人類最高のエスペラント“日野美羽”と、宇宙から飛来する第4のミール“アルタイル”。 彼らの対話に必要なミールのかけら“世界樹アショーカ”を再び根付かせるため、ナレインはエスペラントと難民を率い、新天地をめざしていた。 まずナレインたちが向かったのは、エリア・シュリーナガルから近い人類軍基地ダッカ。 一騎たち竜宮島の派遣部隊もナレインの要請を受け、彼らに同行していた。 だが、次のキャンプまでたどり着いた一行を待っていたのは、視界を奪われるほどの暴風と砂煙、そして待ち伏せしていたかのように現れた敵の大群だった。

基地まであと少しという地点で奇襲攻撃を受けたナレインたち一行は、想定外の事態にうろたえ、撤退に手間取る。 ミツヒロはいち早く何が起こったのか気づき、ペルセウス中隊と竜宮島のファフナーに退却を命じる。 ブリゲード・コントロールではエメリーが、戦場の様子を察知し、敵にメッセージを送るため祈りを捧げる。 だが、敵はその隙に、さらにとんでもない作戦を実行に移そうとする。 一方、前のキャンプ付近に残った一騎と総士は、アザゼル型と接触。 強大な敵にマークザインとマークニヒトの2体だけで挑んでいた。

ナレインたち難民一行の現状と今後の方針について報告するため、高速機が竜宮島に向け飛び立った。 その機内には先の戦闘で負傷したスタッフの姿もあった。 一方、竜宮島ではカノンが自らの超次元現象（SDP）と戦っていた。 ドライツェンのコクピットに座る度に見る、不思議な映像。 彼女はその内容についてアルヴィス上層部に直訴するが、史彦もその真偽について判断する材料を持たず……。 さらに、一部のアルヴィス職員の中から、第二次L計画という言葉が聞こえ始める。

ドライツェンのコクピットで、カノンはたったひとりで戦っていた。 一瞬かいま見た、未来の希望。すべての運命が変わるかもしれない、そのわずかな望みをつかむため、カノンはファフナーに乗り続ける。 容子は娘が何をしようとしているのか分からず、カノンを問い詰めるが……。 同じころ、彗の父・充は、息子のSDPと、先日、玄関で拾った娘・早苗のお守りとの関係性に気付き、彗を問いただす。 お守りの中身を見た母・香奈恵は泣き崩れ、そんな母の姿を見た彗は……。

人類軍から逃れるため、ナレイン一行は人の住んでいない区域をめざしていた。 そこは無数のフェストゥムが棲む荒野だった。 今の彼らにとって、人間はフェストゥムよりも恐い存在になっていた。 偵察に出た真矢とアイは、該当エリアとおぼしき場所を発見。現状確認のため、残されていた装置に通信ワイヤーを放つ……。 そのころ、アルヴィスには2つのデータが届いていた。 まったく内容の異なる報告書だったが、そのすべてがあるひとつの事柄を指し示していた。

人類軍が引き起こした事件は、キャンプの人々に強いショックを与えた。誰もが傷つき、救いを求め、心の中にしまっていた本音を漏らす……。 竜宮島はまだ、航行不能のままだった。島の生態系にも深刻な影響が出始め、早急にここから脱出することが求められた。 アルヴィスはファフナーのSDPを使って現状を打破しようとするが……。 さらに、パイロットたちを悩ます同化現象も、同化抑制の治療を施しているにも関わらずますますひどくなっていた……。

ついに実行された脱出作戦。だが、開始早々、作戦は危機的状況を迎える。 アルヴィス本体を捕らえた巨大なフェストゥムの牙はますます深く突き刺さり、第1ヴェル・シールドが消滅。今や第2ヴェル・シールドにまで到達しようとしていた。織姫はその痛みに黙って耐えるが……。 織姫の様子を見た史彦は、極秘に用意していた次のプランへの移行を決意する。織姫は史彦のその決断を否定も肯定もせず見守る。 そんな中、剣司と彗はふたり同時にありえないものを見ていた……。

ナレインたち一行は、さらに先のキャンプまで移動していた。 そこは陸地の大半を戦いで失った街だった。 海沿いにキャンプを設営した彼らは、漁を行って物資を補給し、つかの間の休息を取る。 真矢は今日が羽佐間翔子の誕生日であることを思い出し、海へ花を献げる。 翌日は一騎の誕生日でもあった。翔子と一騎の誕生日が1日違いであることに、当時の真矢は不思議な縁を感じていたが……。 同じころ、新国連上層部は今度こそ確実にナレインたちを叩くため、極秘に開発していたあるものの使用を命じる。

竜宮島との接触に成功したナレインたち。だがそこに、敵が立ちはだかる。 フェストゥムの大群と人類軍に囲まれ、混乱するナレイン。 しかし、総士は援軍の到来を確信する。 駆けつけた島のファフナー部隊は、決して人とは戦わないという史彦の信念を守り、人類軍との戦闘を避けようとする。 だが、島のファフナー捕獲を任務とするアルゴス小隊が彼らに迫ってくる。 剣司は派遣部隊に参加していたファフナーとクロッシングしようと、マークジーベンとマークツェンを探す。

新国連に捕虜を取られたアルヴィス上層部は、あるものを引き渡すことを交渉の材料に、彼らの返還を要求。新国連も了承し、話し合いの場が設けられる。 そのころ、ヘスター・ギャロップは新国連が独自に開発しているファフナーの実験報告を受けていた。 彼女の脳裏には、若き日の自分――新国連を設立したころの彼女――が甦っていた。 ヘスターにはヘスターなりの信念があり、守るべき世界があったのだが……。 さらに、その交渉劇の裏で、新国連の一部の軍人がある企みを胸に竜宮島と接触を図っていた……。

エスペラントたちが決めた入植地を探すアルヴィス上層部。 その場所はすでに敵の手に落ちている可能性もあったが、エメリーたちはそこを推していた。 アルヴィスは彼女らの意見を尊重し、もしもそこが敵に占領されていた場合は、その奪還まで力を貸すつもりでいた。 入植地捜索と平行して、竜宮島のブルクではゼロファフナーの改良が進められていた。 ゼロファフナーの操縦席に座るのは、第二次蒼穹作戦の時と同じ、里奈と暉の姉弟。彼らのSDPとゼロファフナーのパワーは良い相乗効果を生むと考えられたが……。

ミツヒロに接触したコアは、オーストラリア生存圏を掌握した司令官をも仲間に引き入れようと企んでいた。司令官は敵の突拍子もない話を聞き、心を動かされるが……。 島では、美羽が“アルタイル”と再びお話ししようと試みていた。しかし、それはなぜかうまくいかず……。 最終決戦が近付くなか、一騎、総士、真矢、剣司、咲良、そして甲洋は、以前から計画していた成人式を執り行う。 史彦は彼らに祝辞とともに、ある物を手渡す。それは、彼らが正式にアルヴィス職員となった証しだった。

新たな蒼穹作戦。 それは、宇宙ステーションを支配しているミールのかけらを破壊し、敵の連携を絶つ作戦だった。 ファフナー部隊が敵に対して総攻撃を仕掛ける一方で、史彦は人間同士で殺し合わなくて済むよう、働きかけを行っていた。その奇策に人類軍は驚く。 難民が入植した島では、エスペラントたちが世界樹アショーカを再び根付かせようとしていた。 その様子を、美羽とエメリーも見守る。だが、そこには思いもよらぬ現実が待っていた……。