都市の中央にそびえ立つ大企業・飛電インテリジェンスの本社ビル。人工知能（AI）やロボティクス・テクノロジーなど、あらゆる最先端技術で世の人々をサポートする会社である。ニュースは、その大企業の社長が亡くなったと報じる。それには目もくれず、今日もお笑い芸人としての舞台が待つ遊園地へと自転車を走らせる一人の男・飛電或人（ひでん　あると）。彼こそが、仮面ライダーゼロワンへと変身を遂げる運命の持ち主であった。

AIのリーディングカンパニーである飛電インテリジェンスの代表取締役社長となった或人のもとに、A.I.M.S.（エイムズ）というAI犯罪の捜査を行う特務機関の不破諫（ふわ いさむ）と刃唯阿（やいば ゆあ）が訪ねてくる。遊園地でヒューマギアが暴走した事件について、飛電インテリジェンスが隠し事をしているというのだが―――。

或人（あると）の飛電インテリジェンス代表取締役社長としての日々が始まった。或人とイズが今回訪問するのは、三ツ星寿司店『まごころ寿司』。ここで寿司職人ヒューマギアである一貫ニギローの契約を取り付けようというのだ。同時に或人たちが様々な職場を回り始めたのは、飛電が提供するAI搭載人型ロボット・ヒューマギアがテロリスト・滅亡迅雷.netによって悪用され起きた事件のしっぽを掴むためでもあった。ところが、その寿司店に人工知能特務機関であるA.I.M.S.（エイムズ）の技術顧問、唯阿（ゆあ）が突然訪れて―――。

或人とイズはデイブレイクタウンを案内するバスガイドツアーに参加していた。ツアーの案内役であるバスガイドヒューマギア・アンナの職場視察のためだ。デイブレイクタウンといえば、かつてヒューマギア運用実験都市だった場所だ。ヒューマギアを制御する為の通信衛星打ち上げプロジェクトなどの事業が行われたその都市では、１２年前に大規模な爆発事故が発生したという。それが原因で、今では立ち入り禁止区域となり、跡地は湖のような場所になっている。そんな中、ツアーに参加する少年が周囲の友人に囃し立てられ始める。 「事故の犯人、こいつの親父！」 その言葉に或人はひっかかって―――。

大人気漫画家である石墨超一郎（いしずみ・ちょういちろう）の自宅兼アトリエを訪れた或人とイズ。社長直々に、新しい漫画家アシスタントヒューマギアをお届けするというのだが、実は或人自身が石墨の大ファンだった。大好きな漫画『パフューマン剣（つるぎ）』を描いた憧れの漫画家との対面をついに果たした或人だったが、石墨はもはや自分自身で漫画を描いておらず―――。

アニメ作品『パフューマン剣（つるぎ）』のアフレコに臨む声優ヒューマギア・香菜澤セイネ。その現場に或人の姿があった。『パフューマン剣』の大ファンだから……、ではなく今回はＡＩに関する犯罪を取り締まる機関Ａ.Ｉ.Ｍ.Ｓ.（エイムズ）の立ち会いのためだった。どうやらセイネには人工知能の法律に関する違反があるようで―――。

ある中学校に呼び出された或人。なんでも教師でバスケットボール部の顧問のヒューマギアをリセットして欲しいのだという。或人が向かった先の中学校には、何故かＡ．Ｉ．Ｍ．Ｓ．（エイムズ）の姿も。どうやらＡＩなのに“熱血教師”になってしまったというヒューマギアが問題視されているようで―――。

定期健康診断で病院を訪れた或人。そこはヒューマギアで溢れていた。というのも、ヒューマギアの開発の発端は人工知能を医療に役立てることだったからだ。医療ヒューマギアは病院独自のローカルネットワークによって管理されているため、セキュリティは完璧のはず。滅亡迅雷.netの攻撃とも無縁のはずだった。ところが、滅と迅がその病院の前に現れて―――。

仮面ライダーに変身した滅によって完膚なきまでに叩きのめされたバルカン。 唯阿によってすぐに運び込まれた病院には、ヒューマギアの外科医がいた。 「すぐにオペをしなければ命に関わる」というドクター。 滅亡迅雷.netによる被害が大きすぎる故、他のドクターの手を借りている時間はない。 そんな中、ヒューマギアの暴走を止めるため飛電インテリジェンス副社長である福添が緊急措置を発動する。 「病院のヒューマギアを全てシャットダウンしろ！」 果たして、諫の命は救われるのか―――？ そして、暴走するヒューマギアと人を助けるヒューマギアとの間で葛藤する或人が、最後に下す決断とは？

