神谷活心流の師範代を務める神谷薫は、活心流の名を騙る辻斬りを追っていた。辻斬りを見つけ、闘いを挑むものの歯が立たない。そこに、自らを“流浪人”と名乗る剣客・緋村剣心が現れる。

剣心と薫が町で出会った少年スリ・明神弥彦。彼が関東集英組からスリを強いられていることを知った薫は、関東集英組に単身乗り込む。しかし、博打でだまされ、弥彦とともに窮地に追い込まれる！

弥彦は町の人々に乱暴を働く剣客警官隊と遭遇し、立ち向かうが捕えられてしまう。その場に居合わせた剣心は、彼らを押さえ込む。その時、剣心と幕末維新を闘ったかつての同志・山県有朋が現れた。

剣心たちは喧嘩屋を営む左之助と知り合う。仕事の依頼で、剣心が“人斬り抜刀斎”だと知り、神谷道場を訪れた左之助。彼は、維新志士の裏切りで偽官軍にさせられた赤報隊の生き残りだったのだ。

剣心と左之助の闘いが始まった。剣心相手に苦戦する左之助の脳裏に浮かんだのは、赤報隊一番隊隊長・相楽総三。総三と同じ理想を目指し、今も闘い続ける剣心の姿に、左之助は心を揺さぶられる。

政府要人を狙う暗殺事件が続発し、陸軍省幹部の護衛を依頼された剣心たち。暗殺者の正体は“黒笠”という異名を持つ鵜堂刃衛だった。刃衛は、剣心が“人斬り抜刀斎”だと知り、新たな標的に選ぶ。

剣心の怒りを誘うため、薫を連れ去った刃衛。剣心の“人斬り”の本性を呼び戻すべく、卑劣な手段で薫を苦しめる。薫を救うために“人斬り”に立ち戻った剣心は、刃衛にとどめを刺さんとするが…。

剣心と左之助は、青年実業家・武田観柳の私兵に追われる高荷恵という女性を助けた。その夜、隠密御庭番衆の火男と?見が、恵を奪還すべく神谷道場に現れる。弥彦は恵をかばい、負傷してしまう。

恵の迅速な処置で弥彦は命を取り留めた。恵は会津藩の名医・高荷家の娘で、その知識を観柳に狙われていたのだ。自分のせいで剣心たちに迷惑がかかると判断した恵は、自ら観柳の元へ戻ってしまう。

恵を救出するため、観柳邸に乗り込んだ剣心たち。苦戦しながらも、剣心は御庭番衆の1人、般若を打ち破る。剣心と左之助が恵の元へと急ぐが、御庭番衆御頭・四乃森蒼紫が2人を待ち構えていた！

蒼紫の小太刀から繰り出される必殺技「回転剣舞」が剣心を襲う。激しい闘いとなるが、蒼紫の一瞬の動きを見切った剣心が勝利。そこに突然、最新式の回転式機関砲を持ち出した観柳が現れた！

三条燕という少女と知り合った弥彦。彼女は、江戸時代より主従関係にある長岡幹雄に盗みの手引きを強要されていた。そのことを知った弥彦は、燕を救うため幹雄一派に1人で立ち向かう決心をする。

剣心たちは、兄弟子・千両山にいじめられ自信を失った力士・虎丸と出会う。見かねた薫は虎丸を稽古することに。妨害に現れた千両山の仲間を一蹴した剣心は、虎丸と千両山のサシの勝負を提案する。

雷光という男の罠にかかり、やぶ医者だと吹聴された恵。雷光は、人々から大金を巻き上げる偽の祈祷師だった。祈祷を受けるために絶対安静の娘を連れ出した夫婦を追い、恵たちは雷光邸に向かう。

暗殺集団“神風隊”を束ねる榊東馬は、兄弟子・佐々木平八郎を脅し、政府要人の暗殺を強要する。佐々木と同じ長屋に住む左之助はそれを知り、暗殺を阻止。次いで現れた剣心も東馬と剣を交える。

