あむたちが勉強で忙しい中、エンブリオ捕獲に向けてのしゅごキャラ緊急作戦会議が行われる。その場で「面白い話をして」となぜかむちゃぶりをされてしまうキセキ…。そんなキセキのピンチに現れたのはあむのしゅごキャラ・ダイヤ。ダイヤは自分が生まれる前のみんなが出会った頃の話を聞きたいと言う。

ロイヤルガーデンでのお茶会の帰り、突然降りだした雨に困ったあむは木の下で雨宿りをすることに。なぜかそこにイクトもいて…！イクトと他愛もない話をしていると、傘をさし、もう一本の傘を手にした唯世とキセキの姿が…。イクトのことを気に入らない唯世はなぜか臨戦モード！？その時雨が止んで…

まなみのおうちのお花屋さんを手伝うことになったあむとわかな。あむはいじっぱりの外キャラと花が好きな内キャラの使い分けで苦労の連続…。手伝いが終わった後、ミキがしゅごたまの気配を感じたという。そこに現れたのは、ルルというキャラもちの女の子。ルルはあむを冷たくあしらい、その場から去ってしまう。

ほしな歌唄の話でひとみと意気投合したあむは、ひとみに歌唄と会わせてあげると約束してしまう。事務所に行って、マネージャーである三条にひとみと歌唄を会わせたいとお願いするが、簡単に断られてしまう。すごすごと帰るあむの前に、歌唄が現れる。二人が話している中、イースターの新しい作戦の「ナゾたま」が現れる！

あむは、ロイヤルガーデンに迷い込んだ水野君をプラネタリウムに案内する。水野君が宇宙飛行士になりたいという話を聞いたあむ。二人は歩いていく内にいつの間にか迷ってしまうが、プラネタリウムの管理人である理事長が現れ、水野君をプラネタリウムに連れて行く。宇宙飛行士の夢に対して迷いを持つ水野君の前にルルが現れる…。

中等部の空手道場跡取り息子である岩垣先輩は可愛いものがだいっきらい！空手部員の『可愛いものは隠せ！』という忠告にも関わらず、あむたちは『ぷにょりん』マスコットを岩垣先輩に見つかってしまう。思わず反発してしまったあむだが…。一方新ジャックの様子を見にきた空海は、なぎひこにジャックの“秘密の使命”を伝えにくる。

約束のおもちゃを買ってもらえなかったあみは朝から不機嫌。ラン・ミキ・スゥはあみにつかまって幼稚園に残ることになってしまった！ロイヤルガーデンで緊急しゅごキャラ会議を開く予定だったキセキたちは、幼稚園までランたちを迎えに行くのだがしゅごキャラが見える園児たちには格好の遊び相手。そんな中、キセキはねんどの王子さまだというマー君と出会う。

一旦芸能界から身をひいた歌唄だったが、地道な努力の末ライブが開けることになった！うまくいくか心配でならないエルは、あむに助けを求めにやってくる。イクトの応援が一番嬉しいはずと、いつもの公園へ向かうのあむだったがライブには興味のない素ぶりを見せるイクト…、肝心のバイオリンもない。諦めてガーディアンたちと一生懸命チラシをくばるあむ。イクトは！？

『今日は素敵なことが起こるラッキーデー！』朝のテレビ占いで１位になったあむは嬉しくて仕方がない。しかも告白するとうまくいくと言われてドキドキ！登校するとクラスメイトのこよみの占いが当たると話題になっていた。こよみの友達のまりかは唯世が好きな女の子、しかも占いの結果は告白日和！！一方帰り道、ルルにインチキ占いと言われてこよみは自信をなくしてしまう。

ある日あむたちはしゅごたまの落し物を見つけるのだが、持ち主が分からないまましゅごキャラが産まれてしまう。名前はキラン。自分もお友達もキラキラできるようになりたい、そんな願いから産まれたキランは、次々とみんなをキラキラに変えていくのだった。持ち主のひなこちゃんのもとへ帰るため、しゅごキャラたちの大冒険が始まる！！

