ある雷雨の夜、馬車事故に遭った英国貴族のジョースター卿。偶然その場に居合わせたブランドーは、自分が命を救ったようにふるまい恩を売りつける。それから12年、ブランドーの死後、その息子であるディオがジョースター家に招かれた。ジョースター卿の子ジョナサンは、同い年のディオと仲良くしようとするが、強く拒絶されてしまう。

大学生となったジョナサンとディオ。ジョースター家の正式な養子となっていたディオは、かねてから進めていたジョースター家乗っ取り計画、ジョースター卿の毒殺を目論む。一方、偶然ブランドーの手紙を発見したジョナサンは、父が衰弱していく原因が毒ではないかと疑い、調査のためロンドンへ向かうことに。

解毒剤の入手に成功し、屋敷に戻ったジョナサン。ディオの行った悪事を暴き、彼を追及するジョナサンに、殊勝な態度で反省をみせるディオ。だが、ジョナサンに同行していた暗黒街出身の男・スピードワゴンは、ディオに対し「こいつは生まれついての悪だ」と断じて警戒を促す。窮地に陥ったディオは、自ら石仮面をかぶることで「人間を超越」しようとする。

ディオとの戦いで重傷を負ったジョナサンは、再会したエリナの手厚い看護で傷と心の両方を癒す日々。ある日、惨劇の現場である屋敷跡を訪れたジョナサンは、発見されなかった石仮面を案じながらも、事件を忘れようとする。だがその帰り道、ツェペリと名乗る男と出会い、彼の運命は再び大きく動き出す。

険しい断崖に囲まれた町、ウインドナイツ・ロット。町の外れにたどり着いたジョナサン一行は、スリの少年ポコと出会い、ついにディオ本人との対面を果たす。暴帝としての貫録を見せるディオに波紋攻撃を繰り出すツェペリとジョナサンだったが、ディオの気化冷凍法により、波紋エネルギーを封じられてしまう。

ジョナサンとブラフォードの死闘が続く。これまでの闘いでジョナサンから勇者の素質を感じ取ったブラフォードは、互いの最大を尽くした闘いを要求。死闘の末、ジョナサンの波紋で人間としての痛みと高潔な魂を取り戻したブラフォードは、ジョナサンに「幸運と勇気の剣」を託して消滅する。改めてディオへの怒りを燃やすジョナサンたちに、タルカスの刃が迫る。

ポコの勇気ある行動によって、ジョナサンが捕らわれた双首竜の間への扉は開かれた。すぐさまジョナサンの救出に向かうツェペリだったが、その脳裏にあったのは、かつての師であるトンペティから告げられた「死の運命」――！

修練場からの脱出後、ツェペリの師・トンペティとその弟子たちと合流したジョナサン一行は、町民たちのゾンビ化が進んでいることに焦りを隠せない。一方、ゾンビによる制圧を待つディオは、ポコの姉に自らの仲間となるよう誘いをかけるが・・・。

ついに、ディオとジョナサンの長き因縁に終止符が打たれた。死闘を終えたジョナサンは、自らを献身的に支えてくれた愛する女性、エリナとの結婚を迎える。アメリカ行きの蒸気船でハネムーンに出発したふたりは、幼少期の思い出を語り合いながら幸せなひとときを過ごす。だがその時、ジョナサンが倒したはずのディオの部下、ワンチェンを視界に捉える…！

1938年、アメリカ――。亡くなった祖父の知己、スピードワゴンの誘いで、祖母エリナと共にロンドンからニューヨークに越して来たジョセフ・ジョースター。到着早々、トラブルに巻き込まれながらも、生まれつき備わる波紋の力と誇り高き血統の片鱗を見せるジョセフ。一方、遺跡調査中のスピードワゴンは、同行していたストレイツォの裏切りに遭っていた…！

ジョセフの前に現れたのは、吸血鬼となったストレイツォだった！機先を制して機関銃をブッ放すものの、全くダメージを与えられず戦慄するジョセフ。対するストレイツォは必殺の一撃で決着を狙うが、ジョセフのトリッキーな策で思わぬ反撃に遭う。

ストレイツォが遺したメッセージ「柱の男」の謎を探るべく、一路メキシコへ向かったジョセフ。現地でスピードワゴンの生存情報を耳にし、思わぬ朗報に喜びを隠せない。一方、スピードワゴンが囚われている地下実験室では、ドイツ軍による「柱の男」の研究が行われていた。

ついにメキシコの地下研究所に辿り着いたジョセフ。「柱の男・サンタナ」との対面を果たし、互いに戦闘態勢へ突入。だが、ジョセフの波紋エネルギーはサンタナの身体に反発してしまい、外部からの攻撃は届かない。そこでジョセフは、サンタナの体内から直に波紋を流そうと苦肉の策にでる。

