1987年、日本。ジョースター家の血を引く青年・空条承太郎は留置場に囚われていた。 承太郎の母・ホリィは「自分には悪霊がとりついている」と釈放を拒む承太郎を案じ、アメリカにいる承太郎の祖父・ジョセフに助けを求めることに。すぐさま来日したジョセフは、友人のアヴドゥルと共に承太郎のもとへ向かい、承太郎に対し「悪霊の正体を全て知っている」と告げる。そしてその正体と、一族にまつわる忌まわしき因縁を語る…！

ジョセフが語った“悪霊”の正体――「幽波紋（スタンド）」の力を隠しながら、日常生活に戻る承太郎。だがある日の登校中、不自然な現象で軽傷を負ったことをきっかけに、花京院典明と名乗る転校生と知り合う。医務室で傷の治療を行おうとした承太郎は、花京院からのメッセージに気が付く。そこには花京院の幽波紋（スタンド）による、承太郎への殺害予告が書かれていた。さらに、突如暴れ出した養護教員に襲われてしまい…!?

覚醒したスタンド能力で、ＤＩＯの刺客・花京院を打ち破った承太郎。傷つき倒れた花京院の身柄を確保し、ＤＩＯの情報を得ようとするが、ジョセフは花京院の脳に「肉の芽」という、摘出不可能なＤＩＯの細胞が植え付けられていることに気付く。花京院の死は免れないことを指摘するジョセフだったが、承太郎は自身のスタンドで花京院の「肉の芽」を摘出しようとする…!

50日以内にＤＩＯを倒さなければ、ホリィの命が危ない――。承太郎たちはＤＩＯを打倒するため、彼が潜んでいると思われるエジプトへの旅を開始する。道中の飛行機内、承太郎たちは再びＤＩＯの放った刺客と遭遇！それは、破壊と災害、そして旅の中止を暗示するという凶悪なスタンド「灰の塔（タワー・オブ・グレー）」であった。誰がスタンドを操っているのかも不明な状況下で、静かに動き出した花京院は…？

ＤＩＯからの新たなる刺客、ポルナレフに襲われた承太郎たち。彼のスタンド「銀の戦車（シルバーチャリオッツ）」の鋭い剣さばきに圧倒されるが、ポルナレフの挑発に応じたアヴドゥルが「魔術師の赤（マジシャンズレッド）」で立ち向かう。タイガーバームガーデンに場を移して行われた両者の対決で「魔術師の赤（マジシャンズレッド）」が誇る必殺技、クロスファイヤーハリケーンを喰らい、倒れ込むポルナレフ。敵の再起不能を確信するアヴドゥルだったが…？

新たな同行者を加えた承太郎たちは、スピードワゴン財団の協力をうけて海路で次の目的地・シンガポールへと向かう。その道中、船内から密航者が見つかり騒ぎが起こるなか、承太郎が海中から敵スタンドに襲われてしまう。船にいる人間は、仲間を除くと身元のはっきりした船員10名、そして謎の密航者がひとりだけ…。自分たちの命を狙う敵の本体は一体誰なのか？スタンドの本体をあぶり出すべく、承太郎はある奇策をうった！

ニセ船長の仕掛けで爆破された船から脱出し、救命ボートで広大な海を彷徨う承太郎たち。そこに姿を現したのは、巨大な貨物船であった。疑心暗鬼になりながらも、一行は助けを求め、貨物船に乗り移る。だが、船は正常に稼働しているにも関わらず、船内に人影はなく、いたのは檻の中のオランウータンが一匹だけ…。承太郎たちが妙な不安を覚えながらも船内の探索を続けていると、ひとりでに動き出したクレーンが仲間に襲いかかった！

シンガポールに到着した承太郎一行は、宿泊先のホテルで別行動をとる。ホテルの部屋で一人になったポルナレフを待ち受けていたのは、「呪いのデーボ」として怖れられる新手のスタンド使いだった。デーボが操るスタンド「悪魔（エボニーデビル）」には、相手を恨めば恨むほど強くなるという能力があり、正面から戦いを挑んだポルナレフは敵の罠にはまり絶体絶命の危機に。残虐かつ残忍な手口で攻撃を仕掛けるデーボに対し、ポルナレフが見出す勝機とは!?

