2027年1月。14歳の誕生日をむかえ、母と家に帰ってきた明智あんなは、自分の部屋にペンダントが置かれているのに気づきます。ペンダントを身につけてみると、突然光り出し、ポチタンと名乗る妖精があらわれました。ポチタンが「いっしょに来て、助けてほしいポチ！」と呼びかけると、再びペンダントが輝き、ふたりは光に飲み込まれてしまいました。 見知らぬ街で目を覚ましたあんなは、探偵志望の女の子・小林みくると出会います。ところが、突然ポチタンが飛び出して行ってしまい、ふたりは後を追いかけます。追いかけていった先は結婚式場で、花嫁の想田まりが大切なティアラをなくして困っていました。 ティアラ探しを手伝うことになったあんなとみくるは、花嫁の控室に出入りしていた3人に話を聞きますが、ヒントになるような証言は得られません。式の開始が迫る中、涙ぐむみくる。困っている人を助けるために名探偵になりたい、というみくるの思いを聞いたあんなが「もう一度、調べてみよう」とみくるの手をとると、風がみくるのリボンを飛ばし、ツツジの植え込みへと運びます。それを見たあんなは、家に帰る前、植え込みで女の子のリボンを探してあげたことを思い出し、何かをひらめきます。 控室にやってきたあんなは、話を聞いた3人のうち、まりの友人・ともかが犯人だと告げます。「ティアラをブーケの中に仕込み、ブーケトスで受け取ったら抜き取るつもりだった」というあんなの推理は的中していましたが、ともかの正体は、ティアラに宿ったマコトジュエルをねらう怪盗団ファントムの怪盗・ニジーが変装した姿でした。 追跡のさなか、ニジーが放ったモンスター・ハンニンダーを前に立ちすくむあんなとみくる。しかし、ふるえながらもティアラを取り戻そうとするふたりの心に反応するかのようにお互いが身につけていたペンダントが輝き、あんなはキュアアンサー、みくるはキュアミスティックへと変身します。 プリキュアの力によってハンニンダーを浄化したアンサーとミスティックはティアラを取りもどし、結婚式も無事にとり行なわれます。しかし家に帰ろうとしたアンサーは、ミスティックから現在が1999年の4月だと聞かされ、自分が過去にタイムスリップしたことを知るのでした。

1999年の世界に自分の家がないことにショックを受けたあんなは、みくるに連れられ、「プリキュアの先輩がいる」というキュアット探偵事務所に向かいます。事務所の主である自称天才博士で222歳の妖精・ジェットによって、「時空の妖精」であるポチタンがタイムスリップを起こしたこと、しかし力を使いきって赤ちゃんの姿になってしまったことがわかりました。さらに「マコトジュエル」がたくさん集まればポチタンをもとの姿に戻せるかもしれないというジェットでしたが、先輩プリキュアは数カ月前に姿を消したきりで、ふたりが新たなプリキュアだとは認めてくれません。 あんなとポチタンが事務所で夜を明かした翌日、ポチタンがあんなを引きずって外へ飛び出していきます。事務所を訪れようとしていたみくるに続いてジェットも後を追い、みんながたどりついたパティスリーでは、お客で小説家の来栖エリザが愛用のガラスペンをなくして困っていました。 おばあさんが話しかけられたあと、気づいたらペンがなくなっていたと話すエリザ。あんなはジェットから渡されたプリキットボイスメモを片手に、おばあさんを探しに駆け出していきます。やがてエリザが話すおばあさんにそっくりな人物を見つけたあんなでしたが、その正体は怪盗団ファントムでした。 みくる、ジェットと合流し、逃げる相手を公園に追い込んだものの、おばあさんの姿は見当たりません。しかし、通信障害が起きているはずなのに、携帯電話で話している女子高生を見つけたふたりは、それがニジーの変装した姿であると見やぶりました。ニジーが呼び出したハンニンダーを前に苦戦するキュアアンサーとキュアミスティックでしたが、マコトジュエルを守るのが探偵事務所の使命、というジェットの言葉にこたえて立ち上がり、ハンニンダーを浄化します。 エリザのペンを取りもどし、事務所に帰ってくると、ジェットはプリキットブックをあんなとみくるに手渡します。それは探偵の証、そしてふたりをプリキュアと認めた証でした。「ようこそ」と事務所にむかえてくれたジェットを前に、あんなとみくるはとびきりの笑顔を見せるのでした。

正式にキュアット探偵事務所で暮らすことになり、建物の中の掃除をするあんな。寮を出る手続きを済ませてきたみくるも加わり、ジェット先輩、ポチタンと4人での生活が始まりました。掃除や片付けが進む中、みくると事務所の2階にやってきたあんなは、一枚の地図を見つけます。それは事務所の周辺地図のようでしたが、いくつか印やメモが書き込まれていました。 作業が落ち着き、あんなたちはインテリアや雑貨を買いそろえようと街に出かけます。立ち寄ったアンティークショップ「カメリアインテリア」のおしゃれな品ぞろえに感激していると、突然ポチタンが事件の気配を感じとります。声をあげた店員に話を聞いてみると、お店のシンボルである、ガラス製の亀の置き物がいつの間にかなくなっていました。 あんなとみくるが捜査を始めるとすぐに、亀の置き物はワゴンに積まれたクッションに隠されていたことがわかりました。さらにジェット先輩の発明品でどんな言葉も理解できるようになる「プリキットグミ」を食べ、お店にいた外国人観光客や猫にも聞き込みをするうち、店員の卓也が犯人だと見抜きます。卓也の姿をした人物の正体は怪盗団ファントムの怪盗・アゲセーヌでした。 亀の置き物をうばい、お店の外へと逃げ出したアゲセーヌを追いかけるあんなたち。街はずれで追いつかれたアゲセーヌはハンニンダーを放ちますが、アンサーとミスティックが協力して浄化し、亀の置き物も無事に取り返すことができました。その様子を陰からこっそり、怪盗団ファントムの森亜るるかとマシュタンが見守っていました。 帰ってきたあんなたちは片付けを終え、いよいよ探偵事務所としての準備が整います。初めての依頼を心待ちにするあんなに、みくるは「初めての依頼人は決めている」と返します。その依頼人はあんなで、依頼内容は彼女をもとの時代に戻すことでした。あんなの依頼を正式に引き受けるみくる。ふたりは事件を解決するためにもいっしょに立派な探偵になろう、と誓い合うのでした。

