美雪似のモデルが行方不明になり、美雪は代わりに香港で行われるファッションイベントに出演する事に。はじめと美雪は香港へ行き、偶然会った後輩の佐木と行動を共にするが、美雪は何者かに誘拐されてしまう。美雪は人違いで誘拐されたのだ。この後、イベント関係者が集まったパーティーで第一の殺人事件が起きてしまう…。

毒殺されたチャンに続き、シンが撲殺される事件が起きる。事件関係者たちの意外な素性が次々と明らかになる中、ランが誘拐される新たな事件が発生。そして毒龍が何なのかも判明する。毒龍はワンがドラゴンアイと交換に手に入れたロシアの核爆弾。ランのタトゥーは爆発するかもしれない核爆弾の在処を示すものだった。

爆弾の爆発までは4時間。はじめは壁に書かれた数字2行の暗号を解読して爆弾の在処を特定する。この後、はじめはビデオ映像を見て、犯人がチャンを殺害したトリックを見破る。そしてシンの遺体が発見された部屋やホテルの衣装部屋を調べ、シンの殺害方法に推理を巡らせていたはじめは｢謎は全て解けた!｣と言い放つ。

九龍皇帝、ワン・ロンが3人の部下の裏切りによって殺害された20年前の事件に端を発した今回の連続殺人。はじめは犯人がチャンを毒殺したトリック、シンの遺体をホテルから自宅アパートに運んだトリックを解き明かした後、ついに事件の核心へと迫る。はじめは真犯人の毒龍の正体を暴き、事件の全貌を明らかにしていく…。

脱獄犯の朽沼は東京湾をクルージングする豪華客船へと逃げ込む。その客船は速水玲香のファンたちが集う貸し切りパーティーの会場だった。運が悪い事にパーティーには、はじめと剣持警部も参加していた。ファンを装いながら逃走のチャンスを窺う朽沼。はじめは朽沼の様子がおかしいと感じ、それとなく探りを入れていく。

はじめは美雪、玲香たちと共に財宝探しの番組ロケで絶海の孤島、恋琴島にやってくる。この島には時価4億円の金塊が眠るという。翌朝、乗ってきたクルーザーが何者かに燃やされ、絶海の孤島に閉じ込められたはじめたち。館に設置した収録用のカメラには大きな剣を持った仮面にマント姿の錬金術師が映っていた。

蛍が自分の部屋（50号室）で刺殺される第2の事件が起きる。部屋は内側からかんぬきが掛けられた密室状態で、蛍を殺害できたのはこの部屋で眠っていた玲香だけだった。玲香は無実を訴えるが、谷河は玲香が蛍を殺害したと疑う。そして玲香が容疑者と疑われる中、新たな事件が起きて…。

はじめと美雪は玲香にかけられた疑いを晴らすため、皆から話を聞く事に。その中で2年前に自殺したアイドル、夕凪はるかの存在が急浮上する。この後、はじめは錬金術館の秘密に気付き、蛍の部屋の密室殺人、不二森を除く3人を殺害した凶器の消失という2つの謎を解く。そして、はじめは｢謎は全て解けた！｣と言い放つ。

はじめは皆を大広間に集め、恐るべき連続殺人事件の真相を解き明かしていく。消えた剣と密室のトリックを解いた後、はじめはくじ引きのトリックの種明かしと同時に真犯人の錬金術師の正体を暴く。この後、皆は順番にくじを引き、ついに錬金術師の正体が明らかに。そして錬金術師の犯行の動機、事件の真相が暴かれていく…。

留年しそうなはじめは美雪、草太と共に厳しい指導で有名な極問塾を訪れ、相談室で絶命した茂呂井を発見する。犯人はAクラスの生徒たちと講師2人に絞られる。この後、この事件には地獄の傀儡師、高遠が絡んでいると判明。高遠は極問塾合宿所で何かあるとはじめに予告してきたのだ。はじめはこの挑戦を受けて立つ事に…。

極問塾の合宿に参加したはじめと美雪。1日目、はじめは塾生から「この塾はあの人の亡霊に呪われている」と意味深な事を聞き、極問塾で茂呂井が殺害される前に誰かが死んだ事を知る。翌日、月光荘ではチョークを取りに行った近衛、太陽荘ではトイレに行った絵波がいなくなり、はじめは嫌な胸騒ぎがして…。

月光荘と太陽荘で次々に塾生たちの遺体が見つかる。犯行現場は授業の内容に見立てられていて、はじめはこれを犯人からの挑戦状と受け止める。授業を受けていた皆にはアリバイがあり、唯一アリバイのない霧沢も月光荘の自習室で絶命していた。皆は霧沢が塾生たちを殺害後に自殺したと考えるが…。