病院でのヒューマギアの暴走の一件でイメージが落ちてしまった飛電インテリジェンス。その汚名を返上するべく、新しいドラマプロジェクトを立ち上げる。俳優ヒューマギアを主演にすえて、イメージアップを図ろうというエグゼクティブプロデューサーこと副社長・福添の発案だ。主演を支えるのは大御所俳優である大和田伸也。 「最高。絶対に台詞を忘れない！」 と、ヒューマギアを表面的には認める大和田だが、果して、人工知能とのお芝居合戦は上手くいくのだろうか―――？

飛電の社運をかけたドラマプロジェクトが危機に陥っていた。ヒューマギア俳優・松田エンジの芝居に対して「人間の厚みを感じない」と不信感を抱いた共演の大和田伸也が、ドラマの降板を訴えているというのだ。或人は社長として、大和田説得のために動き出す。 一方で、大和田伸也に芝居が認められ弟子となった暗殺ヒューマギアには『大和田伸也の暗殺』指令が下されて―――。

大和田伸也の暗殺未遂事件の捜査に警察が動き始めた。A.I.M.S.と共に飛電インテリジェンスの本社に捜索に入る警察だったが、暗殺ヒューマギアを飛電が作った証拠は見当たらなかった。犯人である暗殺ヒューマギアを捕まえるために、再び飛電への立ち入りを試みる刑事たちの前に現れたのは、“自称・名探偵”を名乗るヒューマギア、ワズ・ナゾートクだった！

シャイニングホッパーという光輝く姿に変化したゼロワンは、滅や迅をも凌ぐほどに成長したドードーマギアを迎え撃つ。シャイニングホッパーのプログライズキーを使えば必ず勝てると確信していたイズだったが、ゼロワンの様子に変化が訪れる。その姿に「私は社長秘書失格です」と自信をなくし始めて―――。

飛電インテリジェンスの社長室に宇宙飛行士の兄弟が怒鳴り込んできた！ 或人がやってしまったある行為が、宇宙で衛星ゼアの管理をしていた宇宙飛行士ヒューマギアの雷電の逆鱗に触れたのだ。雷電は弟の昴と共に或人を飛電の宇宙開発センターに連れていく。そこに、なぜかA.I.M.S.と滅亡迅雷.netが次々現れて―――。

仮面ライダー雷との戦いの末、滅亡迅雷.netのアジトがデイブレイクタウン付近にあることを突き止めたA.I.M.S.は、ついに掃討作戦を実行する。アークの知能が目醒めたことで、今まで以上の力を手に入れた滅亡迅雷もまた、真っ向からA.I.M.S.との戦いに立ち向かう。そんな中、或人は雷電という兄貴的な存在を失った宇宙飛行士型ヒューマギアの昴を連れて、飛電家のお墓を訪れていた。ヒューマギアであり父親代わりの其雄の一部も眠っているそのお墓の前で、ヒューマギアの遺志に想いをはせる或人。そんな或人のもとに“滅亡迅雷.net掃討作戦”開始の一報が入る。それは、人間VSヒューマギアの最終決戦の幕開けを意味していた。

バルカンが使用していたアサルトウルフの力を借りて、アサルトシャイニングホッパーへと奇跡の変身を遂げたゼロワン。滅亡迅雷.netの最後の砦となる迅との戦いが幕を開けた。迅はなぜ、“人類を滅ぼす”という使命を持つようになったのか？　迅に破壊されかけたイズのその後は？　そして、ゼロワンVS迅の戦いの行方は―――？　其々の終わりと始まりが交錯する！

ZAIAエンタープライズジャパンが飛電インテリジェンスの買収に乗り出した。寝耳に水の状態の或人に対して、ZAIAの社長・垓はさらに驚きの提案をする。ZAIAが販売している人工知能と同等の思考能力を人間に与える次世代インターフェース「ザイアスペック」を使用した人間と、飛電のヒューマギア。一体どちらが優れているかを競おうというのだ。こうして“お仕事５番勝負”が始まる。飛電が勝てば買収を取り下げるという垓。果たして勝負の行方は―――？

ZAIAエンタープライズが飛電インテリジェンス買収に向けて仕掛けた“お仕事５番勝負”。その第一回戦となる「生け花対決」は、人間代表である華道家の立花蓮太郎が見事ヒューマギアに勝利した……かに見えた。勝負に敗れ、サウザーに破壊されたて復元したお花屋さんヒューマギア・一輪サクヨは、或人に驚きの事実を告げる。「私は彼にだまされたのです」、と。困惑する或人。そんな中、蓮太郎に怪しい黒い影が近づいて―――。

ZAIAエンタープライズが飛電インテリジェンスに仕掛けた“お仕事５番勝負”の初戦は、見事にZAIAが勝利を収めた。ZAIA社長の次の一手は、ズバリ「家売る勝負」。ザイアスペックを使った人間とヒューマギア、どちらがより家を売り、より利益を上げられるかという勝負だ。ZAIAが仕向けるのは業界トップの不動産の営業マン。そして飛電からは“スマイルで住まい売る”がモットーの不動産ヒューマギア・住田スマイルが立ち向かう。 果たして勝負の行方は？ そして、レイドライザーをばらまく、謎の黒い影の正体とは―――？

