続くseason2では、2020年3月に公開された「劇場版 おいしい給食 Final Battle」の2年後を描く。
前作で転勤になった給食マニアの教師・甘利田幸男（市原隼人）は新しい中学に赴任して2年が経っていたが、相変わらず生徒達には厳しく接する厳格な教師。
だが実は彼の頭の中は給食の事しか考えていないのだ! 毎朝献立を執拗に確認し、ランチタイムに万全を期す。
そんな折、甘利田の担任する3年1組に転校生がやって来る。
朝、登校してきたその生徒に慄然する甘利田。それは、かつて甘利田と給食対決をくりひろげてきた宿敵、神野ゴウ（佐藤大志）だった…。
シーズン２は、米飯給食が解禁になった後の給食メニューだけに、餃子や筑前煮などご飯のお供に持ってこいの給食メニューを、どのように美味しく食するかの甘利田先生と神野ゴウの給食バトルは、よりパワーアップしているし、甘利田先生の天敵の教育委員会の鏑木と甘利田先生の給食愛を賭けたバトル、甘利田先生と学年主任の宗方先生との淡い恋もあり、より幅広さとブロマンス度が増したシーズン２。
