2年前、突如としてシンガポールに現れた天才外科医『Dr.チョコレート』。どんなに難しい手術でも、相手が誰であれ必ず成功させる。ただし、メスを執る条件は3つ。現金1億円と秘密保持契約書へのサイン、そして相応のチョコレートを用意すること。故にその正体を誰も語ろうとはしないが、うわさでは、Dr.チョコレートの右手は義手であるらしい…。 野田哲也（坂口健太郎）は、親子ほど年の離れた寺島唯（白山乃愛）と一緒にシンガポールから日本へ向かう機上で、面倒に巻き込まれてしまう。機長が突然意識を失ったため、ドクターコールがかかったのだ。「他にも医者はいるだろ？」…野田は寝たフリをしてやり過ごそうとするが、唯に促されて渋々席を立つ。 同じ機内に居合わせた東都新聞の記者･奥泉渚（西野七瀬）は、コックピットへ向かう野田の右手に違和感を抱く。野田は右手だけ手袋をしているのだ。まさか義手…？シンガポールでDr.チョコレートの身辺を探るも空振りに終わっていた奥泉は、思わぬ出会いに高揚する。 野田がコックピットに入ると、副操縦士の横で機長がぐったりしていた。さっそく瞳孔や脈の測定を始めたのは――なんと野田ではなく、後から入って来た唯だ！慌てふためく副操縦士に、「子ども扱いしないで。年齢なんてただの数字」と言い放つ唯は、あり合わせの道具で完璧な処置を施し、機長の命を救ってみせる。そう、彼女こそがDr.チョコレート。ある目的のために帰国した、天才的なオペスキルを持つ10歳の少女だ―。 帰国早々、Dr.チョコレートの代理人で“Teacher”の元に依頼が舞い込む。クライアントは議員秘書の登戸龍彦。救うべきは、龍彦の父で与党総裁選に出馬予定の衆議院議員・登戸龍男の命だ。依頼を引き受けた野田は、破格の報酬を餌に、うなぎ（斉藤由貴）、残高（小澤征悦）、ギルベルト（葵わかな）、足湯（鈴木紗理奈）、お笑い（前田旺志郎）、出川（古川雄大）ら、能力を持て余したスゴ腕の医療スタッフを次々と招集。やがてTeacherの下に最強の医療チーム「チョコレート・カンパニー」が集結。2年前の事件の真相を解き明かすため、TeacherとDr.チョコレートのワケあり手術が始まる！

義手の元医者Teacher（坂口健太郎）と、天才的なオペスキルを持つ少女･寺島唯＝Dr.チョコレート（白山乃愛）は、シンガポールから2年ぶりに帰国すると、6人のクセ者スタッフを集めて前代未聞の最強医療チーム『チョコレート･カンパニー』を結成。現金1億円と秘密保持契約、相応のチョコレートを条件に、ワケあり患者の命を救う。その目的は、2年前に唯の両親の命を奪った陰謀の謎を解き明かすこと…。キャラも価値観もバラバラのカンパニーは、オペの最中も言い争いばかりでTeacherをあきれさせながらも、ミス一つなく唯の執刀を完璧にサポートし、難しいオペを次々と成功させていく。 2年前の事件を境に学校に通っていない唯は、公園で友達ができたことで、みんなと一緒に学校に行きたい気持ちが湧いてくる。そんな唯の本音を見抜いたうなぎ（斉藤由貴）が転校の手続きを買って出ると、カンパニーのみんなも賛同。普段はいがみ合っていても、唯のことになると一致団結するカンパニー。唯はうれしくなって、友達に近々転校することを約束するが、実はTeacherとも“ある約束”を交わしていて…。 一方、Teacherの元には新たな依頼が舞い込む。依頼人は百瀬杏樹（恒松祐里）、28歳。周囲の血管を巻き込んだ副腎腫瘍によって命の危機が迫り、Dr.チョコレートに助けを求めてきたのだ。だが、杏樹の見た目はごく普通の会社員でしかない。1億円を用意できるとは到底想像できないが、どうやってDr.チョコレートの存在を知ったのか…Teacherは首をかしげる。 そんな中、カンパニーが命を助けた登戸龍男が謎の死を遂げ、Teacherはがくぜんとする。登戸は2年前の事件の黒幕のはず…。世間には自殺と報道されているが、Teacherは、2年前の実行犯が口封じのために登戸を殺害した可能性が高いと推測。実行犯は一体誰だ…？手掛かりを知る奥泉（西野七瀬）を使って実行犯の行方を追うTeacherは、早くもタトゥー男にたどり着く――！