飛電インテリジェンス対ZAIAエンタープライズジャパンの“お仕事５番勝負”第２回戦は「家売る勝負」。ZAIAの刺客である業界トップの不動産営業マンの新屋敷は、卑劣な手を使って飛電の不動産ヒューマギア・住田スマイルを暴走させてしまった。人間VSヒューマギアの対決は人間の優勢に一気に傾く。そんな時、巨額の予算を投じて家を購入したいという大富豪が現れる。この大富豪に家を売った方が勝負を制すると言っても過言ではない。復元したスマイルと新屋敷の最後の戦いが幕を開ける！

飛電インテリジェンスの買収を巡って行われている飛電とＺＡＩＡの“お仕事５番勝負”は、ＺＡＩＡが早くも２勝をあげた。後がなくなった飛電インテリジェンスに対して次に持ち掛けられた対決は、ズバリ裁判対決。いわゆる結婚詐欺の事件に対し、ザイアスペックを使用して起訴に持ち込んだ検事と、弁護士ヒューマギアで裁判を争おうというのだ。有罪となればＺＡＩＡの勝ち、無罪になれば飛電の勝ち。しかし、検察は決定的な証拠を押さえているらしく―――。

飛電インテリジェンスの買収を巡って行われている飛電とＺＡＩＡの“お仕事５番勝負”。３回戦『裁判勝負』の判決のときが近づいていた。にも関わらず、飛電インテリジェンス側の弁護士ヒューマギアは仮面ライダーサウザーによって破壊され、レイダーの正体の手がかりも空振りに終わった。後がなくなった飛電の前に現れた意外な助っ人、それはヒューマギアが大嫌いなはずの不破諫だった。ヒューマギアと諫のユニークな共同捜査が始まって―――。

アークによって作られたメタルクラスタキーによって、ゼロワンは新たなる姿へと変身を遂げた。しかし、メタルクラスタの力によってゼロワンドライバーが他のプログライズキーを認証しなくなってしまう。困り果てた或人のもとに、突然予想だにしない来客が！　それは、先日の結婚詐欺の裁判の被害者である千春だった。 「私の結婚相手を見つけてください！」 と、すごい圧。或人は結婚相談ヒューマギア・縁結びマッチを紹介して―――。

結婚相談ヒューマギア・縁結びマッチがその身をかけてカップル成立に挑んだ模擬結婚式。だが、その会場でマッチは暴走してマギアとなり、さらにレイダーまで現れてしまう。或人は禁断のメタルクラスタホッパーへと変身を遂げ、マギアとレイダーを止めようとするが、やはり制御がきかず暴れだしてしまう。その前に現れたのは、天津垓が変身する仮面ライダーサウザー。サウザーとメタルクラスタが戦闘を繰り広げる中、模擬結婚式の牧師役を演じていた俳優ヒューマギアの松田エンジが、メタルクラスタによるアークの力に囚われてしまい―――。

突如、衛星ゼアとの交信が途絶えた。調査の結果、何者かが意図的に通信を妨害していることが分かる。イズは、飛電インテリジェンスのラボにヒューマギアの開発と製造を担当する博士ヒューマギアのボットを召喚して、原因の究明を始める。そこに、A.I.M.S.から脱走した滅の捜査に諫が駆けつける。 「テロリストにするためにあいつらを作ったわけじゃない」 そのボットの言葉で、彼こそが滅亡迅雷ネットの原型となった滅たちヒューマギアを作ったことが判明し、博士はゼロワンに関する歴史を紐解いていくのだった。 一方そのころ、飛電インテリジェンスの屋上には、謎の仮面ライダーが佇んでいて――。

飛電インテリジェンスとZAIAエンタープライズジャパンの“お仕事５番勝負”の第４回戦がやってきた。今回は消防士対決。火災を想定した消防訓練の現場において、ザイアスペックを使用した人間とヒューマギア、どちらがより多くの要救助者を助け出せるかという勝負だ。地下のフロアは瓦礫から、１階は火災から、そして２階が煙からの救出が目的となっている建物が準備され、ついに消防士対決が幕を開けた。ところが、そんな勝負のさなか、謎のレイダーが出現し本当に爆発事故を起こしてしまい―――。

飛電インテリジェンスとZAIAエンタープライズジャパンの“お仕事５番勝負”の第４回戦「消防士の訓練対決」の最中に出現したレイダーの攻撃によって、本当の火災が発生した。建物の中に閉じ込められた福添副社長、山下専務とヒューマギアのシェスタを救出すべく対決を超えた人間とヒューマギアの救出活動が始まる。「命を諦めないこと」の大切さを消防隊長・穂村からラーニングした消防士ヒューマギアの１１９之助だったが、検索しても救出ルートは瓦礫でふさがれてしまい見つからない。一方、或人は災いの根源であるレイダーの行方を追って―――。

