牢獄にあるエース。ガープは彼に、ルフィがウォーターセブンでの戦いに続き、シャボンディ諸島でも大事件を起こしたことを話す。そして、ルフィに父親について話したことも…。それを聞いたエースは、自分の親父は、白ひげ一人だと言い切る。その頃、インペルダウンを目指す一隻の海賊船があった…。

ようやく自由の身になったルフィに、ハンコックはこれ以上の手伝いはできないと詫びる。ルフィは、ハンコックに感謝の言葉を贈ると、監獄の中では暴れないことを約束するのだった。そして部屋から脱出するが…ここはまだレベル1の紅蓮フロアーで、その先には比較にならぬほど怖ろしい試練が…。

レベル1に潜入したルフィは、脱走中のバギーと遭遇、ブルゴリとの戦いに巻き込まれてしまう。間一髪のところでルフィに救われたバギーは、一撃でブルゴリを倒すほどに成長したルフィの強さに驚く。そして、ルフィの腕輪を見て表情を変える。彼が長年探し続けていた、財宝の秘密が隠されていたからだ！

まんまとルフィをだまして腕輪を手にいれたバギーだったが、ブルゴリに襲われ、自分もレベル2に墜落してしまう。一刻も早くエースのもとへ向かおうと、焦るルフィ。怖ろしい魔獣たちに襲われた二人は、必死で逃げ回る。そのころ、レベル4に到着したハンコックは、所長の毒人間・マゼランと対面していた。

サウザンド・サニー号で大海原を行く麦わらの一味の前に、巨大なカブトムシが飛んできた！　一目で気に入ったルフィは仲間にしようとするが、巨大カブトムシはすでに、海軍コートを羽織った少女・ヨーコの仲間だった。

ヨーコの住むカンソーン島は“東の海”出身者が集まり、各村の名所をまねて暮らしていた。一心道場のような道場でゾロはくいなを、小さなバラティエでサンジはゼフのもとでの修業時代を、書き割りの屋根を見てウソップはカヤを思い出す。

ボスをシキの所へ連れ戻すため、島を襲撃したアミーゴ海賊団。船長のラルゴが振るう“アミアミの実”の能力で、ルフィもゾロもサンジも捕らえられてしまう。島民を思うボスは、自らラルゴのアミの中へ。その時、ルフィが腕を伸ばしてボスをぶっ飛ばす！

ボスが放った炎で、ルフィ達を捕らえるアミは焼き切られた。ボスも島も両方大事だと強く感じた島民たちは、ナミとウソップに率いられ、アミーゴ海賊団に猛反撃！　ラルゴとの一騎打ちに挑むルフィは、ギア２で攻め込むや、ギア３を発動させる！

バギーと共にレベル2を進むルフィは、かつての敵、Mr.3と再会する。Mr.3は自由になった恩返しとして、力を貸すことを申し出る。そのころ、レベル5の無間地獄では、牢につながれていた王下七武海のひとり、海侠のジンベエが牢番にこっぴどく痛めつけられていた。見かねたエースが声をかけるが…。

崩壊したレベル2では、バギーによって自由の身となった囚人たちが暴れ始めていた。さらに、ルフィとエースが兄弟で、ルフィの目的がエースの救出だと知り、看守たちも大騒ぎを始める。海軍本部のガープは、さすがはわが孫と笑い飛ばしていたが、その孫のルフィは、新たな地獄に落ちていた。

レベル４へと急ぐルフィ。大監獄への侵入を許し、面目をつぶされた海軍は、ルフィを極秘のうちに捕えようと海兵を差し向ける。彼らは、唯一の出入り口である跳ね橋を上げられ孤立した、大監獄の外を包囲することになった。そのころ、ようやくレベル５へ到達したハンコックは、エースと対面を果たしていた。

ボン・クレーと力をあわせ、ブルゴリたちをすべて倒したルフィ。一方、マゼランの能力を目の当たりにしたハンコックは、ルフィの身を案じながらも大監獄を後にしていた。ようやくルフィへの対応を始めたマゼランは、戦力をすべてレベル４へ集める。ルフィはピンチをボン・クレーに救われるが…。

ついにミノタウロスを倒したルフィたちだが、思わぬ事故によって、４人そろってレベル４に落ちてしまう。一方、インペルダウンを離れたハンコックは、モモンガからエースの処刑が明日の午後三時に開始されると聞く。そこに緊急報告が入ってくる。新世界の海で、四皇である赤髪とカイドウが戦いを始めたというのだ！