みんなでロイヤルガーデンの大掃除！りまもたくさん笑うようになってきた。でもなぎひこが来てからりまの様子が少しへん？クスクスのいつものギャグにも笑ってくれない…。そこであむとなぎひことクスクスは、りまを笑わせるため秘密特訓を始める。あむはりまを笑わせることができるのか、りまが笑わなくなった理由って？

クリスマス。あむはママの知り合いのパーティに参加するのだが、そこはなんとルルの家だった！！ルルは女優である自分のママを自慢げにあむに話すが、そのママがパーティで人を笑わせるようなことをしているのが気に食わない。ママが本来の輝きを取り戻すにはエンブリオしかないと考えるルルは、思い切った行動にでる。それぞれの『喜んでほしいキモチ』は伝わるの！？

ガーディアンのみんなと初詣。おみくじで『流星のような出会い』を告げられたあむはちょっと気になる様子。すると演芸大会の練習をする兄弟と出会う。いまいち自信のない二人に、りまは特訓魂の火をつけるのだった。一方、イースターではイクトとルルが呼び出されていた。イクトの逆らえない秘密とは？しかし、イクトは密かに盗まれたバイオリンを取り戻そうとする…。

自分のベッドにイクトが！？びっくりするあむだが、具合が悪いのか全く起きる様子がない。仕方なく部屋におくことにするが、あみのおねだりで雪遊びにでかけることになってしまう。学校でガーティアンたちと雪合戦や雪だるまを作ったりして遊ぶが、あむはイクトのことが気になって集中できない！ちょうどそのころ、ママがあむの部屋を掃除しよう部屋に向かって…！？

イクトの居候のせいで寝不足のあむ、しかしガーディアンでそのことを話すわけにもいかない…。するとちまたで猫耳キャラがあちこちで騒ぎを起こしているとのウワサが。イースター？イクト？しかしその正体はアニメ『変身美少女キャッツイヤー』に憧れる普通の女の子、チヨコことチョコタンの仕業だった。彼女の夢とはいったい！？

ミステリーサークルが出現！噂を聞いたややはガーディアンのみんなと見に行くが、何かが変？その頃ルルはUFOを信じる少女・那由他と出会う。まっすぐな彼女に惹かれるルルだったが、次第に那由他にココロに迷いが生じてしまう…。一方、イクトがいなくなってせいせいしたはずなのに、何故か物足りないキモチのあむ。イクトはバイオリンと共にどこへ行ってしまったのか！？

沙綾が転校することに！？男子生徒の女子人気ランキングで１位になったあむに対し一方的なライバル心を燃やす沙綾は、自ら主催するお別れパーティの中で、あむに３本勝負の戦いを挑む。どうしてもあむに勝ちたい沙綾は、心の迷いからルルのジュエリーによってナゾきゃらチェンジしてしまうだった。あむと沙綾の戦いの行方は？

今日はりまの誕生日！ガーディアンのみんなはりまにナイショでパーティの準備に大忙し。その最中、りまが好きだという同級生＝霧島君が現れた。本気でりまのことが好きな霧島君は、直接告白をしたくてなぎひこに相談をしにきたのだった。ガーディアンにエルまで加わって告白を手伝うことになるのだが、失敗したら？と迷う霧島君は・・・。

明日はバレンタイン。成り行きでママと手作りチョコレート教室に行くことになったあむは、同級生の由紀奈と出会う。由紀奈は聖夜学園のチョコスィーツコンテストで優勝するために一生懸命。その理由はチョコ嫌いの大輔でも食べられるチョコを作るためなのだが、ちゃんと受け取ってもらえるのか不安で仕方がない。由紀奈の気持ちは伝わるのか？あむの手作りチョコの行方は！？

