5年前に妻を亡くした鳥飼樹（草彅剛）は、男手一つで小1の息子を育てるシングルファーザー。磯部豊春（中村雅俊）が社長を務める『Heaven’s messenger』で、遺品整理人として遺品に残された故人の思いを遺族に伝える仕事をしている。 ある日、女性が孤独死した部屋の特殊清掃と遺品整理をすることになった樹は、新入社員の久米ゆずは（八木莉可子）を連れ、遺体痕が残る現場へ。依頼人で10歳のときに捨てられたという故人の息子（吉村界人）は、母親の孤独死を自業自得だと冷たく言い放ち、遺品はすべて処分してほしいと話すが、樹はその部屋で故人の思いが詰まったあるものを見つける。 同じ頃、絵本作家の御厨真琴（中村ゆり）は、大企業・御厨ホールディングスの後継者である夫の利人（要潤）を伴い、自身初となる絵本の出版記念パーティーに出席していた。一見、仲むつまじい夫婦に見える2人だが、多忙な利人は家庭を顧みず、妻がしゅうとめから子宝に恵まれないことで嫌味を言われてもわれ関せずと、愛のない結婚生活に真琴の心はすり減る一方だった。 そんななか、生前整理の見積もりのため、清掃会社に勤める鮎川こはる（風吹ジュン）の自宅を訪ねた樹。未婚で産んだ娘が10年前に結婚し、今なお清掃員として働いているこはるだが、最近、余命3カ月の宣告を受けたという。話を聞いた樹は早速部屋を見てまわるが、そこへ事情を知らない娘の真琴が帰ってきて…。

次回作の執筆で使う画集『ギリアスの実』を取り戻そうと『Heaven’s messenger』を訪れた真琴（中村ゆり）は、突然、目の前で涙を流し始めた樹（草彅剛）を不審に思い、母・こはる（風吹ジュン）が悪徳遺品整理業者にだまされているのではないかと疑いを抱く。しかし、そんな娘の心配をよそに、こはるは樹に全幅の信頼を置いていて、樹が再びこはるのアパートを訪れる日、2人は公園で一緒にお昼ご飯を食べることに。 陽だまりに包まれたベンチでこはるの作ったおにぎりを食べた樹は、妻に先立たれ、悲しみのどん底にいた過去の自分と、近い将来、母親を失って悲しみに暮れるであろう真琴の姿が重なってしまうと話す。死にゆく自分のことだけでなく、残される家族のことまで心配する樹の優しさに触れたこはるは、真琴と画集にまつわる思い出を語り始める。 一方、海斗（塩野瑛久）、ゆずは（八木莉可子）、碧（小澤竜心）の3人は、木村遼太（西垣匠）から、亡くなった父親の遺品の中から700万円を見つけてほしいと依頼される。聞けば、海外にバレエ留学する妹・里菜（山下愛織）のために父親が残したお金だという。留学費用の支払期限が2日後とあって、一同は急ピッチで作業を進めるが、それを見守る里菜の態度は徐々に攻撃的になり…

ある日の朝、樹（草彅剛）が朝食の準備をしていると、陸（永瀬矢紘）が浮かない表情で腹痛を訴える。学校か病院か、どちらへ行くか自分で決めるよう促す樹に、陸は渋々登校することを選ぶが、学校へ送り届けた樹は、いつになく小さな息子の背中に心配を募らせる。 一方、生前整理を始めた母・こはる（風吹ジュン）への違和感が拭えない真琴（中村ゆり）からその真意を問いただされるも、こはるに口止めされているため本当にことを言えない樹。しかし、真琴がこはるの体調に疑いを抱き、不安を感じていることを悟った樹は、こはるにもう一度2人で話し合うよう勧めるが、こはるは「娘の負担になるのは嫌」の一点張りで…。 そんななか、読み聞かせのため再び陸の通う小学校を訪れた真琴は、陸がいじめを受けている現場に出くわす。「自分がされて嫌なことは人にしないよ」という父親の言葉を守っているだけなのに、なぜ自分だけ嫌なことをされるのか分からないと涙を見せる陸に、真琴は思わず自分と利人（要潤）の関係を重ね、あることをアドバイスする。しかしそれが、後に問題を引き起こすことに。 磯部（中村雅俊）の元には、10年前に息子の文哉が自殺した一件について話を聞かせてほしいと、再び波多野（古川雄大）が訪ねてくる。過去の苦い経験からマスコミを一切信用していない磯部はすぐさま波多野を追い返そうとするが、波多野は、そんな磯部を煽り、揺さぶりをかける。

