アンドロイドのマザーとファーザーは惑星ケプラー22 bに降り立ち、体外受精させた６人の子供との生活を始める。しかし子供たちは次々と病気で死んでいき、12年後に生き残ったのはキャンピオンだけだった。マザーとファーザーが機能不全に陥り始めた時、生き残ったミトラ教徒の人類を乗せた小型宇宙船 ヘヴンが到着し、２体のアンドロイドにとっての脅威となっていく。

ミトラ教徒のマーカスとの対決を終えたマザーは、地球で生まれた５人の子供、テンペスト、ポール、ハンター、ホリー、ヴィータを連れて開拓地で暮らすことにする。マザーとファーザーが子供たちを和ませようとする一方で、マーカスは惑星ケプラー22 bで１人で生きていこうと奮闘する。キャンピオンは新しい仲間たちと仲良くなろうとするが、マザーの行動に疑問を抱き始める。

ミトラ教徒の子供たちが謎の病気にかかると、キャンピオンはマザーが毒を盛っていると疑い、脱走を計画する。しかし、病気の原因は唯一の食料から出た放射能だった。マザーとファーザーが自分たちの無実を証明しようとする中、息子のポールを取り返そうと必死になっているマーカスと妻のスーは、生き残っている他のミトラ教徒たちを説得して、子供たちを救出する部隊を組織しようとする。

食べるものがなくなった子供たち。ファーザーは家族の一員として自分も役に立つことを証明しようと思い、閉じ込めていた獣を殺して食べようと提案する。しかし子供たちはなかなか獣を殺すことができない。一方ミトラ教徒たちは、預言を現実とする可能性があるな驚くべき発見をするが、議論した結果、マーカスとアンブローズの間に対立が生じる。

マーカスの指揮のもと、子供たちを救出するために出発したミトラ教徒たちは、箱舟の生き残りの仲間に出会う。集落に戻ったキャンピオンとポールは、ファーザーとの狩猟で絆を深める。マザーは出自を知るために仮想空間に入る。彼女は元々ミトラ教のアンドロイドだったが、無神論者に改造され、惑星ケプラー22 bに飛ばされたのだった。一方テンペストはトラウマに悩まされ自暴自棄になってしまう。

マザーは森の生命維持装置・シムへ出向き、シミュレーションを繰り返す。仮想空間の中で自分の創造主と再会したマザーは、感じたことのない激しい感情にとらわれる。そんなマザーの行動を知ったマーカスたちは、寝ているマザーを爆破しようと試みるが、目を覚ましたマザーに攻撃されてしまう。キャンピオンが一族の理念に疑問を抱き続ける中、他の子供たちの忠誠心も試される。

ミトラ教徒のリーダーとしての権力を維持するために苦心するマーカスは、家族を混乱させるような決断をする。一方、倉庫に閉じ込められたマザーはマーカスの本当の姿を見抜いてしまったことで危険な立場に追い込まれる。テンペストを味方につけ強気になったキャンピオンは、ミトラ教徒たちと危険な対立をする。一方、ファーザーはマーカスにコードを書き換えられてミトラ教徒に従順になってしまう。

マーカスがミトラ教に傾倒していくにつれ、スーとポールは暴力的な彼への不信感を強めていく。一方、マザーは箱舟へ向かい、壊れかけのアンドロイドから体液を輸血して体力を回復させる。腹部に違和感を覚えて観察すると丸い塊が動いている。それはマザーの子供だった。ハンターは故障したファーザーの手を診断し、ポールは倉庫からキャンピオンを逃がすための計画を立てる。

スーは子供たちの安全を守るために、マザーを信じていいのか悩む。テンペストは自分をレイプした死刑囚と再会する。一度は殺そうとするものの、マザーが彼の血を必要としたため見逃してしまう。ハンターはファーザーを元に戻そうと奮闘し、ついにプログラムの復元に成功する。その後、新たな脅威が訪れると、ミトラ教徒たちはマーカスの言動に疑問を抱き始める。

ポールはスーに関する衝撃的な真実を知り、スーの脇腹を撃ってしまう。スーはマザーに真実を打ち明ける。ファーザーは今まで味わったことのない感情を抱き、葛藤する。キャンピオンが新しい家族の中での自分の立場に疑問を抱く中、マザーとファーザーは惑星ケプラー22 bに生息する生物についての悲惨な秘密を知る。一方、マーカスは無神論者の兵士たちと遭遇する。