全国小学生サミットに聖夜小代表として唯世と出席することになったあむは、二人きりになれるチャンスが嬉しくて仕方がない。しかしサミットには転校していった元ジャックスチェアの海里も来ていたのだった！あむが来ていることを知っている海里は、まだ会うべきではないと避けていたのだが、思わぬキッカケで再会してしまう。久しぶりのあむと海里は！？

フランスからルルのおばあさんがやってきた！子爵としての気品と規律を求める厳格なおばあさんに、ルルのパパとママはおっかなびっくり！！でも自分と同じ思いを両親に話すおばあさんがルルは大好きなのだった。あくる日、突然聖夜小を訪れたルルのあばあさんはあむを連れ出して話をするのだが、それはルルについてのことだった…。

みもりは料理が大好きな女の子、彼女の作ったレシピはどれも美味しいと評判！夢はシェフになることかと思いきや、どうやらそうでもない様子…。そのころ、スィーツの店でケーキをめぐってラン・ミキ・スゥは大ケンカ！あとのしゅごキャラ会議でもケンカをしてしまう３人、ひとりロイヤルガーデンを飛び出たスゥはみもりと出会うのだった。

あむはひとり倒れていたイクトを助けるのだが、再び自分の部屋でかくまうことになってしまう。またドキドキ＆心配な毎日が始まるあむ、しかしイクト自身は全くマイペース…。そのころ唯世は思いを伝えようとホワイトデーのお返しを持ってあむの家に向かっていた。あむの家で唯世とイクトは！？

あむの部屋の居候にすっかり慣れてしまった様子のイクト。こんなところを歌唄だけには見せられないと思うあむだが、しかしタイミングよく歌唄がやってきた！！すっかりイクトのことがバレたと思い込むが、実は何やら事情があるみたい。歌唄はあむを連れ出す。そしてイクトと自分の両親について語りだすのだった。

ロイヤルガーデンでラブラブのあむと唯世、りまとややのツッコミにあむはたじたじになってしまう。一方ヴァイオリンの音色が聞こえるとココロのからっぽの人が大量に現れることに気づく唯世たち。唯世はヴァイオリンとイクトの関係性を疑うが、そんな唯世にイクトのことを話すことができないあむは悩む。

あむと唯世はガーディアンのみんなが知るカップル。ややたちの配慮もあって、ついにデートをすることに！着替えるためいったん家に帰ったあむだが、そこにはすっかりリラックスモードのイクトがいた。傷ついたイクトをお風呂に入れることにするあむ、しかしそこにママがやってきた！！そのころ唯世はあむの家に向かっていた…。

唯世を傷つけたことを深く悔いるあむ、学校へ行くと唯世は風邪で休んでいた。ガーディアンたちは落ち込むあむを元気づけようとする。そして、なでしこはあむを代表にして唯世のお見舞いをしようと提案するのだった。唯世にどう接したらよいか？何を言えばよいのか？あむは悩む。

イクトがイースターに捕まった！イクトを助けるためヨルはあむを頼ってやってくる。しかし唯世の一件など、自分のことでせいいっぱいでどうしたらよいか分からないあむ。一方、唯世もあむと仲直りできないまま、そしてイクトのことでも悩み、ひとり公園にいた。そこへ偶然通りかかった空海は自分の家へ唯世を招待するのだった。

デスレーベルにキャラなりしたイクトにあむと唯世が対峙する！そしてイースターの専務＝星名一臣があむの前に姿を現した。目の前の虚ろな瞳のイクトは、音叉によってイースターに操られていたことを知る。信じる心が人を強くすることを学んだあむと唯世は“プラチナハート”を放つ。そして、、、

イクトをイースターから取り返せ！ややは直接イースターに乗り込もうとむちゃな提案をするが…。一方、おまえのせいだとヨルを責めるキセキ、落ち込むばかりで元気のないヨル。しゅごキャラたちはヨルと一緒にイクトの行方を探すことにするが、しかしヨルは自分でなんとかしようと一人別行動をとるのだった。それに気づいたキセキはヨルと行動を共にすることに。