“神風隊”の黒幕から政府陸軍卿・山県有朋暗殺の命を受けた東馬。それを察知した剣心は、愚行をいさめるため、東馬を待ち構えていた。東馬は、必殺技「紫電連牙の太刀」で再び剣心に襲いかかる。

見世物小屋の恵比寿砲術団を見物した剣心たち。弥彦は、チンピラに襲われていた看板娘のマリモと父親を助ける。父親が重傷を負い、一人になったマリモのために、弥彦は興行の手伝いをかってでる。

比留間伍兵衛に挑発され、真剣での勝負を受けてしまった弥彦。剣心の逆刃刀を持ち出した弥彦は伍兵衛に捕えられてしまう。丸腰のまま伍兵衛に呼び出された剣心に逆刃刀を渡すべく、弥彦が走る！

伊豆を訪れた剣心一行は塚山由太郎という少年に出会う。剣客を夢見る由太郎は盗賊から助けてくれた石動雷十太に心酔し、自宅に住まわせていた。雷十太の目的は、伊豆で独立国を建てることだった。

海に落ちたところを剣心に救われた由太郎。薫から稽古を受けることになり、由太郎は剣術のすばらしさを知る。一方、雷十太の不穏な動きを察知した陸軍の特殊部隊は、塚山邸を包囲し始めていた。

塚山邸で雷十太と相対した剣心は、一対一の勝負を申し出る。激闘の中、闘いを止めようとした由太郎の右手に雷十太の秘剣「飯綱」が直撃。雷十太の卑劣な行為に対し、剣心の怒りが頂点に達した！

気晴らしにと、陸蒸気に乗り込んだ剣心一行。その車内には、積み荷を狙う強盗団が潜んでいた。そのことを知り、阻止しようとする剣心たちだが、待ち伏せしていた強盗団一味に襲撃されてしまう。

赤報隊の相楽総三の錦絵を描く月岡津南を訪ねた左之助。その正体は、赤報隊の同志・月岡克浩だった。赤報隊に汚名をきせた明治政府転覆を画策する津南の想いを汲み取り、左之助は協力を決意する。

左之助は“最後”とばかりに剣心たちを呼び出し、宴会を催す。その晩、内務省に侵入した左之助と津南の前に、2人の凶行を察知していた剣心が立ち塞がる。剣心の逆刃刀と左之助の拳が激突した！

海賊“海龍”から積み荷を守る用心棒として、千本屋の輸送船に乗り込んだ剣心たち。襲撃を受けた剣心は海賊の頭・朱羅と闘う。しかし、危険にさらされた薫に代わり、剣心は自分の身を差し出す。

朱羅は捕虜となった剣心に再戦を望むが、剣心の覚悟を感じ、決着を諦める。その頃、頭の座を狙う銀丈が銃器弾薬を手に入れていた。朱羅に銃弾が放たれた瞬間、剣心は朱羅を抱えて滝壷へ飛び込む。

仲間に裏切られた朱羅は、絶望のあまり自害しようとするが剣心に諭され、誇りを取り戻す。頭の責任を全うすべく、朱羅は独りで銀丈たちの元へ乗り込む。苦戦する朱羅の前に、剣心が駆けつけた！

突如、神谷道場にやって来た謎の男・藤田。彼の目的が剣心だと察知した左之助は闘いを挑むが、なす術なく倒されてしまう。なんと藤田の正体は、元・新撰組三番隊組長、斉藤一だったのだ…。

道場へ戻った剣心に、斉藤から決闘の申し入れが届く。しかし、決闘の場で剣心を待っていたのは、暗殺者・赤末有人だった。赤松を一蹴し道場へ帰る剣心。すると道場には不敵な斎藤一の姿が…。

かつての宿敵である斉藤一との壮絶な闘いの中で、次第に“人斬り抜刀斎”として覚醒していく剣心…。ついに2人が決着をつけようとしたそのとき、明治政府内務卿・大久保利通が道場に現れる。

大久保から志々雄暗殺を依頼された剣心は、答えを出すため大久保の元へ向かう。しかし大久保は志々雄の刺客の手で暗殺されてしまう…。剣心は志々雄の謀略を断つべく、京都への旅立ちを決意する。

