7年前、渋谷に隕石が落下。その災害から立ち直ろうとしいる人類に、さらなる脅威が。地球外生命体ワーム。ワームに対抗する秘密組織 ZECTは、マスクドライダーシステムを完成させつつあった。だが、その思惑とは無関係に選ばれた運命の男。天道総司！

「ZECTに属さない者に、ライダーになる資格はない！」と言い放つ田所たち。不安を覚えた加賀美は「仲間になってくれ」と天道に懇願。一方、ZECT本部から正式なカブトの資格者が派遣された。ベルトとバイクを引き渡すべく、岬が接触ポイントに……。

人間に擬態し、殺害して相手になりすますワームの習性。だが、ふとしたことから殺害が未遂に終わり、同じ人物が2人存在することに。どちらが人間でどちらがワームか見きわめること。それが加賀美たちのミッション。そうと聞いた天道が繰り出す秘策とは！

加賀美の前に現れる少年・亮。最愛の弟との再会に、加賀美は心を踊らせる。だが天道は疑念を抱いた。ZECTのメンバーの前に、2年前に失踪した弟が突然現れる。だが、そんな都合のいいことがあるはずがないと……。

ZECT本部の特別チーム。そのミッションは、ZECTの指令に従わないカブトを捕獲すること。カブトをおびき寄せるべく、ワームをあえて野放しに。そんな非情にして苛烈な作戦に参加する岬。だが、当の天道はのんきに、ひよりとデートの約束を?!

ZECTの虜囚となり、ノンストップで訊問を受ける天道。「これでヤツがZECTメンバーになってくれれば、すべてうまく行く」と加賀美は自分に言い聞かせるが、やはり自分に嘘はつけない。東・岬チームを向こうに回し、加賀美の天道救出作戦が始まる。

「戦いにおいて最も重要なこと。それはパーフェクトハーモニー。完全調和だ！」ついに姿を現した第2の仮面ライダー、ザビー。精鋭部隊シャドウを率い、ワームをつぎつぎと殲滅するその圧倒的な戦力。彼とシャドウに与えられた、もうひとつの使命とは……。

「カブトを倒すことが俺の使命だ！」カブトに襲いかかるザビー。反撃するカブトはシャドウのひとり・影山を傷つけた。ライダー同士が戦い合い、他の人間までが傷つく。加賀美はそんな状況に疑問を抱く。そんな中、乱戦に乗じたワームがさらなる事件を……。

ついに激突した2人のライダー。加賀美の叫びもむなしく、ザビーの必殺技がカブトに炸裂。はじめて敗北を喫した天道が地に伏す。天道は二度と変身できない！　ライダーの頂点に立った矢車は、そして加賀美は……。

ザビーゼクターに選ばれ、ザビーに変身した加賀美。これからは天道と肩を並べて戦えると加賀美は胸を希望でふくらませる。だが、ZECT本部からの指令は「カブトを倒せ。以上だ」という非情なものだった。

風のように現れたメイクアップアーティスト・風間大介。世のあらゆる女性のためだけに生きる彼は、風のように気まぐれな男。男性にはまったく興味がない。だが、ふしぎな男、天道総司と出会ったとき、大介の運命は変転を告げる。

ドレイクに変身した風間大介。ドレイクゼクターに選ばれた資格者として、彼を組織に引き入れようとするZECT。だが、天道に恥をかかされたと感じる大介は、天道にますますライバル心を燃やしていた。やがて、天道と大介との対決の時が……。

ワームによる連続殺人が起こっていた。リーダー矢車を失って解散した、ZECTの精鋭部隊シャドウ。その元メンバーが、連続して襲われているのだ。誰か内部の人間が、メンバーのリストを洩らしている？　そのとき、あの男が帰ってきた！

本部が突きとめた内通者は加賀美?!　シャドウ隊員が連続して襲われる事件を解決するため、暗躍する影山。ひそかに加賀美に包囲の網がかけられる。そして、目撃したカブトを、7年前のベルトの思い出と結びつけたひよりは、天道を激しく問いつめる……。

