2020年2月。アンブロシア―ノ総合病院の内科チームはバラバラになりつつあった。ジュリアはジェノバの病院に移り、ロレンツォとは連絡がつかない。ガブリエルはエチオピアに旅立ち、エリーザも後を追って病院を離れようとしていた。卒業間近のカロリーナでさえも、内科への興味が湧かないようだ。そんな彼らを引き留めようと、アンドレアは奔走していたが、中国で流行している新種のウイルスがやってきて全員の計画が狂ってしまう。そうして、アニューゼのことを諦めたくない彼のもとに、感染症科から新任のチェチーリアがやってくる。

しばらくして、感染拡大が収束すると、皆の生活は一転する。チェチーリアが新しい医長として、内部から科を解体しようと準備しているようだ。せん妄状態で救急搬送されたジャコモの難しい症例に、対処することを拒んでいたアンドレアだったが、チェチーリアの診断に不満を持っていた。そんな中、緊急事態が発生した数か月間の病院内で起きた問題の責任の所在について調査が開始され、アニェーゼが渦中に巻き込まれる。アンドレアは大切なものを守るため、勇気ある選択を迫られることに。

病院内では、院長代理を務めることになったカルーソを中心に新型コロナ感染拡大時の調査が進められていた。医師たちが次々と証言し、様々な事実が明らかになっていく。一方、アンドレアは難しい選択を迫られていた。医長に戻るためにテストを受けなければならないが、失敗すれば二度と医者の仕事ができなくなる。糖尿病治療のために入院しているカルミネの様子を見て、悩んだ末にアンドレアはテストは受けないことにするのだが…。

手の痛みや幻覚、吐き気の症状を訴えて、若く有望なテニス選手のルドヴィコが病院にやってきた。アンドレアは彼を担当しながら、カロリーナとチェチーリアにアンドレアが医長に復帰することで起こりうる問題や不安を言及され、"ドック"であることをやめてまで医長への復帰を果たすべきか疑問に感じ始める。しかし、ルドヴィコと会話を重ねるうちに、アンドレアの心境にも変化が。一方カロリーナは、リッカルドがアルバと一緒にいるところを見て苦しんでいた。

鉄欠乏症貧血のアンナがクリップを飲み込んだ。チェチーリアは精神科の症例だと主張するが、アンドレアとリッカルドはアンナが子どものころ患った病気の再発を疑い、当時の主治医だった外科医長のエドアルドに診てもらうことに。彼の人柄に魅了されたカロリーナは、外科に異動したいと考え始めていた。一方、発熱や吐き気があり入院したダレーシュに問題が発生。実力を証明すべく一度に２件の症例に従事したアンドレアは、アニェーゼを巻き込んで新医長と直接競合することに。

カロリーナが原因でアンドレアとエドアルドの間に小さな戦争が勃発。そんな中、激しいかゆみを訴え、救急外来にやって来た大学生のアントニオには、非常に存在感のある両親がいた。彼らと関わるうちに、アンドレアは父親としての自分を問い直すことになる。一方、ガブリエルとエリーザは、すぐにかんしゃくを起こすシェフの難しい症例を追うが、それが自分たちの過去と向き合うきっかけとなる。仲間から疎外されていると感じたアルバは、チェチーリアからの特別な任務を引き受けることに。リッカルドはそんな彼女を失いかねないことに気づく。

以前アンドレアの元で研修医をしていたシルヴィアが出産し退院するが、病院を出たところで倒れてしまう。神経系の症状があったため、アンドレアはエンリコに診察を頼むが、エンリコは彼女と関わりたくない様子だった。一方、カルーソによるアンドレアの医長復帰のための適性テストが行われるのだが、彼を困難に陥れようとする意図がますます明らかに。さらに、チェチーリアはチームの秘密に気づき始めていた。そんな折、ジュリアはダミアーノと次第に親しくなり、とうとう彼に過去を垣間見せる。

2020年3月、時は第一波の期間に遡る。カロリーナとアンドレアの関係に永遠の亀裂を生んだ、彼ら家族が抱える秘密について我々は知ることになる。また、エリーザとマッシモの関係の始まりや、ガブリエルの発作の原因もたどる。アンドレアたちが障害や困難に直面するたびに繰り返し言う「青い犬」とは一体何なのか。新型コロナウイルスがもたらした悲劇、そしてすべての秘密が明らかになる。