剣心に別れを告げられ、ふさぎ込んでしまう薫。ただ哀しむばかりの薫を、恵は一喝する。叱咤により恵の切ない心中に気がついた薫は、自分の心と向き合い、弥彦とともに剣心を追う決心を固める。

志々雄の側近・瀬田宗次郎は、四乃森蒼紫の力量を知るため、蒼紫の元に阿武隈四入道をしむける。阿武隈四入道を一蹴した蒼紫に宗次郎は、気が向いたら京都を訪れるように言い残し去って行く。

箱根の山中で追いはぎをしていた少女・巻町操と出会った剣心は、操が四乃森蒼紫の行方を捜していることを知る。一方、操は、剣心から蒼紫の情報を聞き出そうと、剣心に付きまとうのだが…。

森の中で、三島栄一郎から弟・栄次を託された剣心と操は、栄次の両親を救うために新月村へ向かう。しかし村で剣心たちが目にしたのは、志々雄の部下・尖角に惨殺された栄次の両親の姿だった。

新月村で斉藤と合流した剣心は、瀬田宗次郎の出迎えを受け、ついに志々雄真実と対峙。しかし、謀略を止めるために志々雄に剣を抜いた剣心に、栄次の両親と栄一郎を惨殺した尖角が襲いかかる。

剣心の｢龍翔閃｣を見た志々雄は、宗次郎にその場を預け、｢京都で待つ｣と言い残して去る。残った宗次郎と対峙する剣心。2人の刃が交錯したそのとき、なんと剣心の逆刃刀が折れてしまう…。

剣心を追い京都へ向かう途中の森で道に迷った左之助は、悠久山安慈という僧に出会う。岩をも砕く｢二重の極み｣という極意を使う安慈に、左之助は強くなりたい一心から、伝授を願いでるが…。

操とともに、無事に京都に到着した剣心は、新たなる逆刃刀を求め、折れた逆刃刀の作り主である新井赤空の息子・青空の元を訪ねる。しかし青空は、｢人を殺める刀はもう作らない｣と剣心に言い放つ。

新井赤空が最後に作ったという刀をねらう十本刀の一員・刀狩の張は、青空の息子・伊織を人質に取る。伊織を救うため、張と対峙した剣心は、刀が無いために、張の殺人奇剣に苦戦を強いられる。

志々雄に対抗するため、飛天御剣流の奥義習得を決意した剣心は、かつての師匠・比古清十郎の庵を訪れ、伝授を乞う。しかし比古は奥義の伝授を拒否。そこへ、剣心を追ってきた薫と弥彦が現れる。

蒼紫が志々雄と同盟を組んだことを知った翁(柏崎念至)は、御庭番衆・御頭としての誇りを失った蒼紫を、自らの手で葬ることを決意。忍装束と鋼の鉤棍を手に、蒼紫に一対一の勝負を挑むのだが…。

飛天御剣流・奥義の伝授を受ける剣心。しかし師匠・比古清十郎は剣心が｢欠けているもの｣に気がつかない限り、奥義会得ができないばかりか、比古の｢九頭龍閃｣で命を落とすことになると告げる。

斎藤一と会うため、京都の獄中にいた左之助は斉藤と再会。同じく捕らえられていた十本刀の一員・張から、志々雄の陰謀を聞く。一方、志々雄の元には、全国から精鋭部隊・十本刀が集結する。

張から聞いた志々雄の陰謀｢京都大火｣。その計画に疑問を持った剣心と斉藤は、｢京都大火｣の裏に志々雄の真のねらい｢東京への砲撃｣が隠されていると見抜き、阻止すべく左之助とともに大阪へと急ぐ。

大阪湾へ到着した剣心一行は、志々雄有する大型甲鉄艦｢煉獄｣の出航を命がけで阻止。怒りに燃える志々雄は、比叡山六連ねにあるアジトで闘いの決着をつけようと剣心に告げ、その場を去って行く。

志々雄のアジトに乗り込んだ剣心、左之助、斉藤の3人。最初に彼らを待っていたのは、左之助に｢二重の極み｣を伝授した悠久山安慈だった。左之助は、安慈の信念を確認するため決闘をかってでる。