俺は不要な人間なのか？　加賀美は、ZECTを離れ、単身でワームを追うことを決意した。自分の価値を、自分自身に確かめるために。そして、頻発するワーム事件の目撃情報は、ひとりの男がワームの擬態であることを指し示していた。天才外科医、若林。

突如、ZECTの精鋭部隊・シャドウを率いて現れた天道。天道は何を考えているのか。そんな天道の思惑をよそに、ワームとおぼしき天才外科医・若林の捜査をつづける加賀美たちは、さらに驚くべき事実を目撃する。

影山がゴンを襲撃した。だが、大介はゴンの訴えを信じようとしない。ふたりの間にひろがっていく溝。そして、襲撃の恐怖をきっかけに、ゴンは過去への扉を開きはじめていた。彼女の記憶が戻るとき、そのときには……。

ゴンを助けたい。その一心の大介は、執拗に天道に戦いを挑み、その命を狙う。引き離された手と手が、ふたたび結ばれる日は来るのだろうか……。

神代剣、仮面ライダーサソード。「神に代わって剣を振るう男だ！」イギリスの名門家の末裔である彼は、天道以上の俺様系。最強のライダーとしてZECTと契約し、すべてのワームは自分が倒すと言って聞かない。そんな彼が、天道と出会ったとき……。

天道をも巻きこんで進行する、岬たちの「怪盗シャドウ」作戦。次のターゲットは、名門・ディスカビル家の流れを継ぐ神代家の家宝と決まった。だが、あの神代剣の目を盗むことができるか？　そして、作戦の本当の狙いとは……。

ZECTの計画の枢要となる最強のライダー。その名はガタック。ガタックゼクターの資格者を探す実験は、だが、犠牲者の山を築くばかりだった。一方、とある工場に潜入した加賀美。すでにワームの巣と化していた工場の奥で、彼はひとりの少年と出会う。

ガタックゼクターによって重傷を負った加賀美。一方 ZECTは、ワームに乗っ取られた廃工場に対して殲滅作戦を展開する。修羅場と化した工場に、単身、生身で乗り込む加賀美。限りなくワームの可能性が高い少年のために。はたしてガタックは誰の手に？

念願かなって、ガタックとなった加賀美。しかし、ひよりがその変身を目撃してしまう。ベルトを見たひよりの脳裏に、ふたたびよみがえる7年前のあの日、渋谷の記憶。おりしも渋谷廃虚では、田所が「AREA X」の前に恐怖に震えていた！

渋谷隕石のカケラを持つ者が、つぎつぎと狙われている。ひよりもそのひとりなのか？　やはり、すべてのカギは渋谷にある。そう考えた加賀美だったが、田所も天道も強固に異を唱える。しかし、思いつめたあげくのひよりが単独で渋谷に向かい……。

渋谷廃墟の最深部で、謎の扉を開け放った3人。その奥には、あらゆる予想を越える事実が待ちかまえていた。それぞれに謎を追う3人。だが、ワームもまた新しい活動をはじめていた。

それぞれに謎を追う天道と加賀美。そして、岬の擬態と出会う神代剣。ひよりを守って追いつめられた天道の口から語られる真実とは……。

大介との記憶をなくし、百合子として暮らすゴンの記憶がよみがえった。「大介に逢いたい!」ゴンの旅路がはじまる。一方、「じいやが倒れた！」と大騒ぎの剣。新たな動きを開始するZECTとワーム。すべてのライダーを巻きこみ、事態は思わぬ方向へ……。

殺人容疑で指名手配された風間大介。そんな彼をかくまおうとする天道だったが、それは擬態の大介だった。入り乱れる本物と擬態の大介。そんな中、大介の遺体が発見される。犯人はワーム?!　弔い合戦に乗り出す4大ライダーだったが……。

料理人・生簀一郎。どんな人間の心をもつかむその技巧は、天道をも上回るほど。しかし、彼はそうして人の心をあやつるために包丁を振るう闇の料理人。はたして料理の正道を守れるか。誇りをかけ、闇の料理人と、伝説の料理人の戦いのゴングが鳴る。

伝説の黒包丁を握った闇の料理人・生簀一郎。その包丁の冴えの前に、あのじいやも敗北を喫した。そしてまた、田所まで……。じいやのため、すべての料理人のため、天道が立ち上がる。料理の真髄をつかみ、生簀を倒せるか?!

