美貌のモデル・不動ジュンの前に現れた謎の女・アスカ蘭。アスカに倉庫に閉じこめられたジュンは、暗闇の中、荒々しい怪物の姿に変貌を遂げていく男の姿を目にする。恐怖のあまり泣き叫ぶジュンだが、彼女の肉体にも変化が現れ始めていた。ついにジュンの内なる“獣”が覚醒し、悪魔のごとき力を持った「デビルマン」が出現した！

デビルマンとなったジュンは、ビーストを切り裂き咆吼した……。翌日、自宅で目覚めたジュンは、闘いの記憶にさいなまれる。しかしジュンの前に再び現れたアスカは、ビーストハンターとしてのジュンの過酷な運命を語る。ジュンは混乱しながらも、アスカに導かれるままにあるバーへと足を運んだ。不穏な暗闇の中でジュンが見たものは、折り重なる幾多の死体とおぞましいビーストの姿だった。

突然、ジュンの前に現れた謎の少年サトルは「何故、同胞を殺すのか？」と問い詰める。困惑するジュンに「恋人を殺す」と告げ、姿を消した。和美の危機を察したジュンは彼女のもとに急ぐ。しかし、ジュンが見たのは惨殺された和美の両親と、そして恐怖に絶叫する和美に今まさにビーストが襲いかかろうとするところだった。その瞬間、ジュンの内を今までにない凶悪な感情が貫いた！

闘いで力尽きたジュンが、目を覚ますと自衛隊の市ヶ谷駐屯地の一室で治療を受けていた。自衛隊の参謀は、ジュンの任務が超国家的なものであると語り、ジュンは命令を拒むことも出来ない事実を知る。再びジュンはアスカに呼び出され、色仕掛けで男を惑わして食らい欲望のまま巨大化する植物ビーストのもとに赴く。高圧的なアスカの言葉に反駁しながらも、ジュンは自らの使命を受け入れ、デビルマンに変身する。

アスカが告げたビースト因子保有者はジュンの高校時代の同級生、黒崎あおいだった。かつて、あおいに迫られ、その口づけを受けながらも彼女を拒んでしまった思い出がジュンの脳裏をよぎる。複雑な心境で再会したジュンだったが、水泳インストラクターとなっていたあおいは、今も変わぬジュンへの想いを口にしながら、鮫のビーストへと変貌を遂げてしまう……。

ジュンはモデルの紺野ひとみからロザリオをプレゼントされた。ひとみの視線が気になっていたジュンは、好感を抱き彼女のマンションを訪れる。だが、出された紅茶に口をつけた途端、ジュンは意識を失ってしまう……。気がつくとジュンは一糸まとわぬ姿でベッドに縛られ、ひとみの甘美な愛撫を受けていた……。

深い霧にたちこめる東京。ビースト・エアリアルを追う中、ジュンは幼い頃に祖父から聞いた「霧の夜に出現する死神」の話が思い出していた。幼いジュンはその話を聞き、死神を怖がるどころか見てみたいと感じていた……。そして濃霧の中、巨大化したエアリアルが再び出現、デビルマンと化したジュンの前に、死神の如き巨大な鎌を振りかざした！

テレビの生放送中にアナウンサーがビースト化する事件が発生した。テレビ局に急行したジュンは、「己こそ進化した者」であると言い放つ恐竜ビーストと対峙する。ジュンはその言葉に反発しながらも、ビースとの強さに苦戦を強いられてしまう。身動きがとれない絶対絶命の危機に瀕したジュンの前に、もう一人のデビルマンが現れる！

撮影現場でも家でも常に誰かの視線を感じるようになったジュンは、視線恐怖症と診断される。極度の不安に陥るジュンだが、自室の外に浮かぶ無数の眼球を目撃、それを追って遊園地にたどり着いた。しかし、デビルマン化したジュンに、ビースト・アルゴスから放たれた無数の眼球の視線がからみつく。その視線にデビルマンの姿に羞恥心を感じていたジュンは、立つことすらままならず倒れ込んでしまう。

団地の火災現場から奇跡的に救出された少女・レミ。しかし、全身にやけどを負いながらも驚異的な回復を見せるレミに、アスカはビースト因子保有者であることを確信する。やがて、レミは焚き火の記憶に導かれるように炎のビーストに変貌、ジュンと対峙する。しかしレミは、炎に包まれながらも迫るジュンに、焼死してしまった母親の面影を重ねていた……。

クリスマスイブで賑わうデパートのエレベーター内で４人の変死体が発見され、ジュン達は閉店後のデパートを訪れた。そしてジュンは研ぎ澄ました獣の感覚でビーストを屋上に追いつめる。しかし、さえない中年男の顔を持つビーストは、ジュンに自身の不運な境遇を語り始めた。彼もまた、人の意識を持ったままビースト化したデビルマンだったのだ。

いくら殺してもビーストは増え続ける……。自分の行為に疑問を感じ始めていたジュンの前に、彼女と同じデビルマンの能力を宿した男・ベイツが再び現れた。「僕達は欲望に忠実であればいい」と誘惑の言葉を放つベイツにジュンは抵抗を感じていた。そこにビースト出現の知らせが入り、ジュンは現場へ急行。巨大化したビーストに対抗してジュンもまた巨大化し闘うが、そのジュンの姿にベイツは嫉妬のまなざしを向けていた。

