上野で半グレ集団「東京同盟」と暴力団「千波組」が絡む薬物事件が発生。上野中央署組対課の刑事・八神瑛子（黒木メイサ）は、上司・川上（池内博之）の指示に逆らい、独自の捜査で核心に迫る。背後に見え隠れするのは、亡き夫・雅也（毎熊克哉）の不可解な死とつながる闇。瑛子が千波組組長・有嶋（奥田瑛二）に取引を持ちかける中でフィリピンの殺し屋・グラニソ（小島健）の影が浮かび上がり、事件は思わぬ方向へと動き出す。

東京同盟と千波組の緊張が高まる中、瑛子は雅也を知る重要人物の護衛に関わることに。殺しのターゲットとしてその重要人物を追うグラニソと瑛子が線で繋がり、千波組の甲斐（藤木直人）や中国マフィアのボス・インリー（りょう）の動きも絡み、事態は一気に緊迫する。さらに新宿署組対課の五条（高良健吾）が瑛子に接近し、警察内部の軋轢や思惑が交錯。瑛子は次第に孤立を深めていく。

複数の組織が入り乱れ、事件はさらに複雑化。重要人物を巡る抗争の中で、ついに瑛子とグラニソとの対決の時が近づく。一方、川上の動きにも不穏な影が見え始め、誰が敵で誰が味方なのか分からなくなる。抗争は意外な結末を迎え、そして重要人物が明かす真実からすべてがつながり始めたとき、新たな局面が訪れる。

雅也の死の真相を追う瑛子の捜査は大きく揺らぎ始め、疑念と裏切りが広がっていく。これまで信じていた関係や情報にほころびが見え始め、真実はより深い闇の中へ。警察と裏社会、それぞれの思惑がぶつかる中で、瑛子は自らの信念を問われる選択を迫られる。そして、事態は予測不能の展開へと発展していく。

雅也と東京同盟、千波組を繋いでいた人物からこれまでの出来事がつながり始め、瑛子は雅也の死に隠された真実へと近づいていく。しかしその先には、東京同盟、千波組、中国マフィアそれぞれの思惑が複雑に絡み合っていた。そして公安警察をも巻き込み、すべてが加速する中、瑛子は核心へと踏み込んでいく。