なかなか依頼人がやってこないキュアット探偵事務所に、小松崎純一という学生が駆け込んできます。純一は漫画家志望で、「バッグの中身がなぜか野菜とエプロンに変わり、もともと入っていたまんがの原稿がなくなってしまった」と相談にやってきたのでした。 純一の話から、駅前で誰かとぶつかった際にバッグが入れ替わってしまったのではないか、と推理したあんなたちは、現場で純一と同じバッグを持っていた女性がいたことを聞き出し、その女性を探し始めます。するとそこに怪盗団ファントムのゴウエモンがあらわれ、バッグを盗み去ってしまいました。 ジェット先輩の発明品・プリキットライトを使ってゴウエモンに追いつくあんなたち。そこでゴウエモンもバッグの中身が狙っていた原稿でないことに気付き、どちらが先にマコトジュエルの宿った原稿を見つけられるか、競争が始まります。 「行き詰まったら初めから考える」という探偵の鉄則を思い出し、駅前に戻ってきたあんなたち。バッグやエプロンについていた汚れが絵の具であることを推理し、一度通りかかった絵画教室に向かうと、ようやく純一とバッグを取り違えた女性を見つけることができました。るるかからヒントをもらったゴウエモンも教室にあらわれ、ハンニンダーを放ちますが、変身したアンサーとミスティックは力を合わせて浄化し、原稿を取りもどします。 事務所で待っていた純一に原稿を手渡したあんなは、原稿に「ジュンジュン・コマッツ」とペンネームが書かれていることに気付きます。ジュンジュン・コマッツは、2027年に過ごしていたあんなが大好きなまんが家の名前でした。あんなたちはおどろきながらも、未来の人気作家の作品を楽しむのでした。

新学期が始まり、中学2年生となったみくるを学校に送り出したあんな。雨が降りそうな空模様に気づいて傘を持っていこうとすると、いっしょに新しく開発したプリキットを渡してほしい、とジェット先輩に頼まれます。 校舎のそばまでやってきたものの、みくるが自分の知らない同級生たちと仲良くしている様子を見て引き返そうとしたあんなは、そこで大学生の北村真理子と出会います。真理子の妹・恵子はみくると同じ学園の高等部に在籍していて、現在はロンドンに留学しているはずでしたが、なぜか街で見かけたという噂が流れていました。 真理子に「解決してみせます！」と申し出たあんなは、プリキットグロスを使って高校生の姿になり、高等部にもぐりこみます。一方、みくるも学園の理事長から「高等部で起きている幽霊さわぎを解決してほしい」と依頼を受けていました。 中庭での調査中に顔をあわせたあんなとみくる。お互い相談をせずひとりで依頼を受けたことに言い争いが起こります。さらに、みくるはあんなの話を聞く前に気になる人影を見つけて走り去ってしまい、すれ違いは深まるばかり。そんな中、突然ポチタンがマコトジュエルの気配を感じとり、あんなはポチタンに引っ張られるまま進んでいくと、2羽のツバメ像の上に恵子の姿が見えました。 しかし、実際は恵子に扮したニジーで、幽霊さわぎの正体もニジーが変装した姿でした。ツバメ像に宿るマコトジュエルを狙っていたニジーは、像をハンニンダーへと変え、あんなとみくるも変身して立ち向かいます。2羽のハンニンダーに対し、息が合わずに苦戦するアンサーとミスティック。アンサーはジェット先輩に手渡されたプリキットを使おうとしますが、反応しません。いよいよハンニンダーの攻撃がアンサーを直撃すると思われた瞬間、光に包まれたポチタンが攻撃を受け止め、ハンニンダーを吹き飛ばします。ニジーはハンニンダーを引き連れて去っていったものの、光が消えたポチタンは力つきたように倒れてしまいました。