樹（草彅剛）の目の前でこはる（風吹ジュン）が倒れた。病院へ運ばれる救急車の中、意識のないこはるから「俊さん…」と呼ばれて手を握られた樹は、真琴（中村ゆり）の父親であろうその人のことを、こはるが今も想っていることに気づく。 知らせを受け、病院に駆け付けた利人（要潤）は、義母が末期のすい臓がんだとは知らず、面目をつぶされる形となり…。明らかに不機嫌な夫の背後で、真琴はおろおろするばかり。樹も利人に挨拶をするが、利人は樹が遺品整理人だと知ると、どこか冷ややかな目線で、形式上の挨拶だけ済ませると早々に病室を後にする。 一方、海斗（塩野瑛久）、ゆずは（八木莉可子）、碧（小澤竜心）の3人は、親の反対を押し切り、お笑い芸人を目指していた故人・稲葉大輔（川合諒）の部屋を訪ねる。すると、故郷の小学校で校長をしていたという厳格な父・稲葉博貴（六平直政）が、遺品の中からお笑いに関するものだけを徹底的に排除していた——。さらに、息子を失った悲しみは、怒りに昇華され、遺品整理チームに容赦なくぶつけられ…。

ある日の朝、樹（草彅剛）は磯部（中村雅俊）に呼び出され、息子の文哉が亡くなった当時の話を聞く。磯部によると、文哉が自ら命を絶ったその日、部屋には自殺を裏づけるような遺品は何一つなく、何者かによって持ち去られた形跡があったという。死の真相を隠蔽しようとした会社の仕業なのか——。樹は、文哉が勤めていた「御厨ホームズ」が今なお自殺者を出していると知った磯部から、ある相談を受ける。 一方、こはる（風吹ジュン）の生前整理は予定どおり進み、そこには真琴（中村ゆり）の姿も。樹は思い出の品を手に楽しそうに笑うこはるを見てうれしくなるが、真琴はふと、かつて愛した自分の父に、もう一度会わなくていいのかと尋ねる。しかし、何気なく口にしたその言葉はこはるをひどく怒らせ、母と娘はまたしても口論に。真琴は部屋を追い出されてしまう。しばらくすると、天袋を整理していた樹が美しい文箱を見つける。そこには真琴の父親にまつわる思い出の品が入っていた。それをきっかけに、樹と真琴は、二人きりで「こはると、こはるが愛したまだ見ぬ父」の足跡をたどる旅に出る——。 同じ頃、ゆずは（八木莉可子）のもとには再び母・真理奈（雛形あきこ）が金の無心に来ていた。渡せる金がないと断るゆずはに、真理奈は驚きの提案を持ちかける。その会話を物陰で聞いていた海斗（塩野瑛久）が…！？

鳴り続ける真琴（中村ゆり）のスマホに意を決して出た樹（草彅剛）は、電話口の利人（要潤）に状況を説明して謝罪。不快感を露わにする利人から、真琴の熱が下がったらすぐに帰すよう言われる。 翌朝、熱こそ下がったものの真琴の体調が心配な樹は、利人との約束もあり、一度東京に帰ろうと真琴を諭す。しかし、せっかく伊豆まで来たのだからと、こはる（風吹ジュン）の思い出の文箱を作った工房へと急ぐ真琴。その道すがら、樹が利人からの電話に出て、外泊の理由を説明したことを伝えると、真琴はなぜか怒り心頭。そこには、ある理由があって…。 文箱を作った先代の息子・竹澤（飯田基祐）は、こはると真琴の父・佐々木俊介（加治将樹）のことを覚えていた。竹澤によると、40年前のある日、突然工房にやって来た佐々木は先代に弟子入り。一方で、“夫婦”は海の近くの一軒家を購入し、仲睦まじく暮らしていたという。ところがある日、思いもよらない出来事が起き、愛し合っていた2人は離れ離れに。その話を聞いた樹と真琴は絶句する。 東京では、樹が真琴と伊豆に一泊したことを知った同僚たちが、2人を話のタネにして盛り上がっていた。そんななか、磯部（中村雅俊）に任された花壇の手入れを終えた碧（小澤竜心）の元に、昔の仲間から一通のメールが届いて！？