我々の中に裏切り者がいる、花京院に気をつけろＤＩＯの手下だ――」ハーミットパープルで念写された奇妙なメッセージを前に、とまどうジョセフ達。一方、それを知らない承太郎は、花京院やアンとシンガポールを散策していた。花京院はスリに過剰なまでの暴行を加えるなど、異常な行動を繰り返す。普段のスマートさとは違った、異様な雰囲気を漂わせる花京院を不審に思った承太郎は、花京院が何者かに取り憑かれていると考え…。

シンガポールを出国し、無事インドに入国を果たした承太郎たち。文化の違いに驚きながらも、レストランで小休止をとる。そこで、鏡の中だけに見える謎のスタンドに襲われるポルナレフ。承太郎が敵から聞き出していた「鏡をつかうスタンド使い」は、ポルナレフの妹の仇である「両腕が右手の男」である可能性が高い。復讐に燃えるポルナレフは、単独行動をさせることが敵の狙いだと告げるアヴドゥルの制止をふりきり、別行動をとることに。

ポルナレフを庇い、敵スタンド攻撃の前に倒れたアヴドゥル。それを目の当たりにしたポルナレフは、ショックで冷静さを失っていた。そこにつけ込んだＪ・ガイルはスタンド「吊られた男（ハングドマン）」で猛攻撃を始める。このままでは敗北必至と踏んだ花京院は、ポルナレフと共に逃亡をはかる。追撃してくるホル・ホースとＪ・ガイルのコンビに苦戦を強いられながらも、ポルナレフたちは本体を探り当てることで反撃の糸口をつかもうとするが…!?

ガンジス川のほとり、聖地ベナレスをめざす承太郎一行。その道中、ジョセフは自分の腕に奇妙な腫れ物があることに気付く。最初は気に留めていなかったものの、徐々に大きくなっていく不気味さもあり、医者に看てもらうことに。そして、医者がその腫れ物を切除しようとした瞬間、腫れ物は人の顔になり、自分が「女帝（エンプレス）」のスタンドであると語る。さまざまな手段で切り離そうと試みるジョセフだったが、自身の肉体であるがゆえに傷つけることができない。さらに猛スピードで成長を続ける敵スタンドを打ち破る術とは…？

インドからパキスタンへの道のりを四駆車で飛ばす承太郎たち。運転手を任されたポルナレフは、荒れた山道で前を走るボロ車を強引に抜き去ってしまう。しばらく快調に車を走らせる一行だったが、先ほど抜き去ったボロ車に後ろからあおられ、先を譲ることに。だが、抜くや否やボロ車は再び速度を落とし、嫌がらせとも思えるような運転を繰り返す。再びポルナレフがボロ車を追い抜いた瞬間、正面から大型トラックが現れ衝突の危機に!!

承太郎たちは敵スタンド使いの妨害を乗り越え、ようやくパキスタンに入国を果たす。だが、周囲が濃霧に包まれてきたため、近くの町で宿を探すことに。一行が到着した町は、異様なほどに物静かで、住民もそっけない対応ばかり。そんな中、道端で恐怖に顔を歪めた変死体を発見する承太郎たち。死因がはっきりしない異常性から、スタンド使いの仕業と考え警戒を強める彼らに、ホテルを経営しているという老婆が声をかけてくるが…？

エンヤ婆がＤＩＯの新たな刺客であることに気付いたポルナレフ。この事実を仲間に知らせようとするポルナレフだったが、エンヤ婆のスタンド「正義（ジャスティス）」に操られた多数の死体に襲われてしまう！町全体が、すでにエンヤ婆の支配下に置かれていたのだ。この強大なスタンドパワーの前にはなす術がなく、ひたすら逃げまどうポルナレフ。だがついに敵の攻撃で傷を負ってしまい、エンヤ婆の術中に落ちてしまう…!!