ついにルフィの前に立ちはだかった監獄署長・マゼラン。ボン・クレーは、ドクドクの実の能力者であるマゼランとは戦ってはダメだとルフィに教え、レベル５へ逃げようと提案。しかし戦闘は始まり、マゼランは巨大な毒竜であるヒドラを操って襲いかかってくる！　すぐさま反撃しようとするルフィだが…。

拳を失う覚悟で勝負に出たルフィ。渾身の一撃でマゼランに膝をつかせるが、その代償として拳は毒に侵され、激痛に苦しむ。一方、レベル３へ逃げようとしたバギーたちは、わざと逃がそうとするハンニャバルのもくろみを罠だと思い込む。マゼランの毒を怖れて一人逃げだしたボン・クレーは、罪悪感を抱き…。

マゼランの毒によって瀕死の重傷を負ったルフィは、レベル5へ投獄されてしまう。一方のボン・クレーは、マゼランに勝てないことを悟り、ルフィを助けるために逃げ出すという苦渋の決断をしていた。下手に解毒薬を使っても、死を早めるだけ…厳しい現実を突きつけられたボン・クレーは、とある人物を捜す。

ボン・クレーを残して軍隊ウルフから逃げ出したMr.3とバギーだが、すぐに追いつかれてしまった！　牢の中のルフィと再会し、逃げたことを詫びるボン・クレー。彼は瀕死のルフィを連れて、奇跡の人・イワさんの行方を捜しに向かう。自分にできることはあきらめないことだと、必死にインペルダウンの中を訪ね歩くが…。

凍死寸前のところをイナズマに救われ、囚人たちの秘密の花園・ニューカマーランドへと運ばれたボン・クレー。彼はそこで、捜し求めていたイワさんをついに発見する。その奇跡の能力を目の当たりにし、ルフィを助けてほしいと土下座して頼むボン・クレーだが、実はかえってルフィに救われていたのだった。

ルフィの治療が続く中、ボン・クレーはイワさんの秘密を教えてもらう。イワさんは、いわば人体のエンジニアだった。大昔、穴掘りの能力者たちが作ったこの場所は、レベル5と6の間にある。そしてレベル6の無限地獄には、エースと共に、マゼランと互角の実力を持つ看守長・雨のシリュウが幽閉されているという…。

ルフィは、イワさんの治癒ホルモンとボン・クレーの命がけの声援によって、奇跡の復活を果たした。ルフィは手をついて、ボン・クレーへ恩に着ると頭を下げるのだった。 イワさんは、ルフィがかつての同士・ドラゴンの息子だと知り、協力を約束。エースを救出して脱獄することを決意する。

イワさんの協力を得たルフィは、ついに最下層LV６へ突入。必死にエースの名を呼ぶが、返事はない。エースは既に牢から連れ去られた後。ルフィの麦わら帽子を見たジンベエは、他ならぬエースの弟だと確信し、すぐに後を追えと教えてくれるのだった。しかし、捕らえようとするハンニャバルは、フロア中にガスを充満させ…。

一転してピンチになったルフィに、かつての敵であったクロコダイルが、脱獄のために共闘しようと持ちかけてきた。ルフィは拒否するが、受け入れるべきだとイワさんが説得。すると今度は、ジンベエが声をかけてきた。何としてもエースを助けたいというジンベエの言葉をルフィは聞き入れ、ここに最強のチームが誕生する！

クロコダイルの手引きで、LV３を目指すルフィたち。LV２に潜んでいたバギーたちは、大きなトラブルが起きたことに気付き、ようやく脱獄のチャンスが巡ってきたと大喜び。囚人たちを解放し、フロアを大混乱に陥れる。一方、イワさんとボン・クレーが、ようやくルフィと合流。看守たちは総崩れになり…。

囚人たちを解放しながら戦いを繰り広げるルフィたち。LV２から脱獄しようとするバギーたちは、マゼランの毒によって閉じ込められ、手も足もでない。そのマゼランがLV２を制圧してまもなく合流すると聞き、元気を取り戻すハンニャバル。そのころLV1では、黒ひげ一味とシリュウが対面していた。

大混乱に陥ったインペルダウン。ルフィは一気にLV３へ突入しようとするが、ハンニャバルの包囲網により阻止されてしまう。ハンニャバルは自ら、薙刀・血吸をふるってルフィを攻撃してきた！　だが、ギア２を発動したルフィにジェットガトリングを浴びせられる。それでもハンニャバルは、あきらめようとしない！

