ときは2122年4月。歴史学者を目指す歴史オタクの日下部みやび（山田杏奈）は、銀杏高校に入学する日を迎えていた。学校に向かう途中、いじめられている小学生を助けたみやびだったが、小学生は「あんなに大勢じゃ絶対に勝てない」と漏らす。みやびは、「絶対は、絶対にございません」と戦国武将・織田信長の言葉で諭すが、小学生は織田信長を知らなかった。この時代では、明治以前の歴史の授業は廃止されており、みやびのように歴史好きでない限り、信長の存在は知りようもないのだった。 学校に到着し、上級生たちに出会ったみやびは、特進クラスでお世話になります、と自己紹介する。しかし、「特進」と聞いて表情が変わった彼らは、みやびのカバンを奪い壁の外に放り投げてしまう。その後ろを、干し柿を手にした一人の男（永瀬廉）が通り過ぎる。 みやびが正門に戻ると、先ほどの上級生たちが倒れていた。その中にいた男は、「俺は織田信長」と言い、特進クラスであることを明かす。織田信長という名前に驚きを隠せないみやびだったが、思わずその姿に見惚れてしまい…。 そこへ、小柄で猿顔の学生がやってくる。豊臣秀吉だ。みやびの怪我の心配をしながらボディタッチし、女性に目がない様子。さらに、武田信玄、伊達政宗、上杉謙信、明智光秀、黒田官兵衛が次々とやってきて…。なんと彼らは名だたる戦国武将たちのクローン高校生だった！ そんな中、生徒たちがホールに集められる。最前列には特進クラスのメンバーが並び、他の生徒たちは、特進メンバーをにらんでいる。血気盛んな生徒たちに、理事長の別府ノ守与太郎は、銀杏高校で一番強い人物を決めると宣言し、「旗印戦」が開幕した！　旗印戦では、倒したい相手を記入した旗印を揚げ、勝てば相手のポイントを獲得。一番ポイントを獲得した者が、“てっぺん”である総長と戦う権利を取得できるという。翌日、「2時間以内に武田信玄を倒す」と書かれた旗印が出されて…！？

父との約束を果たすため、銀杏高校に入学した歴史オタクの日下部みやび（山田杏奈）。特進クラスのクラスメイトは、織田信長（永瀬廉）に、豊臣秀吉、伊達政宗、武田信玄、黒田官兵衛…と、なんと全員が戦国武将のクローンだった！ 入学早々、理事長の別府ノ守与太郎が、銀杏高校で一番強い人物を決めると宣言し、「旗印戦」が開幕。みやびの波乱だらけの学園生活の幕が開けた！ そんな中、特進クラスに転校生が加わった。徳川家康だ。サングラスをかけて登場した家康は、クラスメイトを“ゴミ”扱い。一触即発の空気が流れるが、信長は七輪でホタテを焼き、うまそうに食べている。 一方、「旗印戦」を“奥深い心理ゲーム”と考える秀吉は、「信玄を倒そうと集まった他校のヤンキーを倒したのは俺」と堂々と嘘をつく。実は信長が倒していたのだが、さも自分の手柄のようにアピール。 クラスメイトたちは秀吉の言葉を信じていない様子だが、「全員が全部信じなくていい」と秀吉はみやびに話す。「もしかしたら秀吉は強いかも」という意識を少しでも植え付けられたら旗印を出すことに慎重になる、と作戦を明かすのだった。 そして、秀吉は、「酒井忠次と榊原康政を1時間以内に倒す」と書かれた驚きの旗印を提出し…。

