5年前に妻を亡くした鳥飼樹（草彅剛）は、男手一つで小1の息子を育てるシングルファーザー。磯部豊春（中村雅俊）が社長を務める『Heaven’s messenger』で、遺品整理人として遺品に残された故人の思いを遺族に伝える仕事をしている。 ある日、女性が孤独死した部屋の特殊清掃と遺品整理をすることになった樹は、新入社員の久米ゆずは（八木莉可子）を連れ、遺体痕が残る現場へ。依頼人で10歳のときに捨てられたという故人の息子（吉村界人）は、母親の孤独死を自業自得だと冷たく言い放ち、遺品はすべて処分してほしいと話すが、樹はその部屋で故人の思いが詰まったあるものを見つける。 同じ頃、絵本作家の御厨真琴（中村ゆり）は、大企業・御厨ホールディングスの後継者である夫の利人（要潤）を伴い、自身初となる絵本の出版記念パーティーに出席していた。一見、仲むつまじい夫婦に見える2人だが、多忙な利人は家庭を顧みず、妻がしゅうとめから子宝に恵まれないことで嫌味を言われてもわれ関せずと、愛のない結婚生活に真琴の心はすり減る一方だった。 そんななか、生前整理の見積もりのため、清掃会社に勤める鮎川こはる（風吹ジュン）の自宅を訪ねた樹。未婚で産んだ娘が10年前に結婚し、今なお清掃員として働いているこはるだが、最近、余命3カ月の宣告を受けたという。話を聞いた樹は早速部屋を見てまわるが、そこへ事情を知らない娘の真琴が帰ってきて…。

次回作の執筆で使う画集『ギリアスの実』を取り戻そうと『Heaven’s messenger』を訪れた真琴（中村ゆり）は、突然、目の前で涙を流し始めた樹（草彅剛）を不審に思い、母・こはる（風吹ジュン）が悪徳遺品整理業者にだまされているのではないかと疑いを抱く。しかし、そんな娘の心配をよそに、こはるは樹に全幅の信頼を置いていて、樹が再びこはるのアパートを訪れる日、2人は公園で一緒にお昼ご飯を食べることに。 陽だまりに包まれたベンチでこはるの作ったおにぎりを食べた樹は、妻に先立たれ、悲しみのどん底にいた過去の自分と、近い将来、母親を失って悲しみに暮れるであろう真琴の姿が重なってしまうと話す。死にゆく自分のことだけでなく、残される家族のことまで心配する樹の優しさに触れたこはるは、真琴と画集にまつわる思い出を語り始める。 一方、海斗（塩野瑛久）、ゆずは（八木莉可子）、碧（小澤竜心）の3人は、木村遼太（西垣匠）から、亡くなった父親の遺品の中から700万円を見つけてほしいと依頼される。聞けば、海外にバレエ留学する妹・里菜（山下愛織）のために父親が残したお金だという。留学費用の支払期限が2日後とあって、一同は急ピッチで作業を進めるが、それを見守る里菜の態度は徐々に攻撃的になり…

ある日の朝、樹（草彅剛）が朝食の準備をしていると、陸（永瀬矢紘）が浮かない表情で腹痛を訴える。学校か病院か、どちらへ行くか自分で決めるよう促す樹に、陸は渋々登校することを選ぶが、学校へ送り届けた樹は、いつになく小さな息子の背中に心配を募らせる。 一方、生前整理を始めた母・こはる（風吹ジュン）への違和感が拭えない真琴（中村ゆり）からその真意を問いただされるも、こはるに口止めされているため本当にことを言えない樹。しかし、真琴がこはるの体調に疑いを抱き、不安を感じていることを悟った樹は、こはるにもう一度2人で話し合うよう勧めるが、こはるは「娘の負担になるのは嫌」の一点張りで…。 そんななか、読み聞かせのため再び陸の通う小学校を訪れた真琴は、陸がいじめを受けている現場に出くわす。「自分がされて嫌なことは人にしないよ」という父親の言葉を守っているだけなのに、なぜ自分だけ嫌なことをされるのか分からないと涙を見せる陸に、真琴は思わず自分と利人（要潤）の関係を重ね、あることをアドバイスする。しかしそれが、後に問題を引き起こすことに。 磯部（中村雅俊）の元には、10年前に息子の文哉が自殺した一件について話を聞かせてほしいと、再び波多野（古川雄大）が訪ねてくる。過去の苦い経験からマスコミを一切信用していない磯部はすぐさま波多野を追い返そうとするが、波多野は、そんな磯部を煽り、揺さぶりをかける。

樹（草彅剛）の目の前でこはる（風吹ジュン）が倒れた。病院へ運ばれる救急車の中、意識のないこはるから「俊さん…」と呼ばれて手を握られた樹は、真琴（中村ゆり）の父親であろうその人のことを、こはるが今も想っていることに気づく。 知らせを受け、病院に駆け付けた利人（要潤）は、義母が末期のすい臓がんだとは知らず、面目をつぶされる形となり…。明らかに不機嫌な夫の背後で、真琴はおろおろするばかり。樹も利人に挨拶をするが、利人は樹が遺品整理人だと知ると、どこか冷ややかな目線で、形式上の挨拶だけ済ませると早々に病室を後にする。 一方、海斗（塩野瑛久）、ゆずは（八木莉可子）、碧（小澤竜心）の3人は、親の反対を押し切り、お笑い芸人を目指していた故人・稲葉大輔（川合諒）の部屋を訪ねる。すると、故郷の小学校で校長をしていたという厳格な父・稲葉博貴（六平直政）が、遺品の中からお笑いに関するものだけを徹底的に排除していた——。さらに、息子を失った悲しみは、怒りに昇華され、遺品整理チームに容赦なくぶつけられ…。