かねてより ZECTで開発中だった「ハイパーゼクター」をめぐる攻防が始まる中、間宮麗奈はひよりに焦点を当てた。そして、追いつめられたひよりは……。シリーズ最大の謎をめぐる戦いが、いま始まる！

ワームとしての本性をあらわにしたひより。動揺する加賀美だが、「ワームは倒す」と、あくまでもクールな天道。やがて、カブトのライダーキックがひよりに炸裂し……！

渋谷廃墟の深奥から、忽然と姿を消したひより。ZECTに入隊する天道。なぜ？　何のために？　そして、地獄から帰ってきたあの男、その名は、新たなライダー・キックホッパー！

ZECT司令官の座を隠れみのに、ゼクターを集める天道。その目はついにハイパーゼクターに向けられた。危機感を強めた三島は、蓮華に天道抹殺を命じるが……。

資格者でもないのにゼクターを自由にあやつる男、立川大吾。ZECTは彼をワームから守れと指令する。しかし、その彼自身が……。

ワームから逃走するワーム・立川大吾。彼はみずからを「ネイティブ」と名乗った。その謎を追う天道たちだったが、行き着いたのは、期せずしてマスクドライダーシステムの謎?!　そしてホッパー兄弟が天道と加賀美を襲う！

樹花の学校で起こった怪異。弱小野球部が全員消えてしまったという。しかもそれは「呪いの鏡」のせいだというのだ。中学校に潜入捜査を命じる天道だが……。

他愛のない「学校の怪談」。その裏にひそむ、おそるべき真実とは……！

パーフェクトゼクターを得た天道の前に、敗北を喫したウカワーム―間宮麗奈。傷を負った彼女を救ったのは、風間大介だった。ワームとしての記憶を失い、人間としての生活を再開した麗奈。彼女を守って大介が走る！

時空の彼方で、天道はひよりと、そして擬態した自分と出会う。一方、ワームとしての記憶を取り戻しつつある麗奈。恋に落ちた大介と麗奈だったが、2人には、時間はほとんど残されていなかった……。

アンチ・ミミック弾の実験が始まる。戦いの帰趨を決する新兵器……。だが、最強の敵・乃木怜治が立ちはだかった。そして明かされる ZECTの真の姿とは？

時を止めるフリーズ能力で、ハイパークロックアップすらも破った乃木怜治。エリアを完全に制圧し、ZECTに新兵器と人質との交換を要求する。その正体がネイティブとわかった田所のために、加賀美は戦えるか？　そして天道は？

地上に姿を現したダークカブト=もうひとりの天道。ひよりのいる世界への通路がどこかにあるのか？　天道に勝負を挑むダークカブトに、天道はどう立ち向かう？　一方、復活した乃木怜治が、大軍勢で進撃を開始した！

ダークカブトの側に立ち、「この世界には帰らない！」と言い切るひより。その真意はどこに？　そして、乃木率いるワームの大軍が、エリアZの最終防衛ラインを突破しつつあった。

サソード＝神代剣、最終編。かたくなだった岬の心も、神代剣の真心に、しだいに融かされていた。しかし、乃木率いるワーム軍の動きがみたび活発化。剣の思いに岬が応える日は来るのか？

自らがワームと知り、衝撃の剣。「全てのワームは俺が倒す」と言ってやまなかった男の旅路はどこに行き着くのか？　いま私たちが見る、クリスマスイブの奇跡。

ワームの激減を受け、秘密のベールを脱いで公然と活動を始めたZECT。ネイティブの協力のもと、ワームの残党狩りがつづけられる。そんな時勢に、たったひとり反旗を翻そうとする天道は……。

ZECTのネックレス配布計画に抵抗をつづける天道。共存と平和を訴える根岸に共鳴する加賀美。2人の対決の時が迫る。一方、三島にとらわれた擬態天道は自分の正体を知り……。

全人類をネイティブ化する。根岸たちの陰謀を知った加賀美は、その阻止に向かう。たったひとりで戦う加賀美のつかんだものは？　そして、戦いの果てに明かされた天の道とは！