腹部の痛みと嘔吐で刑務所からやってきたアンブラ。彼女は生後間もない自分の娘にモルヒネを盛って殺そうとした容疑で投獄されたという。アンドレアは彼女を治療するため、病院全体の偏見と闘わなければならない。しかし、彼自身も調査の標的にされていた。この状況でアンドレアとアニェーゼの距離は縮まるが、その間にロレンツォの件について確信を得たダミアーノは、アンドレアとチェチーリア、どちらの側につくべきか選択を迫られていた。ガブリエルは今度こそ故郷に帰国しようとしているのだが、何かが彼を悩ませているようだ。

足に皮疹の出たクラウディオが男性に付き添われて入院してくる。彼を治療する一方で、アンドレアとカロリーナの間の溝はますます広がり、アンドレアは自らと向き合わなければならなくなる。ようやく仕事から離れ、リッカルドとアルバは郊外へ旅行に訪れていた。しかし休暇は計画通りにはいかない。ダミアーノは困難な状況にある父親を助けるためにローマに戻っていた。カルーソは彼に援助を申し出るが、見返りを求めないはずがなかった。

路上で吐血した女性ミレーナが搬送されてきた。問診の過程で彼女はアニェーゼが里親になっているマヌエルの実の母親だと判明。マヌエルはダヴィデと一緒に養育している里子だが、アニェーゼとはあまりうまくいっていないようだ。アンドレアはそんなアニューゼとかつてないほどに近づきたいと切望している中、ダミアーノの選択によってジュリアとの間にも修復不可能な溝ができそうになっていた。一方、ガブリエルはついに心理士に気持ちを打ち明ける決心をする。

チェチーリアの一夜の相手、ルッジェーロが倒れ、アンブロシアーノ病院に運ばれる。彼は院内のある人物と深い関係があるようだ。ガブリエルは科の人々に自分のついた嘘について告白し、病院を去ろうとしていた。しかし、彼を担当していた心理士ルチーアが倒れたことで、ガブリエルの心境に変化が訪れる。一方、突然病院内のシステムに障害が発生。そんな中アンドレアは医長のシミュレーションを行うことに。緊急事態に直面したチェチーリアとアンドレアの間には、かつてない調和が生まれていた。

チェチーリアがアンドレアに思いがけない申し出をし、アニェーゼとジュリアは嫉妬を覚える。そんな中、視力と聴力を失っているマッテオが倒れ、病院に搬送されてきた。アンドレアは彼とその父親の違和感に気づく。そしてテレーザの娘も呼吸困難でエンリコに連れてこられた。娘が入院したことで、テレーザは新しい家庭を築くことが本当に自分の望むことなのかわからなくなる。一方、リッカルドはカロリーナからにロレンツォに関する事実を知らされ、深い混乱に陥っていた。

ジュリアの母エレオノーラの婚約者セルジョが突然記憶を失い、入院することに。担当になったジュリアは薬物の接種を疑っている。アンドレアが医長に復帰すると思われた矢先、チェチーリアは彼が何か重大なことを隠しているのだと気づき始めていた。一方リッカルドのもとに自分を診てもらいたいというアリアンナが訪れる。長年痛みに苦しんてきたが、いくら検査しても原因がわからない。彼女の症例は、リッカルドを限界まで追い込み、医師としての使命に疑問を抱かせることになるのだった。

士官候補生のマルティーノが倒れて入院。彼は何かを隠しているようだ。医長のテストを受けようとしていたアンドレアは、内科全員の前で自分が隠してきたロレンツォに関する事実を打ち明けることになる。一方、アニェーゼはカルーソの秘書コスタンツァから、カルーソが不審な動きをしているとの情報を得る。手術の後骨髄炎に苦しむ入院中のジェラルドは、突然状態が悪化。彼と同室の患者も容体が急変。彼らを皮切りに、気づけば非常に攻撃的な細菌が病棟に蔓延していた。

院内感染により、内科は隔離されていた。病棟に閉じこめられた医師たちは、多剤耐性菌の感染を食い止めるために奔走している。アンドレアが提案した解決策はリスクが高く、ジュリアは不安を感じていた。細菌に有効な抗生剤を探している中、ついにアルバまで倒れてしまう。一方、アニェーゼとチェチーリアはアンドレアを助けるために協力するのか、それとも別々の道を選ぶのか、大きな岐路に立たされていた。