エンヤ婆を生け捕りにした承太郎たちは、パキスタンの首都・カラチに入る。その地で彼らを待っていたのは、ＤＩＯからの新たな刺客・鋼入りの（スティーリー）ダンと名乗る男だった。ダンはＤＩＯの命令に従い、仲間であるはずのエンヤ婆をためらうことなく殺してしまう。その非情さに憤りを隠せない承太郎たちは、４対１という有利な状況で臨戦態勢に。だが、すでにダンによる恐ろしきスタンド攻撃は始まっていた…！

ジョセフの脳内に入り込んだダンのスタンド「恋人（ラバーズ）」。ジョセフの命を握ったことで圧倒的優位に立ったダンは、承太郎に対して卑劣な行為を繰り返すが、逆らえない承太郎は怒りを抑えつつその命令に従う。一方、ジョセフの脳内にスタンドを侵入させた花京院たちは、脳細胞をエサにしている敵スタンドを発見！だが、意外な素早さを見せる敵を捉えきれず、苦戦を強いられる。そして、更なる罠が２人を待ち受けていた。

アラブ首長国連邦に到着した承太郎たちは、砂漠を横断するためラクダで移動することに。移動中、仲間以外は誰もいないはずの砂漠で何者かの気配を感じていた。承太郎がスタープラチナで確認しても不審なものは見当たらず…。だが、気付けば午後８時を過ぎているというのに、太陽は沈むどころか西からのぼり始めている！一行はこの事態が敵スタンドによるものと推測したものの、対抗策は見つからない。上昇する気温はついに70度を超え…!?

花京院典明は夢を見ていた。赤ん坊の泣き声が響く奇妙な遊園地で『死神』のタロットを見つける花京院。花京院はカードの中から飛び出した死神の大鎌をとっさにかわすと、鎌は傍らにいた犬を切り裂いた。叫び声を上げて目覚めた花京院だったが、悪夢の内容は思い出せない。やがて飛行機で次の街を目指す一行は、小型機購入の条件として赤ん坊を同乗させることに。機内でうたた寝した花京院とポルナレフは、あの遊園地の夢を見る…。

花京院の赤ん坊が怪しいという訴えを誰も信じようとはせず、逆に花京院の異常を疑う仲間たち。なんとか誤解を解こうと、花京院が夢の中で自ら傷つけた腕の傷「ＢＡＢＹ　ＳＴＡＮＤ」を見せても、ますます誤解を深めるばかり。追いつめられた花京院はスタンド攻撃による強硬手段をとろうとするが、ポルナレフの当て身で気絶させられる。やがて、眠りに落ちた承太郎たちが悪夢の中で目を覚ますと、全ての真相に気付き戦慄する！

ある人物に会うため、紅海に浮かぶ孤島へ向かった承太郎たち。島に到着した一行が出会ったのは、白髪以外はアヴドゥルにうり二つの男――アヴドゥルの父親だった！男は承太郎たちとの対話を頑なに拒み、家に閉じこもってしまう。自分をかばって死んだアヴドゥルを想い、ひとり砂浜で悲しみにくれるポルナレフ。その時、海岸でフジツボがこびりついた奇妙なランプを発見する。フジツボを落としてみると、突然ランプが発光し始め…!?

勢いで口走った自分の願いで復活した妹・シェリーに襲われ、傷を負ったポルナレフ。「審判(ジャッジメント)」の暗示を持つ敵スタンド使い・カメオは、ポルナレフの第３の願いを叶えると告げ、死んだアヴドゥルをも復活させた。シェリーとアヴドゥルは、２人がかりでポルナレフの肉体を食いちぎろうと襲いかかる。スタンドで反撃を試みるも、カメオに抑え込まれて絶体絶命の危機に陥るポルナレフ。意識も朦朧とし、ついに死を覚悟する…！

新たな移動手段として潜水艦を手に入れた承太郎たち。紅海を抜け、アフリカ大陸――ＤＩＯのいるエジプトへの上陸を目指す。潜水艦のソナーで外部の反応を探りながら、静かに海中を進む一行。そんな中、承太郎は逃げ場のない海中で襲われることの危険性を指摘し、警戒を強める。そして、いよいよアフリカ大陸に接岸しようとしたその時、キャビンにあったコーヒーカップが変形し、ジョセフの義手を切り飛ばしてしまう！

敵スタンド「女教皇（ハイプリエステス）」の襲撃で、沈没寸前の潜水艦からの脱出をはかる承太郎たち。海中を自力で泳ぐためにスキューバ用の装備を着ける一行を、再び敵スタンドが襲いかかる！次々と姿を変える敵を捉えきれず、翻弄されながらもかろうじて潜水艦から脱出した承太郎たち。さらなる敵の追撃を警戒しながら陸を目指す一行は、前方に２つの海底トンネルを発見したことで海岸が近いことを知り、安堵するのだが…？

