流9洲の外にある山村・ガベ。街の中心から離れ、独立して生活を営むこの山村にひとりの男が現われた。バックパックを肩にかけ、まるで探検隊のような男。荷物の重さに休息を取っていると、不思議な瞳を持つ少女が現われる。一言も発しない彼女に誘われて、男は村の長老と会うことになる。が、その時、長老を狙って襲撃が始まった---。

ガベを襲撃した男達は、吉井により駆逐された。流9洲に向かう目的についての長老の問いかけにも答えず、話をはぐらかす。翌日、花を売りに街へいくという蘭と共に、流9洲に向かう。優しく蘭に語りかける吉井だが、蘭はただ無口に見つめ返すだけだった。賭けボクシングの興業主の女に刃向かったため、組織の報復にあう櫟士。その代償は生きる手段である商売道具の右腕だった。楽しむように櫟士をいたぶる男達と満足気な女。ただひたすら感情のままに刃向かう櫟士は左脚をも失う。そこに現われたのは、流9洲を支配するオルガノの幹部・京呉だった。京呉は興業主から櫟士を解放するが、それは決して優しさではない。これから先、肉体の一部を失ったまま流9洲で生きていくことのほうが、地獄なのだから。

父親の想い出と母親の想い出。意識が混濁する櫟士の脳裏に浮かび、消えていく。どちらも幸せな記憶ではない。やがて櫟士は目を覚ました。そこは無機質なラボ。その部屋の中央付近に位置する台の上に、櫟士は寝かされていた。意識を取り戻した櫟士の前に立ったのは、裏通りで意識を失う前に自分に向けて微笑んだ女だった。彼女は京呉のテクノライズの主治医である、ドクだった。意識を取り戻した櫟士の前で、ドクは、テクノライズの腕と脚の調整を始める。それはドクによって創られた最新のテクノライズ・ユニットだった。

わい雑とした旧市街に、吉井の姿があった。初めて訪れる街を自分が知っている情報をひとつひとつ確認している。その作業に気を取られているすきに、吉井はバックパックを地元の愚連隊グループ「ラカン」の少年達に奪われてしまう。京呉は、道子のひざの上で、仰向けになり、天井を見つめている。否、テクノライズドゆえに見えるインターフェースに映る「街の声」を聴こうとしていた。「街の声」それはこの街で京呉ただ一人が聴くことの出来る、街の意志。やがて起きあがった京呉は、道子の運転する車で、ひとり救済連合の本部に向かった。そして、ドクのラボでは、櫟士のテクノライズの施術が終わっていた。

旧市街のクラブハウス。騒がしく、わい雑な場所から逃げ出した吉井は、ラカンのリーダーであるシンジとともに、上流階級が住むクラースヒルの夜景を見上げていた。ドクは、慌てていた。大事な実験体であり、まだカヴァーを付けてもいないテクノライズの身体の櫟士が、ラボから逃げ出したのだ。京呉に櫟士を探すように依頼したドク。ヒステリックになっているドクにあきれながらも、その依頼を引き受ける京呉。主治医からの願いごとだからというだけではない。腕と脚を失い、血溜まりの中で自分をにらみつけていた櫟士を想いだしていた。そのころ、櫟士は、空腹を満たすために、旧市街の店の厨房に潜り込んでいた---。

櫟士はかろうじて自分が暮らしていた場所である廃工場にたどり着く。しかし、そこはすでに荒らされていて、見る影も無かった。ようやく休息を取ることができたが、まだ完全に自分の身体を受け入れていないテクノライズの腕と脚や、テクノライズされた故に見えるようになった視界にちらつくインターフェースに対し、いらだちをつのらせる。櫟士の行方は以前わからないまま。ラボに帰ってきた彼女を待ち受けていたのは、正体不明の男・吉井だった。吉井はドクがクラースの人間であることを知っていた。悪意を感じさせない、しかし得体のしれないこの男の来訪に、ドクは警戒する。そのころ、オルガノの構成員は、市場で櫟士を発見していた・・・。

