キングダム航空29便のハイジャック事件から２年、サム･ネルソンは再び命をおびやかす試練に直面するが、今回は個人的な問題だった。

乗客が異変を察知し始める中、サムはオットーに冷静さを保つよう促す。ヴィンター連邦警察本部長は対応に追われる。

ベルリン警察は事態収拾に奔走する。サムはヴィンターに、要求に応じるよう圧力をかける。マーシャは監視されていることに気づく。

衝撃的な展開にサムは誠意ある行動を取らざるを得ない。ダニエルはベルリンで何が起きているか調べてほしいと友人に協力を求める。

乗客の怒りと不満が爆発し始めると同時に、サムは恐ろしい事実に気づく。

さらなる災難を避けるため、サムは思いもよらぬ相手と連携せざるを得ない。マーシャに敵が迫り、ザーラとダニエルは行き詰まりを恐れる。

サムは警察を出し抜こうと危険な作戦に出る。新たな情報を手にしたオリヴィアは、ヴィンターの次の行動に影響を与えようとする。

引き渡しが迫る中、サムはマーシャを救うため、そして真実を明らかにするため、自らの命を賭ける覚悟をする。