Teacher（坂口健太郎）の許可をもらって小学校に通い始めた唯＝Dr.チョコレート（白山乃愛）。友達に会えるのはうれしいけど、放課後はオペがあるからみんなと遊べないのが玉にきず。初めての授業参観も、「パパとママ、どっちが来るの？」と友達に聞かれて返事に困るが…Teacherに“来てほしい”と言い出せない。 そんな中、チョコレート・カンパニーに珍しいイベントが舞い込む。お笑い（前田旺志郎）が歌番組の前説で漫才を披露することになり、みんなに観に来てほしいというのだ。どうせスベるに決まってる…唯以外の大人は難色を示すが、同じ番組に『ワールドクラス』（&TEAM）が出演すると知って急に色めき立つ。ワールドクラスは人気絶頂のボーイズグループだ。メンバーの本業は声優だが、アイドルとして人気が出れば声優としても売れると言う社長（大河内浩）の夢・武道館ライブのために、今は声優業を休んでアイドル活動に専念している。そんな人気グループを間近で見られるなら…と、翌日、みんなで観に行くことに。 用事があるというTeacherと出川（古川雄大）以外のメンバーでワクワクしながらテレビ局を訪れると、残高（小澤征悦）は、元妻・香織にばったり出くわして…。 テレビ局に行かなかったTeacherと出川は奥泉（西野七瀬）と会っていた。実は出川のタトゥーはただのシールで、たまたま入ったタトゥーショップでデザインに惹かれて購入したものだった。このタトゥーの謎を解けば事件の本当の黒幕にたどり着けると考えるTeacherは、奥泉を連れてタトゥーショップへ向かうが…。 その頃、テレビ局の楽屋ではワールドクラスがもめ始める。具合の悪そうなアンディ（&TEAM HARUA）をメンバーは休ませようとするが、アンディは単なる片頭痛だから大丈夫だと言い張り、社長の岩城も休ませるどころか「収録が終わったら武道館の打ち合わせだ」と無理を強いる。体を壊してまで社長の夢に付き合うことはないというメンバーの忠告も聞かないアンディは、トイレで独り、意識を失って――。今度の舞台はテレビ局！まともな医療設備も器具もない状況でDr.チョコレートの神オペが始まる！

Teacher（坂口健太郎）は唯（白山乃愛）の小学校から呼び出しを受ける。唯が上級生に暴力を振るったらしいのだ。うなぎ（斉藤由貴）と一緒に小学校を訪れたTeacherは、イジメを止めただけで暴力は振るってないと主張する唯の言い分も聞かず、事を荒立てないために早々と謝罪。唯の気持ちをないがしろにするTeacherを、うなぎは「唯ちゃんは間違ってない！正しいことをしただけ」と珍しく強い口調で非難する。 うなぎがムキになって唯をかばうのには理由があった。実は1年前、うなぎは勤めていた御殿会病院の医療ミスを報告したために病院をクビになっていたのだ。今の唯と同じように、ただ純粋に正しいことをしただけなのに…。その御殿会病院の新しい院長・横山（街田しおん）から、うなぎは1年ぶりに復帰の打診を受ける。 一方、2年前の爆破事件の真相を追う奥泉（西野七瀬）は、これまでの取材を整理しつつも頭に浮かぶのはTeacherのことばかり。完全に恋心をこじらせていて…。 そんな中、Teacherに新たな依頼が舞い込む。依頼人は、Teacherが研修医時代に勤めていた海王病院の外科医局長･北澤司郎（眞島秀和）。唯の父・寺島光一（山本耕史）の友人で、Teacherが2年前の事件の黒幕とにらんでいる男だ。 その北澤から、自らの医療ミスによってすい臓がんが進行してしまった患者・橋爪正孝（宇納佑）のオペを依頼されたTeacherは、2年前の事件について知っていることを全て話してもらうことを条件に依頼を引き受ける。 ところが、Teacherの報告を受けたうなぎは「医療ミスの隠蔽に加担したくはない」とオペの参加を拒否。Teacherは引き留めるどころか、金輪際カンパニーとは関わるなと、うなぎにクビを宣告する――。 今度の依頼は医療ミスの隠蔽！？カンパニーに亀裂が生じる中、髪の毛1本に命運を託す緊迫の密室オペが始まる！Dr.チョコレートを絶体絶命のピンチが襲う波乱の第4話！！