ポチタンのおかげで助かったものの、ニジーにマコトジュエルをうばわれてしまったあんなとみくる。探偵事務所に戻り、あんながポチタンの様子を見ていると、みくるは「マコトジュエルを取り返してくる」と駆け出していきます。残されたあんなが新しいプリキットをみくるに渡せなかった理由を打ち明けると、ジェット先輩は「お前たちは運命の……いや、奇跡のふたりだ」と語り、あんなに後を追うように背中を押してくれました。 一方、みくるは再び訪れた学校で出会ったニジーを追い、虹ヶ浜に向かっていました。プリキットボイスメモで連絡をとり、同じ場所に向かうあんな。たどり着いた虹ヶ浜では、ニジーが怪盗団ファントムの一員のるるか、マシュタンとともに待ち構えていました。 ニジーが呼び出した2羽のハンニンダーを前に変身するアンサーとミスティック。海にさそい出されたものの、プリキットライトで作った足場を使って立ち向かいますが、ハンニンダーは合体して次々と足場を壊し、アンサーとミスティックは砂浜へと投げ出されます。 追い詰められた中、アンサーは学校で友だちと仲良く過ごすみくるの邪魔をしてはいけないと思ってしまったことを打ち明け、ミスティックはあんなに心細い思いをさせたことをあやまります。手をとり合いながらふたりが立ち上がると、ジェット先輩とともに駆けつけたポチタンが渡してくれたプリキットミラールーペから新たな技「プリキュア！　フライング・スペクトル！」が発動し、ハンニンダーを浄化することができました。 事務所に帰ってきたあんなたちは、真理子からロンドンにいる妹の恵子と連絡がとれたことを聞かされます。学園のツバメ像も戻り、幽霊さわぎも無事に解決され、あんなとみくるはお互いに笑顔を浮かべるのでした。

みくるが理事長にお願いしたおかげで、あんなも同じ学園に通えることになりました。クラスメイトたちに探偵であることを打ち明け、みくるといっしょに探偵事務所の名刺を配るあんな。ポチタンもカバンにひそんで学園についてきていました。 休み時間となり、あんなが廊下を歩きながら校舎の広さにおどろいていると、みくるが学園の地図を渡してくれました。次の授業を受けるため、ふたりで理科室に向かっていたところ、教室の扉を開けると体育館に出てしまいます。そこはゴウエモンによって作り出された「からくり迷路」でした。ゴウエモンが指をはじくと、ふたりは異空間の理科室に落っこちてしまいました。 理科室を抜け出すため、謎を解き始めるあんなたち。理科室から無事に脱出しますが、音楽室、図書室、家庭科室、美術室と次々に迷い込まれ、謎が出題されていきます。最後にたどりついた体育館の謎を解くと、晴れて本当の学園の校庭に出ることができました。 よろこぶあんなたちでしたが、待ちかまえていたゴウエモンが、学園を代々守り続けてきた桜の木をハンニンダーに変えてしまいます。ゴウエモンも攻撃に加わってきましたが、アンサーとミスティックはふたりで力を合わせて謎を解いてきたことを思い出し、息のあった動きで相手の攻撃を封じこめ、ハンニンダーを浄化します。 桜の木にやどったマコトジュエルを守りきり、再び校庭に戻ってきたあんなとみくる。すぐに始業のチャイムが鳴り、みくるは授業が始まる直前に理科室に駆け込みますが、あんなが見当たりません。廊下では、みくるとはぐれ、ポチタンと迷子になったあんなが助けを呼ぶ声が響き渡っていました。

ジェット先輩がポチタンのために作った服がかわいいことにおどろいたあんなとみくるは、「プリキットをグッズにしてお店をやらない？」と提案し、さっそく準備にとりかかることになりました。 商品の開発中、ジェット先輩が唱えた「プリプリ、プリティスマイル～」というおまじないを聞き、部屋に入っていくあんなとみくる。ふたりに愛用のゴーグルについて聞かれたジェット先輩は、工房で発明の腕をみがいていた頃の思い出を話し始めます。「発明品に大事なのは機能」と考えていたジェット先輩でしたが、おばあちゃん妖精のシニアンが作るものはおまじないのおかげでかわいく仕上がり、いつも一番人気。「プリプリ、プリティスマイル」はシニアンから教わり、ゴーグルも工房を卒業するときに譲り受けた大事なものでした。 開店に向けて収納ケースやお花、スイーツが配達されてきますが、ジェット先輩が代金を支払おうとしている最中、ゴーグルがなくなってしまいました。あんなとみくるはプリキットミラールーペを取り出し、足跡から事務所に荷物を届けにきた3人の誰かが犯人だと考えます。3人とも証言に矛盾はありませんでしたが、そこでポチタンのおなかが鳴り、ただひとりおどろかなかったフラワーショップ店員の花森が犯人だと断定します。 ふたりが推理した通り、犯人は花森に変装していたニジーでした。ニジーはゴーグルをハンニンダーへと変化させ、あんなとみくるもプリキュアへと変身します。正確にねらいを定めてビームを撃ってくるハンニンダーに苦戦するアンサーとミスティックでしたが、相手の視界を封じることでチャンスを作り、浄化に成功し、ゴーグルを取りもどすことができました。 その後、事務所の2階にコスメショップ「プリティホリック」がオープンします。やってきたクラスメイトと楽しそうに話すあんなとみくるの様子を見ながら、ジェット先輩は再びシニアンのことを思い出し、笑顔を浮かべるのでした。