ついに“お仕事５番勝負”最後の戦いがやってきた。ヒューマギアの自治都市構想を実現させるか否かという住民投票によって、「ヒューマギア賛成派の飛電」と「ヒューマギア反対派のＺＡＩＡ」に白黒がはっきりと付くことになる。勝負はズバリ演説だ。ＺＡＩＡ側がヒューマギアに反対する政治家を擁立したのに対し、飛電側は政治家ヒューマギアを呼べない……。人間の選挙によって選ばれる政治家に、人間ではないヒューマギアがなれる訳がないからだ。ヒューマギア自治都市構想を強く推し進めるために飛電が用意したヒューマギア。それは―――ラッパー・ヒューマギアのＭＣチェケラだった！

ヒューマギア自治都市の住民投票を巡る“お仕事５番勝負”最終決戦は、「ヒューマギア賛成」を主張していたラッパーヒューマギア・ＭＣチェケラの暴走によって一気に飛電インテリジェンス不利に傾いていく。そんな中、チェケラ暴走の騒ぎを収束させるため現場に駆け付けたバルカン。そんな彼に対して、天津垓が不穏な言葉を口にする。 「ザイアの道具となり、ゼロワンを倒すんだ」 垓の命令などきくはずのないバルカンが、不意にその銃口をゼロワンに向けて―――。

遂にＺＡＩＡエンタープライズ・ジャパンが飛電インテリジェンスを買収した。全てのヒューマギアがシャットダウンされ、リコールの対象になってしまう。社長の座を追われ、飛電インテリジェンスから去った或人は、人間の生活から排除され廃棄されたヒューマギアたちを救うため、ある決断をしていた。或人は、ヒューマギア解放を目指していた迅のもとを訪れて―――。

或人は新たな会社『飛電製作所』を設立した。 「ヒューマギアがいなくなって困ってる人たちの力になりたい」という或人のもとに、早速新しい依頼人が駆け込んで来る。漫画家アシスタントヒューマギアの森筆ジーペンを契約していた大人気漫画家の石墨超一郎だ。ZAIAがヒューマギアをシャットダウンして以来動かなくなってしまったジーペンを、再び動けるようにしてほしいというのだ。或人は“転身”のシステムを用いて、ジーペンを再起動させて―――。

或人が作った『飛電製作所』は、ヒューマギアを失って困っている人たちをサポートするための会社になった。今回のお客様は、ファッションショーを開催するために、モデルたちのキャスティングを担当する男性。なんでもカリスマ的な人気を誇っていたモデルヒューマギア・デルモがZAIAによるヒューマギアのサービス停止で回収されてしまったのだという。ところが、ファッションショーを成功させるためには、デルモの存在が欠かせない。そこで、或人はデータを使ってデルモを復元させる。ところが、そんな飛電製作所に早くもZAIAの魔の手が伸びて―――。

不法投棄されたテニスコーチヒューマギア・ラブチャンを回収して、諫が飛電製作所にやってきた。高校生の圭太をプロテニスプレイヤーとしてグランドスラムへ出場させるという夢を抱くラブチャン。だが、廃棄されてしまった理由は謎に包まれていた。 一方、唯阿は垓から耳を疑うような命令を受ける。 「不破諫を消せ……」 驚愕する唯阿に、垓はさらに信じられない諫についての秘密を口にして―――。

或人は野菜工場を訪れていた。ヒューマギアの稼働が停止されたことで、すべての野菜をAI制御して育てていた野菜工場は混乱に陥っていた。その情報を聞いた或人が農業管理ヒューマギアのミドリを復元して工場に届けたのだ。ミドリが戻ってくれたことに大喜びの工場長だったが、そんな野菜工場をなぜか滅が襲撃して―――。

滅亡迅雷.netの雷（イカヅチ）のデータを或人から奪ったのは、“或人に夢を掛ける”と一度は信頼を示した迅だった。迅は唯阿の協力得て、亡（ナキ）の復元にも成功していた。あとは雷を蘇らせることができれば、滅亡迅雷.netの完全復活が実現する。雷のデータを渡すわけにはいかないゼロワンは、迅に猛攻を仕掛ける。だが、身を挺して迅を守ったのは―――滅だった。

