプロ意識に理解を示しつつも、注意を促すが…。 その矢先、不意の病状悪化で手術適応外となり、ますます情緒不安定になった五味の横暴ぶりに、柚子がブチギレ。あろうことか…医師でもないのに勝手に余命宣告してしまった柚子に、吉子が痛烈なビンタを食らわせる！ しかも、この一件を知った院長・薬師丸卓（山崎育三郎）が塔子に対し、吉子の解雇を示唆!? 一方、死期が近づく五味の心に、静は懸命に寄り添おうとするが…。

院長の薬師丸卓（山崎育三郎）が自ら口説き落として招聘した天才外科医・上杉基弘（三宅弘城）。コミュニケーションが苦手で声も極端に小さいが、「神の手」と呼ばれるほど凄腕の彼を頼って、西東京総合病院には全国から患者が殺到。入院中の患者・六平拓（やす）もついに１週間後、待ちに待った上杉の手術を受けられることになり、期待に胸を膨らませていた。 ところが突然、上杉は「医療への熱意を失った」という理由で、薬師丸に辞職を願い出る！ 熱意に満ちていたはずの彼に、何があったというのか…。上杉に敬意を寄せるトラベルナース・那須田歩（岡田将生）は、力になりたいと渇望。事情を話してほしいと語りかけるが、上杉は心を開こうとしない。 一方、相変わらずポンコツな新米ナース・中村柚子（森田望智）は人知れず、ナースとしての適性に疑問を抱き、行き詰まっていた。プライベートで配信しているSNS動画の再生数も伸びず、「世界中から相手にされてない」と思い悩む柚子。その矢先、歩とスーパーナース・九鬼静（中井貴一）が激怒する事態が発生する。なんと“上杉がひた隠す秘密”を知った柚子が、バズりたい一心で上杉を盗撮。尊厳を踏みにじる暴露動画を作成し…！

医師の指示を受けなくても一定の医療行為を実施できるアメリカの看護資格「NP（＝ナース・プラクティショナー）」をもつ那須田歩（岡田将生）は、道端で呼吸困難に陥った天才卓球少女・浅倉七叶（佐藤恋和）と遭遇。偶然通りかかった元看護師・八木めぐみ（若村麻由美）に手伝ってもらい、応急処置を施すことに。しかし、七叶の症状は１分１秒を争うほど重篤…。救急車を待っていては手遅れになると直感した歩は、すぐさま自身の判断で適切な医療行為を行い、七叶の命を救う。 ところが…七叶が歩の勤務先「西東京総合病院」に搬送された直後、不測の事態が発生する。歩が処置した際、七叶は肋骨を骨折してしまっていたのだ！ 最年少での日本代表入りを目指し、娘を熱血指導してきた母・浅倉美里（松岡依都美）は激怒。歩と病院を訴えると言い出し…。 自分は命を最優先し、最善の処置をしたと胸を張る歩。だが、病院の評判を守るため慎重路線に徹する院長・薬師丸卓（山崎育三郎）は、歩を謹慎処分に！ 一方、人を見て人を治すスーパーナース・九鬼静（中井貴一）は自らの理念のもと…薬師丸、そして美里の心をかき乱す行動に出る――。 そんな中、院内がさらに騒然となる事件が勃発。七叶が突如、病室から姿を消し…！

手術が極めて困難な膵臓がんを抱える元看護師・八木めぐみ（若村麻由美）が、１年半前まで働いていた西東京総合病院に来院。院長・薬師丸卓（山崎育三郎）を執刀医に指名し、オペを依頼した。ところが彼女と再会するや、薬師丸と看護部長・愛川塔子（寺島しのぶ）の顔色が一変する。実は１年半前、薬師丸のオペを受けた患者が、術後の合併症で急死。めぐみの“致命的なミス”が発覚した上に、当の本人はまるで逃げるように退職していたのだ！ なぜ彼女は突然病院に舞い戻り、薬師丸にオペを頼んだのか――。めぐみの不可解な行動に、塔子は憤りと不信感を募らせる。 その矢先、政治家・灰原和男（大和田伸也）が人間ドックのため入院する。病院のさらなる環境改善に必要な補助金を得るべく、灰原と秘密裏につながる薬師丸は、丁重に対応するよう塔子に指示。ところが…選民意識丸出しで、度を越した要求やセクハラを繰り返す灰原に、ナースたちから不満が噴出。塔子は、かねてより厚い信頼を寄せる薬師丸との間で、板挟みとなり…。 一方、薬師丸はトラベルナース・那須田歩（岡田将生）を、めぐみのオペに参加させることを決定。さらには「トラベルナースを卒業しませんか？」――アメリカでNP（＝ナース・プラクティショナー）の資格を取得した歩の腕を買い、高待遇で正式スカウトし…！ そんな中、めぐみのオペの是非をめぐり、歩とスーパーナース・九鬼静（中井貴一）が完全決裂!! そこへ畳み掛けるように…“病院中が大混乱に陥る未曾有の緊急事態”が矢継ぎ早に発生してしまう――。

ゆくゆくは自らの手で日本の医療を改革する――。この崇高な志を成し遂げるべく…過去には医療ミスを起こすも保身に走り、看護師・八木めぐみ（若村麻由美）に責任転嫁。晴れて西東京総合病院の院長に就任した後も、政治家・灰原和男（大和田伸也）と裏取引をするなど、クリーンな院内改革の裏で不正にも手を染めてきた薬師丸卓（山崎育三郎）。そんな薬師丸がとうとう制御不能の暴走に転じた！ なんと、かねてより腕を買っていたトラベルナース・那須田歩（岡田将生）のみを病院に残し、目障りなスーパーナース・九鬼静（中井貴一）をはじめ現職ナースを一斉解雇したのだ――。 その矢先、西東京総合病院がランサムウェア攻撃を受ける非常事態が発生！ 医療システムがダウンし、患者情報を集約した電子カルテも閲覧不可となってしまった。かつてない混乱が院内に広がる中、患者の心と命を守り抜くため奮闘する歩。かたや病院の近隣では…歩と決別した静を中心に、クビになったナースたちが、診察を受けられず路頭に迷った外来患者の対応に乗り出す。 そこへ、さらなる緊急事態が発生！ 重度の膵臓がんで入院していためぐみの容態が急変する。彼女が当初希望していた薬師丸に執刀を委ねようとする歩。だが、当の薬師丸は首を縦に振らず…。 『ザ・トラベルナース』続編、ついに完結！ それぞれ熱き哲学を胸に、患者ファーストでまい進するも…前回“決裂の時”を迎えてしてしまった歩＆静が、最後に選ぶ道とは一体？