現役高校生にして大人気俳優の家入しるくが学園にやってくることになり、あんなたちは色めきたちます。しるくがやってきたのは、新入生歓迎会で演劇部の劇に参加して盛り上げる、というテレビ番組の企画のためでした。 演劇部を訪れ、部員たちとの顔合わせをするしるく。部員が緊張している様子を見たしるくは、自分が緊張をほぐすためによくやっているという「しるく体操」を披露し、場の空気をほぐしてくれます。さらに、あんなとみくるが休憩時間中のしるくに「なかなか探偵の依頼が来ない」と相談してみると、しるくは「決めつけちゃダメ」と励ましてくれました。 劇の本番が迫る中、演劇部で衣装として代々使われてきたドレスがなくなってしまいました。ドレス探しはまかせて、というあんなとみくるを前に、しるくも「手伝わせて」と協力を申し出ます。ドレスがなくなったと思われる時間に部室にいたのは、テレビ番組のスタッフとしるくのマネージャーの3人。しかし3人はみんな仕事に集中していたと語ります。 本番開始まで残り10分を切り、しるくがステージで時間を稼いでくれている間にひらめいたあんなは、プリキットボイスメモで理事長の声をまねて「ドレスが見つかりました」と校内アナウンスを流します。アナウンスを聞いていた3人のうち、ズボンのすそを気にしていたディレクターの榊原が犯人だと見抜くと、榊原に変装していたアゲセーヌが正体をあらわし、服の下に着込んでいたドレスをハンニンダーへと変えてしまいます。あんなとみくるもプリキュアに変身し、アンサーがコマのように高速回転するハンニンダーを真上からの攻撃で動きを止め、浄化することができました。 ドレスは無事に演劇部に届けられ、新入生歓迎会は大成功に終わりました。後日、あんなたちがその様子を伝えるテレビ番組を見ていると、しるくが事務所にやってきます。演劇部の部員からプリティホリックのことを聞き、立ち寄ってくれたしるくを、あんなたちは笑顔で迎え入れるのでした。

探偵事務所に「母親が描いた自画像について調べてほしい」という依頼が寄せられます。依頼人・斉木萌絵の母親はクリスティーナ・ピポポヴィッチ文江という画家でしたが、風景画しか描かなかった文江がなぜ一枚だけ自画像を残したのか、萌絵は知りたがっていました。 街での聞き込みの途中に帆羽くれあと出会い、パティスリーチュチュにやってきたあんなたち。萌絵はくれあが持ってきてくれたマカロンを見て、文江がときどき、海外でいびつな形のマカロンを買ってきてくれた思い出話を語ります。「実は手作りのマカロンだったのでは？」と聞くあんなたちに対し、母が作っているところを一度も見たことがない、という萌絵。あんなたちは「実際に見てみれば手がかりが見つかるかもしれない」と考え、萌絵の住むマンションに向かいます。 プリキットミラールーペで絵を調べた結果、縦に描かれていると思われた自画像は横向きの絵で、文江がソファに寝転んでいる様子を描いたものだとわかりました。それを見た萌絵は、幼い頃、絵と同じようにソファに寝転んでいた母親のまなざしと、いっしょにマカロンを食べたときのことを思い出します。すると不思議な光が絵に吸い込まれていきました。文江と萌絵の思い出が重なり、絵にマコトジュエルが宿った瞬間でした。ところがそこに、ゴウエモンがあらわれます。 絵をかかえたままマンションから駆け出すあんなとみくるでしたが、公園で追いつかれ、とうとう絵をうばわれてしまいました。ゴウエモンは絵をハンニンダーへと変化させ、ふたりもプリキュアへと変身して立ち向かいます。ビームをあてたものを絵に変えてしまうハンニンダーでしたが、アンサーとミスティックが力を合わせて浄化しました。 あんなとみくるが取りもどした絵を萌絵に渡すと、萌絵は娘と手をつなぎながら帰っていきます。その姿を見送りながら、少しさみしい気持ちになるあんなでしたが、すぐにみくるとポチタンにはげまされ、すぐに笑顔を取りもどすのでした。

宝生美術館に怪盗団ファントムから「星明かりのプリンセス」と名付けられた首飾りをいただく、という予告状が届きました。予告はすぐにニュースになり、あんなたちも美術館にやってきます。 「星明かりのプリンセス」は20億円以上の価値があるという首飾りで、厳重な警備と特殊ガラスのケースによって守られていました。みくると館内を調べてまわる途中、あんなは展示室で森亜るるかに話しかけられますが、るるかは「がんばって、名探偵さん」と言い残し、すぐに姿を消してしまいます。 予告された夜8時になると、何者かによっていっせいに館内の照明が落とされます。非常電源によって明かりがもどると、首飾りのケースにはファントムのカードが貼られており、「中身はすりかえられたニセモノ」とメッセージが添えられていました。みくるは「ケースを開かせ、中身をうばう罠だ」と見抜きますが、警告は届かず、警備員に変装した犯人によって首飾りは盗みだされます。犯人を追って屋上にやってきたあんなとみくるの前にいたのは、警備員に変装したるるかでした。月明かりの下で変装を解いたるるかは、キュアアルカナ・シャドウへと変身します。 プリキュアが怪盗だったことにおどろきつつも立ち向かうアンサーとミスティックでしたが、アルカナ・シャドウに完全に動きを見切られ、歯が立ちません。さらに加わってきたアゲセーヌが首飾りをハンニンダーへと変化させますが、なんとアルカナ・シャドウはハンニンダーを攻撃します。そのチャンスにアンサーとミスティックはハンニンダーを浄化し、首飾りを取りもどすことができたものの、アルカナ・シャドウは「今のあなたたちではファントムに勝てない」と告げて去っていきました。 事件の後、宝生美術館の展示品はすべてニセモノだったことが明らかになります。記者に問い詰められるオーナーの姿を見ながら、あんなとみくるは「予告状で世間を騒がせ、本物の首飾りを展示させることが、アルカナ・シャドウの目的だったのではないか」と考えるのでした。