LV３への突入をめざすルフィたちの前に、七武海の黒ひげ・ティーチが現れた。挑発されたルフィは、怒りに燃えてＪＥＴピストルを放つ。ところが、ティーチの闇水によって捕らえられ、手も足も出ないまま床へと叩きつけられてしまう。勝ち誇るティーチは、自分の能力を明かす。立ち上がるルフィは…。

マゼランはドクドクの実の能力で、黒ひげ・ティーチを仲間もろとも一網打尽、全速力でルフィの後を追う。イワさんは、イナズマに階段をはさみで切り裂かせて退路を断つと、自分ひとりでマゼランを食い止めようと、身動きひとつせずに近づいてくるのを待つ。そして、オカマ拳法の奥義が炸裂する！

ルフィたちは正面入口を目指すが、マゼランに追いつかれてしまった。ルフィはマゼランに飛びかかろうとするが、ボン・クレーに止められる。まもなく、マゼランのヒドラが攻撃してくるが、Ｍｒ.３が分厚いロウで壁をつくり、毒を防ぐことに成功！　ルフィはＭｒ.３と協力してマゼランと戦うことを決意する。

ジンベエの作戦で、軍艦へ突入したクロコダイルたち。海兵たちは総力をあげてクロコダイルとＭｒ.１を海へ放り出そうとするが、海中から放たれたジンベエの槍波に軍艦を破壊され、度肝を抜かれる。ルフィはマゼランと激闘を繰り広げる中、ついにマゼランに一撃を入れる。囚人たちも一気に襲いかかるが…。

海に逃れたルフィたちは、ジンベエ鮫の群れに助けられ、どうにか軍艦にたどり着く。イワさんは、毒にやられて瀕死のイナズマの治療に取りかかる。その頃、マゼランは、海軍に船を回せと指示を出していた。自ら軍艦に乗りこみ、ルフィを追撃開始！　逃げるルフィたちの前には、閉ざされた正義の門が立ちはだかり…。

ついにインペルダウンからの脱獄を果たしたルフィ。そのころ、マゼランの毒で倒れた黒ひげは、シリュウの解毒剤で九死に一生を得ていた。二人は裏で手を組んでいたのだ！　ジンベエが王下七武海だったと知り、ルフィはその強さに納得。宴の真っ最中だったバギーたちは、行く先が海軍本部だと聞いて騒ぎ始める。

空島・ウェザリアに飛ばされたナミは、ハレダスと共にシャボンディ諸島へ向かっていた。いっこうに近づく様子はなく、ナミはしびれを切らすが、ハレダスは台風でも来ない限り一気に進むのは無理だと答える。焦るナミに、ハレダスは意外なことを提案する。それならば、下へ降りてみようと言うのだ。

乙女の心を持つ男だけの島・カマバッカ王国では、サンジが必死にオカマたちから逃げ回っていた。無駄に強いオカマたちは、撃退することもままならない。巨大な鳥に支配された島・トリノ王国では、チョッパーも島民たちや巨大な鳥から追われて逃げ回っていた。チョッパーは偶然、巣から落ちた雛鳥を見つける。

橋の上の国・テキーラウルフで、囚われの身となって拷問を受けるロビン。看守たちは、ロビンが革命軍について何か隠していると思い込んでいた。ボーイン列島では、ウソップが人喰いヒマワリに追いかけられていた。森の勇者・ヘラクレスに助けを求めるが、人喰いヒマワリごと攻撃されてしまい…。

重傷のゾロはシッケアール王国の跡地に飛ばされ、一足先に島に来ていたペローナに手当てを受けていた。ゾロをこき使おうとするペローナだが、まったく話が噛み合わない。貧困の国・ハラヘッターニャで黒魔術の儀式に遭遇したブルックは、悪魔王サタンに間違われていた。翌朝、ブルックが目を覚ますと…。

数々の試練を乗り越え、インペルダウン脱出に成功したルフィ。連れ去られた兄・エースを救出するために海軍本部を目指していたが、思っていたよりも時間がかかり、公開処刑の時はすぐそこまで迫っていた。船首にたたずむルフィは、ジンベエにエースとの思い出話を懐かしそうに語り始める。

エースの公開処刑が刻々と迫る中、ルフィを乗せた脱獄船は海軍本部を目指して突き進んでいた。一方、海軍本部では、ジンベエと黒ひげを除いた王下七武海の５人が召集され、静かに来るべき時を待っていた。正義の士と呼ばれる大将・赤犬も到着。これで海軍本部には、三大将も勢ぞろいする！