山中で発見された女性の縄の跡のついた変死体に、ビーストの存在を感じたジュン達は現地に赴いた。妖しい魅力を纏った美女・真名子に誘われるがまま、彼女の屋敷を訪れたジュンだったが、薬により眠らされる。荒縄で縛り吊るされた状態で目覚めたジュンが見たものは、下半身を淫らなビーストに変貌させた男と彼にしだれかかる真名子の淫靡な光景だった！

ジュンをビーストだと疑う坂沢は、和美がいると偽りジュンを呼び出す。坂沢の妻と一人娘のユリカは、かつてビーストに惨殺されたのだ。復讐の鬼と化した坂沢はビースト化した男を餌にジュンの正体を暴こうとする。しかしジュンは坂沢の視線が気になり、変身することができない。そこへ、サトルが現れる。

人間が「モズの速贄」のように串刺しにされる事件が多発していた。そんな折、両親の死の真相を調べようと和美はかつての自宅を訪れるが、そこにはサトルの魔の手がのびていた。和美を人質に取られたジュンは怒りに身をふるわせ、サトルを追う。しかし、ジュンはデビルマン化し闘う姿を、和美に目撃されてしまった。

「モズの速贄」事件は以前続発していたが、和美が姿を消したことで、ジュンは虚無感に襲われていた。彷徨う様にジュンは和美を探して滝浦邸に赴くと、そこには待ち望んだ和美が待っていた。ジュンはついに和美と熱い口づけをかわす。だが次の瞬間、ジュンは体の自由を奪われてしまう。

仕事中に変身し、人を殺める夢を見たジュンは、仕事を辞めることを決意した。だが、湯浅に辞める話をする前に、ジュンを危険視するＨ・Aに監禁されてしまう。それまで闘うことで欲望を満たし、精神の均衡を保ってきたジュンは禁断症状に身悶える。そして暴走したジュンは、ついに世話係の看護婦に襲いかかる！

Ｈ・Aに実験体にされていたジュンは、部屋を抜け出し鎖につながれアスカの慰み物になるベイツを目撃した。ベイツを助け出したジュンだが、逆にベイツに押し倒されてしまう。ベイツはレディーの肉体と、巨大化能力を求めていたのだ。ついにベイツが巨大化し、暴れ始め、ジュンもデビルマンレディーとなり対抗する。

Ｈ・Ａによるビースト狩りは公然と行われるようになった。そんな中、ジュンを探し求める湯浅の伝言を聞いたジュンが、ウェディングドレスを着て最後の撮影現場に現れた。仕事の後、湯浅はジュンを家に誘い、秘めていた想いを告げる。ついに二人が結ばれようとしたその時、湯浅の娘の危機を知らせる電話が鳴った。

彷徨うジュンの前に、倒したはずのビーストが次々と現れる。ビースト再生能力を持つナペリウスの仕業だった。レディーは戦闘の最中、仲間と一緒の和美と一瞬の再会を果たす。一方、アスカの前にサトルが現れた。殺意をあらわにするサトルは、アスカの過去を口にする。アスカの驚愕の秘密が明かされようとしていた。

ビースト化抑制の予防接種が始まった。だが実際にはビースト化の促進が目的だった。各地で暴動が発生し、和美と千佳たちは佃島に逃れる。しかし自衛隊は、ビースト因子保有者が集結しつつある佃島を襲撃、千佳が凶弾に倒れてしまう。助けに現れたジュンの危機を目の当たりにした和美は、ついに変化の時を迎える。

サトルとの戦闘で傷ついたジュンを救ったのは、変貌した和美だった。同じ体になれた喜びを語る和美は、ジュンと愛を確認し合う。だが、幸せな時間もつかのま、ジュンは同胞を救うため再び佃島に赴く。聞く耳を持たないサトルたちと、ついに戦闘になるジュン。危機に立たされたジュンの前に、和美が現れる！

ジュンは心の支えを失ったことで生きる気力をなくしていた。自衛隊は佃島に突入、ビースト因子保有者を殲滅しようとし、抗するサトルは収容施設を襲撃、ビーストを解放しようとしていた。やがてサトルは腹心のビーストたちと合体、魔王ゼノンと化す。和美の仲間を救おうとするジュン、ゼノンと人類の壮絶な戦いが始まる。

戦いから半年。全てを失ったジュンは、山村の老夫婦宅に身を寄せていた。忌まわしい記憶から逃れるように、幼い千夜子と遊ぶ平和な日々。だが、ビースト捜索をする米兵が惨殺された。自分自身の犯行を疑うジュンだったが、真犯人はビースト化した千夜子だった。その千夜子の言葉に、ジュンは宿敵の存在を思い起こす。

アスカとの決着をつける覚悟をしたジュンの前に、空中庭園が出現した。光の中から現れたアスカは裸身をさらけ出す。ジュンはアスカを憎みながらも、心は求めていた。体を合わせていってしまう２人。そしてジュンが歓喜に身を貫かれた瞬間、アスカは神そのものへと変貌を遂げる！

神の幻像は世界中に出現し、人々の顔は希望に満ちていた。しかしジュンは地獄の底に落とされ、ビーストたちの怨嗟の叫びの中にいた。だが、その中から懐かしい和美の声が響く。自分が愛していた存在を思い出したジュンはレディーへと復活。神と化したアスカに対し、最後の戦いを挑む。