謎の少女銀子、そして猫のような姿をした先生と暮らす、記憶喪失の高校生・黒井宗矢。至って平穏な日々を過ごしていたが、突如出現した正体不明の巨大物体に世界は騒然となる。しかし同時に念動巨神装光を操る7人のヒーローが登場した。巨大物体と戦う彼らを眺める宗矢だったが、銀子から「その7人をやっつけろ」と告げられる。一方7人のヒーローの1人、虎居英雄は、謎の巨大物体を倒すため内部へと突入するが…

国家安全管理局防衛課＝グランドパラディンは、巨大兵器（ネビュラウェポン）と、虎居から力を奪った宗矢ら＝ネビュラソルジャーを人類の敵と断定。そして過去の記憶を思い出した宗矢は、学校にも行かず周りに心を閉ざしていた。そんな節、新たなネビュラウェポンがまたしても世界各地に出現する。虎居を除くグランドパラディンの面々は、再び念動巨神装光を纏い戦いに身を投じ、因幡美羽がネビュラウェポン内へと突入する。

美羽との戦いに勝利した宗矢だったが、そこに現れたのは残るグランドパラディンの面々とそのトップ、竜造寺隆だった。圧倒的な力を持つ隆に返り討ちにされた宗矢は、間一髪のところを先生の宇宙船に回収され、事なきを得る。そして夢の中、宇宙船の中で「穏健派」「封印派」の対話と自分の正体、そして回収していた小瓶の真相を垣間見る。後日、学校のぞみに誘われたオカルト研究会で、宗矢はグランドパラディンの1人、根津屋正義と出会う。

根津屋がネビュラウェポンに敗北。宗矢は根津屋がヒーローの一人だったと知り、動揺を隠せない。一方、親友の美羽を負かされた影響から、熊代晴海はネビュラウェポンを倒した直後に宗矢へ1対1の戦いを挑む。柔道技を駆使して闘う晴海であったが、宗矢と先生の力に敵わず、ついに敗北すると思われたその瞬間、彼女は怒りの衝動によって暴走し、念動装光を龍の姿で再構成する。暴走する晴海を相手に、宗矢とグランドパラディンは一時的に協力することとなる。

「世界征服」という竜造寺隆の真意を知った鷹取紅華は小瓶を置き、グランドパラディンから離脱した。一方、のぞみは宗矢の記憶が戻ったのではと予想し、帰り道で宗矢に詰め寄る。宗矢は自分が宇宙人であることをのぞみに吐露するのだった。そんな折、グランドパラディンに残っている羊谷葉介と竜造寺岳蔵の２人は、新たに出現したネビュラウェポンと対峙し、岳蔵がコアへ突入する。

白石こがねは、ネビュラ・封印派のスパイだった。グランドパラディンは崩壊し、ひとり残った竜造寺隆は念力合体した閣下と白石を相手に激しい戦いを繰り広げていた。閣下は竜造寺隆の力や信念に、かつて宇宙政府ネビュラで歪んだ正義を振るい、時空追放刑に処された「龍」の存在を思い出す。激戦の末、暴走して龍と化した竜造寺隆を相手に、宗矢、銀子、先生たちも、最後の力を振り絞って対抗する。

宗矢の夢の中──、かつて高い軍事力で他星の侵略をつづける惑星シリウスの魔の手は、銀子の故郷、惑星リエルにまで伸びていた。このシリウスの行いは、ネビュラ政府の武力を担う龍の逆鱗に触れ、シリウスは惑星ごと滅ぼされてしまう。穏健派のリーダーである先生は、シリウスの生き残りである宗矢に愛情を教えることで、シリウス人にも共生の道があったと証明することを決意する。戦いを終え、日常生活へと戻った宗矢の前に、白石こがねを名乗る転校生があらわれる。

紅華と葉介は、ネビュラ政府の封印派についた。閣下を信用させるために、自らの過去を語る紅華。彼女は人類が龍の力が無くともサイキックに目覚めつつある状況に気づき、その暴走を止めるべく封印派に属したのであった。封印装置であるネビュラウェポンを引き連れた紅華が街に迫るが、宗矢は戦う事を放棄。その姿を目の当たりにした虎居は、代わりに自分が戦う事を決意する。自身のサイキックの力で念動巨神装光を発動し、紅華の前に立ちはだかる。

自らの過去と仇である龍の存在を抱え、ますます塞ぎ込む宗矢。だが、のぞみは戦いの後も変わらず宗矢を気にし続けていた。一方、生身で封印装置のフィールドにさらされた紅華は、幸せな夢と共に眠りについていた。自分のすべてであった紅華の敗北に羊谷は、地球に持ち込まれた最後の封印装置を自身に取り込むことで、かつての仲間である虎居・美羽・晴海を破る。そして地球が封印装置の夢に包まれ、宗矢以外の全人類が眠りについてしまった。

葉介を撃破した一週間後、太平洋沖の小島にて穏健派と封印派の決戦の火蓋は切って落とされた。穏健派の先生は超小型封印機の破壊、封印派の閣下は先生の完全敗北が勝利の条件だ。それぞれの目的と人類の未来を懸けて、彼らは舞台を宇宙にまで移し戦いを繰り広げる。かつてのグランドパラディンの面々も見守る中、息子・隆の仇討を胸に死闘に介入する竜造寺岳蔵。そして激しい戦いの結末は---。

封印派と穏健派の戦いから5年後の地球。宇宙政府ネビュラと人類は共同戦線を敷いていた。それは肉体に執着し、自我を失った龍を本当の仲間--楽園の民の元に戻す決死戦の始まりであった。宗矢は地球での5年間を胸に、ネビュラ政府、元グランドパラディンの面々と共に、龍の眠る月の裏へと向かった。そして目覚めた龍を相手に、最後の戦いの幕は切って落とされた。

テレパス部隊を囮に龍を亜空間へと封じる最後の作戦が決行された。人類と宇宙政府ネビュラ、そして助っ人であるキグルミ族宇宙船部隊の総力をかけ龍を押し込んだ結果、作戦は成功したかに見えた。しかし、龍は閉じようとしている亜空間の亀裂から脱出しようとしてきた。龍を押し返すために、宗矢・先生・銀子が犠牲となり、龍と共に次元の向こうへと姿を消す。悲しみに暮れる一同。そして、宗矢、銀子、先生の３人は--。