左之助の放った渾身の｢二重の極み｣が安慈を直撃。しかし、安慈が懐に入れていた位牌でその威力は削がれてしまう。位牌によって難を逃れた安慈は、悲痛な面持ちで破戒僧となった過去を語り始める。

安慈を下した剣心たちを次に待っていたのは、十本刀の中でも1、2の実力を持つ魚沼宇水。対することになった斉藤は、剣心たちを先へ進ませ、｢心眼｣の使い手である宇水と激しくぶつかり合う。

先を急ぐ剣心が鋭い剣気を察知した部屋には、四乃森蒼紫が佇んでいた…。最強と謳われた“人斬り”の剣心と闘うため、すべてを捨ててきた蒼紫に対し、剣心は“緋村剣心”として闘うことを告げる。

互いの剣技を駆使し激突する剣心と蒼紫。蒼紫は、闘いの最中に投げかけられる言葉の数々を聞き、かつての自分を取り戻していく。そして自身が“前”へ進むため、全力を尽くして最後の勝負に挑む。

志々雄の十本刀たちの襲撃を受けた京都・葵屋では、激しい攻防が繰り広げられていた。葵屋を守ると剣心と約束した弥彦は、空中からの爆撃を得意とする飛翔の蝙也に、1人立ち向かっていく。

轟音とともに突如出現した、破軍の才槌老人と不二。不二の桁外れの巨体と力を目のあたりにした葵屋の面々は、ただ圧倒される…。そんな葵屋の窮地に現れたのは、剣心の師匠・比古清十郎だった。

新月村での決着をつけるべく、剣心の前に立ちはだかる十本刀の最後の1人・天剣の宗次郎。天賦の剣の才能に加え、神速をさらに超えた神速｢縮地｣を使う宗次郎に、剣心は背後を取られてしまう。

｢強ければ生き、弱ければ死ぬ｣という志々雄に教えられた弱肉強食の理念で闘う宗次郎だが、剣心の｢不殺｣の信念に触れ動揺を覚える。そして心の奥底に封じ込めていた、幼き頃の惨劇を思い出す。

幼き頃、生き残るために人を殺めた宗次郎。しかし、その心は今も後悔の念に震えていた…。貫いてきた理念と自分の心との矛盾に気がついた宗次郎は、自らを肯定するためにも剣心を倒そうとする。

志々雄が待つ「大灼熱乃間」にたどり着いた剣心。日本の命運をかけた剣心と志々雄の最終決戦の幕がきって落とされた！満身創痍で剣心は果敢に攻めるが、志々雄の壱の秘剣「焔霊」が剣心を襲う!!

志々雄がとなえる「自然の摂理」という志々雄に、剣心は憤りを覚え、全身全霊をかけて抗う。だが志々雄の弐の秘剣「紅蓮腕」を受け、ついに剣心は倒れてしまう。そのとき突如、斎藤が現われ…!!

斎藤に続いて左之助も倒れ、志々雄の圧倒的な力の差を前に苦戦する蒼紫。そのとき蒼紫の背後で、強烈な剣気をまとって剣心は立ち上がった。極限状態を超えた剣心は神速の五連撃を志々雄に放つ!!

二人の剣客が雌雄を決する闘いの最終局面！剣心の「天翔龍閃」を受け、悶え苦しむ志々雄。志々雄を庇おうと、由美が間に割って入った一瞬の隙をついて、志々雄は由美ごと、剣心の身体を貫いた…。

志々雄のアジトから無事脱出を果たした左之助と蒼紫は、傷ついた剣心をかかえ、仲間が待つ葵屋に帰って来た。それから一ヶ月後のある日、刀狩の張が残された「十本刀」の処遇を伝えにやってきた。

東京へ帰る日を明日に迎えた剣心一行。出発の前日、京都で己の中の「人斬り」に決着をつけた剣心は、十年ぶりに墓参りに訪れていた。翌日、剣心たちは操に見送られて、東京への帰路に着いた…。

