怪獣被害の頻発する地球に、ついに50m級宇宙怪獣までもが現出した。怪獣の進攻を阻止するため特殊部隊を率いるヒルマゲントだったが、部隊は絶体絶命の危機に直面する。 部下を救うため単身飛び出したゲントの腕に現れるブレーザーブレス。光に導かれ、今、ウルトラマンへと変身する…！

バザンガを退けたゲントは、司令部参謀長・レツから新設の特殊怪獣対応分遣隊『SKaRD』の隊長に任命される。早速隊員たちに面会へ向かうゲント。 エミ、テルアキ、アンリ…合流したのはひとくせもふたくせもある隊員たち。 そんな折に飛び込んでくるゲードス現出の知らせ。人員も装備も整っていない中、SKaRDの初任務が始まろうとしていた…。

新戦力アースガロンの開発に携わっていたヤスノブを一員として迎え、ついに集結したSKaRD。対怪獣戦に向け訓練に励むことに。 そのさなか、新たなエネルギー源の貯蔵タンクが一夜にして空になるという怪現象が、世界各国で発生しているとの情報が…。 原因は怪獣であると踏んだSKaRDは、満を持してアースガロンを戦場に投入する。

3か月前に突如現出した怪獣レヴィ―ラ。その唯一の対処法は、大手化学企業ノヴァイオが開発した新型殺菌剤『FK1』で一時的に追い払うことであった。 だが、謎多きこの怪獣とノヴァイオ社との間には不可解な繋がりが…。 真相を探るべく、エミはノヴァイオ社社長の曾根崎のもとで潜入捜査を行う。

アンリの故郷で新型レールガン『メガショット』の演習が実施される。そこでアンリは幼馴染のミズホと思いがけぬ再会を果たす。 メガショットの設置工事で祠が撤去されたことにより、地元に伝わる守り神・ドルゴが目覚めてしまうと言って演習中止を訴えるミズホだが、アンリはそれを受け入れることができない。 そうして無情にも演習が開始されてしまう。

日々繰り広げられるウルトラマンブレーザーと怪獣たちの戦い。 それは市井の人々の目にどう写っているのか、 レイコ･サブロウタ･タクマによる新たな視点からブレーザーを紐解いて行こう。

コインランドリーの洗濯乾燥機に『クルル』と名付け、それを愛でることで癒しを得ていたヤスノブ。 そこに突如カナン星人・ハービーが現れる。ハービーは、『オーロラ光線』で機械を操ることができ、世間で頻発する自動車や飛行機の暴走事故を引き起こした張本人であった。 そしてヤスノブは、ハービーが企てる恐ろしい計画を知らされる。

雨が降る前触れとされる『逆さ虹』が日本各地で発生。怪獣との関連を疑うゲントは、怪獣研究の第一人者であり、恩師でもある横峯教授のもとへ。 そこで横峯から、ときに恵みの雨をもたらし、ときに荒神となりすべてを奪い去るという神のような存在、ニジカガチについて語られる。 その時、ゲントのもとに巨大怪獣現出の知らせが届く。

ニジカガチが作り出した強大な台風により、文明の洗い流しが行われようとしていた。 ニジカガチ撃破のため、アースガロンの新装備“Mod.2”の実戦投入を決めるゲント。そして、今回の首謀者である横峯のもとへは、彼を心から尊敬していたテルアキが説得に向かう。

アンリのもとに届いた1枚の手紙。それは、かつて音楽を通じて親交を深めたツクシホウイチが率いる楽団のコンサートチケットであった。 そのさなか、宇宙より飛来した隕石から、ロボット怪獣ガラモンが姿を現す。 ガラモンが謎の音波により行動をコントロールされていると気づいたアンリは、その音波に思い当たる節があって…。

息子ジュンの希望で謎の卵を見に訪れたヒルマ一家は、ベビーデマーガ誕生の瞬間に遭遇する。防衛隊による捕獲活動のさなか、デマーガが現れる。子の元へ歩を進める親怪獣へ、防衛隊は攻撃を開始。 避難の道中、身を挺して子を守るデマーガを複雑な心境で見つめるゲントの左腕に突如ブレーザーブレスが出現する。

デマーガとの闘いにおけるブレーザーの行動を受けて、ゲントは自らの身体に宿るもう一つの意思に戸惑いを隠せずにいた。 その折、宇宙より飛来する隕石。防衛隊の迎撃をかいくぐり地球に降り立ち、怪獣ゲバルガへと姿を変える。アースガロンでの格闘は優勢に思われたが、ゲバルガには驚くべき能力が隠されていた。

ゲバルガによるネットワーク汚染が拡大する中、SKaRDは新たな作戦を立案。 ゲントは、ゲバルガとの戦いでまたしても自身の意と反する行動をとったブレーザーに対し、不信感を覚え、ストーンを自身のロッカーに置いて作戦に挑むことに。 そうしてSKaRDは、開発部や特殊部隊と協力した一大作戦を決行する。

スカードの作戦指揮所に残り、これまでの戦闘記録を資料にまとめていたアンリ。ヤスノブやエミとともに、怪獣との交戦の記憶をたどる中で、話題は宇宙怪獣のとある共通点の話に。 その一方、ゲントはテルアキから、ブレーザーについてどのように考えているのか問われて…。