Teacher（坂口健太郎）はうなぎ（斉藤由貴）が元いた御殿会病院の医療ミスと隠蔽工作を記事にしてもらった見返りに奥泉（西野七瀬）を食事に誘う。奥泉がDr.チョコレートの正体にたどり着いたことを知らないTeacherは、酒の酔いに任せて唯（白山乃愛）への素直な思いを語り、「何があっても唯を守る」と明言。奥泉は複雑な気持ちで耳を傾ける。 その頃、残高（小澤征悦）はギャンブルがしたくなる気持ちを必死にこらえていた。離婚して10年、ずっと会っていなかった娘･一花（外原寧々）に他人行儀な態度をとられてしまったが、借金を完済してギャンブル依存症を克服すれば、娘との関係も元に戻るかもしれない。そう考えてギャンブル卒業を誓うが…。 Teacherは新たな依頼人･結城鷹也（今井翼）がカルテを持っていないことに首をかしげる。結城は肝不全の症状に苦しむ息子を助けてほしいと言うが、病院には一切連れて行かず、ネットで症状を調べただけというのだ。病院に行かない理由を明かさない結城は、とにかく息子を助けてくれの一点張り。しかし、ごく普通のアパート暮らしの結城に報酬1億円を工面できるとはTeacherには到底思えない。しかも、結城に書かせた秘密保持契約書のサインを見たTeacherはあることに気が付いて…。依頼を受けるべきかTeacherは迷う。 そんな中、Teacherは北澤夫妻から思わぬ相談を受ける。唯の助言もあってすっかり体調が良くなった北澤（眞島秀和）は軽井沢への移住を考えているらしく、そこで唯を預かりたいというのだ。唯の身の安全を考えて…という北澤の提案に動揺するTeacher。 さらに、オペが決まらないことに業を煮やした結城がTeacherの前に現れる！結城の首元には、謎の組織『め組』のタトゥーが…！！ 病院に行けない親子の秘密とは！？そしてDr.チョコレートがついに逮捕！？走るTeacher！涙する残高…！それぞれの親子のカタチが胸を打つ、愛と絆の第5話！！

人けのない道路で、男女が乗ったバイクが単独事故を起こす。事故を起こしたのは人気俳優・西崎竜人（井上想良）と、交際相手の女優・葉山えりか（青島心）。走行中に濃霧で視界不良となり、ガードレールに激突したのだ。額に傷を負った西崎の傍らでえりかは意識昏睡だが、2人の交際は世間に秘密のため病院には行けない…。どうすることもできずに困窮する西崎。するとそこへ…「我々に依頼しませんか？」と、Teacher（坂口健太郎）が現れる。 その3日前――。TeacherはDr.チョコレートの正体を公にしようとする奥泉（西野七瀬）の記事を、「ハンパな記事」と一蹴。記事にするなら全てを知ってから書けと、奥泉をある場所へ誘う。 一方、唯（白山乃愛）は学校からの帰り道、公園でホームレスの炊き出しをする出川（古川雄大）に声をかける。毎日ボランティアをしている出川はオペの報酬も全額寄付してしまう善人だが、本当は何か抱えているのではないか…と唯は気になっていた。そんな唯の前で、出川が意外な姿を見せる。一人の男性ホームレスを見た途端、血相を変えて殴りかかろうとしたのだ。すぐに人違いであることに気付いて謝罪した出川は、心配する唯に「ぶん殴りたいヤツがいる」と柄にもないことを言う。どうやら出川は、5年前に失踪してホームレスになった兄を捜すためにボランティアをしているらしい。なぜそこまで兄を憎むのか…その理由を知りたい唯は、出川から本心を聞き出すための策を思い付き、カンパニーを集める…。 その頃、Teacherは奥泉を誘い、先日の誘拐事件を機に『め組』と決別した白石千尋（田中道子）と会っていた。白石の話では、2年前の爆破事件の実行犯･沢入（福山翔大）は“め様”が批判した人物＝ディープステートの人間を何人も殺害しているようだ。『め組』が崇拝する“め様”は何者…？白石は『め組』のセミナーに参加していたある有名人ならその正体を知っているはずだと言う。その有名人の名は…俳優の西崎竜人！！ Dr.チョコレートを待ち受ける緊迫のトリアージ！命のリミットが近づく二人を同時に救えるか！？執刀医はまさかのTeacher！？善人･出川が拳を振り上げる、衝撃の第6話！！