オルガノの本部の地下室で、ドクは、京呉の部下にとらえられた櫟士に再会する。施術の途中で逃げ出した櫟士のテクノライズボディを点検し、カバーをつけてやったドクは、京呉と部下の目の前で、櫟士を街に送りだしたのだ。自由になった櫟士は、蘭に出会う。言葉を交わしてもいないが、蘭は櫟士のすぐ後をついてくるようになった。旧市街を歩く櫟士は、シンジ達に声をかけられる。捕まる前に京呉の部下と戦い、ぶちのめしたという話は、すでにシンジの耳に入っていた。シンジは櫟士をラカンに入るように誘う。オルガノの会議室では、京呉の前に幹部たちが集合していた。昨晩、幹部のひとりが何者かに襲撃をうけたのである。幹部たちは、救民連合が襲ったと考え、復讐に血気はやるが、「街はまだ祭りを望んでいない」といい制する京呉。連合の仕業かどうかを確認するため、自分の代理として、幹部のメンバーを連合に向かわせるが・・・。

京呉の言葉を聞かず、復讐に先走ったオルガノのメンバーが救済連合の本部に放火した。救民連合は、ためらうことなく、オルガノへの復讐に向かう。一方ラカンの本拠地である龍の巣でも、何者かが仕掛けた時限爆弾により、爆破された。シンジは、放火をラカンがやったと誤解している救民連合の仕業だと考え、報復を誓う。蘭の予知により、龍の巣での危険から逃げ出していた櫟士と蘭は、街を象徴するかのようにそびえたつオベリスクの足下近くにいた。意図せずそこにいた二人の前に、京呉、木俣率いる救民連合、シンジ率いるラカンが集合する。一触即発の状況。火ぶたを切ったのは--------。

連合、ラカンが入り乱れた戦いの場から、京呉は櫟士を連れて、道子の車で逃げ出した。ラカンや連合の追っ手や吉井の銃撃をかわしつつ、なんとか町中まで戻って来た。そんな中、オベリスクの地下から黒煙があがる。なに者かが、オベリスクの地下にあるラフィア採掘現場を狙って、爆発物をしかけたのだ。救済連合への報復戦に対する京呉の態度にいらだっていたオルガノの幹部たちは、ラフィアの採掘現場がを守ることができなかったことを理由に、京呉に責任をとらせることにきめる。危機に瀕した京呉は、それとは知らずに、事務所に戻ろうとするが・・・

かねてから京呉を煙たく思っていた水野の思惑通りの展開となり、ラフィア採掘現場の爆破事件の責任を取らされることになった京呉は、オルガノから追われる身となった。京呉のいないオルガノ内部では、組織の主導権争いに参加する幹部連や、古波蔵や園田のように事態を静観し自分の出番を待つ幹部達など、思惑や駆け引きが交錯し始める。そのころ、街では、水野の指示でラカンのなわばりを奪おうとするオルガノ達との争いが起きていた。龍の巣に集まるシンジとハル達のもとに、蘭と咲村をつれた吉井が現われる。吉井はシンジに、オルガノよりも有力な立場になる手段を教えようとする。吉井につれられてシンジが向かった場所は、オルガノのトップ・後藤の部屋が見える場所だった。

オルガノ本部。後藤の前に幹部がそろい、御前会議が開かれていた。吉井から後藤を救ったものの、採掘現場の爆破事件についての京呉の責任問題について議論されたが、最終的に京呉の身は後藤が預かるところとなった。京呉を追い落とそうとしていた水野は、京呉の不在をチャンスとし、ここぞとばかりに救民連合やラカンで自分が京呉の座についたことをアピールしょうとする。吉井から京呉を救った櫟士は、オルガノの本部にいた。古波蔵と遠山に声を賭けられ、櫟士は遠山の手伝いをすることになる。坂崎という男を探して遠山と櫟士が向かった先は、スラム街だった。坂崎は、爆破事件の現場で姿を見られていた容疑者だった。

