ワイドショーの辛口コメンテーターが手足を縛られ、水たまりに顔を押し付けられ殺害された。そして遺体の周りには花が…。冬彦（小泉孝太郎）と寅三（松下由樹）が現場に駆けつけると管理官の保科玲（中山美穂）に出くわす。玲は冬彦の科警研時代の先輩だったが、なぜか冬彦と寅三に冷たくあたる。その後、同様の手口で２件目の殺人が起き、またも花が…。冬彦となんでも相談室は辛口コメンテーター連続殺人事件を解決できるのか？

ゼロ係の管轄内で連続殺人事件が起き、コメンテーターの横川（小宮孝泰）の遺体が見つかる。致命的なミスを犯した冬彦（小泉孝太郎）。管理官の保科玲（中山美穂）との約束通り、寅三（松下由樹）は冬彦とのバディを解消する。何も知らない冬彦は殺された３人が過去にアナウンサーの久保田（小手伸也）と共に同じ番組に出演していた事実を知る。その一方、玲はネット上で犯行予告をしていたのが岡田（増田修一朗）であると突き止める。

ゼロ係への依頼でフィギュアスケート大会に向かった冬彦（小泉孝太郎）と寅三（松下由樹）。すると、フィギュアスケーターの逢沢莉穂（安藤美姫）が演技をしている最中に突如停電が起こる。電気はすぐに復旧するがバックヤードでは、出番を待つ増田栞（八木アリサ）が何者かに殺されていた…。冬彦たちはすぐにアリーナを封鎖し所持品検査をするも凶器は出てこず。犯行時刻にアリバイのない松嶋大吾（桜木那智）が捜査線上に浮かぶが…。

人気漫画「怪滅の八重歯」の作者・長谷川ヒロシ（林和義）が作業部屋で血を流して倒れているところを発見される。しかし発見したアシスタントが背後から襲われ気を失っている隙に、血痕を残し長谷川の姿が忽然と消えてしまう。出血の量から、冬彦（小泉孝太郎）と寅三（松下由樹）は既に亡くなっていると睨むが、その後、漫画の編集部宛に「長谷川を助けたければ、30億を寄付しろ」という書類が届く。さらに最終回のネームも届き…。

ある日、杉並自然公園で金融業者で働く黒崎（笠原紳司）の刺殺体が見つかる。防犯カメラには、なんとナイフを持って、現場から立ち去る太田文平（戸塚純貴）が映っていた…。驚く冬彦（小泉孝太郎）と寅三（松下由樹）。すると冬彦の元に文平から電話がかかってくる。すぐさま発信元の駅の公衆電話に向かうがすでに文平の姿はなく…。そこで謎のメモを見つける冬彦。さらに押収した文平のパソコンから交際相手・工藤愛美（坂東希）の存在が浮かび上がり…。

なんでも相談室への依頼でプロレス興行を訪れた冬彦（小泉孝太郎）と寅三（松下由樹）。リングサイドで観戦していると悪役レスラーの村田（佐々木大輔）が必殺技である目つぶしの毒霧を放ったあと、対戦相手の阿久津（上野勇希）が苦しみだし、村田と共に倒れてしまう。その後、阿久津は死亡、村田は意識不明の重体に。毒霧には青酸カリが含まれていたことが判明し冬彦と寅三が捜査を始めると、二人は複数の人間から恨みをかっていたことがわかり…！

有名進学校である、杉並中央高校で生徒を人質にした立てこもり事件が起こる。その様子は教室からライブ配信され、犯人は前担任・奥寺（矢島舞美）の自殺の真相を明らかにしろと要求。冬彦（小泉孝太郎）と寅三（松下由樹）が捜査を始めると、学校では最近、セクハラや教師いじめが起きていたことがわかり…。タイムリミットは３時間！指揮を執る管理官の玲（中山美穂）がSITの突入を命じる中、冬彦が犯人への交渉を始め…！？

杉並みやび商店街のお祭り・プリン大食いバトルでフードファイターの黒田（伊島空）が毒殺される。ランダムに配膳された毒入りプリンは、黒田の対戦相手であるしていた高山（馬場園梓）、森崎（脇知弘）、野田（護あさな）、ゼロ係の夏彦（石田明）も食べる可能性があったことから無差別殺人の線が浮かぶが、冬彦（小泉孝太郎）は黒田への怨恨を疑う。さらに、脳無し死体事件を巡り、冬彦と玲（中山美穂）の関係は大きく変化していき…。

冬彦（小泉孝太郎）の元にマリオネットを名乗る人物から犯行予告が届き、再び脳を抜き取られた女性の遺体が見つかる。10年前にも同様に脳がない3人の女性の遺体が見つかる未解決事件が起きていた中、冬彦は全ての遺体が身元不明であることから犯人は身寄りのない女性を狙ったのではないかと捜査を開始。すると、被害女性たちの過去にはある共通点が。さらに、一匹の亀が事件を新たな展開へと導き…。冬彦たちゼロ係が謎多き未解決事件の闇に挑む！

脳が抜き取られた女性の連続殺人事件の捜査に当たっていた冬彦（小泉孝太郎）と寅三（松下由樹）は、舞（金澤美穂）の捜索中、保護司の松永（鼓太郎）の遺体を見つける。管理官の玲（中山美穂）は司法解剖を行った科警研の大平（長谷川朝晴）に疑いの目を向けていた。冬彦は法医学顧問・飯塚（近藤芳正）に助言を求めるが、刑事部長・権藤（小木茂光）は冬彦が捜査をすることを許さず…。ゼロ係を待ち受ける衝撃のクライマックスとは…！