運命の三女神との戦いの勝利を祝った翌朝、レジェンドたちはサラが消えていることに気づく。サラがエイリアンにさらわれたと分かり、彼らは衝撃を隠せない。エヴァはサラの捜索に協力してくれるかもしれない人物のもとにミックとベヘラドを送り、コンスタンティンは魔術を試す。一方サラは、エイリアンを亜空間に放出するなど、あらゆる手を尽くして脱出を試みるが、誘拐犯の正体を知って衝撃を受ける。

エヴァはスプーナーの特殊能力によって各時代に散らばったエイリアンを見つければ、サラの手掛かりが得られると期待する。レジェンドたちはエイリアンを追って1950年代のサンバーナディーノにたどり着き、町の人たちがなぜ異常なほど肉に執着するのか、原因を突き止めようとする。ザリはベヘラドにトーテムを共有したいと言うが、ベヘラドは渋り、２人の関係はギクシャクする。一方、墜落したサラは家に帰るための鍵を握っているかもしれない人物、アメリア･イアハートに出会う。

レジェンドたちは、2045年にエイリアンの戦士と対決することになる。勝利するにはザリが人気の歌番組に出演しなければならない。ミックの態度についに我慢ならなくなったエヴァは、スプーナーの後押しを受け、ミックに愛のムチをお見舞いする。サラは襲われた際のケガに苦しむが、なじみの人物に助けられる。ザリとコンスタンティンは互いに避けていたことを話し合う。

ミックが指揮を執って重要な鍵を握るエイリアンの居場所を見つけ出し、驚くレジェンドたちをよそにキューバ危機の真っただ中へと向かう。エヴァはエイリアンから情報を得ようと必死だが、まずはキューバ軍からエイリアンを奪わなければならなくなる。キューバ軍はエイリアンをアメリカから送り込まれた刺客だと勘違いしていた。ネイトとザリはジョン･Ｆ･ケネディ大統領と共に核戦争を阻止しようと奮闘する。一方、ベヘラドもフィデル･カストロと絆を深めて何とか戦争を回避しようとする。そしてミックはスプーナーの力を借りながら想定外の取引を行い、サラを見つけるために単独で出発する。

アストラは心機一転して普通の人間として生きようとするが、コンスタンティンにないがしろにされ、地上での生活に苦戦する。いら立ちと孤独を感じたアストラは協力を申し出てくれた者と手を組むが、楽な道を望むあまり仲間たちにも重大な影響が及んでしまう。一方、サラは自分の誘拐を企てた張本人と対面する。そしてある人物を説得して一緒に脱出しようとする。

ウェーブ･ライダーに乗ってサラの捜索に向かったミックとケイラ。サラが捕らえられているという惑星に到着すると、敵対していた２人は生き延びるためには互いの存在が不可欠だと気づく。そしてエイリアンによる攻撃の報告を受けたレジェンドたちは新たな拠点であるコンスタンティンの屋敷へ戻り、スプーナーとアストラがエイリアンの心を読み取る。ザリはコンスタンティンの行動に疑問を抱くが、あることを告げられて納得する。一方、サラはビショップをうまく騙して脱出しようとするが、衝撃的な事実を知る。

打ちひしがれたエヴァを心配しつつ、ベヘラドとレジェンドたちは、たとえ時間軸を変えてしまうことになってもサラの誘拐を阻止しようと最後の賭けに出る。自分に関する衝撃的な事実を知ったサラは、ミックが謎の惑星まで助けに来てくれたことを喜ぶ。タイムリミットが迫る中、サラ、ミック、ゲイリーはビショップを倒そうとする。一方、スプーナーはレジェンドに加わらなかった場合の人生を思い描く。

ついにレジェンドの全メンバーが再集結し、彼らはエイリアンを見つけるために西部開拓時代へと出発する。ネイトはみんなを落ち着かせるのに苦労する。サラは平静を装っていたが衝撃の事実をエヴァとチームに告白する。コンスタンティンはゲイリーに詰め寄り、自身が抱える問題の答えを得ようと必死になる。そしてスプーナーとアストラは衝突していたが、コンビを組むことになり、結局は２人のパワーに磨きがかかる。一方、ザリはベヘラドのプライベートに首を突っ込む。

レジェンドたちに誕生日を忘れられてしまい、落胆するベヘラド。エイリアンのポッドを追って2023年に行き、偶然にも大好きなシットコムの収録に出くわすと、それが自分のためのサプライズだと思い込む。申し訳なく思ったネイトとザリは、ベヘラドの勘違いに付き合って公開収録を観覧する。一方、サラとスプーナーは時間軸の乱れを防ぐべくエイリアンを探しに行くが、任務はあっさり完了とはいかない。ミックの様子がおかしいのを不審に思ったサラとゲイリーは原因を突き止めようとする。ミックは娘のリタから思いがけない事実を知らされる。

魔力を取り戻すことに固執するコンスタンティンは、スプーナーを誘いインペリウムの泉を探す旅に出発する。スペイン内戦が終わりを迎える時代に到着し、スプーナーとある人物との間に思いも寄らない絆が生まれることになる。スプーナーはその人物を敵から守ろうとするが、敵の中にはコンスタンティンも含まれていた。そしてウェーブ･ライダーにはスペシャル･ゲストが搭乗する。ネイト、ザリ、ベヘラド、ゲイリー、アストラは力を合わせて奮闘するが、大きな困難に直面する。一方、リタはミックの体を心配し、現実を受け入れるよう彼を説得する。

レジェンドたちはエイリアンのポッドにあった謎の装置によって、宇宙のボウリング場に飛ばされてしまう。スプーナーはサラに無断で、連勝中のチームに勝ったら地球に送り届けてもらう約束を取り付ける。しかしその勝負は負ければ大きな代償を伴うものであり、レジェンドの中には納得できない者も。一方、ネイトはザリとロマンチックなデートを楽しもうとするが、何も計画通りに進まない。ゲイリーはエヴァにトラブルの発生を気づかせまいと、結婚式の準備で忙しくさせる。

地球への帰途に就くレジェンドたちだったが、コンスタンティンがギデオンに負荷をかけすぎてしまったために宇宙船のエネルギーを節約しなくてはならず、高速で移動することができなくなる。それぞれが退屈をしのごうとするが、宇宙船での生活はストレスがたまる一方だった。そこでゲイリーの提案で殺人ミステリー･ゲームをみんなでプレイし、暇潰しすることに。刺激を求めるコンスタンティンに対しベヘラドは不満を抱くが、ザリに非難されてしまう。一方、ミックとゲイリーはウェーブ･ライダーで思いもよらない人物と対面する。

招かれざる客を拘束し、レジェンドたちは警戒を強める。エヴァはネイトとサラに見守られながら尋問する。ゲイリーはひどい頭痛に苦しむミックを精一杯介抱する。ザリはアストラとスプーナーの力を借りて、コンスタンティンに何が起きているのか探る。

宇宙船に取り残されてしまったアストラとスプーナーは、コンスタンティンが未だにインペリウムの泉を探していると知り、1920年代のテキサスに降り立つ。足止めを食らった残りのレジェンドたちはミックをおとりとして使い、助けを呼ぶことにする。そしてミックは特別な存在との再会を果たす。一方、スプーナーは自分の過去について驚きの真実を知る。

サラがビショップの計画に気づく。エヴァは、対抗するにはチームのルールに例外を設ける必要があるとサラを説得する。一方、ベヘラドの奇妙な提案によってサラは旧友とつながる。戦いのさなか、サラとエヴァは重大な決断をするが、やり遂げるにはチームの協力が不可欠だった。シックス･シーズン、フィナーレ。