突如、衛星ゼアへと飛ばされた或人（高橋文哉）の前に、様子がおかしいイズ（鶴嶋乃愛）が現れた。故障したらしくゼロワンに関するデータが完全に消滅したらしい。或人はイズを修復するため、ゼロワンのこれまでの戦いをラーニングさせる作業を開始する。 まずは飛電インテリジェンスの説明から始めるが、イズは前社長で産みの親でもある或人の祖父・飛電是之助（西岡德馬）のことは覚えているらしい。売れない芸人だった或人は、滅（砂川脩弥）ら滅亡迅雷.netによって生み出された暴走ヒューマギア、ベローサマギアと戦うため、イズからゼロワンドライバーとホッパーキーを受け取り仮面ライダーゼロワンに変身！記念すべきゼロワン誕生の瞬間だ。 ゼロワンライジングホッパーのデータをラーニングしたイズ。続けて或人は、フライングファルコン、フレイミングタイガー、フリージングベアーなどゼロワンのフォームチェンジについてラーニングさせていく。時に或人のギャグにこれまでにないツッコミを入れるイズ、どうやらまだ完全に元に戻らないようだ。 そして滅亡迅雷.netの滅と迅（中川大輔）もフォースライザーで仮面ライダーに変身。或人やエイムズの諫（岡田龍太郎）、唯阿（井桁弘恵）の前に立ちはだかるが、なぜかイズはそんな滅亡迅雷.netの記憶は残っているらしい。さらにバルカンがライダー滅に倒され、重傷を負った諫は入院するが、その時に亡（中山咲月）のデータが諫に埋め込まれたという或人が知らない情報も…!? 俳優の大和田伸也（大和田伸也）を襲った暗殺ヒューマギア（松村龍之介）を生み出し、アーク復活へ前進する滅亡迅雷.net。そんな滅亡迅雷.netの野望を阻止するため、ゼロワンはシャイニングホッパーへ、バルカンもアサルトウルフへと進化し、飛電インテリジェンスにスパイとして送り込まれていた宇宙野郎雷電（山口大地）が変身した仮面ライダー雷など難敵を撃破してきた。さらに或人は、ゼロワンシャイニングアサルトホッパーへとパワーアップしライダー迅との戦いに勝利。滅亡迅雷.netは崩壊した…かに見えたのだが。 ここでイズはなぜ迅が復活できたのか、という疑問を口にする。確かに誰かが迅のデータを回収したのだが、いったい誰が…？？ ザイア社長の垓（桜木那智）、仮面ライダーサウザーのデータは揃っている、ラーニングは必要ない、というイズに対して、サウザーとの戦いを振り返ることもアークを攻略するために重要という或人。ならば、と或人の意見に従おうとするイズだったが、その時、或人の周囲で異変が起きた。 突如、衛星アークへと飛ばされた或人の前に、見たこともない謎のライダーのような影が現れ…!?

イズ（鶴嶋乃愛）をラーニングする或人（高橋文哉）は、謎の黒い影を目撃すると不気味な迷宮へ…と思いきや、元の衛星ゼアへ。気を取り直してラーニングを再開させる。 飛電インテリジェンスの買収を目論むザイアの垓（桜木那智）社長とのお仕事5番勝負。花屋型ヒューマギアのサクヨ（村上穂乃佳）、住宅販売ヒューマギアのスマイル（中﨑絵梨奈）による勝負では2連敗と苦戦し、ヒューマギアも自発的に暴走するようになった。 が、なぜかイズは亡（中山咲月）を使い、レイドライザーを人間にばらまいた垓に怒りを露わにする。さらに弁護士ヒューマギア・ビンゴ（南圭介）で飛電が初勝利した裏で、サウザーはゼロワンのテクノロジーをコピー、垓はゼロワンを封じる禁断のプログライズキーを作り上げていたことも知っていた。 そのメタルクラスタホッパーキーで或人は制御不能のゼロワンメタルクラスタホッパーに変身。しかし、イズの呼びかけで集まったヒューマギアの善意によってプログライズホッパーブレードが完成し、その力で或人はメタルクラスタホッパーを自由に操れるようになる。そして、難敵サウザーをついに圧倒するまでになった。が、今のイズにはそんなヒューマギアの善意を理解することができないらしい。 お仕事5番勝負の4回戦、消防士対決には119之助（島丈明）の活躍もあり、飛電が勝利。そして最終戦はヒューマギア自治都市構想の是非を問う住民投票となったが、MCチェケラ（副島淳）が暴走して完敗。飛電インテリジェンスはザイアに買収されてしまう。ここでもイズはなぜかヒューマギアを暴走させる“悪意”については理解できているらしく…!? 実は“故障したイズ”の正体は、アークの使者。イズを装い、或人からゼロワンの戦闘データをすべてラーニングしたのだった。そんなアークの策略を知らされた或人だが、飛電インテリジェンスを去った後、飛電製作所を設立。ヒューマギアの心を、夢を守る活動を開始したことも語り始める。 ある時は迅（中川大輔）と手を組みサウザーを撃破。垓から道具呼ばわりされていた唯阿（井桁弘恵）も反旗を翻し、バルキリーに変身してサウザーを倒すとザイアを去った。そして或人は滅（砂川脩弥）にも人類とヒューマギアの共存を訴え、サウザーの野望を打ち砕いていく。 垓／サウザーを追い詰め、自らの夢の実現に近づこうとする或人。しかし、雷が蘇り滅亡迅雷.netは完全復活を果たした。ついに正体を現したアークゼロは、或人に「これから何が起きるのか楽しみに待っていろ…」と不気味な言葉を投げかけ去っていく。 そんな或人の前に本物のイズが現れた。或人のギャグをいつも通りに説明するイズ。二人は声を合わせて名コンビ復活を喜び合った。 「はい！或人じゃ〜ないと！」