ある日の朝、樹（草彅剛）は磯部（中村雅俊）に呼び出され、息子の文哉が亡くなった当時の話を聞く。磯部によると、文哉が自ら命を絶ったその日、部屋には自殺を裏づけるような遺品は何一つなく、何者かによって持ち去られた形跡があったという。死の真相を隠蔽しようとした会社の仕業なのか——。樹は、文哉が勤めていた「御厨ホームズ」が今なお自殺者を出していると知った磯部から、ある相談を受ける。 一方、こはる（風吹ジュン）の生前整理は予定どおり進み、そこには真琴（中村ゆり）の姿も。樹は思い出の品を手に楽しそうに笑うこはるを見てうれしくなるが、真琴はふと、かつて愛した自分の父に、もう一度会わなくていいのかと尋ねる。しかし、何気なく口にしたその言葉はこはるをひどく怒らせ、母と娘はまたしても口論に。真琴は部屋を追い出されてしまう。しばらくすると、天袋を整理していた樹が美しい文箱を見つける。そこには真琴の父親にまつわる思い出の品が入っていた。それをきっかけに、樹と真琴は、二人きりで「こはると、こはるが愛したまだ見ぬ父」の足跡をたどる旅に出る——。 同じ頃、ゆずは（八木莉可子）のもとには再び母・真理奈（雛形あきこ）が金の無心に来ていた。渡せる金がないと断るゆずはに、真理奈は驚きの提案を持ちかける。その会話を物陰で聞いていた海斗（塩野瑛久）が…！？

鳴り続ける真琴（中村ゆり）のスマホに意を決して出た樹（草彅剛）は、電話口の利人（要潤）に状況を説明して謝罪。不快感を露わにする利人から、真琴の熱が下がったらすぐに帰すよう言われる。 翌朝、熱こそ下がったものの真琴の体調が心配な樹は、利人との約束もあり、一度東京に帰ろうと真琴を諭す。しかし、せっかく伊豆まで来たのだからと、こはる（風吹ジュン）の思い出の文箱を作った工房へと急ぐ真琴。その道すがら、樹が利人からの電話に出て、外泊の理由を説明したことを伝えると、真琴はなぜか怒り心頭。そこには、ある理由があって…。 文箱を作った先代の息子・竹澤（飯田基祐）は、こはると真琴の父・佐々木俊介（加治将樹）のことを覚えていた。竹澤によると、40年前のある日、突然工房にやって来た佐々木は先代に弟子入り。一方で、“夫婦”は海の近くの一軒家を購入し、仲睦まじく暮らしていたという。ところがある日、思いもよらない出来事が起き、愛し合っていた2人は離れ離れに。その話を聞いた樹と真琴は絶句する。 東京では、樹が真琴と伊豆に一泊したことを知った同僚たちが、2人を話のタネにして盛り上がっていた。そんななか、磯部（中村雅俊）に任された花壇の手入れを終えた碧（小澤竜心）の元に、昔の仲間から一通のメールが届いて！？

碧（小澤竜心）が走行中の車から飛び下り、病院に運ばれた。警察から連絡を受けて駆けつけた磯部（中村雅俊）と樹（草彅剛）は、碧が磯部の裁判費用を工面しようとして闇バイトに巻き込まれたことを知る。保護観察中の身でありながら、未遂とはいえ犯罪に加担しようとしていたことを重く受け止めた碧は、保護司の磯部や会社に迷惑はかけられないと退職を申し出るが、それを聞いた磯部は声を荒らげて怒り、樹はある思いを口にする。 一方、御厨家では、真琴（中村ゆり）がある決意を胸に、利人（要潤）と向き合おうとしていた。しかし、従順だった妻の心を動かしたのが樹だと気づいた利人は、まともに応じようとしない。そんななか、こはる（風吹ジュン）が誕生日を迎え、樹、真琴、そして陸（永瀬矢紘）は、こはるの誕生日会を開催する。余命3カ月を宣告されているこはるにとっては、“人生最後のお誕生日会”…。陸が作ったプレゼントを手にアパートを訪れた樹は、こはると陸が、まるでおばあちゃんと孫のように楽しそうにはしゃぐ姿を見ながら、真琴とほほ笑み合う。こはるもまた、そんな二人を見て、ほほ笑むが…。 数日後、『Heaven’s messenger』に一件の依頼が舞い込む。故人様は、自ら命を絶った『御厨ホームズ』の若きチームリーダー。磯部は波多野（古川雄大）に聞いていた通り、息子の死から10年たった今なお悲劇が続いていることに絶句。樹が遺品整理をすることになって！？