DIOのいるエジプト上陸を果たし、ジープで砂漠を横断中の承太郎たち。彼らのもとに、一機のヘリコプターが降り立った。そのヘリは、一行の旅をサポートしていたスピードワゴン財団のもので、ジョセフの要請を受けて承太郎たちの新たな仲間を連れてきていた。ジョセフ曰く、機内には「愚者（ザ・フール）」の暗示を持つスタンド使いが乗っているという。だがヘリの中を見ても、操縦者以外には特に人影らしい人影は見えず…？

新たにイギーを仲間に加えた承太郎たちだったが、水のスタンドの急襲によって花京院が重傷を負う。アヴドゥルは姿の見えない敵からの攻撃に対して一計を案じるものの、すんでの所で看破されてしまう。圧倒的不利な状況が続くなか、イギーはなぜかのん気にいねむり中…。一撃必殺の威力を誇り、どこからくるかわからないスタンド攻撃に加えて、遠く離れた位置にいると思われる本体…。承太郎たちは勝機を見出すことができるのか!?

ンドゥールとの闘いで重傷を負った花京院とアヴドゥルの治療中、アスワンの街で小休止を取る承太郎たち。敵スタンドの襲撃を警戒する一行は、ポルナレフが無作為に選んだカフェに入ることに。だがそのカフェには、すでに「クヌム」のスタンド使い・オインゴと、「トト」のスタンド使い・ボインゴの兄弟が潜んでいた。カフェの店員に扮したオインゴは、ボインゴのスタンド能力に従って承太郎たちに毒入り紅茶を出そうとするが…。

承太郎たちは一路、ＤＩＯのいるカイロを目指してナイル河を下るための小型帆船を探す。一方、一行の近くの河べりを歩いていた農夫のチャカは、道ばたに落ちていた一本の装飾刀を拾う。周囲の人間が刀を抜こうとしてもびくともしないが、チャカが抜こうとすると、妖しく光る刀身があらわになった。すると、チャカの心に不思議な声が響き、おとなしかったチャカの性格が魅入られたかのように突如変貌する。奇妙な刀の正体とは…!?

コム・オンボでアヌビス神のスタンド使い・チャカを倒したポルナレフだったが、同じくアヌビス神のスタンドと語る理髪店の主人に襲撃される。そのことで、チャカの持っていた「刀」こそがスタンドであると気がついたポルナレフは反撃を試みる。だが、ポルナレフの闘い方を憶えたことで以前よりも強力になったアヌビス神のパワーに押されてしまう。刀がポルナレフに届こうかという絶体絶命の危機に、承太郎が現れるッ!

ナイル川中流の街・ルクソールに到着した承太郎たち。その道中、ジョセフは傍らの岩に奇妙なコンセントがついていることに気がついた。不思議に思いながらも何気なくコンセントに触れた途端、感電してしまう。だが感電した以外は特に異常が見られないため、そのまま承太郎たちと合流を果たすジョセフ。その後、義手の調子が悪くなったり、金槌がジョセフ目がけて飛んできたりと、小さなアクシデントに見舞われはじめ…。

敵スタンドの能力により、磁力を帯びた体になったジョセフ。敵の本体らしき女の行方を追ううちに、アヴドゥルもコンセントに触れてしまい磁力を帯びてしまう。磁力の影響でくっつきあうジョセフたちは、互いの体を引き離してから街を駆け巡り、女を追いかける。やがて、余裕を見せるスタンド使いの女を捉えるふたりだったが、鉄道線路に足を取られてしまい再びくっつき合ってしまう。そこに、警笛を鳴らして近付いてくる列車の姿が！

ジョセフとアヴドゥルがマライアと戦闘を繰り広げていた頃、承太郎たちはふたりが来ないことを不審に思い、ルクソールの街中を探る。すると、ポルナレフが殺気を出しながら自分たちを尾行する男を発見。男の正体を探ろうした直後、男の影が伸びてポルナレフの影に迫ってくる。とっさに身をかわしたポルナレフだったが、男はその隙に逃げ出してしまった。その直後、ポルナレフは自分の衣服が妙にブカブカになっていることに気付き…？

