万津莫（今井竜太郎）は明晰夢の能力で、国民的タレントのねむ（堀口真帆）を鮮やかに救出、夢の中では困難なミッションをクリアする無敵のエージェントとして活躍している。 ある夜、莫は突如、怪人・ナイトメアに襲われた。明晰夢では無敵と戦う莫だったが、なぜかナイトメアに太刀打ちできず逃げ惑う。追い詰められた莫は謎の人物に遭遇、ゼッツドライバーとカプセムを託されると仮面ライダーゼッツに変身した！

夢の中でなぜか逃亡犯となっていた莫（今井竜太郎）。爆弾魔のナイトメアに遭遇するとゼッツに変身するが逃げられてしまう。 ある夜、突如ゼロ（声・川平慈英）に呼び出された莫は「他人の夢に潜入しナイトメアの悪夢を未然に防げ」という指令を受ける。ということは、あの爆弾魔を止めなければ…。莫の“夢主”を守るためのミッションがスタートする！

ナイトメアを止めるには悪夢の世界で心の扉を探せ。ゼロ（声・川平慈英）の指令を受けた莫（今井竜太郎）は眠りに落ちると富士見（三嶋健太）の悪夢に潜入、心の扉を探し当てる。 しかし、ボムナイトメアは莫の目の前で爆破を引き起こしてしまった。このままでは富士見の悪夢が現実に！？莫は富士見を、世界を救うべくゼッツに変身する！

莫（今井竜太郎）は、ある結婚式のリハーサルで花嫁の父であるVIPを警護する夢を見る。そこへ花嫁・みゆき（入来茉里）を略奪しようと男（サトウヒロキ）が現れた。莫の警護で事なきを得るが、彼が悪夢の夢主なのか？ 夢の中で迎えた結婚式当日、警備をする莫の前にみゆきを狙うナイトメアが現れた。莫はゼッツに変身、ゼロ（声・川平慈英）から得た新たな力で空中戦を挑むが…！？

花嫁の麻宮みゆき（入来茉里）はなぜ夢主なのか。現実の世界で情報収集を続ける莫（今井竜太郎）は、公園の大木の前に佇むみゆきかに接触。大木に自らの人生を変えてしまうほどの思い出があることを聞き出す。 夢の世界でみゆきの「心の扉」を見つけた莫は、扉の奥に広がる意外な光景を目にする。そして再びクロウナイトメアが出現、みゆきらに襲いかかった！

莫（今井竜太郎）に課された新たなミッションは監獄からの脱出。莫は監獄の悪夢に囚われたねむ（堀口真帆）と美女木真澄（大場泰正）、玲子（川田希）とともに脱出を試みるが、様々に仕掛けられた罠に行く手を阻まれる。そしてねむと美女木らの関係にある秘密が隠されていて…！？ そんな莫の前に現れたノクス（古川雄輝）は「ここは脱出不可能な死の監獄」と不気味に言い放つ。はたして莫は難攻不落のミッションを遂行できるのか！？

監獄に囚われた夢で、夢主の美女木（大場泰正）はねむ（堀口真帆）を連れて行方不明になってしまった。奇異な行動に頭を悩ます莫（今井竜太郎）に、富士見（三嶋健太）となすか（小貫莉奈）はある“残酷な真実”を明らかにする。 すべてを知った莫は夢の世界へ戻ると、美女木とねむを救うべく改めてミッションに挑む。しかし、そんな莫の前に再びノクスが立ちはだかり…！

莫（今井竜太郎）は、夢の中で生物兵器破壊のミッション遂行のため伝統あるレストラン「ロワイヤル城金」に潜入する。警戒する莫の目の前でオーナーシェフ・山王（中村育二）の料理を口にしたシェフ・塩見（前野朋哉）が倒れた。 目覚めた莫は山王のレストランを訪問、そこでも原因不明の食中毒というブラックケースが発生してしまう。やはり生物兵器が？ナイトメアの正体は…！？

シェフの山王（中村育二）が望む悪夢とは何なのか？ 莫（今井竜太郎）は、現実世界での塩見（前野朋哉）らの言葉からヒントを得ると、夢で山王の3つめの心の扉を発見。中を覗き込むと…！ 富士見（三嶋健太）らが首脳会談を止めようと奔走する一方で、莫はゼッツに変身しポイズンナイトメアと激突する。しかし、そこへ再びノクス（古川雄輝）が現れ…！？

「国家機密の奪還」というミッションを受けた莫（今井竜太郎）は、夢の中で絵画コレクター渥美（林泰文）宅に潜入する。渥美のコレクションである名画が奪われる事件が発生、莫はその名画の中に国家機密が隠されていたとにらむ。 しかし、犯人を追う莫の前に現れたノクス（古川雄輝）は、「知りすぎれば己の身を滅ぼす」と警告。次の瞬間、莫はノクスの武器から放たれた一撃を浴びてしまい…！？

