万津莫（今井竜太郎）は明晰夢の能力で、国民的タレントのねむ（堀口真帆）を鮮やかに救出、夢の中では困難なミッションをクリアする無敵のエージェントとして活躍している。 ある夜、莫は突如、怪人・ナイトメアに襲われた。明晰夢では無敵と戦う莫だったが、なぜかナイトメアに太刀打ちできず逃げ惑う。追い詰められた莫は謎の人物に遭遇、ゼッツドライバーとカプセムを託されると仮面ライダーゼッツに変身した！

夢の中でなぜか逃亡犯となっていた莫（今井竜太郎）。爆弾魔のナイトメアに遭遇するとゼッツに変身するが逃げられてしまう。 ある夜、突如ゼロ（声・川平慈英）に呼び出された莫は「他人の夢に潜入しナイトメアの悪夢を未然に防げ」という指令を受ける。ということは、あの爆弾魔を止めなければ…。莫の“夢主”を守るためのミッションがスタートする！

ナイトメアを止めるには悪夢の世界で心の扉を探せ。ゼロ（声・川平慈英）の指令を受けた莫（今井竜太郎）は眠りに落ちると富士見（三嶋健太）の悪夢に潜入、心の扉を探し当てる。 しかし、ボムナイトメアは莫の目の前で爆破を引き起こしてしまった。このままでは富士見の悪夢が現実に！？莫は富士見を、世界を救うべくゼッツに変身する！

莫（今井竜太郎）は、ある結婚式のリハーサルで花嫁の父であるVIPを警護する夢を見る。そこへ花嫁・みゆき（入来茉里）を略奪しようと男（サトウヒロキ）が現れた。莫の警護で事なきを得るが、彼が悪夢の夢主なのか？ 夢の中で迎えた結婚式当日、警備をする莫の前にみゆきを狙うナイトメアが現れた。莫はゼッツに変身、ゼロ（声・川平慈英）から得た新たな力で空中戦を挑むが…！？

花嫁の麻宮みゆき（入来茉里）はなぜ夢主なのか。現実の世界で情報収集を続ける莫（今井竜太郎）は、公園の大木の前に佇むみゆきかに接触。大木に自らの人生を変えてしまうほどの思い出があることを聞き出す。 夢の世界でみゆきの「心の扉」を見つけた莫は、扉の奥に広がる意外な光景を目にする。そして再びクロウナイトメアが出現、みゆきらに襲いかかった！

莫（今井竜太郎）に課された新たなミッションは監獄からの脱出。莫は監獄の悪夢に囚われたねむ（堀口真帆）と美女木真澄（大場泰正）、玲子（川田希）とともに脱出を試みるが、様々に仕掛けられた罠に行く手を阻まれる。そしてねむと美女木らの関係にある秘密が隠されていて…！？ そんな莫の前に現れたノクス（古川雄輝）は「ここは脱出不可能な死の監獄」と不気味に言い放つ。はたして莫は難攻不落のミッションを遂行できるのか！？

監獄に囚われた夢で、夢主の美女木（大場泰正）はねむ（堀口真帆）を連れて行方不明になってしまった。奇異な行動に頭を悩ます莫（今井竜太郎）に、富士見（三嶋健太）となすか（小貫莉奈）はある“残酷な真実”を明らかにする。 すべてを知った莫は夢の世界へ戻ると、美女木とねむを救うべく改めてミッションに挑む。しかし、そんな莫の前に再びノクスが立ちはだかり…！

莫（今井竜太郎）は、夢の中で生物兵器破壊のミッション遂行のため伝統あるレストラン「ロワイヤル城金」に潜入する。警戒する莫の目の前でオーナーシェフ・山王（中村育二）の料理を口にしたシェフ・塩見（前野朋哉）が倒れた。 目覚めた莫は山王のレストランを訪問、そこでも原因不明の食中毒というブラックケースが発生してしまう。やはり生物兵器が？ナイトメアの正体は…！？

シェフの山王（中村育二）が望む悪夢とは何なのか？ 莫（今井竜太郎）は、現実世界での塩見（前野朋哉）らの言葉からヒントを得ると、夢で山王の3つめの心の扉を発見。中を覗き込むと…！ 富士見（三嶋健太）らが首脳会談を止めようと奔走する一方で、莫はゼッツに変身しポイズンナイトメアと激突する。しかし、そこへ再びノクス（古川雄輝）が現れ…！？

「国家機密の奪還」というミッションを受けた莫（今井竜太郎）は、夢の中で絵画コレクター渥美（林泰文）宅に潜入する。渥美のコレクションである名画が奪われる事件が発生、莫はその名画の中に国家機密が隠されていたとにらむ。 しかし、犯人を追う莫の前に現れたノクス（古川雄輝）は、「知りすぎれば己の身を滅ぼす」と警告。次の瞬間、莫はノクスの武器から放たれた一撃を浴びてしまい…！？

夢の中で奪われた名画はナイトメアによって腐食してしまった。名画に隠された国家機密もこのままでは奪還も…。落胆する莫（今井竜太郎）だったが、ゼロ（声・川平慈英）はいつになく厳しい口調で莫を叱咤する。 莫は改めて夢の中でゼッツに変身。モウルドナイトメアから渥美（林泰文）を守ろうとワンダーカプセムを手にすると…！？