「旗印戦」ランキング1位の武田信玄（満島真之介）を、たった1分で倒した徳川家康（小澤征悦）。クラスメイトの武将たちは、信玄の空席を見ながら、家康の次のターゲットはランキング2位の豊臣秀吉（西畑大吾）なのではないかと、話をしている。 そこへ、松葉杖をついた信玄が姿を現し、日下部みやび（山田杏奈）は心配顔。「まだ生きていたのかぁ」と声をかけた家康は、自分の靴を磨くように命令。言葉を失う信玄に代わって靴を磨いたのは、明智光秀（萩原利久）だった。 一方、理事長室では、理事長が楽しげな様子を見せていた。本来の歴史では、無敗を誇った家康が、唯一負けた相手が信玄だった。旗印戦では、いきなり歴史を覆す展開となっており、理事長は「目が離せんわい」とニヤリと笑う。 同じ頃、屋上では、一人佇む信玄の元へ、織田信長（永瀬廉）がやってくる。これからは日陰の道を歩くしかない、という信玄に、信長は「1度の敗北が、すべての敗北か？」と声をかけ、「風林火山」の旗を渡すのだった。 そんな中、みやびはある男に出会う。男は、武将たちをクローンとして蘇らせたのは、自分の父親であると明かし、みやびの歴史の知識を活かして武将たちをコントロールしてほしい、そして家康を何とか止めてほしい、と告げて……。 男の言葉を受けて、“占い”を思いついたみやび。教室では、武将図鑑の“武将たちの逸話”を参考にしたみやびの占いが「当たる」と評判となっていた。そんな中、家康が「24時間以内に明智光秀を倒す」という旗印を提出。武将たちは、明智が1000％負ける、と噂をするが……！？

「天下を獲る」と旗印に掲げた織田信長（永瀬廉）。クラスメイトの武将たちがその真意を探る中、武田信玄（満島真之介）は、徳川家康（小澤征悦）に、信長の掲げた旗印は家康への“宣戦布告”なのではと言い、二人は一触即発の雰囲気だ。 その頃、美術室では、信長がろくろを回してツボを作っていた。「和の心を持って、手を取り合う」という母の言葉をつぶやくが、ツボは崩れてしまう。信長の様子を日下部みやび（山田杏奈）は見つめている。 そんな中、家康が「誰かを倒す」の旗印を提出する。誰を狙うか明かさなければ、いつ狙われるかわからない。戦いに備えにくい家康の戦法に、武将たちがざわつく中、2年の十川八郎が倒された。そして、家康は新たに旗印を提出。内容は同じ「誰かを倒す」で、クラスメイトたちは動揺を隠せない。 トレーニング室では、家康、明智光秀（萩原利久）、“謎の人物”が話していた。家康は、“謎の人物”に「お前の考えた作戦。実に面白いぞ」と話す。さらに、「しかし、お前がこちらに付いたとは思わんだろなぁ」と不敵な笑みを浮かべるのだった。 一方、みやびは、「恐怖にまみれた旗印戦を行ってよいのですか？」と別府ノ守与太郎理事長（柄本明）に直談判。しかし、理事長は「大いに結構。それこそが、まさに戦国」と笑うだけで……。 教室では、今川義元（松大航也）が、やりたい放題の家康に向かって怒りを爆発させていた。竹中重治（栁俊太郎）は、今川に落ち着くよう声をかけるが、豊臣秀吉（西畑大吾）も「今川の言うとおり」と騒ぎ始める。クラスメイトたちがもめる中、家康をどう止めるつもりかと問われた信長は、「和の心を持って、天下を獲る」と宣言して……。

裏切り者を見つけ出す為に動き出した織田信長（永瀬廉）、日下部みやび（山田杏奈）、黒田官兵衛（濱田岳）。そんな中で、「裏切り者同士、仲良くしねーか？」と今川義元（松大航也）に声をかけたのは、武田信玄（満島真之介）だった。武田が、自分と同じ裏切り者であると思った今川は、裏切り者同士の連携が取れずに困っていたと語る。そんな今川に、武田は「やっぱ、てめぇは裏切りもんか」と冷ややかな視線を送る。 一方、黒田は、井伊直政（駿河太郎）に声をかけていた。井伊が裏切り者であることを見破った黒田に、「てめぇがこっち側なのは心強え」と笑顔を見せた井伊。二人が話をしていると、今川や、真田幸村（田野倉雄太）、竹中重治（栁俊太郎）がやってくる。竹中は、小学校時代の同級生である黒田を見ながら、「仲良くなれそうだ」とつぶやいて…… トレーニング室では、明智光秀（萩原利久）が、「黒田が裏切り者である、という情報が出回っている」と、徳川家康（小澤征悦）に報告をしている。黒田は、家康側についたとは言っておらず、「何か企んでいるかも」と考える明智に、家康は「大事なのは見えない裏切り者に怯え、特進が混乱に陥ること」と告げるのだった。 そんな中、みやびは、家康を上回るポイントを稼ぎ出すためのPBB（ポイント倍々）作戦を再開させ、クラスを束ねるべきだと織田信長（永瀬廉）に話すが……。その後、教室では、クラスメイトたちに「俺は裏切り者だ。皆を欺いていた」と告白をした黒田。伊達政宗（三浦翔平）の拳が飛ぶ中、なぜか小太鼓を叩く信長がやってきて……。黒田は、クラスメイトたちにPBB作戦の再開を訴えるが、伊達は「君はもう仲間じゃない」ときっぱりと話し、PBB作戦は再開できそうにない。クラスを束ねる方法がわからない信長は、何かを考える表情で……。