2年前の爆破事件の首謀者である“め様”は警察の人間である可能性が高い…。新たな情報を得たTeacher（坂口健太郎）と奥泉（西野七瀬）は、2年前の爆発事故に関する何かを隠していそうな刑事･与田（平子祐希）に会って話を聞こうとする。 一方、学校帰りの唯（白山乃愛）の前に、北澤の妻･睦美（香椎由宇）が現れる。父の友人だった睦美との再会を唯は喜ぶが、北澤夫妻が自分を預かろうとしていたこと、それをTeacherが断っていたことを初めて聞かされ、悩み始めてしまう。 Teacherの元に新たなオペの依頼が来る。依頼人はショッピングサイト『DOUZO』を運営する皆川誠二（片桐仁）。バッドキアリ症候群を患い、肝静脈の狭窄によって出来た食道静脈瘤がいつ破裂してもおかしくない危険な状態だ。一刻も早いオペが必要だが、仕事が立て込んでいる皆川は、手術の日時を自分のタイミングで決めたいと言う。本人の頼みだから仕方がない…カンパニーは皆川の意向をくんで連絡を待つことにするが、ギルベルト（葵わかな）だけは不満げな顔で「急にオペと言われても困る」と反発…みんなで唯の悩み事の相談に乗ろうとしても「くだらない」とふてくされた態度をとって帰ってしまう。 みんなになじめず孤立を深めるギルベルトは、闇サイトで見た『め組』の思想に関心を抱き、サイトを紹介してくれた人物に会う。「お待たせしました」とギルベルトの前に現れたその人物は…『め組』の実行犯の沢入（福山翔大）だった！沢入の顔を見たギルベルトは、唯の両親を殺した2年前の事件の犯人だと気付いて警察を呼ぼうとするが、沢入に言葉巧みに言いくるめられ、さらにアニメの話題で意気投合し…。そんな中、唯は偶然にも学校の社会科見学で『DOUZO』へ行くことになる――。 孤立するギルベルトがカンパニーの情報漏洩…！？唯に命の危機が迫る、裏切りの第7話！！

ショッピングサイト『DOUZO』の配送センターが爆発炎上！Teacher（坂口健太郎）は、爆発に巻き込まれて海王病院に搬送された重症患者の中に『め組』の堤（佐野弘樹）がいると知って焦燥する。唯（白山乃愛）の両親･寺島夫妻の殺害に関与している可能性のある堤に死なれては、事件の真相がまた遠ざかってしまう…。意識不明の堤をなんとしても救いたいTeacherは、自ら依頼人となってカンパニーに堤のオペを依頼する。だが、誰にも知られずにオペができる場所は…カンパニーのアジトしかない。 一方、奥泉（西野七瀬）は、『め組』の捜査に動き出した刑事･与田（平子祐希）から協力を求められる。奥泉が見返りを要求すると、与田は、『め組』の実行犯・沢入（福山翔大）を釈放させた真の黒幕の名前を明かして…。 Teacherから『め組』の話を聞いたカンパニーは、堤のオペをアジトで行うことに難色を示す。アジトを『め組』に知られれば、2年前の唯の両親のように自分たちの命も狙われかねないからだ。とは言え他にオペができる場所もなく、うなぎ（斉藤由貴）の説得もあって話はまとまるものの、お笑い（前田旺志郎）だけはオペの参加をかたくなに拒否。その訳は、6年前、愛する彼女と共に巻き込まれた、ある事件が関係していて…。 Teacherは残高（小澤征悦）と出川（古川雄大）を連れて海王病院に潜入。病床の堤は、爆発により金属片が頸動脈に刺さった状態で、抜けば出血が止まらなくなることが予想される。難しいオペになると覚悟する3人は、周囲の目をかいくぐって堤をアジトへと運び出す。するとTeacherたちの動きに気付いた沢入（福山翔大）らが、“め様”の指示により、堤の口を封じるためにオペの阻止を画策。『め組』の凶弾が唯達に迫る…！ そんな中、カンパニーのアジトに奥泉がやって来て、「人を殺したことがある」というTeacherの言葉の真意を唯に尋ねる。「Dr.チョコレートの記事は書かないから」と約束する奥泉に、唯は――。 明らかになるTeacherの過去とDr.チョコレートの原点！そして訪れるカンパニーの崩壊！逃れられない運命が2人を引き裂く、悲しみの第8話！！