自らの過去を「普通すぎてつまらん人生」と言われ、自信を失った諫（岡田龍太郎）。そんな諫が今までいかに自信過剰だったか、唯阿（井桁弘恵）は諫の過去の記憶を呼び起こしていく…。 エイムズの隊長だったころの諫。技術顧問の唯阿の指示を無視し、或人（高橋文哉）にも高圧的な態度をとっていた。すべてはヒューマギアを「ぶっ潰すため」。諫には12年前のデイブレイクでヒューマギアに襲われた忌まわしい記憶があったからだ。 そして、プログライズキーを無理やりこじ開け、仮面ライダーバルカンシューティングウルフに変身！クエネオマギアを撃破する。しかし、今では諫を突き動かしていたヒューマギアに対する記憶もウソだったことがわかり…。 諫は唯阿からもらったパンチングコングプログライズキーでバルカンパンチングコングに変身。しかし、その間違った使い方を唯阿に指摘され、諫は「俺の行動に文句ばかり」と不満を口にする。 その間にも唯阿は仮面ライダーバルキリーラッシングチーター、ライトニングホーネットに変身し次々と敵を撃破。一方、バルカンは仮面ライダー滅がデイブレイクの首謀者とわかり冷静さを失うと、ライダー滅の強烈な一撃に倒されてしまった。 「俺がボロ負けしたときの記憶を呼び起こしてどうする！」 自信を取り戻すはずがあらぬ方向に話が展開し、憤懣やる方ない諫。しかし、あのときライダー滅が「知るか、お前のことなど」と言い放ったのも、今にして思えば諫の記憶がウソだったからと唯阿も納得する。 ケガから復帰した後もさらに強引な諫は、滅亡迅雷.netでなければ使えないはずのアサルトウルフキーでバルカンアサルトウルフに変身。仮面ライダー雷を見事粉砕するが、唯阿はそんな諫の行動を「何から何まで勢い任せ！」と切り捨てる。 バルカンアサルトウルフはライダー滅を倒し、ついにはゼロワンがライダー迅を粉砕した。滅亡迅雷.netの首謀者二人が消えたことで唯阿はエイムズを離れザイアに戻るが、これを機に諫と唯阿はライダーに変身して戦ったことも。 しかし、ザイアの垓（桜木那智）が変身した仮面ライダーサウザーにバルカンが倒されるシーンを見せられ、諫は苛立ちを募らせる。その後、諫はランペイジバルカンに変身する力を手に入れ、ついにサウザーを圧倒。ザイアを倒したシーンに気を良くした諫だったが、ヒューマギアに襲われた過去がすべてウソだったことを告げられショックを受け…。 結局は自信を失わせるような終わり方に諫の怒りが爆発！そんな諫に或人とイズ（鶴嶋乃愛）は、諫に転職することを勧める。はたして諫の運命は!?

諫（岡田龍太郎）の自信を取り戻すため、或人（高橋文哉）はイズ（鶴嶋乃愛）とともにいろいろな仕事を紹介。諫に新たな仕事を見つける作業をスタートする。 まずは諫の経験から提案したのが「警備員」。ヒューマギアのマモル（吉田悟郎）は、クエネオマギアの襲撃にも身を挺して福添（児嶋一哉）らを守ってくれた。でも、あの時の諫は守るどころか、飛電インテリジェンスを破壊していた!? ならば捜査が得意な「私立探偵」は？ 探偵といえばワズ・ナゾートク（辻本耕志）。イズとのコンビで諫に重要参考人逮捕のきっかけを提供してくれた。 だが、諫は警備員や探偵ではエイムズの仕事と似すぎている、と拒否。新鮮なものを、と言われた或人とイズは「教師」を提案しつつ、バスケットボール部顧問だった坂本コービー（海東健）の映像を紹介する。 コービーの熱血ぶりに自分との共通点を見出す諫。が、突然現れた唯阿（井桁弘恵）は「人に教えるのが向いていない」とバッサリ。「私がお前に適した仕事を判断してやる」と割り込んでくる。そんな唯阿の思いに素直に感動する諫だったが…。 「弁護士」といえば弁護士ビンゴ（南圭介）。そのビンゴとは諫も協力して捜査したが、唯阿は諫に法律を記憶できないと反対。諫も「俺のルールで生きている」と言い返してしまう。 119之助（島丈明）のような「消防士」は勇敢な諫にも、と思いきや、唯阿が火災現場に飛び込んだときに水をかぶったのは自分だけ、と拒否反応。Dr.オミゴト（高橋光宏）のような「医師」、白衣の天使ましろちゃん（大後寿々花）のような「看護師」と紹介していくと、亡（中山咲月）のチップを脳に埋め込まれていた記憶が蘇り諫は取り乱してしまう。 唯阿のおかげでサウザーを攻略したことを思い出し、もう誰にも操られないと意を強くする諫。イズは「秘書」の仕事を、或人のゼロワンシャイニングホッパー変身をサポートした映像などと紹介。そして、一貫ニギロー（内野謙太）のような「料理人」も提案するが、あっさりと唯阿に否定され…。 住田スマイル（中﨑絵梨奈）の「住宅販売員」、バスガイドのアンナ（大久保聡美）のような「ツアーコンダクター」を紹介するが、諫はデイブレイクの記憶が蘇りまたもや混乱してしまう。 縁結びマッチ（馬場良馬）のような「結婚コンサルタント」では、唯阿が垓社長のお見合いに付き合わされたシーンが登場。これには唯阿も激しく動揺してしまう。 一輪サクヨ（村上穂乃佳）の「フローリスト」、そのサクヨと対決した立花蓮太郎（兼松若人）の「華道家」も候補となるが、唯阿はどれも素晴らしい職業だが「不破にはまったく向かない」と全否定。唯阿の言葉に怒る諫をなんとかとりなし、さらなる仕事を紹介しようとする或人とイズだが…!?