穏やかな陽気に草原で日向ぼっこするあむ。そこへ野球のボールが飛んできた！間一髪のところへ現れたのは西野奈津子、あむの同級生だ。女子が野球をしていることを珍しがるあむは、奈津子の誘いで一緒にプレイすることになってしまう！？そんな奈津子の夢はエースピッチャーの少年、藤田を越えることだった。

ルルはイクトのバイオリン作戦が成功しつつあることに焦りを感じていた。その様子をみたナナは、情報を得ようと一人イースターに潜入する。一方ガーディアンではみんなで音楽博覧会に行くことに！唯世のためにお弁当を作ろうと張り切るあむ。当日、賑やかな音楽博覧会のなかでイクトの気配が・・・。

二階堂先生の提案で“将来の夢”というタイトルで作文を書くことになった。あむはなりたい自分がまだ決まらない。クラスメイトのわかなは、二階堂先生のような先生になるのが夢。しかしむずかしい問題も多くなかなか自信が持てないのだった。そんなとき、あむように夢がたくさんあって決められないルルは聖夜学園に来ていた…。

ややの応募がきっかけで、ガーディアンがカリスマモデル桜井優亜と人気のファッション雑誌に載ることになった。撮影のため聖夜学園にやってきた優亜は大人気！！そんな優亜は実はあむの後輩で、しかもキャラもちであることが判明する。だけど自分のしゅごキャラセシルが嫌いな優亜…。そんな中、あむたちは優亜のスタジオ見学に行くことになった。

歌うのが夢だったはずの優亜、しかしステージで声が出ずその場にしゃがみこんでしまった。夢を諦めようとする優亜、応援するセシル。そして、悩む優亜はルルと出会ってしまう、、、キャラもちのたまごがナゾたまに！？優亜と戦うことにになったあむ。しかし人前で歌えなくなったのには理由があったのだった。

しゅごキャラが病気になっちゃった！？ナナがすごい熱を出して倒れてしまった！前代未聞の事態に困ったルルは、あむに助けを求めるが解決策は見つからない…。心配になったラン・ミキ・スゥとあむは、ナナのお見舞いのためルルの家を訪ねることに。ランたちの必死の看病が始まった！！

ルルがナゾたまを抜いていた！衝撃の事実を知ったあむ。そんな中、ロイヤルガーディアンにナナがやってきた。ルルがエンブリオを探しているのには理由があると言う。一方、ルルママはフランスから来た映画の仕事を断っていた。ママには女優でいてほしい！納得のいかないルルは、大量のナゾたまを抜き始める。

ルルの巨大ナゾたまとあむたちとの決戦が始まった。ルルの願い、それはママに女優へ復帰してもらうこと。しかしルルはあむとの戦いの中、自分の夢を無理やり押し付けていたことに気付く。本当の自分の夢とは？なりたい自分とは？悩むルル。そしてナナはたまごに戻ってしまった…。

イベント「町の中心で愛を叫ぶ」、通称『アイサケ』。このイベントで叫びあったカップルは永遠に結ばれるらしい！？ややたちの勧めもあって、あむと唯世は半分ムリヤリ出場することになった。しかしイベントの途中、イクトのバイオリンの音色が聞こえてきた…。そしてデスレーベルにキャラなりしたイクトが現れる！！

藤咲家の跡取りとして、女性のように振る舞うことを求められてきたなぎひこ。そんな彼にはてまりの他にもう一つのたまごがあるのだが、とあるごとにカタカタ動くようになる。あむはたまごからしゅごキャラが生まれようとしていると言うのだが…。そんな中、なぎひこは偶然出会ったバスケチームと練習試合をすることになる！

新しく生まれたなぎひこのしゅごキャラ＝リズムはガーディアンでも人気！しかし彼はその明るさと運動神経のよさで、次々にキャラチェンジしてなぎひこをもてあそんでしまう。自分のしゅごキャラでありながらその性格に戸惑いを覚えるなぎひこ。そんな折、あむは不思議な少年に街中で出会う。

