明治四十五年、雪の小樽。元新撰組隊士・永倉新八は、謎の女性・市川真琴に請われ、血と魂の記憶を語り始める。 物語は幕末の江戸。 喧嘩に明け暮れる「バラガキ」土方歳三は、道場破りの末に天然理心流「試衛館」の主・近藤勇と運命的に出会う。その圧倒的な強さと人間性に心酔した土方は、山南敬助、沖田総司や斉藤一といった仲間たちと共に、初めて「家族」と呼べる場所を見つける。 そして、「家族」のために土方は江戸の町を騒がせる辻斬りとの対決に臨み、命を燃やす勝負の中で初めて魂から分かり合える「友」・岡田以蔵と出会うことになる。 そして文久三年、京。 大志を抱き乗り込んだ彼らを待っていたのは、時代の裏切りと、圧倒的な暴力と狂気を宿す男・芹沢鴨だった。天才剣士・沖田さえもが敗北を喫する衝撃的な出会いは、土方の心に恐怖と同時に烈しい闘志の火を灯す。 京の闇では血なまぐさい暗殺が横行し、その刃を振るう「人斬り」の中には、かつて土方の「友」・以蔵の姿があった…。 これは、ただの喧嘩屋が激動の時代の中で真の「武士」へと変貌を遂げていく、覚悟と信念の物語。

京の都を「会津狩り」と名乗る人斬りの恐怖が覆う中、土方歳三ら壬生浪士組は、会津藩預かりとなるための試練に臨む。藩主・松平容保が命じたのは、“日の本一の武人”と恐れられる武人・佐川官兵衛との真剣勝負。土方は死を恐れぬ捨て身の剣でその覚悟を示し、彼らは京の治安を守るという大義名分を得る。 しかし、その栄光の裏で悲劇の歯車が回り出す。仲間を想う心優しき青年・阿比留鋭三郎が、兄の仇の情報を得るために、長州藩と通じ仲間を裏切っていたのだ。再会した斉藤一がもたらした残酷な真実は、試衛館という「家族」の絆を激しく揺さぶる。復讐の念に駆られた阿比留は、仇である新見錦が仕掛けた卑劣な罠に堕ち、毒刃の前に命を散らした。 友の死を乗り越え、土方は「強さ」を求め道を踏み外した人斬り・田中新兵衛との死闘に挑む。魂がぶつかり合う激戦の末、土方は勝利を収めるも、その心には新たな苦悩が刻まれる。