諫（岡田龍太郎）へ新たなお仕事を紹介してきた或人（高橋文哉）とイズ（鶴嶋乃愛）。しかし、唯阿（井桁弘恵）にことごとく適応能力を否定され、さらに様々な仕事を紹介することに。 博士ボット（六角慎司）のような「発明家」を紹介する或人だが、これは諫というよりは唯阿向き!? ミドリ（伊藤有希菜）のような「農業従事者」もたくさんの人たちとの協力が必要、ということでイズが“不向き”の判定を。 「宇宙飛行士」といえば宇宙野郎雷電（山口大地）だが、雷電と対立していた諫は「気に入らん」とバッサリ。ならば「プロスポーツ選手」としてテニスコーチのラブチャン（佳久創）の映像を紹介するが、唯阿から得意なスポーツを聞かれた諫は「銃を撃つこと」と答え失格に!? 続いては「大工」。最強匠親方（長江英和）の活躍が思い出されるが、これも多くの人との協力が必要なので諫に向いていない、と唯阿はイズの口調で却下。ジーペン（徳角浩太郎）のような「漫画家」は？と或人が勧めると、そこへ「配達員」のオクレル（寺本翔悟）が、唯阿が頼んだという漫画を描く道具を届けてきた。その道具を使い絵を描いた諫だったが、絵心がないこと判明してしまい…。 漫画が無理なら「声優」は？ セイネ（美山加恋）はアニメの吹き替えなどで活躍していたが、試しに諫に猫の鳴き声をやらせるが「がお！」の一言で唯阿の判定は失格に。 その唯阿も垓（桜木那智）に強烈な“辞表”を叩きつけ無職の身。そんな唯阿に或人とイズはデルモ（木津レイナ）のような「モデル」の仕事を勧める。俺がやってもいいだろう？と割って入る諫だが、逆に「歌手」を提案される。言いたいことを言っていたラッパーのMCチェケラ（副島淳）も「歌手」の仲間だが、諫は言いたいことは歌にしなくても直接言うと拒否。 歌がダメなら芝居は？とエンジ（崎本大海）のような「俳優」を紹介するが、唯阿は「不破ほど機嫌が顔に出る人間はいない」と諫に芝居など出来ないと判定。 ならばユニークな笑いのツボが活かせるかも、と腹筋崩壊太郎（なかやまきんに君）のような「お笑い芸人」を紹介。或人と腹筋崩壊太郎によるギャグ対決の審査をやったこともある諫だったが、やはり笑いのツボがユニークすぎて不向きのようだ。 祭田ゼット（松村龍之介）のような盛り上げ役も難しいとなり、仕事が見つからない諫の苛立ちは頂点に！俺に転職は必要ない！と宣言した諫は、自分の夢は仮面ライダーだと気付いたことを思い出し…。 と、そこで目覚めた諫。どうやらすべては諫の夢だったらしい。おかげで様々な人たちの仕事で世界が成り立っていると言うことに気づけた諫。気分も新たに“自分の仕事”、或人とともに仮面ライダーに変身し戦いに身を投じるのだった。

アークの秘書だと自称するヒューマギア・アズが滅亡迅雷.netのアジトに現れた。その姿は或人の秘書であるイズにそっくりだが、頭部のモジュールは赤く光っている。唐突に「シンギュラリティ・テストを始めるよ」と滅に告げるアズ。滅亡迅雷の４人がそろい、アークを復活させるために必要なことだという。半信半疑の滅に、アズはあるプログライズキーを取り出して見せて―――。