ラフィアの採掘現場でまた事件が起きた。現場を管理している男が何者かに殺されたのだ。クラースから採掘現場の管理を任されているオルガノは、犯人探しに動く。古波蔵の命令の元、遠山とともに櫟士がその任務につくことになった。遠山とともに採掘現場に向かった櫟士は、先日スラム街で出会った、父親のことで自分をなじった男達に出会う。彼らは今でも作業員として働いていたのだ。街に戻った櫟士は再び狐の面をかぶった蘭に再び出会う。なぜかは自分でもわからないが、蘭に会いたいと思うようになっている櫟士を、蘭は避けようとする。その理由を問う櫟士に対し、蘭は答える。「見ていたくないから。最初に見たあなたの未来がその通りになるところ---」。

怒りに駆られて暴走し、ラフィアを横流ししている男達を殺してしまった櫟士。横流し先につながる糸はたたれてしまった。しかし、京呉の力により、櫟士は特にとがめられることもなく、正式に京呉の部下として配属される。吉井にかき回されて以降、街の声はずっと沈黙している。この異変を心配した京呉は、櫟士や部下をつれて、ガベの長老のもとに向かった。長老に助言を求める京呉だが、長老は自分には何も力になれることはないとし、代わりに物見の言葉を聞く場を京呉に与える。物見の儀式に現われた巫女は、狐面をかぶった蘭だった。

一夜のうちに、オルガノの幹部辻中が殺され、それを仕掛けた犯人と見られる園田も襲われる。短時間のうちに繰り広げられる仲間同士の殺し合い。警戒感を強める京呉。櫟士は、京呉の命令で、テクノライズボディのメンテナンスのためにドクのラボを訪れる。今や完全に身体の一部となったテクノライズボディの櫟士を誇らしげに見るドク。しかしそのメンテナンスの施術の途中に櫟士は意識を失っていく。意識が戻った時、櫟士は自分がドクの運転する車の中にいた。どこに行くのかをドクに尋ねる櫟士。「おうちに帰るのよ」。ドクの向かった先は、クラースの住む丘の上だった・・・。

殺された辻中の葬式の最中、園田が銃で襲われ、園田をかばった古波蔵が撃たれた。犯人は、失踪して行方知れずになっていた辻中の部下だった。オルガノの内部に新たに生まれる亀裂。オルガノだけではなく、ラカンや救民連合でも、連絡がとれなくなりメンバーが 失踪する事件が多発していた。失踪する直前に幽霊のような白い服を着た男と一緒にいるところを目撃されていることから、幽霊に連れ去られたといううわさが流れ始める。その事件の後、オルガノの組長・後藤の入院する病院に向かう、古波蔵と園田、そして櫟士が乗った車が襲撃される。襲撃したのは組織の中で立場を悪くした辻中の部下達だった。櫟士に最後尾の護衛を任せ、園田をかばって応戦する古波蔵だったが・・・。

ガベの山里。蘭が見た通り、山里の幹部達が襲われ、一人ずつ殺されていた。それと同じころ、ラカンではハルがシンジに、救民連合では木俣が乾に、訣別を告げていた。京呉は、隠れ家に避難したドクの元を訪れ、クラースで何が起きているのかを尋ねる。伽ノが流9洲を自分のものにしようと動き始めていること、京呉の力では止められないことをドクに断言される。その後出席したオルガノの定例会の場で、古波蔵は今日で終わり、クラースが直接流9洲を統治することになったこと、自分がクラースとのパイプ役となることを宣言した。そこかしこで組織は崩壊し、すでに今までの街はなくなっていた。櫟士が護衛する後藤の入院先の病院が襲撃される。それは伽ノが作り出したシェイプスと呼ばれる兵士達だった。やがてテクノライズされた身体を持つ者達にむけて、伽ノの演説が始まった。

