とある大学の敷地から白骨遺体が掘り起こされる。被害者は1971年に起きた、学生と機動隊が激しく衝突した横須賀暴動に参戦していた橋本誠司だと分かる。その後、捜査一課の石川百合のもとに橋本の娘が訪れ、父親とおぼしき人物から毎年送金を受けていたと告白。本木らは、送金用の封筒にある外国の消印に着目。外国滞在期間が30年以上あるため時効不成立の可能性が浮上し、捜査を始める。

残業中の百合のもとに、ある男が訪ねてくる。男は22年前に高校生を生き埋めにして殺したと告白し、凶器のシャベルを提示。調べてみると、1996年、17歳だった佐伯慎一が生き埋めにされ殺されていたことが分かる。シャベルには慎一以外の新しい血も付いていたことから、さらなる被害者がいることが判明。男は新たな犯行は今夜起こしたと話す。タイムリミットが迫る中、百合たちと男の攻防戦が始まる。

2007年、イラク派遣中の事故で足が不自由となった自衛官の野々宮一希の妻・恵理がビルから転落死した。そして現在、息子の広志が捜査一課を訪れ、遺品の中からフリージャーナリスト大野司の名刺を発見し、事件当日に母と会っていたのではないか、と言う。大野は当時、ＰＫＯのイラク派遣から戻った自衛官が何人か自殺した件を取材していた。捜査一課の面々は、転落死の背景に何か大きな闇を感じるが…。

ある日、神奈川県警の現職警官が、証拠のもみ消し等の不祥事が明るみに出たことで自殺。同じ頃、金子に刑務官の寺山から連絡が入る。寺山は、1997年に幼い兄弟が殺された事件の犯人であり死刑囚の荻原の教育担当になったという。実はこの事件は自殺した警官が担当し、金子も携わっていた。未だに荻原は犯行を否定。寺山は最後の希望を金子に託し、金子はひとり捜査を開始するのだが…。

捜査一課に銀行強盗が発生したとの連絡が入る。犯行に使われた拳銃の銃弾は、2004年に未解決事件となった、四葉銀行での銀行強盗殺人事件で使われたものと線条痕が一致。当時の被害者は銀行員の廣瀬亜紀。本件も14年前と同じく３人での犯行だったとの情報を得て、百合たちは再捜査へ乗り出す。被害者の後輩行員に話を聞くと、事件当時、融資の相談をしに来た荻野朔太郎という男の存在が浮かび上がり…。

本木が若かりし頃、初めて逮捕した暴力団の構成員・金村 敦が刑務所から30年ぶりに出所し、本木のもとへあいさつに訪れる。1988年、バブル景気がピークだった頃、暴力団の抗争で敵の幹部を殺害した金村は塀の中へ。そんな金村には心から愛した女、クラブ歌手の進藤マリアがいたが、彼が服役中だった1995年に何者かに殺害され未解決事件となっていた。本木は金村のことを案じ、再捜査に乗り出すが…。

2008年。役者を志したひとりの青年・神林イサムが小劇場演劇の本番当日、何者かに刺殺された。当時、通り魔事件と思われたが、凶器が見つからず迷宮入りしていた。そして現在、凶器と思われる包丁が舞台で使用予定だった棚の中から発見された。包丁からは複数の指紋が検出され、劇団員全員に容疑が掛けられる。百合たちは再捜査を開始するが、嫉妬と欲望にまみれた嘘が次々と浮かび上がり、捜査は困難に陥る。

ルーズソックスとミニスカートで街を闊歩する女子高校生が溢れ返っていた1996年。男子高校生・杉田武史がひき逃げ事故で死亡した。彼の恋人、皆本美姫はその日、彼との間にできた赤ん坊を出産し、その場から逃げ去っていた。それから23年。産み捨てられた美姫の娘・凛のもとに、本当の父親と名乗る人物から謎のメールが届く。百合たちは、当時の関係者を訪ねることに。

1954年。第一線で活躍していた女性新聞記者・藤沢智世が水死体で発見された。当時はひったくり事件として処理されたが、65年後、彼女が遺したとされるメモが発見され、そこにはマリーという人物宛てに「やっぱり私は許せない」と記されていた。時を同じくして、智世の元同僚で世界的に有名な小説家・マリ浅井が帰国していることを知り、百合は事件と何かつながりがあるのでは、と会いに行くが…。

2017年、リストラによる精神的な負担により、父親が一家心中を図るという事件が起きた。奇跡的に助かった長女の莉子が目を覚ましたとき、彼女は事件の記憶をすべて失っていた。しかし、ある日、莉子の記憶が徐々によみがえり始め、百合と高木は彼女の入院先の警察病院を訪れる。彼女は目の前で父親が殺された瞬間を思い出していた。つまり、犯人は別にいる――。そう確信した百合は、捜査を開始する。