碧（小澤竜心）が走行中の車から飛び下り、病院に運ばれた。警察から連絡を受けて駆けつけた磯部（中村雅俊）と樹（草彅剛）は、碧が磯部の裁判費用を工面しようとして闇バイトに巻き込まれたことを知る。保護観察中の身でありながら、未遂とはいえ犯罪に加担しようとしていたことを重く受け止めた碧は、保護司の磯部や会社に迷惑はかけられないと退職を申し出るが、それを聞いた磯部は声を荒らげて怒り、樹はある思いを口にする。 一方、御厨家では、真琴（中村ゆり）がある決意を胸に、利人（要潤）と向き合おうとしていた。しかし、従順だった妻の心を動かしたのが樹だと気づいた利人は、まともに応じようとしない。そんななか、こはる（風吹ジュン）が誕生日を迎え、樹、真琴、そして陸（永瀬矢紘）は、こはるの誕生日会を開催する。余命3カ月を宣告されているこはるにとっては、“人生最後のお誕生日会”…。陸が作ったプレゼントを手にアパートを訪れた樹は、こはると陸が、まるでおばあちゃんと孫のように楽しそうにはしゃぐ姿を見ながら、真琴とほほ笑み合う。こはるもまた、そんな二人を見て、ほほ笑むが…。 数日後、『Heaven’s messenger』に一件の依頼が舞い込む。故人様は、自ら命を絶った『御厨ホームズ』の若きチームリーダー。磯部は波多野（古川雄大）に聞いていた通り、息子の死から10年たった今なお悲劇が続いていることに絶句。樹が遺品整理をすることになって！？

こはる（風吹ジュン）との最後の別れを終えた数日後、樹（草彅剛）と真琴（中村ゆり）は、散骨した下田の海で、何も言わず、ただ寄り添うようにして過ごした時間をそれぞれ思い出していた。 ところが、樹が散骨に同行したことはすぐさま利人（要潤）の耳にも入り、秘書からの報告で、下田の海岸で樹が真琴の肩を抱いている写真を見た利人は…。 『御厨ホームズ』と戦う決意をした磯部（中村雅俊）。樹は、御厨の闇を暴こうとする波多野（古川雄大）から集団訴訟に必要な証拠の話を聞く中で、亡くなった磯部の息子の恋人の存在を気にかける。 樹は、『御厨ホームズ』の14人目の被害者、小林太陽（末廣拓也）の遺品整理に向き合ううち、1枚の売買契約書を発見する。そこには太陽のざんげとも後悔ともいえる言葉が遺されていて、それを見た樹は、契約書に書かれた住所を頼りに、ある場所へと向かう。 一方、その太陽の自死を受け入れられない弟の陽翔（山時聡真）は、相変わらず精気を失ったまま。遺品整理が思うように進まないことから、見かねた海斗（塩野瑛久）が「スマホやパソコンがあれば、何かヒントがあったかもしれない」と口にすると、陽翔は自ら死を選んだ兄の気持ちを知りたい一心で、遺品の中に見当たらなかった太陽のスマホとパソコンを探し求める。そして、そのゆくえを突き止めると思わぬ暴挙に出る—