「セト神」を暗示する敵スタンド使い・アレッシーの能力で、心も体も子供に戻ってしまったポルナレフ。混乱する彼を救ったのは、通りがかりのマレーナという女性だった。だが彼女の家の中までも、アレッシーの魔の手は迫る。浴室でアレッシーに襲われたポルナレフは、丸裸のまま本体と同じように縮んでしまったスタンドで抵抗を続ける。かろうじて危機を脱したポルナレフだったが、一緒にいたはずのマレーナが見当たらない…。

長い旅路の果て、ついに目的地であるエジプト・カイロへと到着した承太郎たち。さっそく、立ち寄ったカフェでＤＩＯの館の聞き込みを開始する。すると、その場にいた客のひとりが「その館に見覚えがある」と静かに声を上げる。詳細を聞き出そうとするジョセフに対し、その客は情報の対価としてギャンブルでの勝負を要求。少しでも時間が惜しいジョセフは代案を提示するも、痺れをきらしたポルナレフが賭けに乗ることになり…。

敵スタンド使い、ダニエル・J・ダービーとのギャンブル勝負に敗れ、魂を奪われてしまったジョセフとポルナレフ。ふたりの魂を取り戻すため、承太郎はポーカー勝負を挑む。承太郎は勝負の前にスタープラチナの精密さを見せつけ、ダービーにイカサマが困難であることを宣言。さらにゲーム開始直後、カードを配るダービーの不審な動きを捉え、その指をへし折ってしまう！互いの魂が賭けられた、白熱のポーカー対決の行方は…!?

カイロでＤＩＯの館を探す承太郎たちを追い、カイロ空港に降り立ったホル・ホース。彼は新たなパートナーと手を組み、再び承太郎たちの命を狙っていた。そのパートナーとは、予知能力を持つスタンド使い・ボインゴ。ホル・ホースは、ボインゴの予知に目をつけて強引に連れ出したものの、いまいち予知能力を信じきれずにいた。だが、最初に示された突飛な予知を実行した結果、「自分たちは無敵のコンビ」と確信する！

カイロで承太郎たちと遭遇したホル・ホースたち。ボインゴの予知で示された通り、路地裏でポルナレフのスキをついて鼻の穴に指を突っ込むことに成功したものの、ホル・ホースは次にとるべき行動がわからず身動きがとれないでいた。そこにポルナレフを探す承太郎たちが姿を現し、予知の通りに行動したことで逆に危機に陥ってしまう。さらに、ポルナレフが仲間に合図を送ったことに気付き、ポルナレフだけでも倒そうとした瞬間――!?

カイロの街でＤＩＯの館の捜索を続ける承太郎たち。アヴドゥルのツテで、カイロに詳しいサングラスの男に館の捜索を依頼し、一行はしばらく待機することに。一方、単独で街を散策していたイギーは二匹の大型犬に絡まれる。イギーの眼力にひるんだ犬たちは、近くの館にいた鳥を次のターゲットに。だが犬たちが館に入り込んだとたん、氷柱で串刺しにされてしまう。突然の事態に驚愕するイギーの前に、一羽のハヤブサが姿を現し…。

ＤＩＯの館を守っていたスタンド使いのハヤブサ、ペット・ショップと下水道で死闘を繰り広げるイギー。ペット・ショップは、その生態を活かした恐るべき速度でイギーに襲いかかる。イギーはペット・ショップの放った氷柱のミサイルで足に重傷を負ってしまうが、かろうじて川の中へと逃げ込む。そして水中に砂のドームを作り、敵が姿を消すまで川底に身を隠そうとするが、ペット・ショップの執拗な追撃はとどまることを知らず…!?

イギーの負傷と引き換えにしながらも、ついにＤＩＯの館の所在をつきとめた承太郎たち。館に入った一行を待ち構えていたのは、テレンス・Ｔ・ダービーと名乗る執事だった。かつて倒したギャンブラーの弟でもあるこの男は、自身のスタンド「アトゥム神」の姿をさらし、その能力の一端を見せつける。その直後、承太郎とジョセフ、花京院が足元に現れた異空間に飲み込まれてしまう。３人が着いた先はゲーム機がある奇妙な小島で…？

白熱するダービーとの魂をかけたＴＶゲーム対決。レースゲームで勝負を挑んだ花京院はダービーの策略の前に自ら敗北を認めてしまい、魂を奪われてしまう。激昂するジョセフをよそに、承太郎は静かに次のジャンルを選択する。承太郎が選んだのは、ダービーが「最も得意」と豪語する野球ゲーム。他のゲームでも達人級の実力を持つダービー相手に、試合開始直後から初心者のようなぎこちない挙動を見せる承太郎。果たして勝機は!?