ジェット先輩から、ロンドンのキュアット探偵事務所にアルカナ・シャドウのことを問い合わせている、と知らされるあんなとみくる。しかし返答には時間がかかると聞き、自分たちで情報を集めに向かいます。 一方、るるかはゴウエモンに呼ばれ、CDショップを訪れていました。客のまさみがつけているミサンガに宿ったマコトジュエルがねらいでしたが、ミサンガが切れると込められた想いとともにマコトジュエルも消えてしまいます。るるかはゴウエモンにアイデアがあることを伝え、アイスをおごってもらうことと引き換えに店員に変装し、お店にもぐりこみました。 るるかが様子をうかがっていると、あんなたちがお店にやってきます。みくるに声をかけられ、ミサンガに片思いの願いを込めていることを打ち明けるまさみ。そこに片思いの相手があらわれ、「話しかけるチャンス！」とあんなたちが声をはずませるとミサンガが切れます。「願いがかなうのでは？」と感じ、勇気を振り絞りはなしかけたまなみでしたが、片思いの相手は恋人と待ち合わせをしていました。まさみは肩を落とし、ミサンガを捨てようとしますが、るるかの「ミサンガはずっとあなたの気持ちに寄り添ってくれていた」という言葉に前を向き、お店を後にします。るるかもお店を離れ、路地裏でゴウエモンと合流しますが、あんなたちが「このお店には女性店員はいない」という証言を聞いて追いつきました。 あんなとみくるが変身すると、るるかもアルカナ・シャドウに変身し、たたかいが始まります。ジェット先輩が「以前、自分とポチタンを助けてくれたよな？」と問いかけると、アルカナ・シャドウはポチタンの力に興味があったことを明かしますが、そこにミサンガをうばってきたゴウエモンによってハンニンダーが放たれました。 アンサーとミスティックはすぐにハンニンダーを浄化し、ミサンガを取りもどしますが、アルカナ・シャドウは「あなたたちの事務所は自分が使っていたもの」と告げ、どこかへと去っていきます。事務所にもどってきたあんなとみくるは、アルカナ・シャドウのことを思い出しながら、彼女のねらいに考えをめぐらせるのでした。

商店街のファミレスで男の子が大切にしていたロボットの人形を探すあんなたち。ふたりがお店に居合わせた配達員の男が犯人だと告げると、男に変装していたニジーが正体をあらわし、お店の外へと逃げ出していきます。ニジーがロボットの人形をハンニンダーに変えると、あんなとみくるも変身して立ち向かいますが、そこにるるかとマシュタンがあらわれました。 マシュタンから「ウソノワール様が向かっている」と聞き、「世界が壊れてしまうかも」と焦るニジー。アルカナ・シャドウもたたかいに加わり、追い詰められるアンサーとミスティックでしたが、なんとかハンニンダーを浄化することに成功します。しかしそのとき、異空間フィールドが裂け、怪盗団ファントムのボス・ウソノワールが姿をあらわしました。 ウソノワールが圧倒的な力を見せつける中、ウソノワールが持つ「ミラージュの書」にはこれから起きることのすべてが書かれていること、マコトジュエルは妖精や人々の真実の想いが形となったものであること、そして怪盗団ファントムはマコトジュエルを手に入れようとしたもののキュアット探偵事務所にはばまれ、散り散りになったかけらを探していることが明らかになります。そしてウソノワールの目的は、マコトジュエルの力を使って世界をウソでおおい、思うがままにすることでしたが、ポチタンにはマコトジュエルのかけらを移動させる力が秘められていました。 ポチタンを守ろうとするアンサーとミスティックでしたが、ウソノワールの前には歯が立ちません。しかし、絶体絶命かと思われたそのとき、アルカナ・シャドウが攻撃を受け止めます。さらにミラージュの書の「今はこのまま去れ」という予言にしたがって、ウソノワールは去っていきました。 事務所に戻り、ウソノワールが去り際に告げた「1999年、7の月——真の地で、真実の石を抱く者、大王となる。そして、世界が嘘の影でおおわれる」という予言を思い出し、マコトジュエルを守り抜こうと決意を新たにするあんなたち。そんな中、ポチタンがあんなたちの名前を呼ぶことができるようになり、おどろきの声をあげるのでした。

登校中のあんなとみくるは、生徒会長の金田れいにポチタンポーチの持ち込みを注意されます。れいは学園の理事長の孫娘で、校則や決まりごとに厳しいことで評判でした。 翌日、ポチタンがジェット先輩と事務所で過ごしていると、ロンドンのキュアット探偵事務所からアルカナ・シャドウに関する手紙が届きます。ところが、ジェット先輩が少し部屋を離れた間に、あんなたちに手紙を渡そうと、ポチタンがひとりで飛び出していってしまいました。 学園を目指すポチタンでしたが、犬におどろいて道に迷子になり、街の図書館にたどり着きます。館内ではれいが子どもたちに絵本の読み聞かせをしていました。その声に聞き入るポチタンでしたが、読み聞かせが終わり、思わず拍手している瞬間をれいに見られてしまいます。 見たこともない生き物が動き、言葉を話すのにおどろくれいでしたが、そこにジェット先輩から事情を聞き、ポチタンを探していたあんなとみくるがやってきます。ふたりから「ポチタンは探偵の仲間」と聞いたれいは、ポチタンポーチの持ち込み申請が通るよう、いっしょにかけあうように申し出てくれました。そこにるるかとニジーがあらわれ、ポチタンに手紙を渡すようにせまります。あんな、みくるといっしょにれいがポチタンを守ろうとすると、れいの生徒会バッジが輝き、マコトジュエルが生まれました。 ニジーが生徒会バッジをハンニンダーに変えると、るるかもアルカナ・シャドウに変身し、あんなたちに向かってきます。苦戦しながらもポチタンを守りきり、ハンニンダーを浄化したアンサーとミスティックでしたが、そのさなかにポチタンの手紙はマシュタンによって持ち去られてしまいました。 再会したれいに「生徒会長として力になる」と言葉をかけられ、事務所に戻ってきたあんなたち。ポチタンが持っていたのはジェット先輩のお菓子の請求書で、ロンドンからの手紙は事務所に残ったままでした。ジェット先輩が手紙を開けると、そこには――