Dr.チョコレートの告発記事が掲載され、逮捕を恐れたチョコレートカンパニーはアジトを去り、みんなバラバラになってしまった。Teacher（坂口健太郎）は唯（白山乃愛）を安全な北澤夫妻の家に預け、記事を書いたであろう奥泉（西野七瀬）に何度も電話をかけるが、奥泉は電話に出ない…。 Teacherに会えなくなってすっかり元気をなくした唯の元に、程なくして足湯（鈴木紗理奈）から連絡がくる。どうしても助けたい患者がいるという足湯は、1億円は自分が用意するから…と唯にオペを依頼。患者は妊娠28週目の岡田英玲奈（天野はな）。21週目の時にステージ2の子宮頸がんが発覚しているため今すぐにでもオペが必要だが、どの病院でもおなかの子は諦めろと言われてしまうらしい。「自分はどうなってもいいから、おなかの子だけは…」と望む英玲奈を、足湯は母子ともに助けてほしいと唯に頼む。だが、聞けば足湯と英玲奈は友人でも親戚でもなく赤の他人で、出会ったのはわずか3日前だという…。 唯の呼びかけでカンパニーは再集結する。事情を聞いたカンパニーは、赤の他人のために有り金をはたこうとする足湯の行動がどうしても腑に落ちない。今まで受け取ってきた報酬金は子どもの養育費に充てると言っていたのに、そのお金をなげうってまで、なぜ…。笑ってごまかす足湯の態度にヤキモキしながらも、唯にお願いされたら断れない一同はオペを承諾するが…。 その頃、Teacherは意を決して警視庁管理官･町野（戸次重幸）と対峙する。「2年前の事件の黒幕はアンタだな？」…ほくそ笑む町野から衝撃の事実が語られ、黒幕を追うTeacherは、ついに事件の真相にたどり着く――！

2年前の爆破事件の首謀者“め様”の正体は、殺された寺島葵（安達祐実）の友人･北澤睦美（香椎由宇）で間違いない…ついに真の黒幕にたどり着いたTeacher（坂口健太郎）と奥泉（西野七瀬）は、睦美と一緒にいる唯（白山乃愛）を救出するため急いで北澤の家に向かうが、一家はすでに軽井沢に引っ越した後で、家はもぬけの殻…。新居の住所を知らない2人は、刑事の与田（平子祐希）に電話をかけ、調べてほしいと頼み込む。 ちょうどその頃、与田は城南署で『め組』の対応に追われていた。事件の実行犯･沢入（福山翔大）が出頭し、『め組』の一員だった後輩刑事･薮下（石川恋）も逮捕されたのだ。「こっちも暇じゃないんだよな」とぼやく与田から北澤の新居の住所を聞き出したTeacherは、万が一に備え、カンパニーに連絡して軽井沢に集まるよう伝える。 北澤の新居に駆け付けたTeacherと奥泉は、寝室で倒れている北澤（眞島秀和）を発見！さらに唯を見つけ出し、一緒にいた睦美を問い詰める！「あなたが、め様ですね…」…すると睦美はうろたえるそぶりも見せず、「遅いですよ、気付くのが」。自分が“め様”であることをあっさり認めた睦美は、薄笑いを浮かべ、2年前の全てを語り始める。そして、事件の全貌が明らかになった時、思いがけない悲劇の刃が唯を襲う！命のリミットが迫る最後の患者は唯！追い詰められたTeacherとカンパニーが下す最後の決断は…！そして、唯がTeacherに伝えた最期の願いとは…？さらばDr.チョコレート…涙の最終話！！