サイバーサイコシスに陥った元エッジランナー。孤独を抱えて生きる悲惨な事件の生存者。ナイトシティの両端で、それぞれの物語が始まる。

反抗的な若者を救ってほしいと懇願され、再び危険な世界に戻るウィーク。映画好きの少年ときずなを深めていくDだが、つらい記憶がよみがえり、その復讐心(ふくしゅうしん)に火をつける。

危険な手術からタリアを救おうとするウィークだが、激しい対立が惨事へとつながっていく。一方、Dとロマンが見つけた不安定なチップが大混乱を巻き起こす。

未知なる能力を手にしたDは、カプリの力を使ってアラサカの研究施設への潜入を試みる。互いの共通点を見つけるタリアとウィーク。

衝動的な行動がタリアの暴走を招き、それが恐ろしい事態を引き起こす。復讐(ふくしゅう)に執着するあまり、暴力行為が一段と過激になっていくD。

コーポに立ち向かう正義のヒーローとなったDは、ロマンに頼んで自分の行動を収めた動画を拡散。データ化された魂を移植できるという幻の技術のうわさを耳にしたウィークは、詳しく調べ始める。

カプリの存在によって、驚くべき進展を見せるタリア。かつての仲間と再会するD。奇跡のような治療法を追い求めるウィークとアヴィダ。

カプリコーン計画に隠された恐ろしい過去についてDが調べを進める一方、街では暴動が発生。タイムリミットが迫るなか、アヴィダとウィークはタリアの未来のために必死で戦う。

潜伏生活を送るオミとD。タリアの身柄を確保するキリル。カプリコーン計画を強行するキョウコだが、その先には恐ろしい結果が待ち受けていた。

想像を絶する変身によってナイトシティ全体が戦場と化すなか、激しい戦いが幕を開ける。