ロンドンのキュアット探偵事務所から届いた手紙には、アルカナ・シャドウの正体が「森亜るるか」という女の子で、多くの事件を解決した天才探偵だったと記されていました。あんなたちはその手紙の情報をもとに、半年前にマコトジュエルが砕けたという湖の取水塔へ調査に向かいます。取水塔に続く橋の近くにたどりつくと、るるかが姿を見せますが、すぐに立ち去ってしまいました。 取水塔を調べるうち、あんなたちは手がかりらしきボロボロの紙切れを見つけますが、同時にポチタンがマコトジュエルの気配を感じとります。ポチタンに導かれ、近くの森へ急ぐと、以前、結婚式場で出会ったカメラマンの宇都見将太が「大切なカメラが消えた」と頭を抱えていました。 警察に行く、と話しながら荷物をまとめる宇都見でしたが、カメラボックスのフタをなかなか閉じることができません。それを見ながら推理をはたらかせたあんなとみくるは、彼がカメラを盗まれたフリをしたにせものだと見破ります。するとアゲセーヌが正体をあらわし、カメラをハンニンダーへと変化させます。 アンサーとミスティックがハンニンダーに立ち向かっていると、アルカナ・シャドウもやってきました。るるかに何かがあったに違いない、と考えていたアンサーは「力になりたい」と呼びかけますが、アルカナ・シャドウは聞き入れません。やがてミスティックの「マコトジュエルを取り返さないと」という言葉にうなずいたアンサーは、力を合わせてハンニンダーを浄化しました。 アゲセーヌとアルカナ・シャドウが立ち去ると、本物の宇都見がやってきます。あんなが取水塔で見つけた紙切れを見せると、これは色あせた写真だと教えてくれました。事務所に帰ってきたあんなたちがプリキットで紙切れを調べてみると、写真にはもともと青いチョウが写っていたことがわかりましたが、それ以上の手がかりはなく、謎はますます深まっていくのでした。

みくる（声：本渡楓）が来栖エリザの小説を読んでいると、そのエリザが「次回作のアイデアを見つけるために探偵として雇ってほしい」とキュアット探偵事務所にやってきた。おどろくあんな（声：千賀光莉）とみくるだったが、そこにちょうど「迷子になった飼い猫のミーコを探してほしい」と、赤山虎太郎という男の子があらわれ、さっそく調査にとりかかることになった。 ミーコを探す前に虎太郎に詳しく話を聞き、プロファイリングを行うエリザ。さらに猫耳としっぽをつけて猫になりきり、あんなとみくると一緒に街じゅうを探しまわるが、ミーコによく似た毛色の猫こそ見つかったものの、有力な手がかりは得られなかった。 落ち込むエリザだったが、みくるに「諦めない心が真実のページを刻む」と自分が書いた小説の言葉ではげまされ、虎太郎にもう一度ミーコのことを詳しく聞いてみることにする。

うさぎのぬいぐるみを探す依頼を解決したあんなは、依頼人の女の子が母親といっしょに帰っていく姿を見てさみしい気持ちになってしまいます。事務所に戻っても落ち込み気味のあんなでしたが、買い出しの途中で帆羽くれあに声をかけられ、パティスリーチュチュにやってきました。 オリジナルケーキが得意なくれあは、「食べる人の気持ちを想像して、その人がいちばん喜ぶケーキを導き出す」とケーキ作りの秘訣を明かし、あんなのためにケーキを作らせてほしい、と提案します。くれあに「心に浮かぶ色」を聞かれたあんなが思い出したのは、お母さんと過ごした雪の日の記憶でした。 くれあに「いっしょに作ってみる？」とさそわれたあんなは、プリキットグロスを使ってパティシエ服姿になり、くれあの作業を手伝います。やがてできあがったのは、雪のように白くてふわふわのバースデーケーキで、それは1999年の世界にやってくる前にお母さんが用意してくれたものとそっくりでした。バースデーケーキが食べられなかった心残りと、お母さんと会いたくても会えないさみしさを打ち明けるあんな。それを聞いたくれあは、さみしさや悲しみもその人の真実をあらわした「心のきらめき」なのだと語り、その人を笑顔にするために自分はスイーツを作っているの、とやさしく告げます。 そこでみくるからの連絡を受けたあんなは、笑顔でくれあに送り出され、公園に駆けつけます。公園にはゴウエモンがおり、あんなが一度探してあげたうさぎのぬいぐるみを手にしていました。うさぎのぬいぐるみにはマコトジュエルが宿っており、ゴウエモンはハンニンダーに変化させます。手ごわいハンニンダーに立ち向かうアンサーとミスティック。アルカナ・シャドウもあらわれますが、ふたりは力をあわせ、ハンニンダーの浄化に成功します。 再びぬいぐるみを手にした女の子と母親を見送ったあんなたちが事務所に戻ってくると、ちょうどくれあがケーキを届けに来てくれたところでした。マジパンでできた事務所の仲間が追加されたケーキに感動したあんなは、おおよろこびでみんなとケーキをほおばるのでした。

