飛世ユウマは、怪獣災害の防止、調査、事後処理などを目的とする怪獣防災科学調査所、通称「ＳＫＩＰ」の新人所員である。「みんなを守りたい」の想いを込めユウマが日々の業務に追われるなか、地球防衛隊から石堂シュウという人物が「SKIP」にやってくる…。彼らは怪獣シャゴンの動向を追いかけるが、危険な状況に陥ってしまう！？その時！ユウマの前に現れたのは…！！

森を拓いてマンションを建設中の工事現場で古代遺跡と思われる遺物が発見さ れる！だが工事現場長の息子であるハヤトは、工事の危険性を必死にユウマに訴えかける。ハヤトが信じる森の伝説の真相とは！？そしてユウマはハヤトの想いにどう応えるのか！？

星元市に現れる恐怖の宇宙怪獣！？人類に味方する謎の光の巨人！？ユウマに伝えられた父の言葉の意味…！？繰り返される終わらない悪夢に立ち尽くすユウマは、強く信じる気持ちを胸に走り出す！！

リン行きつけの人情あふれる商店街で異変が発生。その痕跡からネズミの仕業と想定されるが、どうやらただのネズミではなさそうだ！推測される原因を探るうち、リンたちは恐るべき事態に巻き込まれる…！！それぞれの想いが交錯する中、想像力でアークが応える！

『恐竜博士』として子供たちの憧れの存在である牧野博士が星元市にやってきた！　峠で見つかった新種の化石の調査のためらしい。 ユウマは自分も憧れていた博士にあえると喜ぶのだが、ヒロシは複雑な表情を浮かべる。実は博士はヒロシの恩師だった！　そんな中、一夜にして化石のあった場所が湖と化す現象が発生し…。

怪獣出現の兆候調査に赴いたユウマたちは、山あいにある古びた旅館「あけぼの荘」で不思議な番頭さんと出会う。 過去に宇宙人騒動があった土地ということもあり、いつもよりも鋭い目を向けるシュウに、ユウマとリンはタジタジ…。 そして、旅館に隠された秘密にたどり着いた時、シュウの判断は一体！？

うだるような暑さにSKIP所員たちは我慢の限界！でもそんな時に怪獣が出現し、ガスを吸収し始めた。 アークのエネルギーをも吸収してしまう怪獣に為す術もない。しかも怪獣大爆発の可能性も出てきて星元市は消滅の危機に！！ 謎の少女の言葉を胸に立ち向かおうとするユウマ…。だが、怪獣は一体なぜ現れたのだろうか？

今度は星元市の経済危機！？ どうやら、最近星元市で流行している電子通貨「ホシペイ」がデジタル怪獣に食べられてしまっているらしい！ SKIP出動！…ってデジタル怪獣にどうやって対処すればいいの！？　「ホシペイ」開発者の力を借り、ユウマとアークは星元市を救うため立ち上がる！！

SKIP本部所属の怪獣分析班・山神と共同作戦を実施する星元市分所のメンバーたち。実は山神とリンはSKIP入所前からの知り合いらしく、久しぶりの再会に懐かしい想いを抱くリン。しかし、実は山神には怪獣細胞横流しの疑いが持たれており、リンは山神を探る秘密の捜査に協力することになるが…。

ユウマの同級生・カズオはアマチュア無線愛好家であり、鬱屈とした日常の中で夜な夜な無線で「フィオ」と名乗る人物と交信することが唯一の幸せな時間だった。 だが、その「フィオ」との交信の電波に誘われ、宇宙からノイズラーが飛来してしまう！ 隠された「フィオ」の真実が発覚する時、ユウマはカズオを守ることが出来るのか！？

宇宙から突然巨大ロボットがやってきた！？ 謎の音とフレーズを繰り返す機械巨像＝ギヴァスは、果たして敵なのか、味方なのか？ ギヴァスの行動から意思があると信じるユウマは諦めずに対話の道を探る。その姿に仲間たちも感化されていくのだが、厳しい現実が立ちふさがる……！？

ギヴァスの言葉に愕然とするユウマ…。さらにはシュウにも咄嗟に冷たい言葉をかけてしまい自戒の念に打ちひしがれる。 それを救ったのは、ユウマに救われたあの人物だった！？ ギヴァスへの総攻撃を目前に、ユウマは最後の手段としてギヴァスの内部に潜入するのだが、そこで驚愕の真実と向き合うことになる！！

