家族といっしょに古いやしきのメープルクレスト・ハウスに引っこしてきたフレディ・ヘイゼル。だが、そこには何十年も前にだまされてゴーストにされてしまった3びきの子犬がすみついていた。

しろうとのゴーストハンター、クレオとエドウィンがメープルクレスト・ハウスにおしかけてくる。子犬たちは2人をおいはらおうとし、子供たちはかぎのなぞを解こうと急ぐ。

フレディの両親は、修理をあきらめて家を売ろうかと話し合う。それを立ち聞きしたパピーたちが、フレディに知らせようと学校へ向かう。そしてゴーストハンターがその後をつけていて...。

一時的に本物の犬にもどったパピーたちは、ファントムになっていたときにはできなかったことを全部やろうと大いそがし。でも外をかけ回る子犬たちを、大きな危険がまちうけていた。

家の検査の日が近づくが、修理はトラブル続きで家はひどい状態。そこで子供たちはパピーたちの力をかりて、家が確実に検査に合格するように計画をねる。

パピーたちを本物の子犬にもどそうとするうちに、パイパーがゴーストになってしまう! パイパーを元の姿にもどすため、専門家の助けを求めることに。

フレディが学校のバスケチームの人気者に。パピーたちを助けることより自分のことばかりに気をとられるフレディに、パイパーはがっかり。そんななか、フォックスはフレディの才能をあやしむ。

メイプルクレスト・ハウスの降霊室(こうれいしつ)で、パイパーとフレディは異世界につながるポータルを発見。まずいことに、ゴーストハンターたちもポータルを見つけてしまい...。

ハロウィンがやってきて、パピーたちを元の子犬にもどせるタイムリミットがせまる。子供たちは、マダム・メープルズの言葉にしたがい、グリムをつかまえるため、町にあるとうもろこしの迷路へ。

パピーたちが現実の世界にとどまれる時間は残りわずか。だがハロウィンの夜にパワーアップしたグリムを相手に子供たちと仲間が手こずるなか、刻々と時間は過ぎていき...。