大空をマッハ9で飛び回り、街を破壊する怪獣デルタンダル。アースガロンを凌駕するスピードのため、SKaRDは取り逃がしてしまう。 一方、バザンガやゲバルガといった宇宙怪獣に関する『V99』という防衛隊の機密情報にたどり着いたエミ。それは、かつて行われた、とある実験とも大きく関わっていた。

ゲントの息子ジュンには、一風変わったクラスメイト・アラタがいる。ある日アラタの秘密基地に連れられていったジュンは、アラタが描いた怪獣の絵の熱量と彼の自由さを受け、心を開いていく。ジュンが自主性をもって描いた怪獣はガヴァドンと名付けられた。 夜になり、秘密基地に空から怪光線がふりそそぐと、ガヴァドンの絵が鼓動し始める。

大きな穴を覗き込んだ人々がみな錯乱状態になってしまう事象が発生。その調査のさなか、テルアキ、アンリ、ヤスノブまでもがその餌食になってしまう。 アースガロンに単身搭乗したエミは、AI対話システム「EGOISS（イーゴイス）」とともに、怪獣モグージョンとの戦いに挑むことになる。

ウルトラマンブレーザーの戦いを密かに観測するモノ、 その正体や目的は何なのか…… 今回の特別編はなんと！あ、アニメ！？ ブレーザーや新たに登場した怪獣たちのことを振り返ってみよう。

過去に撃退した怪獣が、人や物をすり抜けて彷徨い歩く事案が立て続けに起こる。現場には必ず謎の男が現れ、大きな剣で怪獣を消し去っている。 この原因を探るためゲントが怪獣出現予想ポイントに先回りすると、謎の男・宇宙侍ザンギルが現れ、ゲントと話がしたいという。ゲントは、ザンギルから彼の秘密について知ることになるが…

地面を突き破って現れた怪獣、イルーゴ。その口から吐かれた気体は人体を蝕んでいく。 司令部からイルーゴの調査を止められ、待機を命じられたスカード。エミはサード・ウェイブの可能性があると考え、第66実験施設とともに独自に調査を進める。一方、防衛隊は自走レーザー砲でイルーゴを切断する作戦に出る。

倒したはずのイルーゴが複数体出現。防衛隊が調査を進めていると、地下からアースガロンをも凌駕する巨大な怪獣が現れる。 エミは、父の研究仲間の西崎と接触。3年前の爆発事故の詳細について真実を告げられる。単独向かった第66実験施設でエミが見たものとは…

父が倒れたと聞いて慌てて実家へ帰るテルアキ。だがそれは地元に帰ってきてほしい父の嘘だった。防衛隊をやめて欲しいと父と、反発するテルアキ、二人の心の溝は埋まらない中、季節外れの不思議な虫の音が鳴り響く。 町では、1か月前から畑の土の質が変わり作物が枯れているという。見回りをするテルアキは、山の中で奇妙な洞窟を見つける。

アースガロンMod.3の第5回飛行実験が開始される。最高速度マッハ９での空戦機動中、ヤスノブは重力加速度に耐え切れず、意識を失ってしまい、同乗していたアンリの声も届かない。 Mod.3の操縦士を外され、落ち込んでいるヤスノブ。のしかかる重責に追い打ちをかけるように、以前と比べもにならない巨大なデルタンダルが現れる。

日本怪獣損害保険株式会社で働く、しがないサラリーマン・テツオ。人生に大きな目標もなく、やるせない日々を過ごしていたが、怪獣保険の営業先のミチコとのやりとりのなかで、自分の人生を見つめ直していく。そんな中、アルプスの山を裂き現れるレッドキングとギガス。怪獣が暴れている町にはミチコが住んでいる。どうする、テツオ？！

世界各地で怪獣が現れ、対応に追われるSKaRD。ゲントもブレーザーと共に戦うが、その体を酷使し続け、徐々に生命力が枯渇していく。 小洗にタガヌラーが現れ、アースガロンが出動。さらにアメリカのネバタにもタガヌラーが現れ、ブレーザーが撃退に向かう。そんなとき、出動中のエミに驚くべき情報が伝えられて…

ブレーザーの戦いも佳境に差し掛かる中、 あの世界が再び帰ってくる。 熾烈な戦いは『彼ら』の目にどう映っているのか…… 最終決戦を前に戦いの軌跡をおさらいしよう！

月に到達したヴァラロンは、次々と爆弾を敷設していく。このままでは月の軌道が変わり、地球に最悪の結末が訪れる。 司令部はSKaRDに、アースガロンMod.4で月に向かい、ヴァラロンを撃滅するよう命令をする。宇宙での決死の戦いが、いま始まる。

月でヴァラロンとの戦いに敗れたブレーザーとSKaRD。ドバシに捕えられたエミ。絶体絶命の中、ヴァラロンがついに地球に落下する。さらに、突如大群で現れる謎の使者。 SKaRDとアースガロンの戦いの行方は？エミがたどり着いた真実とは？ゲントとブレーザーは地球を守れるのか？