ウルトラマンスーツが進次郎の力の変化に対応しきれなくなり、進次郎は新しいスーツの開発に協力することに。開発中のスーツを試す進次郎に、思いがけない実戦テストの機会が訪れる。

進次郎は事件が起きた時の記憶がないと主張するが、しばらくの間スーツの使用を禁じられてしまう。進次郎の父は、ウルトラマンの呪いが息子を苦しめているのではと不安を募らせる。

進次郎は激しい怒りに突き動かされて敵を追うものの、戦いの末に意識を失ってしまう。意識を取り戻した進次郎は目の前の光景に困惑するが、自分が何をしたのかまたしても覚えていなかった。

一連の事件を受け、世間ではウルトラマンへの否定的な意見が強まってゆく。そこに追い打ちをかけるようにメフィストがテレビ放送を乗っ取り、人類に向けて驚くべき宣言をする。

井手は逃げ出した進次郎を見つけ出して連れ戻すよう、光太郎と諸星に指令を出す。身を隠す進次郎は落ち着いて事態を把握しようとするものの、どうしても頭を整理できずにいた。

嵐大介は進次郎を秘密基地に連れて行き、かけがえのない仲間だった進次郎の父との過去を語る。メフィストの次なるターゲットを割り出すべく、進次郎と嵐は情報を整理する。

思いもよらない事態を受け、激しく動揺するレナ。そんな彼女の前に、突如として北斗が姿を現す。進次郎は、ゼットンが現れる奇妙な夢を見続けていることを嵐に打ち明ける。

自分の身に一体何が起きたのか理解できず、レナは混乱するばかり。その答えを求め、北斗は育ての親でもある異星人のもとにレナを連れてゆく。光太郎は、ついに進次郎を見つけ出す。

アメリカにいるはずのジャックが現れ、驚く光太郎と進次郎。レナは、突然目覚めた不思議な力の秘密を突き止めようとする。科学特捜隊は、公安警察による強制捜査を受けてしまう。

ウルトラマンは懸命にメフィストに立ち向かうが、その戦いぶりはウルトラマンへの恐怖心と反感をさらに高める結果に。諸星と進次郎は、厳重に警備された科学特捜隊の基地に侵入を試みる。

互いに抱えていた大きな秘密を打ち明け合う、進次郎とレナ。かつて猛威を振るった恐るべき巨大怪獣が出現し、ウルトラマンは仲間たちと力を合わせて戦いに挑む。

強敵の猛攻にさらされ、苦戦を強いられる進次郎。仲間たちはゼットンを倒すべく、死力を尽くして戦い続ける。すべての戦いが終わったあと、科学特捜隊は新たな一歩を踏み出す。