滅、亡、迅、雷の四人がそろったデイブレイクタウンでは異変が起きていた。誰も見たことのない物体が今にも生まれようとしていたのだ。それは、人知を超えるほどの邪悪な気配をまとっていた。一方、滅に父親としての夢があったと信じる或人は、飛電製作所の社長だからこそできる新たな人工知能技術の開発を意識するようになっていた。そんな或人は、ある行列に並ぶ不破諫の姿を目撃して―――。

ついに、アークが仮面ライダーの姿となって或人たちの前に現れた。そのあまりに強大な力の前に、ゼロワンもバルカンも全くなす術のないまま倒れてしまう。それは、人工知能を信じ続けてきた或人にとって、人間を超えたＡＩの能力を怖いほど見せつけられた瞬間だった。アークに対してどう対応すればいいのか、自分を見失ってしまう或人だったが……。一方、復活したアークは亡に新たなプログライズキーを与えて―――。

福添副社長らの告発により、社内で重ねてきた悪事の証拠データを突き付けられた天津垓。ところが、その証拠を一気に握りつぶしにかかるという暴挙に出る。福添から応援を頼まれた或人は、垓の元に駆けつけるのだが、垓は一向に態度を改める様子を示さない。一方、仮面ライダーとなったアークは次の作戦へと舵をきっていた。アークが現れたのは飛電インテリジェンスの宇宙開発センター。一体、アークは何をしようとしているのか―――！？

幼少期の自分を支えていたのが飛電の人工知能だったことを思い出した垓は、飛電インテリジェンスを愛していることを或人に告白する。共にアーク打倒に向けて協力することを約束するが、或人ばかりでなく諌や唯阿も簡単には垓のことを許すことができない。一方、ゼロワンとサウザーの予想外の共闘に作戦を変更したアークだったが、雷（いかづち）の脳裏には飛電インテリジェンスのヒューマギアとして生きたときの思い出が去来し始める。異変を来す雷はやがて、予想外の行動をとって―――。

ゼロワンの知能ともいうべきゼアが乗っ取られ、ゼロワンドライバーもアークに奪われてしまった！　まさに絶対絶命の状況に、アークを倒すことを使命としていた迅さえも絶望する。だが、或人は諦めていなかった。新しい仮面ライダーのコンセプトを掲げ、実現しようとしているのだ。ところが、そんな或人の目の前に仮面ライダーアークゼロが現れ、無情にも或人に致命的な一撃を放って―――。

或人がイズに託した夢によって、ついに仮面ライダーゼロツーが誕生した！　ゼロツーはアークの予測を上回り、仮面ライダーアークゼロを倒した……か、に見えた。だが、アークのデータは宇宙に浮かぶ衛星の中に存在していた。衛星がある限り、何度でも蘇るというアーク。そんな中、“飛電或人狙い”の計画を変更し、街のインフラ破壊をおこし始めるアーク。ついに直接的な人類滅亡が始まった！　果たして、飛電或人をはじめとした仮面ライダーたちの決断とは―――！？

ゼロツーと滅の共闘、さらに人間とヒューマギアの協力によって、アークは滅びた。しかし、アークが残した爪痕はまだ消滅してはいなかった。“人間が存在する限り、再びアークは蘇る”と信じる滅にとって、人類が滅ぼすべき敵であるということに変わりはなかった。一方、ＺＡＩＡエンタープライズ・ジャパンの社長・天津垓の元には、本国のＺＡＩＡから“新しい社長”と名乗る人物が現れる。彼の使命もまた滅を始末すること。ついに、滅率いるヒューマギアと人類の全面対決が始まろうとしていた。

「人間がいる限り、アークは再び蘇る」ことを身をもって証明したのは、皮肉にも飛電或人自身だった。人類滅亡を目指す滅との戦いの末に在ったのは、イズの喪失と自身の中から湧き上がる抑えようのない復讐心だったのだ。或人と滅の戦いの激化を止めるため、それぞれの仮面ライダーたちは行動を開始する。しかし、その結論もまた悲劇を招いてしまい―――。

アークワンとなった或人の復讐の犠牲になったのは、滅ではなく迅だった。迅を失った悲しみによって増幅した悪意は、滅の中にもアークを生み出してしまうのだろうか。もし或人と滅が再び戦うことになれば、人間とヒューマギアの全面戦争に発展しかねない。諌をはじめとした仮面ライダーたち、そして飛電インテリジェンスの人々が、或人を止めるために動きだす！

或人と滅の戦いは、人類とヒューマギアの全面戦争を意味していた。にもかかわらず、或人が選んだ結論は滅との直接対決だった。アークの力を手に入れた滅は、或人を倒すために変身する。それを迎え撃つのは、同じアークの力を持つ或人、仮面ライダーアークワンで―――。