歌唄がビッグなコンサートを開くことになった！エルから招待チケットをもらったあむは、歌唄のためにコンサートを盛り上げようと変装までして張り切るのだった。そんな時、イクトのバイオリンの音色があむたちの下まで聞こえてくる！あむはコンサートに集中する歌唄のため、密かに×たま退治に向かのだが！？

ややが迷子の子猫を拾ってきた！ガーディアンで飼い主探しをすることになるのだが、ところが授業中に猫ちゃんが抜け出して大騒ぎ！！そんな中、司の案で各クラスの代表も飼い主探しを手伝いことになった。みんな猫ちゃんのために自分の夢を活かして大活躍。しかしそんな時、イクトのバイオリンの音色が聞こえてくる…。

ガーディアンのみんなはそれぞれ分担して掃除をすることになり、りまとややは裏庭の担当に。二人が掃除をしていると突然隠し通路があらわれた！怖がるりまを連れてややが進んでいくと、部屋に閉じ込められちゃった！過去の思い出からパニックになるりま。そこでややはある話をし始めてた…。

あむとあみは買い物途中にあるコンサートのチラシを見つける。チラシに書いている「新人アーティストＤＬ」。それは間違いなくイクトであった。罠かもしれないと思いつつ、コンサート会場に潜入するガーディアンたち。なんとか開演前にイクトを見つけ出そうとするがうまくいかない。そしていよいよコンサートも始まり、イクトの出番がまわってきた。

唯世とイクトが一緒に住んでいた！？イクトと唄歌は幼いころ唯世の家に預けられていた。仲の良かった3人だか、突然イクトが失踪してしまう。数年後、戻ってきたイクトは唯世のダンプティ・キーを持っていってしまった…。唯世の話を聞いたあむは、イクトを助けるためにガーディアンのみんなと一緒に理事長室へ向かう。

二階堂先生と共に、あむたちガーディアンはイースターのアジトに行くことに。そこでイースターが「イクトの演奏をラジオで放送する」という計画を知る。このままではイクトが危ない。計画を止めるためにみんなでラジオ放送局に向かう中、ひとりなぎひこはポケットの中にあるてまりのたまごに手を当てる…。

自分と向き合うことで、なぎひこの元にてまりが戻ってきた！てまりとキャラなりしたなぎひこはりまと一緒に×たまの浄化をしていく。一方あむ、唯世、ややは×たまが集まっていく塔に進入するが、イースターから足止めをうけてしまう。あむと唯世を先に行かせようと、ややは一人向かっていく。その時、空から一枚の羽落ちてきた…。

あむが嵌めたハンプティ・ロックとダンプティ・キーから光があふれ出した。光につつまれたあむと唯世はイクトの記憶が流れこむ。そこには司に連れられてお父さんを追ってヨーロッパを旅し、日本に連れ帰された後も歌唄やお母さんを守るためにイースターに仕え傷ついてきたイクトの姿があった。その姿を見て、あむは一つの答えを見つけ出す…。

ついにイクトの意識が戻った！4人のしゅごキャラとキャラなりしたあむと新しくキャラなりをしたイクトは、唯世、なぎひこ、やや、りま、歌唄と一緒に、×たまに立ち向かう。一方、×たまはたちは集まって巨大×たまになった。あむたちは苦戦するなか、協力して巨大エンブリオを浄化したとき、エンブリオがあらわれた。

あかされた御前の正体。それは以前あむが出会った少年であり、専務の孫ひかるだった！驚きを隠せないあむたちに、さらに×たまが襲い掛かってくる。ひかるを巻き込み、塔の上に飛び出した×たまを追ってあむたちは立ち向かうが、たくさんの×たまの叫びがみんなを悲しい気持ちにさせて戦えなくなる。そんななか、あむは一人静かに立つひかるに呼びかける…。