「徳川家康（小澤征悦）を倒す」と書かれた旗印を手にする織田信長（永瀬廉）の元に、信長派の武将たちや、日下部みやび（山田杏奈）が集まっている。一人で戦うつもりだった信長に、伊達政宗（三浦翔平）は、これは団体戦である、と伝える。家康との戦い方を考える中、黒田官兵衛（濱田岳）は「最後の勝ちを得るにはどうしたらいいかを考えよ」と話す。 PBB（ポイント倍々）作戦が再開され、武将たちが家康のポイントを抜く日が刻一刻と近づいていた。明智光秀（萩原利久）から、動かないのか？と聞かれた家康は、「あいつらを地獄にたたき落とす、最後の1ピースがまだ揃っていない」と答えて……。 そんな中、ついに家康のポイントを抜くことに！　特進教室では、上杉謙信（犬飼貴丈）らが家康の動きを気にしている。そこへ現れた家康は、「ここまで結束が固いのは想像以上だ」と言いながら、信長の襟元に手を伸ばし……！？　信長が攻撃されると思いきや、家康は、信長の乱れた襟元を直して、去って行くのだった。 その後、トレーニングルームでは、家康の元に、明智光秀（萩原利久）、竹中重治（柳俊太郎）、真田幸村（田野倉雄太）、今川義元（松大航也）が集結。1、2年生の96％を家康派に引き入れることができたという明智に、家康は「残りもすべからず、従わせろ」と命令！　　そして、ついに最後のピースが揃ったと話した家康は、「1時間以内に特進クラスの誰かを倒す」の旗印を提出。本多忠勝（阿部亮平）がやられてしまう。 翌日、家康は再び同じ旗印を提出。今度は豊臣秀吉（西畑大吾）が倒れてしまい……！？ そんな中、家康と武田信玄（満島真之介）の河原での壮絶な決闘が起こることに…「人は城、人は石垣、人は堀…」武田信玄の名言が蘇る熱い戦いが巻き起こる！

「俺たちの目的は、お前の敗北」。ジャンヌ・ダルク、始皇帝とともに銀杏高校にやってきた黒百合高校のマシュー・ペリーは、徳川家康（小澤征悦）に向かって言い放った。そんなペリーたちを家康は“ゴミ”扱い。始皇帝は、家康に攻撃をしようとするが、ひらりと身をかわされ、後ろにいた日下部みやび（山田杏奈）に始皇帝の拳が当たりそうになり……！？ 織田信長（永瀬廉）の活躍もあり、ペリー、ジャンヌ・ダルク、始皇帝はアジトに戻る。そんな3人に声をかけるのは、家康のクローンを作った博士（酒向芳）の息子（波岡一喜）だった！博士は、当時3歳だった家康に殺されてしまい、息子は家康に復讐する日を待ちわびていたのだ。 一方、特進教室では、武将達が不安そうな表情で話し合っている。信長も何か考え事をしているようで……！？ 同じ頃、トレーニングルームでは、竹中重治（栁俊太郎）、真田幸村（田野倉雄太）、今川義元（松大航也）が話し合っていた。この混乱に乗じて、武将たちの連携を奪おうと考える竹中は、みやびを狙え、と話しており……！？ そんな中、始皇帝たちについて「奴らの力は侮れん」と話すのは信長。みやびは、家康と一度話すことを提案するが、信長は「奴とも、いつか、分かりあえる日が来ると良いのだが」と言うのだった。 その後、みやびが一人で林道を歩いていると、真田と今川が現れ、「俺たちは、お前を潰すことにした」と宣言する。そのとき、ジャンヌ・ダルクと黒百合高校の生徒たちがやってきて……！？