京都から戻って間もないある日、剣心は夕食のおかずを調達するため、川へ釣りに出かけた。そこで剣心はある老人と会い、その地に古くから伝わるという「願い蛍」の伝説を語り聞かされたのだった。

剣心と薫は芝居見物の帰り道、悪漢に襲われていたジャガラタ国のシン王子とその忠臣・マルケス村上を助けた。翌日の晩餐会に、シン王子と瓜二つの弥彦が、代わりに出席することになったのだが…。

ある日、左之助は神社の境内で行き倒れていた犬を拾い、ノ太郎と名づけて面倒を見ることになった。だが、拳法使いのゴロツキ集団「拳和団」がノ太郎を狙って、左之助といるところを襲ってきた!!

七夕の日の前日、薫は牛鍋屋「赤べこ」の妙さんから、西洋に伝わる婚約指輪の風習を教えてもらう。七夕の日に大好きな男性から指輪を贈られると幸せになれると聞いた薫は、ひとり妄想の世界に…。

京都に、自らを「神の子」と名乗る暗殺者が現れ、謎の予告状のとおり、旧幕府の要人が殺される事件が勃発した。正体を見定めようとした操だったが、暗殺者の術を受け、昏睡状態に陥ってしまう。

暗殺者の正体は飛天御剣流の使い手・天草翔伍だった！京都に着いた剣心たちは、翔伍と一戦を交えて負傷した張から彼の強さを聞く。一方、左之助は山奥で奇妙な集会を開いていた小夜と庄三に出会う。

島原に「神の国」建国をもくろむ翔伍の野望を砕くため、剣心たちは長崎の地を訪れる。島原の地下洞窟に潜入した剣心と左之助は、翔伍の部下である宣教師・傀王が放った刺客に強襲されてしまう!!

翔伍の部下・源右衛門の案内で、岬で待つ剣心の元に姿を現した翔伍。ついに「飛天御剣流」を極めた者同士の壮絶な闘いが始まった。だが翔伍の「天上の剣」は、圧倒的な力で剣心を追い詰めていく!!

負傷した左之助と再会した小夜。左之助の手当てをした小夜は兄・翔伍の理想を否定する左之助に反発しながらも、惹かれていく自分にとまどう。一方、翔伍との決戦で、剣心は視力を失ってしまい…。

操が調べた情報により、翔伍と小夜の兄妹の過去を知った剣心たち。その頃、小夜はなくした「メダリオ」を探して「傀王の間」を訪れ、そこで翔伍暗殺をもくろむ、傀王の真の野望を目の当たりにする。

小夜を助け、爆破による落盤から難を逃れた左之助と庄三。庄三は翔伍のもとへ傀王のもくろみを伝えに急ぎ、左之助は剣心たちに再会する。翔伍を止めるため、剣心たちは「聖霊の丘」へと向かう。

「聖霊の丘」で祈りを捧げる翔伍と88人の村人たちの周りを、軍隊が包囲していた…。翔伍は村人たちと殉教する覚悟を決める。一方、苦しむ小夜を抱えて、左之助はエルステン領事の元へ急いでいた。

エルステン領事の申し入れで「聖霊の丘」の攻撃は一時中断される。翔伍と再び対峙した剣心は降伏をすすめるが、翔伍にその声は届かない。「飛天御剣流」の理をかけた二人の最後の闘いが始まった!!

「神の子」から1人の人間に戻った翔伍は、88人の村人たちとともに、エルステン領事の尽力でオランダに移住することになった。一方、小夜の墓前で悔やみ続けていた左之助の前に庄三が姿を見せる。

島原からの帰途、赤間関に立ち寄り、ふぐ料理を堪能していた剣心たちは、店内で町のごろつき集団「天狗党」と小競り合いを起こした。その騒ぎに、突如「人斬り抜刀斎」を名乗る大男が現れて…!?

箱根の温泉旅館に立ち寄った剣心一行。だが剣心が大切な路銀を落としたため旅館で働くことに。そこで剣心たちは真の芸術を追い求める画学生・龍三郎と出会う。龍三郎は薫に一目ぼれしてしまい!?

