ゲイツ部隊と交戦するドレッドノートガンダムのパイロット、プレア・レヴェリー。その戦闘の最中に異変が起こった。ドレッドノートガンダムの機体から分離するかのように新たなXアストレイが出現し、その強力な力で身動きの取れないプレアに攻撃を仕掛け始めたのだ。そこに、敵であるはずのカナードの操縦するハイペリオンガンダムが現れプレアを救う。圧倒的な力で攻撃を仕掛けてくる幻影のXアストレイに、2機のガンダムが立ち向かってゆく。それは、カナードとの対決を直前に控えたプレアが見た悪夢だった。

表舞台から姿を消したウイングガンダムゼロのパイロット、ヒイロ・ユイに新たな任務が下された。その使命とは軌道上に極秘に建造されたコロニー型キャノンの破壊であった。コロニーに単独で潜入したヒイロは、そこで思いがけない再会を果たす。回収し修復されていたウイングガンダムゼロが隠蔽されていたのだ。再びヒイロの手によって操縦されると、その機体を沈めようと追尾するビルゴ・など、ヒイロの前では敵ではなかった。その時、仕掛けた時限爆弾が爆発しコロニー･キャノンは瓦解し形を失くしてゆく。爆煙の中、炎を背に優雅に翼を広げ、ウィングガンダムゼロは彼方へと飛び去ってゆくのだった。

砂漠の辺境にあるザフト軍基地に、上空戦から逃れ突如落下してきたストライクガンダム。 突然の連合軍MS（モビルスーツ）に慌しく応戦するザフト軍だったが、ストライクガンダムの機動性と、パイロット“キラ・ヤマト”のスーパーコーディネイターの能力に、たった数分で基地内のMS“ジンオーカー”8機は全滅するのだった。 また、プラモデル「PG ストライクガンダム」に付属した長剣“XM404”が登場。

宇宙世紀0087年。エゥーゴのチャクラ基地近くの軌道上に所属不明のMAが出現。3人のパイロット、レッド・スネーク、グレイ・ウルフ、ホワイト・ユニコーンが、3機のZガンダムで出撃する…。

木星へと旅立ったZZガンダムのパイロット“ジュドー・アーシタ”は、木星往還船ジュピトリスIIの哨戒任務中に誕生日を迎えていた。そんな時、ジュピトリスIIに亡命を希望しているシャトルを回収する事に。 ジュドーのZZ-GRの目の前で、ネオ・ジオン残党に執拗に追いかけられるシャトルから突如現れたのはキュベレイMk-IIだった。キュベレイMk-IIを庇うため、ドーベンウルフとの戦闘によって推進剤を使い果たしてしまったジュドーは帰る術を失くしてしまう。その時、ジュドーは思わぬバースデープレゼントを受け取ることになる。