サンタナ以外にも「柱の男」は存在する――。その事実を知ったジョセフは、シュトロハイムの遺言に従い、スピードワゴンと共にローマへと飛び立つ。そこで待っていたのはウィル・Ａ・ツェペリの孫、シーザーだった。直情型のジョセフと気障なシーザーは相性が悪いのか、互いに反目しあう。仲違いしたまま、ドイツ軍が発見した「柱の男」の元へと向かうふたり。

復活した「柱の男」――ワムウ、エシディシ、カーズの3人に友を殺され、怒りに震えるシーザー。満を持して必殺技「シャボン・ランチャー」を放つものの、ワムウの対波紋ワイヤーによって、あっけなく弾かれてしまう。

再戦の誓いとして、心臓と喉に「毒の指輪」をはめられたジョセフ。33日以内にワムウとエシディシに勝たなければ、指輪の呪縛からは解放されない。だが、今の実力ではワムウたちに敵わないと悟ったシーザーは、ジョセフと共にヴェネチアにいる波紋の達人を訪ねることに。

ジョセフに課せられた最終試練、それは師範代・ロギンズとの戦いに勝利すること。だが彼が向かった先の試練場に待っていたのは、ロギンズではなく「柱の男」、エシディシだった。

エシディシに勝利したジョセフは、状況報告のためリサリサのもとへ向かう。そこで、使用人のスージーＱがリサリサを襲おうとしている場面に遭遇。倒したはずのエシディシが彼女にとりついていることを知ったジョセフは、シーザーとの合体技でエシディシを消滅させる。

「赤石」の送り先には、サンタナ戦で木端微塵になったはずのドイツ軍人シュトロハイムの姿があった。全身を機械化したシュトロハイムは、「エイジャの赤石」を求めて現れたカーズと戦闘を開始する。超人的な戦いを繰り広げるものの、「光の流法」を操るカーズはシュトロハイムを圧倒。死闘を見守るジョセフは・・・。

シーザーの秘められた過去――。それは、シーザーの父・マリオを襲った悲劇の物語でもあった。ツェペリ一族の積年の恨みを晴らそうと意気込むシーザーは、父の仇であるカーズを倒すため、単身敵の拠点へと侵入する。

シーザーの死を悼む間もなく、ジョセフとリサリサはカーズとワムウが待つ部屋へと向かう。そこにはカーズたちの他に、100体もの吸血鬼が待ち構えていた。圧倒的な敵の数を前に焦りを隠せないジョセフだったが、リサリサはカーズに対し「エイジャの赤石」を賭けた決闘を申し出る。

ついに古代環状列石の闘技場にて、ジョセフ対ワムウの戦車戦が開始！様々な小細工でムウを出し抜いたジョセフは、第1レース目の武器、大型スレッジ・ハンマーの獲得に成功する。勢いに乗ったのも束の間、カーズをして「戦闘の天才」と称するワムウは、ジョセフの発想の上をいく策略でジョセフを迎撃する。

ジョセフとワムウの死闘も、両者が一歩も譲らないまま佳境へと突入。ジョセフの抜け目ない策略により致命的な一撃を受けたワムウは、最後の切り札として最終流法・渾楔颯を放つ。だがジョセフは、その攻撃をも逆手に取ることでワムウに勝利する。シーザーとの誓いを果たしたジョセフは、その場で「毒の指輪」の解毒剤を口にする。残るはリサリサとカーズの一戦――。

瀕死状態のリサリサをエサにして、ジョセフを心身共に追い詰めようとするカーズ。しかし騙されるより騙すことを得意とするジョセフは、絶妙な奇策を練り、死力を尽くした波紋攻撃でカーズを打ち破る。ここに、誇り高き戦士たちの戦いは終結を迎える。

「エイジャの赤石」をはめ込んだ石仮面の力で、復活を遂げるカーズ。太陽を克服し「究極の生命体」となったカーズは、もはや無敵状態。圧倒的な実力差を感じ、一目散に逃走を始めたジョセフたちは、その最中にドイツ軍の戦闘機を発見する。

ジョセフの特攻で溶岩の中へと落ちたカーズ。だが、それでもなお復活を果たしたカーズにジョセフは腕を切り落とされ、絶望の声を上げる。死を覚悟したジョセフに、カーズがとどめを刺そうとしたその瞬間、ジョセフが手にしていた「エイジャの赤石」が波紋エネルギーを増幅させ、ヴォルガノ島の火山が噴火活動を始める。