伽ノの命令のもと、古い流9洲を一掃するべく、流9洲の街中を行進するシェイプスの兵隊達がオルガノ、連合、ラカンの本拠地に現われた。京呉の事務所ではオルガノに残った構成員とシェイプスと総力戦を繰り広げるが、戦闘目的のテクノライズボディを持つシェイプスに生身の人間が勝てるはずもなく、京呉、櫟士の他数名しか生き残ることはなかった。同様にシェイプスに襲われた救民連合の木俣は、自分達の理念を貫くために、数少なくなったメンバーを率いて伽ノが本拠地とするオペラハウスに向かった。それを止めようとする京呉だったが、その制止を無視して、木俣達はシェイプスに襲いかかる。人間対シェイプスの総力戦が始まろうとしていた。そのころ、蘭は、ガベを出て、流9洲にむかう列車の中にいた。

けがした仲間を治療するためにドクを連れてくるように京呉に命令された櫟士は、ドクと共に行動し、シェイプスから身を隠しながら、事務所に向かっていた。どこにも逃げ場はないと絶望するドクに対し、櫟士は京呉の命令を律義に守ろうとしていた。一方、街にそびえ立つオベリスクの足下にたたずむ蘭。狐面の下でなにかをつぶやき始めた蘭の元に、同じく狐面をつけた男達が集い始める。執拗にシェイプスに追われて部下も逃げ場所もなくした京呉は、クラースが住む丘の上を目指して車を走らせる。同じ場所を目指してバイクでやってきたシンジとともに、門の前に立つ京呉。警備のレーザーは京呉を認識すると、門を開き、ふたりを中に受け入れた。ふたりが導かれた先で出会ったのは・・・。

地上に向かう列車に揺られる櫟士、ドク、咲村。蘭のことが気にかかりながらも、京呉に頭を下げられ、京呉の代わりにドクを連れて地上にあがることになった櫟士。ドクは、オベリスクから情報を得て機能しているテクノライズボディにプロテクターをかぶせ、櫟士の地上での行動を補助するようにした。やがて列車は静かに駅に滑り込む。浅葱色の陽射し。他に誰もいないプラットフォーム。駅舎を出ても、人の影はない。起伏のないなだらかな芝生と、広葉樹。流9洲にはあり得ない、平穏で静謐な環境の中を、咲村の後から、櫟士とドクは庁舎を目指して歩き始めた。人陰の無い郊外の住宅を歩くうち、中年の男の声が咲村に話しかける。それは咲村の上司である鷺沼だった。やがてその声は白い服を来た少女として3人の前に現れ、一緒に庁舎に向かって歩き始める。

穏やかだが、生きることをあきらめ、老い消えることを選んだ地上を捨て、流9洲に戻ることを選んだ櫟士に対し、ドクは地上にとどまることを選んだ。テクノライズにより人間を進化させようとしていたドクにとって、人間という種が進化することをあきらめ終わりの時を迎えるだけになっている地上の世界に否定された存在だった。オベリスクが無いために、エネルギーをチャージできない櫟士。生きることをやめ、幽霊のように暮らす老人の助けでエネルギーを補給する。地下に戻るために駅に向かう櫟士の前に、櫟士達を追いかけて地上にやってきたシェイプス達が姿を現す。その先頭に立つのは、遠山だった。

地下に落ちて気を失っていた櫟士。ぼんやりと目をあけると階段の上に逆光で見える蘭の姿。しかしだんだんとそれがただの柱と気がつく。慌ててガベの里に降りる櫟士。へろへろになりながら列車に乗り込む。

跡形もなく吹き飛ばされる京呉。ただ、根づいたように2本の義足のうち1本が垂直にたっている。櫟士はその瞬間をみる。ガベのものはその死に様に一瞬、凍りついてしまう。その中を突進していく櫟士。