剣心たちは暴漢に襲われていた勝海舟と、弟子の大五郎を助けた。海舟に破門を言い渡され、剣術を体得するため、神谷道場に居候することになってしまった大五郎。そこに海舟の娘・勝逸子が訪れる。

勝邸からの帰り道「紅葵」と名乗る賊に取り囲まれた剣心。不審に思った剣心は大五郎から事情を聞く。実は海舟は、西南戦争で西郷隆盛に資金援助を行った、と明治政府より嫌疑をかけられていた。

行方不明になった逸子を探す薫たち。剣心は事の真偽を確かめるため、海舟の元へ向かう。逸子をさらった紅葵は、逸子の身柄と引き換えに、徳川慶喜が海舟に託した隠し金を要求しているのだった!!

逸子を助けるため飛び出した大五郎は、懐に入れていた本が刀の切っ先を阻んだため、事なきを得た。剣心は紅葵の首領格・柴田を下し、黒幕・鉄馬の存在に気づく。海舟は鉄馬を諌めようとするが…。

神谷道場に懐かしい客人が訪れた。それは伊豆で起こった「雷十太事件」の際に知り合った塚山由太郎だった。だが由太郎の腕を治してくれたハンス博士はドイツの秘密結社「黒騎士団」に襲われる。

負傷したハンス博士に、聖なる霊薬を守ってほしいと頼まれた由太郎は、手帳を手がかりに剣心たちと諏訪へと向かう。黒騎士団と密約を交わした「真田忍群」偵察部隊は、剣心たちを突如襲撃する!!

旅の途中に偶然出会った猟師から情報を聞き、竜神湖の畔へ向かった剣心たち。だがそれは、猟師の姿に化けた御沙薙の計略だった。湖底を走る回廊の先に隠し扉を見つけて、剣心たちは潜入する!!

御沙薙の罠で奈落の底へ落ちた剣心たち。なんとか危機を脱した先で、深手を負った真田忍群の戒太に出会う。由太郎の治療で一命を取り留めた戒太とともに、剣心たちは再び霊薬の場所を目指す。

御沙薙は黒騎士団を「霊薬」のありかに導くが、メルダースは御沙薙との約束を守るつもりはなかった。卑劣なメルダースにシュナイダーは叛旗を翻す。そこに登場した剣心が、メルダースと対決開始。

聖なる「霊薬」を悪用し、暴利を得ようとするメルダース中尉の野望を、剣心が打ち砕いた。持ち帰った「霊薬」によりハンス博士の命も救われ、事件は一件落着。由太郎と博士はドイツへ帰国する。

神谷道場に長期滞在を続ける操を、憧れの蒼紫が迎えに来た。帰郷前に東京見物や土産物の購入をしようと、操は薫や恵達と連れ立って繁華街浅草へ。女性同士で、気の置けない楽しい時間を過ごす。

府内各地で天変地異が頻発。佐伯優之進と名乗る怪しい実業家が石碑を建て、異変を鎮静化している…。赤べこも異変に見舞われるが、石碑の建立を断ったとたん、剣心達は謎の式神に襲われることに!!

剣心達は、風水師「風一族」の陣風の味方により危機を救われた。佐伯の正体は「水一族」の幽水であることも判明する。そんな中、水一族が神谷道場に現われ、死に至る呪法を薫にかけてしまった。

薫の命を救えるという“龍の泉”の水を求めて、剣心と陣風は武蔵野へ出発。鉄道敷設現場に潜入し、トンネルの最奥部をめざすが、東京を壊滅せしめるほどの巨大エネルギー“龍脈”が流れ始め…。

水一族の目的は、龍脈をぶつけることにより元老院に集まる政府の高官を葬ることだった。幽水は既に戦場ヶ原に風水の陣を敷き、府内に向けて龍脈を発動させんとしている。剣心は戦場ヶ原へ急ぐ!!

風と水、相容れぬ立場にある風水師同士が、命をかけて究極の技をぶつけ合う。剣心の活躍も手伝い、陣風は龍脈を粉砕する強大なエネルギーを放つことに成功。からくも東京府は壊滅の危機を免れた。