シャアの反乱から12年、地球連邦政府の腐敗は地球の汚染を加速させ、強制的に民間人を宇宙へと連行する非人道的な政策「人狩り」も行っていた。そんな連邦政府高官を暗殺するという苛烈な行為で抵抗を開始したのが、反地球連邦政府運動「マフティー」だ。マフティーのリーダーが地球に降り立つ。その正体はブライトの息子ハサウェイ。ハイジャック事件で謎の美少女ギギと連邦軍大佐ケネスと出会い、彼の運命が動き出す。

ハイジャック犯を撃退したハサウェイは、事情聴取を受けるため身柄をダバオのホテルに留め置かれる。そのホテルに同宿することになったギギは、ハサウェイがマフティーのリーダーだと見抜いてしまうのだった。一方、ケネスはダバオ空軍基地のマフティー殲滅部隊司令に着任する。敵の監視を一刻も早く逃れるため密かに脱出を試みるハサウェイ。しかし、支援襲撃部隊のメッサーと連邦軍MSの戦闘にギギと共に巻き込まれてしまう。

ケネスは、自身が率いるマフティー殲滅部隊を「キルケー部隊」と名付ける。太陽神ヘーリオスの娘キルケーは、獰猛な動物をおとなしくさせる魔法を持つ女神だ。ギギを特別な存在、幸運の女神と呼び、あからさまな言葉で口説くケネス。一方、ダバオからの脱出に成功したハサウェイは、マフティーの拠点のひとつ「ロドイセヤ」に移動する。その頃、ケネスはギギとの会話からハサウェイの正体が、マフティー本人だと気づくのだった。

月のアナハイム・エレクトロニクスで密かに建造され、地球へ送り出されたΞ（クスィー）ガンダムの空中受領作戦を決行するハサウェイ。その機体は、地球連邦政府閣僚たちが行うアデレード会議を襲撃するため、どうしても必要な戦力だった。一方、ケネスの指示で捕虜のガウマンを自機に乗せていたレーンは、降下する飛翔体をキャッチし、ペーネロペーで迎撃する。ハサウェイとレーン、ガンダム同士の一騎打ちが大気を切り裂く。