25年前、羽多野町の女子大生・富樫琴音（糸瀬七葉）が切断された指だけを残して失踪した。事件は未解決のまま時が過ぎ、琴音の兄である富樫浩之（安田顕）は現在、羽多野署の生活安全課の刑事として働いている。同署に異動してきたキャリア警察官の八代真人（水上恒司）は、富樫が琴音を殺害したのではないかと疑っていたが、そんな中、指のない女性の遺体が発見された。25年の歳月を超えて、再び“怪物”が動き出す。

葦原で見つかったのは、真人が囮捜査に利用していた女の遺体だった。そのことを知った真人の父親であり警察庁次長の八代正義（渡部篤郎）は、自身の出世の妨げになることを恐れ、もみ消そうと画策する。一方、柳（小手伸也）のひとり娘・美緒（久保史緒里）がこの数日間、自宅に帰ってきていないことを知った富樫は、繁華街で酔いつぶれていた美緒を見つけて保護する。しかし、その夜、またしても凄惨な事件が起きてしまう――。

美緒の指を柳の酒屋の店先に並べた犯人――それは富樫だった。しかし、富樫は何食わぬ顔で翔子（真飛聖）からの参考人聴取を受ける。聴取に同席した真人は、その場で富樫への不信感をあらわにし、両者は対立を深めていく。その後も富樫は不可解な言動を周囲に見せ、昔からの友人である翔子や田所（藤森慎吾）でさえも、富樫の犯行を疑い始める。富樫は何を隠しているのか？美緒は生きているのか。怪物はあいつか、俺自身か――。

富樫の不自然な供述に疑念を深める真人は、富樫が凛子(剛力彩芽)の焼肉屋で美緒の指を切断したのではないかとにらむが、後に田所の証言により富樫は放免される。一方、加代(高畑淳子)と中橋（橋本じゅん）は羽多野町の再開発を進めるため、顔なじみの八代を頼る。さらに渦中の柳が再開発のイベントに利用され、激高した富樫が現場に押し入る事態に。謎めいた殺人事件と再開発の謀略が絡み合い、羽多野町は混迷していく――。

「お父さん、出して」――突然、届いた美緒からのメールは一体、何を意味するのか。美緒が姿を消した夜の出来事が富樫の脳裏によみがえり、失踪事件の真相が明らかになる。「必ずあいつを捕まえなくちゃいけない」。富樫もまた“怪物”になることを決意する。一方で、真人もまた、美緒のメールに隠された真実にたどり着き、富樫を問いただす。そんな中、ついに“怪物”が動き出す！

柳の店から美緒の遺体が発見され、ついに“怪物”の正体が暴かれた。拘留された柳の口から、これまでの経緯が語られるが、果たしてそれは真実なのか。富樫と真人は、柳の狂気の裏側に美緒の母親・晴美の存在が深く関わっていることに気付き、柳に揺さぶりをかけていく。未だに琴音の遺体は発見されないまま、柳への取り調べが繰り広げられるが、緊迫したその攻防は思いも寄らない展開を迎える。「俺が琴音をお前に返したんだ」

突然の柳の死に騒然となる羽多野署内――。何者かが柳を自殺に導いたことが判明し、事件がまだ終わりではないことが示唆される。凛子の証言が新たな疑惑を呼び起こす中、富樫は柳が残した言葉をたどり、妹の遺体を捜し続ける。その結果、中橋の私有地から次々と白骨死体が発見されるが、その中に琴音とみられるものはなかった。だがその後、富樫の母・紀子の発した一言が25年間覆い隠されていた仰天の事実へと富樫を導く。

現職の警察署長である秋山の死が羽多野町を再び震撼させる。殺害された秋山と加代の間に、かつてなんらかの取引が交わされていたのではないかと考えた富樫と真人は、田所と加代の会話を手掛かりにし、柳の犯行の裏側にある、もう一つの真実を手繰り寄せていく。事件の鍵を握る田所は、富樫に問い詰められた結果、失っていた25年前の記憶を取り戻すに至るが、その後、さらなる衝撃的な事実が明らかになる。

25年前、自分の犯した罪を闇の中に葬り去った正義は今、警察庁長官という大いなる野望に手が届くところにいた。田所を問い詰めた結果、琴音をひき殺した真犯人がいるという事実に行き着いた富樫は、中橋とのつながりから真犯人は正義ではないかと疑い始める。一方、正義の疑惑について知らされた真人は、かつて正義が母を見捨てたことを思い出し、正義と対峙することを決意する。正義と真人、父と子のドラマもいよいよ最終局面！