夢の中で奪われた名画はナイトメアによって腐食してしまった。名画に隠された国家機密もこのままでは奪還も…。落胆する莫（今井竜太郎）だったが、ゼロ（声・川平慈英）はいつになく厳しい口調で莫を叱咤する。 莫は改めて夢の中でゼッツに変身。モウルドナイトメアから渥美（林泰文）を守ろうとワンダーカプセムを手にすると…！？

夢の中で宇宙センターの職員となっていた莫（今井竜太郎）の新たなミッションは、迫りくる巨大隕石から地球を守ること。衝突までの時間は48時間。目覚めた莫は富士見（三嶋健太）らに人類滅亡の危機を伝えると行動を開始する。 再び夢の中に戻った莫はねむ（堀口真帆）とともに隕石の衝突を回避しようとするが、そこへノクス（古川雄輝）が立ちはだかった。ノクスは二人の前でベルトを装着、カプセムを装填し…！

ノクスナイトと戦い、自らの力の無さを痛感した莫（今井竜太郎）。エージェントとしての自信を失ってしまい、ゼロ（声・川平慈英）からも失格の烙印を押されてしまう。 それでも星也（黒川晏慈）との何気ない会話で自らを見つめ直すと、夢の中で星也の「心の扉」を発見。新たなカプセムを手にノクス（古川雄輝）と対峙する！

莫（今井竜太郎）の新たなミッションは、敵＝ノクス（古川雄輝）を抹殺すること。夢の中でブラックホールをさまよう莫は、自分が幼い頃に初めて見た悪夢をたどり始める。 学習塾に通う幼い莫（渡邉斗翔）。その行動を追うと塾の講師ノクスが現れた！ノクスと出会っていた過去に衝撃を受けた莫は、消された記憶を取り戻そうとノクスに迫る！

CODEとはどんな組織なのか？ ゼロ（声・川平慈英）に疑問をぶつけた莫（今井竜太郎）は、ノクス（古川雄輝）がかつてCODEのエージェントだったことを知らされる。 ねむ（堀口真帆）はそんなノクスの悪夢を見抜くと莫に報告。すべてを悟った莫は改めてノクスと対峙、新たなカプセムでゼッツに変身する…！

莫（今井竜太郎）の新たなミッションは、ナイトメアにさらわれたねむ（堀口真帆）の救出。ゼロ（声・川平慈英）はノクス（古川雄輝）を見逃した莫を「組織の裏切り者」と糾弾する。 信頼を失った莫だがミッション遂行のために奔走。そんな莫をよそにノクスはゼロと対峙、新たなドライバーを装着するとカプセムを装填する！

ゼロ（声・川平慈英）を失ったものの、莫（今井竜太郎）はねむ（堀口真帆）救出のミッションを継続。そんな莫に看護師の春（優希美青）は、ねむ失踪にまつわる意外な事実を明らかにする。 夢主の心の扉を見つけた莫はウルフナイトメアの追跡を開始。しかし、行く手を阻むノクス（古川雄輝）がライダーノクスに変身。莫もゼッツに変身し二人のライダーはついに激突する！

夢の中で高校生となった莫（今井竜太郎）のミッションは、デスゲームを仕掛けるナイトメアからなすか（小貫莉奈）や紅覇（平川結月）らクラスメイトを守ること。 生徒たちが倒される中、紅覇は銃を手にナイトメアに戦いを挑む。そこへ割って入った莫の姿を見た紅覇は「…セブン」と呟く。紅覇はどうしてその名を…！？

莫（今井竜太郎）はジャーナリストである現在の紅覇（平川結月）と会い、CODEという組織の秘密を知ることに。動揺する莫はエージェントとしての戦いに疑問を抱く。 そんな莫にねむ（堀口真帆）はナイトメアは自分の深層心理から生まれているのかも、と告白。悲嘆に暮れるねむに寄り添った莫は、再び襲いかかるデスゲームナイトメアに敢然と立ち向かう！

夢の中で村人Aとなった莫（今井竜太郎）は、蒼大（伊奈聖嵐）と朋子（諏訪結衣）、勇者ねむ（堀口真帆）とモンスターを倒すRPGのような冒険の旅に出る。ナイトメアと遭遇した莫はゼッツに変身するが、奇妙なナイトメアの行動に違和感を抱き…。 一方、ノクス（古川雄輝）は裏切り者を消そうと現れたシックス（平川結月）と対峙。ライダーに変身し戦いを挑むが！？

不特定多数の子供たちが同じ夢を見ているのか？調査を始めた莫（今井竜太郎）は、同じ夢を見た子供たちにある共通点があることを見出す。 再び夢の世界へ入った莫は心の扉の向こうに広がる恐ろしい悪夢の結末を目にする。子供たちが危ない！莫はゼッツ変身、ベビーナイトメアに戦いを挑むが…！？