月光荘の明智は自分の正体を打ち明け、氏家たちに捜査への協力を求める。そして太陽荘の捜査ははじめに託される。はじめは月光荘のスケジュール表や見取り図と太陽荘のモノを照らし合わせて検証。そして、美雪から送られてきた月光荘の写真から全ての謎が１つに繋がる。はじめは「謎は全て解けた！」と拳を握り締めて…。

はじめは皆を太陽荘の食堂に集め、今回の連続殺人事件の真相を解き明かしていく。真犯人スパロウは太陽荘と月光荘に1人ずついた。近衛がロッカーに残したダイイングメッセージは犯人を示すものだった…。犯行に及んだ動機、悲しい事件の全貌が明らかに。はじめは犯行を計画した地獄の傀儡師、高遠も追い詰めるが…。

出発前にテロ予告が届いたJAM377便に搭乗したはじめ、美雪、剣持警部、明智警視。離陸後、機内の後方から煙が立ち込め、乗客たちはパニックになる。結局、煙玉によるイタズラとわかって皆が一安心したのも束の間…。操縦室で機長の志田が絞殺される。はじめは高度1万メートルの密室空間で起きた殺人事件に挑む。

はじめは乗務員の小金井、加賀谷、桃山、関口、容疑者の石田、大越を集め、今回の事件はテロに見せかけて巧妙に仕組まれた計画殺人だと事件の核心に迫る。はじめは犯人がアリバイ工作のために使ったトリックを暴く。そして、はじめは真犯人についても言及。驚く事に志田を殺害した犯人は1人ではなく2人だった…。

3年前、中学生のはじめと美雪は、同級生の岡崎、草太、鷹野、秋峰とキャンプ場を訪れた。そして、女子の美雪、鷹野、秋峰がシャワー中に事件が起きる。はじめは気落ちする美雪を見て｢この謎は俺が解き明かしてみせる。ジッチャンの名にかけて!｣と約束。そして、はじめは意外な真犯人を突き止めるが…。

中学3年の夏休み、水泳大会に向けてスイミングスクールで美雪から水泳の指導を受けたカナヅチのはじめ。その時、プールでは中学生の美波留、光世、流奈が高飛込みの練習をしていた。昔、この飛込プールで自殺した女の子がいたらしく、今も夜になると女の子の霊が現れるという。はじめは、飛込プールの悪霊の謎に挑む!

剣持警部が捜査を担当した3年前の女子高生死体遺棄事件。主犯格の毒島はわずか3年で少年刑務所を出所する。翌日未明、毒島は何者かに発砲されて顔をケガする。発見された凶器は剣持の拳銃で、剣持は前夜から行方不明になっていた。剣持に疑いの目が向けられる中、新たな事件が起きてしまう…。

ホテルのバスタブで魚崎の遺体が発見される。防犯カメラには魚崎を脅しながら歩く帽子、マスク、コート姿の男。それは剣持の帽子で、明智は剣持を魚崎殺害事件の容疑で全国に指名手配する。はじめは青井や湖森を訪ね、3年前の事件を調べる。はじめは毒島、多間木も狙われると予測し、次の事件を未然に防ごうとするが…。

毒島から助けを求める電話がかかってくる。毒島は何者かに追われてビルに逃げ込んだという。明智に助けられ、毒島は何とか息を吹き返す。この時、はじめは剣持がいる事に気付く。そこは密室の殺人未遂現場。明智は詳しい事情を聞くと剣持に手錠をかける。はじめは剣持が犯人じゃない証拠を必ず見つけると約束するが…。

はじめは剣持にかけられた疑いを晴らすために奔走。そして、美雪のおかげで真犯人、死刑執行人のトリックを見破ったはじめは明智に電話して｢謎は全て解けた!｣と伝えるが…。この後、明らかになる3年前の女子高生死体遺棄事件の闇に葬られた真相。死刑執行人に手を貸したのはまたあの男だった…。

遊園地の帰り、はじめと美雪は同じバスに乗り合わせた6人と共に眠らされ、廃病院のような建物に連れて行かれる。はじめたちが目覚めると、テレビに黒い覆面姿のゲームマスターと名乗る人物が映し出される。はじめたち8人は無差別殺人ゲームに強制的に参加する事に。はじめと美雪は生きてゲーム館から脱出できるのか…。

第二ステージは全員がクリアする。安堵したのも束の間、すぐに第三ステージが始まる。部屋には全員分のカップラーメン、箸が用意されていて、その中に１つだけ毒入りのモノがあるという。この後、いよいよ最後のステージのゲームがスタート。冷酷なゲームマスターは生き残れるのはたった1人だと告げる…。

生馬が殺害された部屋を検証したはじめは剣持からエチケットという言葉が何を意味するかを教わって事件の真相に近づく。はじめは美雪、剣持、宝樹、梢、杉本、美佳を廃病院に集め、「真犯人ゲームマスターはこの中にいる！」と言い放つ。はじめはゲームマスターの正体を暴き、事件の全貌を解き明かしていく…。