離婚しないと決めた真琴（中村ゆり）から突然別れを告げられた樹（草彅剛）は、翌朝、どうすることもできない無力さと切なさを抱えたまま出社する。すると海斗（塩野瑛久）から、別の遺品整理会社から新店舗の責任者に誘われているとの報告が。集団訴訟の一件といい、ここ最近、何かと暗い話題ばかりだった樹と磯部（中村雅俊）は、久々に舞い込んできたうれしいニュースに顔をほころばせる。 さらに波多野（古川雄大）からも、磯部の息子の恋人だった女性が接触してきたと報告を受ける樹。しかも彼女は遺品と思われるパソコンを保管していて、波多野によると、過重労働の証拠となる記録を見つけるため復元を試みているという。 一方、御厨家を出た真琴は、新作の絵本を完成させるべく、樹と過ごしたいつもの公園に向かっていた。するとそこには、平日の昼間にもかかわらず、ランドセルを背負った陸（永瀬矢紘）の姿が。聞けば、学校をサボって真琴に会いにきたという。同じ頃、『Heaven’s messenger』では、樹が清香（長井短）から、ある動画を見せられていた。それは真琴に関するWEB動画。そこには、顔こそ見えないものの陸だとわかる男の子の姿が…するとその直後、樹のスマホに1本の電話がかかってきて！？

許されざる恋と知りながら、真琴（中村ゆり）への気持ちにうそがつけなくなった樹（草彅剛）は、利人（要潤）が法的手段に出ることを覚悟で真琴に思いを伝え、二人の心はついに通じ合う。 御厨ホールディングスでは、剛太郎（村上弘明）が後継者に彩芽（月城かなと）を指名。約束されていたはずの社長の座を妹に奪われる形となった利人は悔しさをにじませるが、彩芽の胸中もまた複雑だった——。 そんななか、樹と陸（永瀬矢紘）は、手作りのサンドイッチを持って公園でピクニックをすることに。陸の頼みで急きょ真琴も誘うことになり、3人はまるで家族のように幸せなひとときを過ごすが、その様子を公園の外から、どこかくたびれた様子の利人が見つめていた。神妙な面持ちで近づいてきた利人は、何も知らない陸に近づいてきて…！？ 同じ頃、ゆずは（八木莉可子）は海斗（塩野瑛久）の転職先が御厨ホールディングスの子会社であることを知り、がくぜん。ゆずはから相談を受けた樹もまた、これまでの被害者と海斗の状況が重なり、絶句する。海斗はすっかり剛太郎に心酔していて、ゆずはの忠告にも耳を貸さないという。憤るゆずはに、樹はあることを進言する。 さらに、証拠集めに尽力していた樹を中心とした集団訴訟チームだったが、隠蔽企業への最終決戦に向け、ついに、動き出す—！

彩芽（月城かなと）のリークによって関係が表沙汰になってしまった樹（草彅剛）と真琴（中村ゆり）。しかも、それぞれが集団訴訟の原告側と被告側の人間とあって、マスコミは二人の関係を禁断の愛だと騒ぎ立てる。騒動のせいで陸（永瀬矢紘）は学校へ行けなくなり、『Heaven’s messenger』にも次々とキャンセルの電話が。対応に追われる仲間の姿を目の当たりにした樹は、申し訳なさでいっぱいになる。さらに悪い知らせは続き、波多野（古川雄大）の話では、裁判で『御厨ホームズ』の実態を証言するはずだった壮太（矢野聖人）が、やはり証言はできないと考えを翻してしまったという。樹が真意を聞きに行くと、壮太は彩芽に呼び出されことを明かし、情報が御厨側に漏れている可能性を示唆する。 一方、真琴も騒動の影響で進めていた新作絵本が頓挫してしまい、ほとぼりが冷めるまで、かつて両親が暮らした下田の家に避難することに。樹も、陸を連れて一緒に行かないかと誘われるが…。 シングルファーザーとして生きる一方で、遺品整理人としてさまざまな事情を抱える家族に寄り添ってきた樹。真琴と出会い、ささやかな幸せを感じるようになった矢先に、長年にわたって死者の尊厳を踏みにじってきた巨大企業と対峙することに。周囲を巻き込む大騒動の結末。また、切なくも温かな大人の恋”の行方は――。