奇跡を叶える『聖杯』の力を追い求め、七人の魔術師が七人の英霊を召喚し、 最後の一人になるまで戦いを繰り広げる究極の決闘劇……聖杯戦争。 その聖杯戦争の開幕に先駆けて、各地で参加者たちが選定が始まった。 ８年前。ドイツにあるアインツベルン家の居城で、ひとりの女子の産声があがった。 イリヤスフィールと名付けられた娘を抱く父親・衛宮切嗣もその一人であった。

アインツベルンの森の中で戯れる切嗣と娘のイリヤスフィール。 その微笑ましい様子を城から見つめていたセイバーは、 召喚された時から、一度も口をきこうとしない切嗣の人柄を理解できずにいた。 また、聖杯戦争の舞台となる冬木市では、7人目の英霊が召喚されようとしていた。

遠坂邸に侵入したアサシンはアーチャーの猛攻の前に息絶えた。 その事実は、使い魔を通じて各魔術師たちにも知れ渡ることに。 また、英霊を失ったアサシンの魔術師・言峰綺礼は、 戦いから離脱するため、聖杯戦争の監督を務める聖堂教会に姿を現す。

倉庫街でランサーと対峙したセイバー。 両者間の緊張が高まる中、闘いの火蓋が切って落とされる。 英霊同士の戦いを初めて目の当たりにするアイリスフィールは、 その壮絶さに圧倒される。 一方、両者の戦闘を見張りつつ敵マスターの動きを探る切嗣と舞弥だが…

対峙するセイバーとランサーの前に、姿を現したライダー。 突如として現れた介入者により、決闘を邪魔だてされたセイバーは憤りを感じていた。 そんなことはつゆ知らず、ライダーは闇に紛れ戦いを監視する者たちへ呼びかける。 彼らふたりの決闘に惹かれた英霊は、ライダーだけでは無かったのだ。

冬木市山中、月明かりが照らす道路を疾走する車が一台。意気揚揚と運転するのはアイリスフィール。そして、その運転に少々ひきつっているセイバー。 そんなドライブ中の二人の前に、突如、怪しい人影が現れる。 彼は、ある理由からセイバーに臣下の礼をとろうとするが、セイバーは全く身に覚えが無かった……

聖杯戦争は重大な危機に見舞われていた。 冬木教会に集まった使い魔たちを前にして璃正は、連続誘拐ならびに殺人事件の下手人である雨生龍之介とそのサーヴァントであるキャスターを討ち取るため、各々の戦闘を一時中断する旨を伝達する。 また、殲滅を果たした者には褒章として、過去の聖杯戦争で使い残された令呪が寄贈されるという。

アインツベルン城の各所で繰り広げられる攻防。 魔力を込めた水銀を操るケイネスに対し、銃火器で応戦する切嗣。 セイバーはランサーと共闘し、キャスターと彼に召喚された怪魔を殲滅すべく立ち向かう。 一方、舞弥と共に城から離れていたアイリは、新手の侵入者の気配を察知していた。

切嗣たちの拠点で行われた攻防が収束を迎えた。 ランサーに救助されたケイネス。目覚めると寝台に寝かされていることに気づいた彼は、許嫁のソラウから、自分の置かれた絶望的状況と、とある提案を聞かされる。 一方、切嗣は、キャスター討伐を優先すべきというセイバーの進言を無視し、ケイネスを仕留めるべく、追撃を開始する。

冬木市で起きた連続殺人事件の犯人はいまだ見つからず、 毎日のように子供がさらわれつづけていた。 そんな中、時臣の娘・凛は、連絡が取れなくなった友人・コトネを捜しに ひとりで夜の街へ出かける。 商店街で子供を連れた不審な男を見つけた凛は、男の後をつけるが……。

切嗣が留守の折、彼らの拠点にライダーが乗り込んできた。 正面から堂々とやってきたライダーに、警戒するセイバー。 だがライダーは、王と呼ばれる者同士、一献交えようと申し出る。 その場にアーチャーも現れ、王の名を冠する３人の英霊たちは酒を酌み交わしながら 己の王道を語る。

一人冬木市のホテルに潜みながら、各陣営の動向を追い続けていた切嗣。 中でも、自分を追っていると思しき綺礼の動機が分からず、切嗣は苛立ちを募らせる。 一方、アイリとセイバーは、市内の屋敷に拠点を移していた。 日本風の家屋を興味津々で見て回るアイリ。 セイバーは、そんなアイリの振る舞いの中にふとした違和感を覚える。

ライダーを連れて町に出たウェイバー。 書店に入った彼は、ライダーの一生が書かれた伝記を手に取り、 ライダーが東の果てをめざした理由を知る。 一方、徹底的に破壊された工房に戻っていたキャスターと龍之介。 龍之介との会話から新たな啓示を得たキャスターは、狂気に駆られるまま、 ある魔術を行使しようとしていた。