数多くの案件を共に解決してきて、シュウもすっかりSKIPの一員になった様子！　なのだが…、夜な夜な何やら防衛隊への報告レポートを作成しているシュウ。 作業をしている中で今までの怪獣災害の記憶をたどるうち、SKIPの面々も加わってウルトラマンアークの話題で大盛り上がり！！ 果たしてメンバーそれぞれのアークへの想いとは！？

モニタリング中のモノホーンに再び異変が発生！ 調査に向かうユウマとシュウにかけられる謎の言葉と突然の攻撃！？　そこには宇宙からの追跡者の影があり…。 そしてユウマの前に姿を現したアークが語る16年前の真実！！　地球に迫りくる危機が、いま明らかになる…！！

轟音と共に大地を割って、ついに現れる封印の証……。 星元市だけでなく地球全体をも飲み込む危機を目の前にして、シュウの口から星元市に隠された驚愕の事実が語られる！？ 敵の謀略により希望を失いウルトラマンアークへの変身ができなくなった絶望のなか、ユウマがアークの言葉を強く信じる時、新たな想像力が解き放たれる！！

「オニキス案件」の終焉は、シュウとの別れを意味していた…。その時が迫る中、キャンプ場で怪事件が発生！　被害者は全員何かに怯えている様子で、その原因は怪獣が両手から発する光にあった。その光を浴びてしまったシュウは、一体何を見るのか？　そして、そんな絶体絶命のピンチに現れたのは、謎の宇宙人！？

ユウマとシュウの前に現れた宇宙人は「宇宙侍ザンギル」と名乗る。彼が言うには、別次元の世界から“冥府の闇将軍”たる怪獣が、次々とこちらの世界に怪獣たちを送り込んでいるらしい！？ その言葉の通り、怪獣軍団が街に現れる！　ユウマとザンギルが怪獣たちに立ち向かうとき、ウルトラマンアークの必殺剣が唸る！！

ザンギルとの戦いの後も次元の裂け目から続々と現れる怪獣たち。終わりの見えない戦いに終止符を打つため、シュウはSKIPと防衛隊との共同作戦を計画する。だが、そのためにはウルトラマンアークの力がどうしても必要らしい…。果たしてユウマは無事作戦を成功に導けるのだろうか！？

ヘルナラクを追い次元の裂け目に消えていったウルトラマンアーク…。ユウマが目を覚ました先で起こる奇跡の出会いとは？　強い想いが次元の壁を超える時、二つの世界の運命を変える！？　そしてアークの放つ究極の光線が願いをのせてヘルナラクへと向かう！！

ヒロシ所長の娘が職業体験に挑戦するという。だが選んだ職種はSKIPなんかじゃなくて、テレビのリポーター！？ その姿に、普段は見せない父親の顔を覗かせるヒロシだが、少し寂しげな雰囲気も…。 そんなとき古代怪獣ゴメスが現れるのだが、なんだか様子が…、え？　ゴメスが空を飛んだ！？

リンの同級生であり小説家を夢見る雑誌編集者の芝アオイは、夢を追いかけつつも仕事に忙殺される日々の中で鬱屈とした生活を送っていた。 そんな彼女の前に、謎の赤い玉が現れる！？　それはアオイの夢を次々と叶えてくれる魔訶不思議な存在だった。 だが、そんな幸せな生活が邪魔されたアオイは、皆の前で恐ろしい願いを叫ぶのだった……！

普段と変わりのない平穏な日常―― の中に、まさに恐るべき陰謀が忍び寄ろうとしていた…。 何気ない日々の中で気づく「もの」とは一体何なのであろうか…？ そして――　この世界に人々は気づくことができるだろうか…？ 今、ユウマたちの目の前に最強の敵が現れる…。

ここ最近、ユウマの体に謎のダメージが溜まり始めていた。 そんな最中にまたも現れる宇宙獣！！　アークの力を知り尽くしたような宇宙獣はどこまでもユウマを追ってくる…。逃げ場のない最悪な状況下で固めるユウマの決意とは！？ そしてユウマの胸に宿る不吉な光の正体は！？

ウルトラマンアークはトリゲロスとの激闘の末、大爆発の中に消えた…。 だが、暗闇の中で目を覚ましたユウマの前にアークが現れる！　そして彼の口から語られる新たな真実！？ SKIPでの日々、怪獣たちとの戦い、そして、アークとの思い出――　そのすべてが、今までの16年間のすべてが、幻だというのだ！！

刻一刻と迫る、それぞれの決断の時…。アークとの別れは、夢で見てきた世界に生きる代償！？しかし本当に大切なものは未来を創る勇気、そう「想像力」だ！！ウルトラマンアークとユウマたちの最後の戦いの結末はいかに！？