ＤＩＯの館内部で進行する、ダービーとの野球ゲーム対決。劣勢のはずの承太郎は、なぜかダービーに対し投球予告を行う。ダービーは承太郎の行動を不審に思いながらも、相手の魂の状態を判別できるスタンド能力を駆使して優位に立とうとするが…？　一方、ＤＩＯの館の入口に取り残されていたアヴドゥルとポルナレフ、イギーの３人は、ジョセフの言ったタイムリミットの10分が経過すると、合流を待たずに内部へ突入を開始する…!!

長く険しい旅を共にしてきた仲間との、突然の別れ――。あまりにもあっけなさすぎる事態に、感情を抑えきれないポルナレフ。怒りを爆発させて剣を振り回したことで、姿の見えない敵に傷を負わせたものの深手にはならず。だが、突然空間から姿を現して襲いかかってくる謎の敵スタンドの攻撃はとどまることがない。体勢を整えるため、その場を移動したポルナレフとイギーは、広間で背中合わせになって見えない敵の襲撃に備えるが!?

ヴァニラ・アイスの容赦のない攻撃で窮地に追いやられるポルナレフ。死を覚悟した彼を寸前で救い出したのは瀕死のイギーだった。最後の力を振り絞り、徐々に力を失っていくイギーのスタンド。隙をついて飛び出したポルナレフの剣先はヴァニラ・アイスの頭を貫いた。渾身の一撃を受け、不死身とも思えるタフさを見せたヴァニラ・アイスもついに崩れ落ちる。死闘を終えたポルナレフは、傷ついた身体を押し宿敵DIOのもとへ向かう…!!

ついにDIOとの対面を果たしたポルナレフ。敵意をむき出しにするポルナレフに対し、DIOは「再び仲間になることを許す」と声をかける。誘いを拒絶するポルナレフだったが、謎の現象によって近付くことすらできない。せめてスタンドの正体を見極めようと「銀の戦車（シルバーチャリオッツ）」で攻撃をしかける。そしてDIOのスタンド「世界（ザ・ワールド）」と激突しようとしたその瞬間、背後の壁が崩れ落ちる。中から現れたのは…!!

闘いの舞台は闇夜に包まれ始めたカイロの市街地に。ジョセフと花京院はDIOから逃亡しながら闘い、承太郎とポルナレフはDIOを追いながら闘うという、挟撃の形をとる一行。そんな中、花京院は「DIOのスタンドの正体を暴く方法を思いついた」と、周辺の建物に罠を張り巡らせる。花京院を追いかけるDIOは、花京院が仕掛けた「法皇の緑(ハイエロファントグリーン)」の結界にはまり、エメラルド・スプラッシュの集中砲火を浴び…!?

ジョセフは花京院が残したメッセージで「世界(ザ・ワールド)」の能力を見破るが、DIOの非情な攻撃で倒れてしまう。激昂する承太郎は「星の白金(スタープラチナ)」で「世界(ザ・ワールド)」とのラッシュ対決に挑むものの、DIOのパワーに押し負けてしまう。時を止めてとどめを狙うDIOだったが、時の止まった世界で承太郎の指先が動いていることに気付き警戒を強める。DIOの脳裏によぎるのは、承太郎の言葉――「同じタイプのスタンド」!?

ポルナレフの奇襲と自らの命を懸けたトリックで、ついにDIOへ反撃の一撃を与えることに成功する承太郎。重傷を負ったDIOは時を止めながら逃亡をはかる。承太郎はラッシュ攻撃でトドメを狙うが、それこそがDIOが仕組んだ「逃走経路」だった。承太郎に吹っ飛ばされたDIOの先には、倒れ伏したジョセフの肉体が…！回復したDIOへの怒りを燃やす承太郎は、己の感情の赴くままに時の止まった世界でDIOとの最終決戦に挑む――!!