宝生美術館で開催されるガラスアーティスト・新堂美佐子の展覧会準備を手伝うあんなたち。目玉作品は「12時のわすれもの」と名付けられたガラスの靴でしたが、台車で運ばれてきた箱から大量のガラスの靴が飛び出すさわぎが起きます。飛び出した靴は樹脂製のにせもので、さわぎの最中に本物の「12時のわすれもの」は消えてしまっていました。 ファントムの仕業だと考えたあんなとみくるが手がかりを求めて美術館の外で捜査をしていると、まことみらい市を訪れていた名探偵・毛利小五郎と毛利蘭、江戸川コナンと出会います。事情を聞いたコナンが「犯人は短い時間で、どうやって本物とにせものを見分けたんだろう？」と言うのを聞き、ひらめいたあんな。みくると捜査員たちに「ガラスと樹脂を区別するために手袋をしていなかった人物が犯人」と伝えます。 美術館のオーナーである宝生が犯人だと考えたあんなとみくるは、キュアット探偵事務所に戻ります。事務所には、展覧会準備を進める美佐子と宝生、ジェット先輩がいました。あんなとみくるは、宝生が犯人だと告げますが、作品を隠したと思われたジェット先輩のリュックを調べても「12時のわすれもの」は見つかりません。そこへ、名刺を頼りにコナンたちも事務所にやってきました。 展覧会に使うガラスの水槽の中を怪しむも、「12時のわすれもの」の隠し場所がわからず、なかなか謎が解けないあんなたち。コナンが麻酔銃で小五郎を眠らせて解決させようとすると、その針があんなに当たってしまい、「眠りのあんな」としてコナンが真相を語ることになりました。犯人は、エタノールとベンジルアルコールを混ぜた液体で透明なガラスと屈折率を合わせた水槽に「12時のわすれもの」を隠していました。みくるが水槽から「12時のわすれもの」を取り出すと宝生は自分が犯人だと認め、変装していたニジーが正体をあらわしました。 煙玉を使い、「12時のわすれもの」をうばったニジーを追いかけるあんなとみくる、コナン。コナンのキック力増強シューズの一撃で追い詰めたものの、ニジーは「12時のわすれもの」をハンニンダーへと変化させます。素早いハンニンダーに苦戦するアンサーとミスティックでしたが、プリキットを使って生み出したボールをツインシュートで打ち込み、チャンスを作って浄化することができました。 「12時のわすれもの」は無事に美佐子の手にもどり、本物の宝生も駆けつけます。あんなはコナンにお礼を伝え、みんなで事件の解決をよろこぶのでした。

修学旅行に出かけるため、クラスメイトたちといっしょに特急列車に乗ったあんなとみくる。実行委員長のゆみは、宿泊先の食事や温泉について下調べを重ね、びっしりと旅行のしおりに書き込んでいました。しかし、あやしげな車内販売員が通りかかって目を離した瞬間、大切なしおりがなくなってしまいます。 あんなとみくるが車内販売員を追いかけると、その正体はゴウエモンでした。しおりにマコトジュエルが宿っているため、ゴウエモンが盗んだのです。次の停車駅までは30分あり、その間に列車の中でしおりを取り返さなくてはいけません。ゴウエモンは「列車の中で逃げ切ればいい」と笑い、以前まことみらい学園で披露したからくり迷路を発動させ、「迷宮トレイン」へとふたりを招き入れます。 ゴウエモンが最初に繰り出した切符の謎解きをクリアし、迷宮トレインに乗り込むあんなとみくる。最初に踏み入れた食堂車では乗客の料理が消えた事件を解決し、続く車両では盗まれた懐中時計の犯人を見つけ出しました。ようやくゴウエモンに追いつくと、桜吹雪とともに再び姿を消してしまいますが、ふたりはプリキットミラールーペを使って足跡をたどり、列車の屋根の上に隠れていたゴウエモンを追い詰めます。 盗んだしおりでハンニンダーを出現させるゴウエモン。列車の屋根の上で思うように動けないアンサーとミスティックでしたが、トンネルを通過した後に隙を見せたタイミングを狙って、ハンニンダーを浄化します。 迷宮トレインはもとの特急列車にもどり、あんなとみくるは取りもどしたしおりをゆみに返します。無事に目的地に到着したあんなとみくるは、クラスメイトたちとお城や豪華な夕食、天然温泉と、最高の修学旅行を思いっきり楽しむのでした。

