ハナの部屋に突如あらわれた奇妙な生き物。それは、世界を救うためにウーパナンタからやってきたタイムとガフィンだった。目の前で起きた不可思議な現象に混乱したナギは、ソンに助けを求める。まず2人は謎の生物の正体を突き止めるため、ソンの家から持ってきたネットランチャーで捕獲しようとするが、見事に失敗。はじめは警戒し合っていた3人だが、言葉が通じることに安心し、すぐに打ち解け合う。タイムから事情を聞いたナギとソンは、一緒にウーパナンタの英雄アクタを探し始めるが、彼らの行先には思わぬ落とし穴が待ち受けていた。その頃、ウーパナンタの世界では残されたアクタ空団のケイトたちが、孤島に潜む学者サイラとともに、ジャイロからピュトンピュトを取り戻す策を練っていた――。タイムは現実世界の壁にぶつかりながらも、アクタの居場所を突き止めることができるのか。そして、コンビニに現れた怪しい男たちの正体とは一体。

猿島にやってきたタイムたち。3人がそこで目にしたのは、変わり果てたアクタの姿だった。ウーパナンタには戻らないと断言されたタイムは、アクタに決闘を申し込む。結果はアクタの圧勝。意気消沈した様子のタイムだったが、ナギの言葉に背中を押され、諦めないことを決意。3人はウーパンタへ戻る方法を模索し始める。

アクタ空団のケイトはサイラとともに、ある作戦を実行するため再びジャイロに戦いを挑んでいた。その頃、ハナの部屋でも異変が...。タイムが来た時と同じように本棚が揺れ始めると、ウーパナンタにいたはずのサイラが突然現れる。「また誰か来た!!」と驚くナギとソン(エマニエル由人)をよそに、サイラはハナの「ある秘密」を明かし始めるのだった。一方、スペースの元を訪れたタイムもまた、ハナの秘密について聞く。そこには、スペースの知られざる過去と、ある目的が隠されていた。

実は生きていたハナと、病室で数年ぶりの再会を果たすナギと父親・タイチ。その時、ウーパナンタを崩壊の危機から救うため、創造主であるハナを殺そうとやってきた柴田/スペースが現れる。そこへ立ちはだかったのはサイラ。その隙にタイムたちは柴田から逃れ、アクタのいる猿島へと向かう。しかし、そこで新たな異変が発生。さらに、柴田の目的を知っていたのにも関わらず黙っていたタイムと、それを知ったナギとの間に溝ができてしまい事態はどんどん思わぬ方向へと向かっていく。

ナギの突然の死。あまりのショックで、悲しみに打ちひしがれるタイムたち。その時、叫びのような咆哮が響き渡り、ガフィンの能力が覚醒。ガフィンの治癒能力によってナギに変化が...。そしてついに“あの人”が目覚め、ピュトンピュトが姿を現した!揺るぎない正義をぶつけるアクタとスペースの最終決戦が、いま始まる。

アクタとスペースのドラゴンが現実世界へやってくる。しかしどちらのドラゴンもピュトンピュトに操られて凶暴化していたため、スペースとサイラは相棒のドラゴン・カタルスに襲われ、カタルスの炎に包まれてしまう…。一方、これ以上誰も傷つけたくなかったタイムは、ピュトンピュトを止めるべく「古の理」にいくことを決意。それぞれが最後に辿り着く場所とは。