「俺たちは、日下部みやび（山田杏奈）、ならびに徳川家康（小澤征悦）を奪還する！」と宣言した織田信長（永瀬廉）。今まで徳川家康は自分たちを苦しめてきたが、きっと変わると信じている信長。 そんな中、ペリー、ジャンヌ・ダルク、始皇帝の“黒百合三将”のアジトでは、家康のクローンを作った博士（酒向芳）の息子（波岡一喜）が憤慨していた。家康を憎んでいたはずの信長たちが、なぜ家康を助けようとするのか。息子は「叩き潰す……！」と声を張り上げる！ 離れたところでは、みやびが息子たちの会話をこっそり聞いていた。一緒に捕まっている家康に「信長くんたちを、信じましょう」と声をかけるが、家康は何も語らない。そんな家康について、今までとは別人のようだと、みやびは感じていて……！？ その頃、特進教室では、「みやび家康奪還作戦　第壱回軍議」が開かれていた。黒田官兵衛（濱田岳）から考えを聞かれた信長は「……勝つ」とひと言。どう勝つかについては“ノープラン”で、「……しばし、時をくれ」と言って……！？ そんな中、“黒百合三将”のアジトには、信長たちが倉庫に移り、そこに陣を張るという情報が入る。息子は、今すぐ奇襲をかけろ、と始皇帝に命じる！始皇帝は、かなりの数の部下を連れて、倉庫へ向かうが……！？果たして信長たちの奪還作戦は成功するのか…

すべてを終わらせるため、徳川家康（小澤征悦）に旗印を掲げた織田信長（永瀬廉）。しかし、武将たちは信長の行動の意味を理解できずにいた。黒田官兵衛（濱田岳）がその理由を問うが、信長は答えようとしない。「家康との戦いの先に最後の戦いが待っている。俺はそこまで辿り着かねばならぬ」と言い残し、教室を出ていくのだった。そんな信長を、日下部みやび（山田杏奈）が追いかける。 同じ頃、モニターで信長が出ていく様子を見ていた別府ノ守与太郎理事長（柄本明）。信長は“総長”の正体に気づいていると考えた理事長は、「なぜ家康を倒さないといけないのか、その意味も……」と言って、意味深に笑うのだった。 そんな中、アワビを焼いていた信長。そこへやってきたみやびは、戦国時代の武将たちが戦いの前に、打ちアワビ、かち栗、昆布を食べたことを説明しながら、「まるで戦国時代の武将のようですわ」とつぶやく。すると、信長はある衝撃の告白をして……！？ その後、自宅に帰ったみやびは、花梨（柚希礼音）と名乗る女性に声をかけられて……！？一方、理事長室の前では、黒田官兵衛が室内の会話を盗み聞いていた。「武将のクローン……？」と驚きを隠せない黒田に、さらなる事実が明らかになり……！？

徳川家康（小澤征悦）との最終決戦に勝利した織田信長（永瀬廉）。信長は「本当の戦いはこれからだ」と語り、学園を支配する総長と対峙する。そして、総長の正体が学園の理事長・別府ノ守与太郎（柄本明）であることが分かる…！そんな理事長は武将たちを集めて戦わせてきた目的を語りだす。理事長が語る言葉を前に日下部みやび（山田杏奈）、家康は驚きを隠せない。そして、理事長は家康に「やはり失敗作か…」と言い放つのだった。 一方で、理事長から自分たちが実在した戦国武将のクローンであること、さらに18歳までしか生きられないという衝撃の事実を聞かされた黒田官兵衛（濱田岳）の葛藤は続く。そして、何も知らないクラスメイトたちに事実を明かすか思い悩む。 それぞれが思いを抱える中で、理事長は「戦を――本当の戦をしたくなった」と語り、いよいよ武将たちと理事長との最後の戦いが動き出す！戦いの直前、信長ら武将たちは野営をはって、宴に興じる。最後の敵である理事長を前にして、これまで戦いを続けてきた家康も交えて「和の心」をもって団結するクラスメイトたち。そして宴を追えると、いよいよ特進クラスと理事長との戦いが幕を開ける――― 理事長の真の狙いとは、クローンが抱える宿命の行きつく先は、そして武将たちと理事長の戦いの行方は！？今夜、物語が完結する――