「このままでは島がなくなってしまうかもしれません！」と助けを求める手紙が届き、あんなとみくるは船に乗って慈英島（じえいとう）という島に向かいます。 到着したふたりは、村長から「妖精があらわれると島が消えてしまう」という言い伝えが残っていることを聞かされます。ここ数日に起きた事件は、島に古くから伝わる唄の内容をなぞらえたもので、唄は「まんじゅう消えたら／時計の針が動き出す／とうとう島も消えちゃった」と続いていました。 唄の秘密を解き明かそうとしたあんなとみくるは、島で100年以上生きているという亀からプリキットグミを使って話を聞きますが、島の名前が「饅頭島（まんじゅうじま）」から「慈英島」になった以外、変わったことは起きていないと言われます。そんな中、村長の家で、孫娘たちのおやつのまんじゅうがなくなる事件が起きました。 蔵に残された小さな足跡と手形から、イタズラの犯人が村長の孫娘・秋であることを見抜いたあんなとみくる。秋は、壊れてしまった妹・小春の腕時計を直したい一心で「時計の針が動き出す」という唄をなぞるようにイタズラを重ねていたのでした。 事情を知ったあんなとみくるは「妖精がいるのはウソじゃないよ」と秋をやさしくはげましますが、そこにニジーがあらわれ、マコトジュエルが宿った腕時計をうばいさってしまいました。追いかけるふたりは変身し、ニジーが繰り出した腕時計型のハンニンダーに立ち向かいます。 アンサーは、落ちていた海藻でハンニンダーの動きを封じ、浄化に成功します。ふたりが腕時計を取りもどすと、ちょうど自作の船でジェット先輩が島に到着しました。ジェット先輩が腕時計をあっという間に修理してくれたあと、あんなたちは慈英島が「ジェット」に似ていることに気づき、かつて島にあらわれた妖精がジェット先輩だったことを知ります。 秋と小春に見送られ、島から帰ろうとするあんなたちでしたが、そこでジェット先輩がカモメにおどろいて妖精の姿に戻ってしまいます。「しー」とウインクするあんなとみくるを前に、秋と小春は「妖精は本当にいる」という秘密を胸にしまいながらほほえむのでした。

再び事務所にエリザがやってきます。あんなたちに「探偵になる！」と宣言したエリザは、以前、迷い猫のミーコを見つけたときの依頼者の笑顔が忘れられない、と語り、自分を探偵事務所に入れてくれるように頼みこんできました。 すると、エリザの担当編集者・辺見頼子が後を追ってやってきます。小説の締め切りが迫っているため、エリザを連れ帰ろうとする辺見。その様子を見たみくるは、「事務所に入るためには、依頼された事件を解決するテストがある」と伝えますが、なかなか依頼者はあらわれません。エリザがあんなに事務所の中を案内してもらっていると、ポチタンが声をあげます。辺見の携帯電話にはマコトジュエルのやどった「探偵エリー」のぬいぐるみストラップがついており、辺見の姿に変装したアゲセーヌがねらっていたのでした。 追いかけるあんなたちでしたが、アゲセーヌは商店街の人混みにまぎれてしまいました。しかしエリザが以前、ペンがぬすまれたときのことを思い出し、辺見の番号に電話をかけると、すぐに変装していたアゲセーヌをみやぶることができました。 アゲセーヌの放ったハンニンダーに変身して立ち向かうアンサーとミスティック。アルカナ・シャドウもあらわれる中、取水塔の写真を撮ったのはアゲセーヌで、写っていたのは青いチョウではなく「キュアエクレール」というプリキュアだったことが明らかになります。 おどろきながらもハンニンダーの浄化に成功し、ぬいぐるみストラップを取りもどしたあんなたち。エリザのおかげで事件が解決できたため、探偵テストは合格……かと思われましたが、エリザは「新しいアイデア、浮かんじゃった！」と、小説執筆にもどることを決め、「私もふたりみたいなコンビだったら、いまごろ名探偵だったかも」と言い残し、事務所を後にします。 その夜、エリザの言葉を思い出したあんなとみくるは、事務所に同じ間取りの部屋がふたつあり、そのうちひとつがるるかの部屋だったことから、るるかにもコンビがいて、その人物こそがエクレールだったのではないか、と思いいたるのでした。

しるくが出演する舞台に招待されたあんなとみくるは、楽屋で再会したしるくに怪盗団ファントムから予告状が届いていたことを打ち明けられます。怪盗団ファントムのねらいは、しるくがデビューオーディションで身につけていた思い出のイヤリングです。イヤリングを守ってほしい、という依頼に笑顔でこたえたふたりは、会場内を見回ります。 みくるがプリキットグロスでメイクアップアーティストに変装し、しるくの共演者で大人気俳優のサクラよし乃の楽屋で調査をする一方、入場口で遭遇したクラスメイトのりえとゆみと話していたあんなは、突然ポチタンに引っ張られ、入場客の中にるるかの姿を見つけます。 しるくの楽屋にもどってきたあんなは、勢いよく「しるく！」と呼び、「イヤリングをあずかる」と告げます。しかし、しるくは「本物なら『しるくさん』と呼ぶはず」と、目の前のあんながにせものであることを見抜きます。その正体は、あんなに変装したるるかでした。さらに壁に隠れていたゴウエモンも合流し、るるか・ゴウエモンと対峙するしるく。開演がせまる中、しるくは舞台の邪魔をされないよう、「一番大切なもの、それは舞台を待つお客さん。そして、そのお客さんと作る新たな想い出」と覚悟を口にし、るるかとゴウエモンにイヤリングを渡します。ちょうど本物のあんなとみくるが楽屋にもどってきましたが、しるくはふたりがイヤリングを守ってくれることを信じて舞台に向かいました。 劇場で舞台が開幕する中、あんなとみくるは変身し、イヤリングを手にしたゴウエモンによって呼び出されたハンニンダー、そしてアルカナ・シャドウに立ち向かいます。そのとき、アルカナ・シャドウから「キュアエクレールに記憶はない」と新しい事実が告げられます。 苦戦しながらも力を合わせ、アンサーとミスティックがハンニンダーの浄化に成功すると、同時にしるくの舞台も閉幕します。とりもどしたイヤリングを手渡され、涙を浮かべたしるくは、あんなとみくるを「大切な仲間」と呼んでくれました。 後日、事務所でジェット先輩に劇場でのできごとを報告するあんなとみくる。るるかがイヤリングをねらったのは、しるくの記憶を呼びもどそうとしたのかも、とエクレールの正体に推理をめぐらせるのでした。